hhalign - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

hhalign - ຈັດຮຽງແບບສອບຖາມ/HMM ໃຫ້ເປັນການຈັດຮຽງແມ່ແບບ/HMM

ສະຫຼຸບສັງລວມ

hhalign -i query [-t ແມ່ແບບ] [ທາງເລືອກໃນການ]

ລາຍລະອຽດ

HHalign ເວີຊັ່ນ 2.0.16 (ມັງກອນ 2013) ຈັດຮຽງແບບສອບຖາມ/HMM ເປັນແມ່ແບບ
alignment/HMM ໂດຍ HMM-HMM alignment ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ພຽງ​ແຕ່​ຫນຶ່ງ​ການ​ຈັດ​ລຽງ​ລໍາ​ດັບ / HMM ແມ່ນ​ສົມ​ທຽບ​ກັບ
ຕົວຂອງມັນເອງແລະການຈັດວາງທາງຂວາງທີ່ດີທີ່ສຸດບວກກັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ບໍ່ທັບຊ້ອນກັນຕື່ມອີກ
ຂ້າງເທິງລະດັບຄວາມສໍາຄັນແມ່ນສະແດງໃຫ້ເຫັນ. Remmert M, Biegert A, Hauser A, ແລະ Soding J.
HHblits: ຄົ້ນຫາລໍາດັບທາດໂປຼຕີນທີ່ຊ້ໍາກັນໄວຟ້າຜ່າໂດຍການຈັດລໍາດັບ HMM-HMM. ນັດ.
ວິທີການ 9: 173-175 (2011). (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
ຊາວ Hauser

-i
ການຈັດຮຽງແບບສອບຖາມການປ້ອນຂໍ້ມູນ (fasta/a2m/a3m) ຫຼືໄຟລ໌ HMM (.hhm)

-t
ການຈັດຮຽງແມ່ແບບການປ້ອນຂໍ້ມູນ (fasta/a2m/a3m) ຫຼືໄຟລ໌ HMM (.hhm)

ຜົນຜະລິດ ຕົວເລືອກ:
-o
ຂຽນການຈັດລຽງຜົນຜະລິດໃສ່ໄຟລ໌

-ofas
ຂຽນການຈັດຮຽງໃນ FASTA, A2M (-oa2ມ) ຫຼື A3M (-oa3ມ) ຮູບ​ແບບ​

-ໂອ 3ມ
ຂຽນ query alignment ໃນຮູບແບບ a3m ເພື່ອ file (default=none)

-Aa3ມ
ຕື່ມການຈັດຮຽງແບບສອບຖາມໃນຮູບແບບ a3m ໃສ່ໄຟລ໌ (default=none)

-atab
ຂຽນການຈັດຮຽງເປັນຕາຕະລາງ (ກັບ posteriors) ໄຟລ໌ (default=none)

-ດັດຊະນີ ໃຊ້ການຈັດຮຽງທີ່ໃຫ້ມາເພື່ອຄິດໄລ່ຄະແນນ Viterbi (default=none)

-v
ໂຫມດ verbose: 0: ບໍ່ມີຜົນຜະລິດຫນ້າຈໍ 1: warings ເທົ່ານັ້ນ 2: verbose

-seq [1,inf[ ສູງສຸດທີ່ເຄຍ. ຈໍານວນລໍາດັບແບບສອບຖາມ / ແມ່ແບບທີ່ສະແດງ (def=1)

- nocons
ບໍ່ສະແດງລໍາດັບຄວາມເຫັນດີນໍາໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ (default=show)

- ບໍ່​ມີ
ບໍ່ສະແດງໂຄງສ້າງອັນດັບທີ 2 ທີ່ຄາດຄະເນໄວ້ໃນການຈັດຮຽງ (default=show)

- nodssp
ບໍ່ສະແດງໂຄງສ້າງ DSSP 2ndary ໃນການຈັດຮຽງ (default=show)

-ssconf
ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​ຄວາມ​ຫມັ້ນ​ໃຈ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ໂຄງ​ປະ​ກອບ​ການ​ທີ 2 ໃນ​ການ​ສອດ​ຄ່ອງ​

- ອາລິວ int
ຈຳນວນຖັນຕໍ່ແຖວໃນລາຍການການຈັດຮຽງ (def=80)

