ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-velacc ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-velacc - ຄິດໄລ່ອັດຕະໂນມັດ velocity functions
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx velacc [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [- ເຈົ້າ [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ບໍ່]ວ] [-xvg ] [-[ບໍ່] ມ] [-[ບໍ່]ສູດ]
[-[ບໍ່]mol] [-acflen ] [-[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ] [-P ]
[-fitfn ] [- ເລີ່ມຕົ້ນ ] [-endfit ]
ລາຍລະອຽດ
gmx velacc ຄິດໄລ່ຟັງຊັນ autocorrelation ຄວາມໄວ. ໃນເວລາທີ່ -m ທາງເລືອກແມ່ນການນໍາໃຊ້,
ຟັງຊັນ autocorrelation momentum ຖືກຄິດໄລ່.
ມີທາງເລືອກ -mol ຟັງຊັນ autocorrelation ຄວາມໄວຂອງໂມເລກຸນຖືກຄິດໄລ່. ໃນນີ້
ກໍລະນີກຸ່ມດັດຊະນີຄວນປະກອບດ້ວຍຕົວເລກໂມເລກຸນແທນທີ່ຈະເປັນຕົວເລກອະຕອມ.
ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າ trajectory ຂອງທ່ານປະກອບດ້ວຍກອບທີ່ມີຂໍ້ມູນຄວາມໄວ (ie nstvout ແມ່ນ
ຕັ້ງຢູ່ໃນຕົ້ນສະບັບຂອງທ່ານ .mdp file), ແລະວ່າໄລຍະເວລາລະຫວ່າງຈຸດເກັບກໍາຂໍ້ມູນ
ແມ່ນສັ້ນກວ່າຂະໜາດເວລາຂອງ autocorrelation.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xvg>] (vac.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
- ເຈົ້າ [<.xvg>] (spectrum.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-[ບໍ່] ມ (ບໍ່ມີ)
ຄິດໄລ່ການທໍາງານຂອງການພົວພັນອັດຕະໂນມັດ momentum
-[ບໍ່]ສູດ (ແມ່ນແລ້ວ)
ໃຊ້ cm^-1 ໃນ X-axis ແທນ 1/ps ສໍາລັບ spectra.
-[ບໍ່]mol (ບໍ່ມີ)
ຄິດໄລ່ຄວາມໄວ acf ຂອງໂມເລກຸນ
-acflen (-1)
ຄວາມຍາວຂອງ ACF, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງຈໍານວນກອບ
-[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ (ແມ່ນແລ້ວ)
ປັບ ACF ໃຫ້ເປັນປົກກະຕິ
-P (0)
ຄໍາສັ່ງຂອງ Legendre polynomial ສໍາລັບ ACF (0 ຊີ້ໃຫ້ເຫັນບໍ່ມີ): 0, 1, 2, 3
-fitfn (none)
ຟັງຊັນ Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
- ເລີ່ມຕົ້ນ (0)
ເວລາທີ່ຈະເລີ່ມການປັບຕົວເລກກຳລັງຂອງຟັງຊັນຄວາມສຳພັນ
-endfit (-1)
ເວລາທີ່ຈະສິ້ນສຸດການພໍດີຂອງເລກກຳລັງຂອງຟັງຊັນຄວາມສຳພັນ, -1 ແມ່ນຈົນກ່ວາ
ໃນຕອນທ້າຍ
ໃຊ້ gmx-velacc ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
