ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-saxs ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-saxs - ຄິດໄລ່ການກະແຈກກະຈາຍ X-ray ມຸມນ້ອຍ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx saxs [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [- sq [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-xvg ] [- ນ ] [-startq ]
[-endq ] [-energy ]
ລາຍລະອຽດ
gmx saxs ຄິດໄລ່ປັດໃຈໂຄງສ້າງ SAXS ສໍາລັບກຸ່ມດັດຊະນີທີ່ອີງໃສ່ Cromer's
ວິທີການ. ຕ້ອງການທັງສອງໄຟລ໌ topology ແລະ trajectory.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
-d [<.dat>] (sfactor.dat) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທົ່ວໄປ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
- sq [<.xvg>] (sq.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
- ນ (1)
ຈຳນວນກຸ່ມທີ່ຈະຄຳນວນ SAXS
-startq (0)
ເລີ່ມຕົ້ນ q (1/nm)
-endq (60)
ສິ້ນສຸດ q (1/nm)
-energy (12)
ພະລັງງານຂອງ X-ray ຂາເຂົ້າ (keV)
ໃຊ້ gmx-saxs ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
