ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gustaf ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gustaf - Gustaf - Generic mUlti-SpliT Alignment Finder: ເຄື່ອງມືສໍາລັບການແບ່ງປັນການອ່ານແຜນທີ່
ອະນຸຍາດໃຫ້ແບ່ງປັນຫຼາຍ.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gustaf [ຕົວເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
GUSTAF ໃຊ້ SeqAns STELLAR ເພື່ອຊອກຫາການແບ່ງປັນເປັນການແຂ່ງຂັນໃນທ້ອງຖິ່ນກ່ຽວກັບ strands ທີ່ແຕກຕ່າງກັນຫຼື
ໂຄໂມໂຊມ. ເງື່ອນໄຂແລະການລົງໂທດເພື່ອຕ່ອງໂສ້ການແຂ່ງຂັນເຫຼົ່ານີ້ສາມາດຖືກກໍານົດ. ຜົນຜະລິດ
ໄຟລ໌ມີຈຸດແບ່ງຕາມລະບົບຕ່ອງໂສ້ທີ່ດີທີ່ສຸດ.
ໄຟລ໌ genome ຖືກນໍາໃຊ້ເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນຖານຂໍ້ມູນ, ໄຟລ໌ອ່ານເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນແບບສອບຖາມ.
ຕົວເລືອກ STELLAR ທັງໝົດແມ່ນຮອງຮັບ. ເບິ່ງເອກະສານ STELLAR ສໍາລັບພາລາມິເຕີ STELLAR
ແລະທາງເລືອກ.
(c) 2011-2012 ໂດຍ Kathrin Trappe
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.
- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ
ທາງເລືອກຂອງ GUSTAF:
ຕົວເລືອກຫຼັກ:
-tp, --transPen INT
Interchromosomal translocation ໂທດຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5.
-ip, --invPen INT
ການລົງໂທດແບບປີ້ນກັບຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5.
-op, --orderPen INT
ຄໍາສັ່ງ intrachromosomal ການປ່ຽນແປງການລົງໂທດ Default: 0.
-ອທ, --overlapThresh DOUBLE
ອະນຸຍາດໃຫ້ທັບຊ້ອນລະຫວ່າງການແຂ່ງຂັນເລີ່ມຕົ້ນ: 0.5.
-gth, --gapThresh INT
ຄວາມຍາວຊ່ອງຫວ່າງລະຫວ່າງການຈັບຄູ່ມາດຕະຖານ: 10.
-ith, --initGapThresh INT
ອະນຸຍາດໃຫ້ຄວາມຍາວຊ່ອງຫວ່າງເບື້ອງຕົ້ນຫຼືສິ້ນສຸດໃນຕອນຕົ້ນແລະຕອນທ້າຍຂອງການອ່ານ Default: 15.
-st, -- ສະຫນັບສະຫນູນ INT
ຈໍານວນສະຫນັບສະຫນູນການອ່ານຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 2.
ຕົວເລືອກການປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-m, --matchfile ເອກະສານ
ໄຟລ໌ຂອງ (stellar) ກົງກັນ ປະເພດໄຟລ໌ທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ: gff ແລະ GFF.
ຕົວເລືອກຜົນຜະລິດ:
-bpo, --breakpointOut ເອກະສານ
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ breakpoint. ປະເພດໄຟລ໌ທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ: gff ແລະ txt. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
breakpoints.gff.
-j, --ຊື່ວຽກ STR
ຊື່ວຽກ/ຄິວເລີ່ມຕົ້ນ: .
- ເຮັດ, --ຈຸດ
ເປີດໃຊ້ກາຟຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບຈຸດ
ຕົວເລືອກດາວ:
ຕົວເລືອກຫຼັກ:
-e, --epsilon NUMBER
ອັດຕາຄວາມຜິດພາດສູງສຸດ (ສູງສຸດ 0.25). ຢູ່ໃນຂອບເຂດ [0.0000001..0.25]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.05.