-P
ສຳລັບການປຽບທຽບຕົນເອງ: p-value ສູງສຸດຂອງການຈັດຮຽງ (def=0.001

-p
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຕໍ່າສຸດໃນລາຍການສະຫຼຸບ ແລະການຈັດຮຽງ (def=0)

-E
E-value ສູງສຸດໃນລາຍການສະຫຼຸບ ແລະການຈັດຮຽງ (def=1E+06)

-Z
ຈໍາ​ນວນ​ສູງ​ສຸດ​ຂອງ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ຊື່ hit ສະ​ຫຼຸບ (def=100​)

-z
ຈໍາ​ນວນ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ຂອງ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ຊື່ hit ສະ​ຫຼຸບ (def=1​)

-B
ຈໍາ​ນວນ​ສູງ​ສຸດ​ຂອງ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ໃນ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ (def=100​)

-b
ຈໍາ​ນວນ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ຂອງ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ໃນ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ (def=1​)

- ດື່ມ int
ລະບຸອັນດັບການຈັດຮຽງເພື່ອຂຽນດ້ວຍ -ໂອ 3ມ or -Aa3ມ ທາງເລືອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=1)

ການ​ກັ່ນ​ຕອງ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ alignment (ທາງເລືອກ ສາມາດເຮັດໄດ້ be ລວມ):
-id [0,100] ຕົວຕົນຂອງລໍາດັບຄູ່ສູງສຸດ (%) (def=90)

- ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ [0,inf[ ການກັ່ນຕອງຊຸດທີ່ຫຼາກຫຼາຍທີ່ສຸດຂອງລໍາດັບ, ຮັກສາຢ່າງຫນ້ອຍນີ້

ຫຼາຍ​ລໍາ​ດັບ​ໃນ​ແຕ່​ລະ block ຂອງ >50 ຖັນ (def=100​)

-cov [0,100] ການຄຸ້ມຄອງຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍການສອບຖາມ (%) (def=0)

- qid [0,100] ການລະບຸຕົວຕົນຂອງລຳດັບຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍການສອບຖາມ (%) (def=0)

-qsc [0,100] ຄະ​ແນນ​ຕ່ຳ​ສຸດ​ຕໍ່​ຖັນ​ທີ່​ມີ​ຄຳ​ຖາມ (def=-20.0)

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ alignment ຮູບແບບ:
-M a2m ໃຊ້ A2M/A3M (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ): ຕົວພິມໃຫຍ່ = Match; ຕົວພິມນ້ອຍ = ແຊກ; '-' = ລຶບ; '.' =
ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ​ການ​ແຊກ (ອາດ​ຈະ​ຖືກ​ລະ​ເວັ້ນ​)

-M ຄັ້ງທໍາອິດ
ໃຊ້ FASTA: ຖັນທີ່ມີ residue ໃນລໍາດັບທີ 1 ແມ່ນສະຖານະທີ່ກົງກັນ

-M [0,100]
ໃຊ້ FASTA: ຖັນທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງໜ້ອຍກວ່າ X% ແມ່ນສະຖານະທີ່ກົງກັນ

HMM-HMM alignment ຕົວເລືອກ:
- ໂລກ/-loc
ຮູບແບບການຈັດຕຳແໜ່ງທົ່ວໂລກ ຫຼືທ້ອງຖິ່ນ (def=local)

-alt
ສະແດງໃຫ້ເຫັນເຖິງຈໍານວນການຈັດລໍາດັບທາງເລືອກນີ້ (def=1)

- ຈັດ​ຕັ້ງ​ໃຫມ່​
realigned hits ກັບສູງສຸດ. ຄວາມຖືກຕ້ອງ (MAC) algorithm

- norealign
ຫ້າມ​ຈັດ​ການ​ຕີ​ທີ່​ສະ​ແດງ​ຄືນ​ໃໝ່​ດ້ວຍ​ວິ​ທີ​ການ MAC (def=realign)

-mact [0,1[
ເກນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງສຳລັບການຈັດຮຽງ MAC (def=0.350) ຄ່າເກນຂອງ
0.0 ໃຫ້ການສອດຄ່ອງທົ່ວໂລກ.

