gt-extractfeat - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gt-extractfeat - ສະກັດຄຸນສົມບັດທີ່ໄດ້ຮັບໃນໄຟລ໌ GFF3 ຈາກໄຟລ໌ລໍາດັບ.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gt ສະກັດ [ທາງເລືອກ ...] [GFF3_file]

ລາຍລະອຽດ

-ປະເພດ [string]
ກໍານົດປະເພດຂອງຄຸນສົມບັດທີ່ຈະສະກັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: undefined)

- ເຂົ້າຮ່ວມ [ແມ່ນ|ບໍ່]
ເຂົ້າຮ່ວມລໍາດັບຄຸນສົມບັດໃນເສັ້ນຍ່ອຍດຽວກັນເຂົ້າໄປໃນອັນດຽວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

- ແປ [ແມ່ນ|ບໍ່]
ແປລັກສະນະ (ຂອງລໍາດັບ DNA) ເປັນທາດໂປຼຕີນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

- seqid [ແມ່ນ|ບໍ່]
ເພີ່ມ ID ລຳດັບຂອງຄຸນສົມບັດທີ່ສະກັດອອກໃສ່ຄຳອະທິບາຍ FASTA (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

-ເປົ້າ​ຫມາຍ [ແມ່ນ|ບໍ່]
ເພີ່ມ ID ເປົ້າໝາຍຂອງຄຸນສົມບັດທີ່ສະກັດອອກມາໃສ່ຄຳອະທິບາຍ FASTA (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

-coords [ແມ່ນ|ບໍ່]
ເພີ່ມ​ທີ່​ຕັ້ງ​ຂອງ​ຄຸນ​ສົມ​ບັດ​ທີ່​ສະ​ກັດ​ໃສ່​ກັບ​ຄໍາ​ອະ​ທິ​ບາຍ FASTA (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​: ບໍ່​)

- ເກັບ​ຮັກ​ສາ​ໄວ້​ [ແມ່ນ|ບໍ່]
ໃຊ້ຄຸນລັກສະນະ ID ຂອງຄຸນສົມບັດທີ່ສະກັດອອກມາເປັນຄໍາອະທິບາຍ FASTA (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

-gcode [ມູນຄ່າ]
ລະບຸລະຫັດພັນທຸກໍາທີ່ຈະໃຊ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1)

-seqfile [ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
ກໍານົດໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ຈະເອົາລໍາດັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)

- encseq [ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
ຕັ້ງຊື່ດັດສະນີລໍາດັບທີ່ເຂົ້າລະຫັດໄວ້ເພື່ອເອົາລໍາດັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)

-seqfiles
ກໍານົດໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ຈະສະກັດຄຸນສົມບັດການນໍາໃຊ້ -- ເພື່ອຢຸດບັນຊີລາຍຊື່
ຂອງ​ໄຟລ​໌​ລໍາ​ດັບ​

-matchdesc [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຄົ້ນຫາຄໍາອະທິບາຍລໍາດັບຈາກໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບ ID ລໍາດັບທີ່ຕ້ອງການ (ໃນ
GFF3), ລາຍງານການແຂ່ງຂັນຄັ້ງທໍາອິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

-matchdescstart [ແມ່ນ|ບໍ່]
ກົງກັບຄໍາອະທິບາຍລໍາດັບຈາກໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບລໍາດັບທີ່ຕ້ອງການ
IDs (ໃນ GFF3) ຈາກຈຸດເລີ່ມຕົ້ນໄປຫາບ່ອນຫວ່າງທໍາອິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

-usedesc [ແມ່ນ|ບໍ່]
ໃຊ້ຄໍາອະທິບາຍລໍາດັບເພື່ອເຮັດແຜນທີ່ ID ລໍາດັບ (ໃນ GFF3) ກັບລໍາດັບຕົວຈິງ
ລາຍການ. ຖ້າຄໍາອະທິບາຍມີຊ່ວງລໍາດັບ (ເຊັ່ນ: III:1000001..2000000),
ສ່ວນທໍາອິດແມ່ນໃຊ້ເປັນລໍາດັບ ID (III) ແລະຕໍາແຫນ່ງໄລຍະທໍາອິດເປັນຊົດເຊີຍ
(1000001) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

