ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ go2fmtp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - ເຄື່ອງມືການແປງ ແລະຫໍ່ຂອງມັນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/gene_ontology.obo
ລາຍລະອຽດ
ວິເຄາະໄຟລ໌ ontology ຮູບແບບ GO/OBO ແລະຂຽນອອກເປັນຮູບແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ການໂຕ້ຖຽງ
-e ຂໍ້ຜິດພາດ
ຂຽນຄວາມຜິດພາດການແຍກວິເຄາະໃນ XML - ເລີ່ມຕົ້ນເປັນ STDERR (ບໍ່ຄວນມີຂໍ້ຜິດພາດໃນການແຍກວິເຄາະທີ່ດີ.
ໄຟລ໌ທີ່ສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນ)
-p ຮູບແບບ
ກໍານົດຕົວແຍກທີ່ຈະໃຊ້; ຖ້າປະໄວ້ໂດຍບໍ່ໄດ້ລະບຸ, ຈະເຮັດໃຫ້ການຄາດເດົາໂດຍອີງໃສ່ໄຟລ໌
ຕໍ່ທ້າຍ. ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບຮູບແບບ
-w|ນັກຂຽນ ຮູບແບບ
ຮູບແບບສໍາລັບຜົນຜະລິດ - ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່
-|xslt XSLT
ຊື່ ຫຼືຊື່ໄຟລ໌ຂອງການຫັນປ່ຽນ XSLT
ນີ້ສາມາດເປັນເສັ້ນທາງຢ່າງແທ້ຈິງໄປຫາໄຟລ໌ທຸກບ່ອນໃນລະບົບໄຟລ໌, ຫຼືພຽງແຕ່ສາມາດເຮັດໄດ້
ເປັນຊື່ຂອງ xslt; ຕົວຢ່າງ
go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo
ຖ້າຊື່ຖືກລະບຸ, ຫຼັງຈາກນັ້ນທຳອິດທັງໝົດ $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl ຈະຖືກຄົ້ນຫາ; ຖ້າ
GO_ROOT ບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ໂມດູນ perl dir ບ່ອນທີ່ GO ຖືກຕິດຕັ້ງຈະຖືກຄົ້ນຫາ (the
xslts ຈະຖືກຕິດຕັ້ງຢູ່ທີ່ນີ້ໂດຍອັດຕະໂນມັດຖ້າທ່ານປະຕິບັດຕາມຂະບວນການຕິດຕັ້ງປົກກະຕິ)
-use_cache
ຖ້າສະວິດນີ້ຖືກລະບຸ, ຫຼັງຈາກນັ້ນເປີດໂໝດແຄຊ໌.
ດ້ວຍໂຫມດແຄຊ໌, ຄັ້ງທໍາອິດທີ່ທ່ານວິເຄາະໄຟລ໌, ຫຼັງຈາກນັ້ນໄຟລ໌ເພີ່ມເຕີມຈະເປັນ
ສົ່ງອອກໃນຮູບແບບພິເສດທີ່ໄວໃນການວິເຄາະ. ໄຟລ໌ນີ້ຈະມີຊື່ໄຟລ໌ດຽວກັນ
ເປັນໄຟລ໌ຕົ້ນສະບັບ, ຍົກເວັ້ນມັນຈະມີ ".cache" ຕໍ່ທ້າຍ.
ໃນຄັ້ງຕໍ່ໄປທີ່ທ່ານວິເຄາະໄຟລ໌, ໂປຣແກຣມນີ້ຈະກວດສອບການມີຢູ່ໂດຍອັດຕະໂນມັດ
ຂອງໄຟລ໌ ".cache". ຖ້າມັນມີຢູ່, ແລະມີຫຼາຍກວ່າໄຟລ໌ທີ່ທ່ານລະບຸ, ນີ້
ຖືກວິເຄາະແທນ. ຖ້າມັນບໍ່ມີ, ມັນກໍ່ສ້າງໃຫມ່.