-sto
ໃຊ້ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງ stochastic ທົ່ວໂລກເພື່ອຍົກຕົວຢ່າງການຈັດລຽງຫຼາຍອັນນີ້

-ຍົກເວັ້ນ ຍົກເວັ້ນຕຳແໜ່ງການສອບຖາມຈາກການຈັດຮຽງ, ຕົວຢ່າງ '1-33,97-168'

- ປ່ຽນ [-1,1] ຄະແນນຊົດເຊີຍ (def=-0.030)

-corr [0,1]
ນ້ ຳ ໜັກ ຂອງໄລຍະການພົວພັນຄູ່ (def=0.10)

-ssm 0-4 0: ບໍ່ມີຄະແນນ ss [default=2]

1:ss ຄະແນນຫຼັງຈາກການຈັດຮຽງ 2:ss ຄະແນນໃນລະຫວ່າງການຈັດຮຽງ

-ssw [0,1] ນ້ຳໜັກຂອງຄະແນນ ss (def=0.11)

- def ອ່ານຕົວເລືອກເລີ່ມຕົ້ນຈາກ ./.hhdefaults ຫຼື /.hhdefault.

ຕົວຢ່າງ: hhalign -i T0187.a3ມ -t d1hz4a_.hm -png T0187pdb.png

ຜົນຜະລິດ ຕົວເລືອກ:
-o
ຂຽນການຈັດລຽງຜົນຜະລິດໃສ່ໄຟລ໌

-ofas
ຂຽນການຈັດຮຽງໃນ FASTA, A2M (-oa2ມ) ຫຼື A3M (-oa3ມ) ຮູບ​ແບບ​

-ໂອ 3ມ
ຂຽນ query alignment ໃນຮູບແບບ a3m ເພື່ອ file (default=none)

-Aa3ມ
ຕື່ມການຈັດຮຽງແບບສອບຖາມໃນຮູບແບບ a3m ໃສ່ໄຟລ໌ (default=none)

-atab
ຂຽນການຈັດຮຽງເປັນຕາຕະລາງ (ກັບ posteriors) ໄຟລ໌ (default=none)

-v
ໂຫມດ verbose: 0: ບໍ່ມີຜົນຜະລິດຫນ້າຈໍ 1: warings ເທົ່ານັ້ນ 2: verbose

-seq [1,inf[ ສູງສຸດທີ່ເຄຍ. ຈໍານວນລໍາດັບແບບສອບຖາມ / ແມ່ແບບທີ່ສະແດງ (def=1)

- nocons
ບໍ່ສະແດງລໍາດັບຄວາມເຫັນດີນໍາໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ (default=show)

- ບໍ່​ມີ
ບໍ່ສະແດງໂຄງສ້າງອັນດັບທີ 2 ທີ່ຄາດຄະເນໄວ້ໃນການຈັດຮຽງ (default=show)

- nodssp
ບໍ່ສະແດງໂຄງສ້າງ DSSP 2ndary ໃນການຈັດຮຽງ (default=show)

-ssconf
ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​ຄວາມ​ຫມັ້ນ​ໃຈ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ໂຄງ​ປະ​ກອບ​ການ​ທີ 2 ໃນ​ການ​ສອດ​ຄ່ອງ​

- ອາລິວ int
ຈຳນວນຖັນຕໍ່ແຖວໃນລາຍການການຈັດຮຽງ (def=80)

-P
ສຳລັບການປຽບທຽບຕົນເອງ: p-value ສູງສຸດຂອງການຈັດຮຽງ (def=0.001

-p
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຕໍ່າສຸດໃນລາຍການສະຫຼຸບ ແລະການຈັດຮຽງ (def=0)

-E
E-value ສູງສຸດໃນລາຍການສະຫຼຸບ ແລະການຈັດຮຽງ (def=1E+06)

-Z
ຈໍາ​ນວນ​ສູງ​ສຸດ​ຂອງ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ຊື່ hit ສະ​ຫຼຸບ (def=100​)

-z
ຈໍາ​ນວນ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ຂອງ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ຊື່ hit ສະ​ຫຼຸບ (def=1​)

-B
ຈໍາ​ນວນ​ສູງ​ສຸດ​ຂອງ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ໃນ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ (def=100​)

-b
ຈໍາ​ນວນ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ຂອງ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ໃນ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ (def=1​)

- ດື່ມ int
ລະບຸອັນດັບການຈັດຮຽງເພື່ອຂຽນດ້ວຍ -ໂອ 3ມ or -Aa3ມ ທາງເລືອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=1)

