gmx-trjcat - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-trjcat - ສົມທົບໄຟລ໌ trajectory

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx trjcat [-f [<.xtc/.trr/...> [... ]] [-n [<.ndx>]] [-demux [<.xvg>]]
[-o [<.xtc/.trr/...> [... ]] [- ເຈົ້າ ] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[ບໍ່]vel]
[-[ບໍ່]ຕັ້ງເວລາ] [-[ບໍ່]ຄັດ] [-[ບໍ່]ຮັກສາສຸດທ້າຍ]
[-[ບໍ່]ຂຽນທັບ] [-[ບໍ່]ແມວ]

ລາຍລະອຽດ

gmx trjcat concatenates ໄຟລ໌ input trajectory ຫຼາຍໃນລໍາດັບ. ໃນກໍລະນີຂອງສອງ
time frames ຫນຶ່ງໃນໄຟລ໌ຕໍ່ມາຖືກນໍາໃຊ້. ໂດຍການລະບຸ - ຕັ້ງ​ເວ​ລາ​ ເຈົ້າຈະຖືກຖາມ
ສໍາລັບເວລາເລີ່ມຕົ້ນຂອງແຕ່ລະໄຟລ໌. ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຖືກເອົາມາຈາກເສັ້ນຄໍາສັ່ງ, ເຊັ່ນ
ວ່າຄໍາສັ່ງເຊັ່ນ gmx trjcat -f *.trr -o fixed.trr ຄວນເຮັດ trick ໄດ້. ການນໍາໃຊ້ -ແມວ, ທ່ານ
ພຽງ​ແຕ່​ສາ​ມາດ​ວາງ​ຫຼາຍ​ໄຟລ​໌​ຮ່ວມ​ກັນ​ໂດຍ​ບໍ່​ມີ​ການ​ເອົາ​ເຟຣມ​ທີ່​ມີ​ເວ​ລາ​ດຽວ​ກັນ​
ສະແຕມ.

ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ສໍາ​ຄັນ​ຫນຶ່ງ​ແມ່ນ inferred ໃນ​ເວ​ລາ​ທີ່​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ແມ່ນ​ໃນ​ບັນ​ດາ​ໄຟລ​໌​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​. ໃນ​ນັ້ນ
ກໍ​ລະ​ນີ​ທີ່​ໄຟລ​໌​ສະ​ເພາະ​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ຕໍ່​ທ້າຍ​ທີ່​ຫມາຍ​ຄວາມ​ວ່າ​ທ່ານ​ບໍ່​ຈໍາ​ເປັນ​ຕ້ອງ​ເກັບ​ຮັກ​ສາ​ໄວ້​
ຈໍານວນຂໍ້ມູນສອງເທົ່າ. ແນ່ນອນ, ໄຟລ໌ທີ່ຈະຕື່ມໃສ່ຈະຕ້ອງເປັນໄຟລ໌ທີ່ຕໍ່າສຸດ
ເວລາເລີ່ມຕົ້ນຕັ້ງແຕ່ອັນໜຶ່ງສາມາດຕໍ່ທ້າຍຢູ່ທ້າຍໄຟລ໌ໃດໜຶ່ງເທົ່ານັ້ນ.

ຖ້າ -demux ທາງ​ເລືອກ​ແມ່ນ​ໄດ້​ຮັບ​, N trajectories ທີ່​ໄດ້​ອ່ານ​, ແມ່ນ​ລາຍ​ລັກ​ອັກ​ສອນ​ໃນ​ອັນ​ອື່ນ​
ຄໍາສັ່ງທີ່ລະບຸໄວ້ໃນ .xvg ແຟ້ມ. ທ .xvg ໄຟລ໌ຄວນມີບາງສິ່ງບາງຢ່າງເຊັ່ນ:

0 0 1 2 3 4 5
2 1 0 2 3 5 4

ຕົວເລກທໍາອິດແມ່ນເວລາ, ແລະຕົວເລກຕໍ່ມາຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງຕົວຊີ້ວັດ trajectory. ໄດ້
ເຟຣມທີ່ສອດຄ້ອງກັນກັບຕົວເລກທີ່ມີຢູ່ໃນແຖວທໍາອິດແມ່ນຖືກລວບລວມເຂົ້າໃນ
ເສັ້ນທາງຜົນຜະລິດ. ຖ້າຈໍານວນຂອງເຟຣມໃນ trajectory ບໍ່ກົງກັບວ່າໃນ
.xvg ໄຟລ໌ຫຼັງຈາກນັ້ນໂຄງການພະຍາຍາມທີ່ຈະ smart. ລະວັງ.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-f [<.xtc/.trr/...> [... ] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

-demux [<.xvg>] (remd.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-o [<.xtc/.trr/...> [... ] (trajout.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr gro g96 pdb tng

ທາງເລືອກອື່ນ:

- ເຈົ້າ (ps)
ຫົວໜ່ວຍສໍາລັບຄ່າເວລາ: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ

-b (-1)
ຄັ້ງທໍາອິດທີ່ໃຊ້ (ps)

-e (-1)
ໃຊ້ຄັ້ງສຸດທ້າຍ (ps)

-dt (0​)
ພຽງແຕ່ຂຽນກອບໃນເວລາທີ່ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)

-[ບໍ່]vel (ແມ່ນແລ້ວ)
ອ່ານແລະຂຽນຄວາມໄວຖ້າເປັນໄປໄດ້

-[ບໍ່]ຕັ້ງເວລາ (ບໍ່ມີ)
ປ່ຽນເວລາເລີ່ມຕົ້ນແບບໂຕ້ຕອບ

-[ບໍ່]ຄັດ (ແມ່ນແລ້ວ)
ຈັດຮຽງໄຟລ໌ trajectory (ບໍ່ແມ່ນກອບ)

-[ບໍ່]ຮັກສາສຸດທ້າຍ (ບໍ່ມີ)
ຮັກສາກອບທີ່ທັບຊ້ອນກັນໃນຕອນທ້າຍຂອງເສັ້ນທາງ

-[ບໍ່]ຂຽນທັບ (ບໍ່ມີ)
ຂຽນທັບຊ້ອນກັນໃນລະຫວ່າງການຕໍ່ທ້າຍ

-[ບໍ່]ແມວ (ບໍ່ມີ)
ຢ່າປະຖິ້ມກອບເວລາສອງເທົ່າ

ໃຊ້ gmx-trjcat ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net