- ການ​ສ້າງ​ແຜນ​ທີ່​ພາກ​ພື້ນ​ [string]
ຕັ້ງຄ່າໄຟລ໌ທີ່ມີລຳດັບ-ພາກພື້ນເປັນການຈັດແຜນທີ່ໄຟລ໌ລໍາດັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກຳນົດ)

-v [ແມ່ນ|ບໍ່]
be verbose (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

- ກວ້າງ [ມູນຄ່າ]
ກໍານົດຄວາມກວ້າງຂອງຜົນຜະລິດສໍາລັບການພິມລໍາດັບ FASTA (0 ປິດການຈັດຮູບແບບ) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0)

-o [ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ]
ປ່ຽນເສັ້ນທາງຜົນຜະລິດໄປຫາໄຟລ໌ທີ່ລະບຸ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)

-gzip [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຂຽນ gzip ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຖືກບີບອັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

-bzip2 [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຂຽນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຖືກບີບອັດ bzip2 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

- ຜົນບັງຄັບໃຊ້ [ແມ່ນ|ບໍ່]
ບັງຄັບໃຫ້ຂຽນເປັນໄຟລ໌ອອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

-ຊ່ວຍ
ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອແລະອອກ

-ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບແລະອອກ

ຕົວເລກລະຫັດພັນທຸກໍາສໍາລັບທາງເລືອກ -gcode:

1: ມາດຕະຖານ 2: Vertebrate Mitochondrial 3: Yeast Mitochondrial 4: Mold Mitochondrial;
Protozoan Mitochondrial; Coelenterate Mitochondrial; Mycoplasma; Spiroplasma 5:
Invertebrate Mitochondrial 6: Ciliate Nuclear; Dasycladacean Nuclear; Hexamita Nuclear 9:
Echinoderm Mitochondrial; Flatworm Mitochondrial 10: Euplotid Nuclear 11: ເຊື້ອແບັກທີເລຍ,
Archaeal ແລະ Plant Plastid 12: Alternative Yeast Nuclear 13: Ascidian Mitochondrial 14:
Alternative Flatworm Mitochondrial 15: Blepharisma Macronuclear 16: Chlorophycean
Mitochondrial 21: Trematode Mitochondrial 22: Scenedesmus obliquus Mitochondrial 23:
Thraustochytrium Mitochondrial 24: Pterobranchia Mitochondrial 25: Candidate Division SR1
ແລະ Gracilibacteria

ຮູບແບບໄຟລ໌ສໍາລັບທາງເລືອກ - ການ​ສ້າງ​ແຜນ​ທີ່​ພາກ​ພື້ນ​:

ໄຟລ໌ທີ່ສະຫນອງໃຫ້ທາງເລືອກ -regionmapping ກໍານົດ "ແຜນທີ່". ແຜນທີ່ສ້າງແຜນທີ່
ລາຍການຕາມລຳດັບພາກພື້ນທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນ GFF3_file ໄປຫາໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ປະກອບດ້ວຍ
ລໍາດັບທີ່ສອດຄ້ອງກັນ. ແຜນທີ່ສາມາດຖືກກໍານົດຢູ່ໃນຫນຶ່ງໃນສອງຮູບແບບຕໍ່ໄປນີ້:

ແຜນທີ່ = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

ແຜນທີ່ຟັງຊັນ(sequence_region)
ກັບຄືນ "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
ໃນຕອນທ້າຍ

ແບບຟອມທໍາອິດກໍານົດ Lua (http://www.lua.org) ຕາຕະລາງທີ່ມີຊື່ວ່າ "mapping" ເຊິ່ງແຜນທີ່ແຕ່ລະຄົນ
ພາກພື້ນລໍາດັບໄປຫາໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ສອດຄ້ອງກັນ. ອັນທີສອງກໍານົດຫນ້າທີ່ Lua
"mapping", ເຊິ່ງຕ້ອງກັບຄືນຊື່ໄຟລ໌ລໍາດັບເມື່ອມັນຖືກເອີ້ນດ້ວຍ
sequence_region ເປັນ argument.

ການລາຍງານ ບັກ

ລາຍງານບັກຫາ[email protected]>.

ໃຊ້ gt-extractfeat ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net