-tc
ຂຽນໄຟລ໌ຫ້ອງສະຫມຸດ TCoffee ສໍາລັບການປຽບທຽບຄູ່

-tct [0,100]
ນາທີ ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງຄູ່ residue ສໍາລັບ TCoffee (def=5%)

ທາງເລືອກໃນການ to ການກັ່ນຕອງ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ alignment (ທາງເລືອກ ສາມາດເຮັດໄດ້ be ລວມ):
-id [0,100] ຕົວຕົນຂອງລໍາດັບຄູ່ສູງສຸດ (%) (def=90)

- ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ [0,inf[
ການກັ່ນຕອງຊຸດຄວາມຫຼາກຫຼາຍທີ່ສຸດຂອງລໍາດັບ, ຮັກສາຢ່າງຫນ້ອຍນີ້ລໍາດັບຫຼາຍໃນແຕ່ລະ
ບລັອກຂອງ > 50 ຖັນ (def=100)

-cov [0,100] ການຄຸ້ມຄອງຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍການສອບຖາມ (%) (def=0)

- qid [0,100] ການລະບຸຕົວຕົນຂອງລຳດັບຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍການສອບຖາມ (%) (def=0)

-qsc [0,100] ຄະ​ແນນ​ຕ່ຳ​ສຸດ​ຕໍ່​ຖັນ​ທີ່​ມີ​ຄຳ​ຖາມ (def=-20.0)

HMM-building ຕົວເລືອກ:
-M a2m ໃຊ້ A2M/A3M (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ): ຕົວພິມໃຫຍ່ = Match; ຕົວພິມນ້ອຍ = ແຊກ; '-' = ລຶບ; '.' =
ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ​ການ​ແຊກ (ອາດ​ຈະ​ຖືກ​ລະ​ເວັ້ນ​)

-M ຄັ້ງທໍາອິດ
ໃຊ້ FASTA: ຖັນທີ່ມີ residue ໃນລໍາດັບທີ 1 ແມ່ນສະຖານະທີ່ກົງກັນ

-M [0,100]
ໃຊ້ FASTA: ຖັນທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງໜ້ອຍກວ່າ X% ແມ່ນສະຖານະທີ່ກົງກັນ

-ແທັກ ບໍ່ເຮັດໃຫ້ເປັນກາງ His-, C-myc-, FLAG-tags, ແລະລໍາດັບການຮັບຮູ້ trypsin ກັບ
ການແຜ່ກະຈາຍພື້ນຖານ

Pseudocount (ຄອມພິວເຕີ) ຕົວເລືອກ:
- pcm 0-2 ຕຳແໜ່ງການເພິ່ງພາອາໄສຂອງເຄື່ອງປະສົມ 'tau' (PC mode, default=2)

0: ບໍ່ມີການນັບ pseudo:
tau = 0

1: ຄົງທີ່
tau = ກ

2: diversity-dependent: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: ຈຳນວນຂອງ
seqs ທີ່ມີປະສິດທິພາບໃນ MSA ທ້ອງຖິ່ນປະມານຖັນ i) 3: pseudocounts ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຄົງທີ່

-pca [0,1​] ການ​ປະ​ສົມ pseudocount ໂດຍ​ລວມ (def=1.0​)

-pcb [1,inf[ Neff threshold value for - pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] extinction exponent c ສໍາລັບ - pcm 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
PREFILTER pseudocount admixture (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ PREFILTER threshold ສໍາລັບ Neff (def=1.8)

ບໍລິບົດສະເພາະ pseudo-ນັບ:
- nocontxt
ໃຊ້ substitution-matrix ແທນ pseudocounts ສະເພາະບໍລິບົດ

- ຕິດຕໍ່ ໄຟລ໌ບໍລິບົດສຳລັບການຄິດໄລ່ pseudocounts ສະເພາະບໍລິບົດ
(default=./data/context_data.lib)

-cslib
ໄຟລ໌ສະຖານະຖັນສຳລັບການກັ່ນຕອງຖານຂໍ້ມູນໄວ (default=./data/cs219.lib)

Gap ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ ຕົວເລືອກ:
-gapb [0,inf[
Transition pseudocount admixture (def=1.00)