-l, -- ຄວາມຍາວນາທີ NUMBER
ຄວາມຍາວໜ້ອຍສຸດຂອງການແຂ່ງຂັນ Epsilon. ໃນໄລຍະ [0..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100.
-f, --ຕໍ່
ຄົ້ນຫາພຽງແຕ່ໃນ strand ຂອງຖານຂໍ້ມູນ.
-r, -- ປີ້ນ
ຄົ້ນຫາພຽງແຕ່ໃນການສົມບູນແບບປີ້ນກັບກັນຂອງຖານຂໍ້ມູນ.
-a, -- ຕົວອັກສອນ STR
ປະເພດຕົວອັກສອນຂອງລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ (dna, rna, dna5, rna5, ທາດໂປຼຕີນ, char). ຫນຶ່ງໃນ dna,
dna5, rna, rna5, ທາດໂປຼຕີນ, ແລະ char.
-v, -- verbose
ຕັ້ງໂໝດການເວົ້າ.
ຕົວເລືອກການກັ່ນຕອງ:
-k, --kmer NUMBER
ຄວາມຍາວຂອງ q-grams (ສູງສຸດ 32). ໃນຂອບເຂດ [1..32].
-rp, --repeatPeriod NUMBER
ໄລຍະເວລາສູງສຸດຂອງການຊໍ້າຄືນຄວາມຊັບຊ້ອນຕ່ຳທີ່ຈະຖືກກັ່ນຕອງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1.
-rl, --repeatLength NUMBER
ຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດຂອງການຊໍ້າຄືນຂອງຄວາມສັບສົນຕ່ໍາທີ່ຈະຖືກກັ່ນຕອງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1000.
-c, --abundanceCut NUMBER
k-mer overabundance ຕັດອັດຕາສ່ວນ. ໃນຂອບເຂດ [0..1]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1.
ຕົວເລືອກການຢັ້ງຢືນ:
-x, --xDrop NUMBER
x-drop ສູງສຸດສໍາລັບການຂະຫຍາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5.
-vs, --ການຢັ້ງຢືນ STR
ຍຸດທະສາດການຢັ້ງຢືນ: ທີ່ແນ່ນອນ ຫຼືດີທີ່ສຸດໃນທ້ອງຖິ່ນ ຫຼື bandedGlobal ຫນຶ່ງໃນທີ່ແນ່ນອນ, ດີທີ່ສຸດໃນທ້ອງຖິ່ນ,
ແລະ bandedGlobal. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ແນ່ນອນ.
-dt, --disableThresh NUMBER
ຈໍານວນສູງສຸດຂອງການກວດສອບທີ່ກົງກັນກ່ອນທີ່ຈະປິດການກວດສອບສໍາລັບການສອບຖາມຫນຶ່ງ
ລໍາດັບ (ບໍ່ມີຂອບເຂດເລີ່ມຕົ້ນ). ໃນໄລຍະ [0..inf].
-n, --numMatches NUMBER
ຈໍານວນສູງສຸດຂອງການຈັບຄູ່ທີ່ເກັບຮັກສາໄວ້ຕໍ່ການສອບຖາມແລະຖານຂໍ້ມູນ. ຖ້າ STELLAR ຊອກຫາເພີ່ມເຕີມ
ການແຂ່ງຂັນ, ມີພຽງແຕ່ອັນທີ່ຍາວທີ່ສຸດທີ່ຖືກເກັບຮັກສາໄວ້. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.
-s, --sortThresh NUMBER
ຈໍານວນຂອງການແຂ່ງຂັນທີ່ກະຕຸ້ນໃຫ້ເກີດການເອົາອອກຂອງຊ້ໍາກັນ. ເລືອກຄ່າທີ່ນ້ອຍກວ່າສຳລັບ
ປະຢັດພື້ນທີ່. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 500.
ເວີຊັ່ນ
ຮຸ່ນ gustaf: 1.0 ອັບເດດຫຼ້າສຸດ ກໍລະກົດ 2012
ໃຊ້ gustaf ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