ນີ້ຈະນໍາເອົາການປັບປຸງຄວາມໄວສໍາລັບ b ຂອງຮູບແບບຜົນຜະລິດຂ້າງລຸ່ມນີ້ (ເຊັ່ນ:
ບັນຊີລາຍຊື່ເສັ້ນທາງ). ຮູບແບບຜົນຜະລິດສ່ວນໃຫຍ່ເຮັດວຽກຮ່ວມກັບການແຍກຕາມເຫດການ, ດັ່ງນັ້ນການເກັບຄວາມຈໍາຂອງວັດຖຸນໍາ
ບໍ່ມີຜົນປະໂຫຍດແລະໃນຄວາມເປັນຈິງຈະຊ້າກວ່າການຂ້າມ cache
ຮູບແບບ
ຮູບແບບທີ່ຂຽນໄດ້ແມ່ນ
go_ont
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ ".ontology"
ເຫຼົ່ານີ້ເກັບຮັກສາ ontology DAGs
go_def
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ ".defs"
go_xref
ການອ້າງອີງຖານຂໍ້ມູນພາຍນອກສໍາລັບເງື່ອນໄຂ GO
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ "2go" (ເຊັ່ນ: ec2go, metacyc2go)
go_assoc
ຄຳອະທິບາຍປະກອບຂອງ gene ຫຼືຜະລິດຕະພັນ gene ໂດຍໃຊ້ GO
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄໍານໍາຫນ້າ "gene-association."
obo_text
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ ".obo"
ນີ້ແມ່ນການທົດແທນຮູບແບບໄຟລ໌ໃຫມ່ສໍາລັບຮູບແບບໄຟລ໌ GO flat ທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ. ມັນ
ຈັດການ ontologies, ຄໍານິຍາມແລະ xrefs (ແຕ່ບໍ່ແມ່ນສະມາຄົມ)
obo_xml
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ ".obo.xml" ຫຼື ".obo-xml"
ນີ້ແມ່ນສະບັບ XML ຂອງຮູບແບບໄຟລ໌ OBO ຮາບພຽງຢູ່ຂ້າງເທິງ
prolog
ຂໍ້ເທັດຈິງ prolog - ທ່ານຈະຕ້ອງການ compiler / ນາຍພາສາ prolog ເພື່ອໃຊ້ເຫຼົ່ານີ້. ເຈົ້າສາມາດ
ເຫດຜົນກ່ຽວກັບຂໍ້ເທັດຈິງເຫຼົ່ານີ້ໂດຍໃຊ້ Obol ຫຼືໂຄງການ Bio-LP ທີ່ຈະມາເຖິງ
tbl ງ່າຍດາຍ (lossy) ການເປັນຕົວແທນຕາຕະລາງ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້ທັງໄຟລ໌ ontology ແລະໄຟລ໌ສະມາຄົມ
ເສັ້ນທາງ
ສະແດງໃຫ້ເຫັນເສັ້ນທາງທັງຫມົດໄປຫາຮາກ
ຮູບແບບ OWL owl (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: OWL-DL)
OWL ແມ່ນຮູບແບບມາດຕະຖານ W3C ສໍາລັບ ontologies
ທ່ານຈະຕ້ອງການໄຟລ໌ XSL ຈາກການແຈກຢາຍ go-dev ຢ່າງເຕັມທີ່ເພື່ອດໍາເນີນການນີ້; ເບິ່ງ XML
ພາກສ່ວນໃນhttp://www.godatabase.org/dev>
obj_yaml
ການເປັນຕົວແທນຂອງ YAML ຂອງ GO::Model::Graph object
obj_storable
ການຖິ້ມຂີ້ເຫຍື້ອຂອງ perl GO::Model::Graph object. ທ່ານຕ້ອງການເກັບຮັກສາຈາກ CPAN ສໍາລັບການນີ້
ເຮັດວຽກ. ນີ້ມີຈຸດປະສົງເພື່ອ cache ວັດຖຸຢູ່ໃນລະບົບໄຟລ໌, ສໍາລັບການເຂົ້າເຖິງໄວ. ໄດ້
ການເປັນຕົວແທນ obj_storable ອາດຈະບໍ່ເຄື່ອນທີ່
text_html
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ OBO ທີ່ເປັນ html
godb_prestore
XML ທີ່ແຜນທີ່ໂດຍກົງກັບ GODB relational schema (ຫຼັງຈາກນັ້ນສາມາດໂຫລດໄດ້ໂດຍໃຊ້
stag-storenode.pl)
chadodb_prestore
XML ທີ່ແຜນທີ່ໂດຍກົງກັບ Chado relational schema (ຫຼັງຈາກນັ້ນສາມາດໂຫລດໄດ້ໂດຍໃຊ້
stag-storenode.pl)
ເອກະສານອ້າງອີງ
<http://www.godatabase.org/dev>
ໃຊ້ go2fmtp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net