-gapd [0,inf[
Transition pseudocount admixture ສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງເປີດ (default=0.15)

- ຊ່ອງຫວ່າງ [0,1.5]
Transition pseudocount admixture ສໍາລັບຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ (def=1.00)

-gapf ]0,inf]
ປັດ​ໄຈ​ທີ່​ຈະ​ເພີ່ມ / ຫຼຸດ​ຜ່ອນ​ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ການ​ລົງ​ໂທດ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ລົບ (def=0.60​)

-gapg ]0,inf]
ປັດ​ໄຈ​ທີ່​ຈະ​ເພີ່ມ / ຫຼຸດ​ຜ່ອນ​ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ການ​ລົງ​ໂທດ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ແຊກ (def=0.60​)

- ຊ່ອງຫວ່າງ ]0,inf]
ປັດ​ໄຈ​ທີ່​ຈະ​ເພີ່ມ​ຂຶ້ນ / ຫຼຸດ​ຜ່ອນ​ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ຂະ​ຫຍາຍ​ການ​ລົງ​ໂທດ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ລົບ (def=0.60​)

-gapi ]0,inf]
ປັດ​ໄຈ​ທີ່​ຈະ​ເພີ່ມ / ຫຼຸດ​ຜ່ອນ​ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ຂະ​ຫຍາຍ​ການ​ລົງ​ໂທດ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ໃສ່ (def=0.60​)

-egq [0,inf[ການລົງໂທດ (ບິດ) ສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງສິ້ນສຸດສອດຄ່ອງກັບການສອບຖາມ residues (def=0.00)

-ເຊັ່ນ [0,inf[ການລົງໂທດ (ບິດ) ສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງສິ້ນສຸດທີ່ສອດຄ່ອງກັນກັບ template residues (def=0.00)

ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ ຕົວເລືອກ:
- ໂລກ/-loc
ຮູບແບບການຈັດຕຳແໜ່ງທົ່ວໂລກ ຫຼືທ້ອງຖິ່ນ (def=global)

-mac ໃຊ້ການຈັດຮຽງຄວາມຖືກຕ້ອງສູງສຸດ (MAC) ແທນ Viterbi

-mact [0,1]
ເກນ prob ດ້ານຫຼັງສຳລັບການຈັດຮຽງ MAC (def=0.350)

-sto
ໃຊ້ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງ stochastic ທົ່ວໂລກເພື່ອຍົກຕົວຢ່າງການຈັດລຽງຫຼາຍອັນນີ້

-sc ຄະແນນອາຊິດ amino (tja: ແມ່ແບບ HMM ຢູ່ຖັນ j) (def=1)

0 = log2 Sum(tja*qia/pa) (pa: ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ aa)

1 = log2 Sum(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta))

2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: av. aa freqs ໃນແມ່ແບບ)

3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa: av. aa freqs in query)

-corr [0,1]
ນ້ ຳ ໜັກ ຂອງໄລຍະການພົວພັນຄູ່ (def=0.10)

- ປ່ຽນ [-1,1]
ຄະແນນຊົດເຊີຍ (def=-0.030)

-r ການກໍານົດຊໍ້າຄືນ: ການຕີຫຼາຍຄັ້ງບໍ່ໄດ້ຖືກປະຕິບັດວ່າເປັນເອກະລາດ

-ssm 0-2 0: ບໍ່ມີຄະແນນ ss [default=2]

1:ss ຄະແນນຫຼັງຈາກການຈັດຮຽງ 2:ss ຄະແນນໃນລະຫວ່າງການຈັດຮຽງ

-ssw [0,1] ນ້ຳໜັກຂອງຄະແນນ ss ທຽບກັບຄະແນນຖັນ (def=0.11)

-ssa [0,1] ss confusion matrix = (1-ssa)*I + ssa*psipred-confusion-matrix [def=1.00)

- ສະຫງົບ 0​-3
ການ​ສອບ​ທຽບ​ຄະ​ແນນ empirical ຂອງ 0​: ສອບ​ຖາມ 1​: ແມ່​ແບບ 2​: ທັງ​ສອງ (def=off​)

ຕົວເລືອກເລີ່ມຕົ້ນສາມາດຖືກລະບຸໄວ້ໃນ './.hhdefaults' ຫຼື '~/.hhdefaults'

ໃຊ້ hhalign ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net