ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ hmm2align ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
hmm2align - ຈັດລໍາດັບໄປຫາໂປຣໄຟລ໌ HMM
ສະຫຼຸບສັງລວມ
hmm2align [ທາງເລືອກ] hmm2file seqfile
ລາຍລະອຽດ
hmm2align ອ່ານໄຟລ໌ HMM ຈາກ hmmfile ແລະຊຸດຂອງລໍາດັບຈາກ seqfile, ສອດຄ່ອງ
ລຳດັບໄປຫາໂປຣໄຟລ໌ HMM, ແລະສົ່ງຜົນການຈັດຮຽງລຳດັບຫຼາຍອັນ.
seqfile ອາດຈະຢູ່ໃນຮູບແບບໄຟລ໌ທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງ ຫຼືສອດຄ່ອງຕາມທີ່ຍອມຮັບໂດຍ HMMER. ຖ້າມັນຢູ່ໃນ ກ
ການຈັດຮຽງຫຼາຍຮູບແບບ (ເຊັ່ນ: Stockholm, MSF, SELEX, ClustalW), ການຈັດວາງທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ
ແມ່ນຖືກລະເລີຍ (ເຊັ່ນ: ລໍາດັບຖືກອ່ານຄືກັບວ່າພວກມັນບໍ່ສອດຄ່ອງ - hmm2align ຈະຈັດຮຽງ.
ເຂົາເຈົ້າຕາມທີ່ມັນຕ້ອງການ).
OPTIONS
-h ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອໂດຍຫຍໍ້; ປະກອບມີຈໍານວນສະບັບແລະສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກທັງຫມົດ, ລວມທັງ
ທາງເລືອກຜູ້ຊ່ຽວຊານ.
-m ຮວມຢູ່ໃນການຈັດຮຽງພຽງແຕ່ສັນຍາລັກເຫຼົ່ານັ້ນທີ່ສອດຄ່ອງກັບລັດທີ່ກົງກັນ. ຢ່າສະແດງ
ສັນຍາລັກທີ່ຖືກມອບຫມາຍໃຫ້ໃສ່ລັດ.
-o ບັນທຶກການຈັດຮຽງໃສ່ໄຟລ໌ ແທນທີ່ຈະເປັນຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ.
-q ງຽບ; ສະກັດກັ້ນຜົນຜະລິດທັງຫມົດຍົກເວັ້ນການຈັດຕໍາແຫນ່ງຂອງມັນເອງ. ທີ່ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບທໍ່ຫຼື
redirecting ຜົນຜະລິດ.
EXPERT OPTIONS
-- ຂໍ້ມູນ
ຢືນຢັນວ່າການປ້ອນຂໍ້ມູນ seqfile ຢູ່ໃນຮູບແບບ ; ຢ່າໃຊ້ຮູບແບບ Babelfish
ອັດຕະໂນມັດ. ນີ້ເພີ່ມຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືຂອງໂຄງການບາງຢ່າງ, ເນື່ອງຈາກວ່າ
Babelfish ສາມາດເຮັດຜິດພາດ; ແນະນໍາໂດຍສະເພາະແມ່ນສໍາລັບການບໍ່ໄດ້ຮັບການດູແລສູງ,
ແລ່ນຜ່ານ HMMER. ສະຕຣິງຮູບແບບທີ່ຖືກຕ້ອງລວມມີ FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL, ແລະ PHYLIP. ເບິ່ງຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້ສໍາລັບ a
ບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນ.
--mapali
ອ່ານການຈັດຮຽງຈາກໄຟລ໌ ແລະຈັດວາງມັນເປັນວັດຖຸດຽວກັບ HMM; ຕົວຢ່າງ
ການສອດຄ່ອງໃນ ແມ່ນໄດ້ຮັບການສ້ອມແຊມ. ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ທ່ານຈັດລໍາດັບກັບຕົວແບບ
ກັບ hmm2align ແລະເບິ່ງພວກມັນຢູ່ໃນບໍລິບົດຂອງຫຼາຍທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້ທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ
ການຈັດວາງ. ການຈັດວາງການສອດຄ່ອງແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍ "ແຜນທີ່" ທີ່ເກັບໄວ້ໃນ HMM,
ແລະດັ່ງນັ້ນແມ່ນໄວແລະຮັບປະກັນໃຫ້ສອດຄ່ອງກັບວິທີການກໍ່ສ້າງ HMM
ຈາກການຈັດຕັ້ງ. ການຈັດລໍາດັບໃນໄຟລ໌ ຕ້ອງສອດຄ່ອງກັນແທ້
ທີ່ HMM ໄດ້ຖືກສ້າງຂຶ້ນຈາກ. ປຽບທຽບ --withali ທາງເລືອກ.
--oneline
ສົ່ງຜົນການຈັດຮຽງດ້ວຍໜຶ່ງແຖວຕໍ່ລຳດັບ, ແທນທີ່ຈະເປັນການແຊກແຊງ
ຕັນການຈັດລໍາດັບ. ມີຜົນກະທົບພຽງແຕ່ຜົນຜະລິດຮູບແບບ Stockholm.
-- ຮູບແບບ
ສົ່ງຜົນການຈັດຮຽງໃນຮູບແບບ . ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຮູບແບບສະຕັອກໂຮມ. ຮູບແບບທີ່ຖືກຕ້ອງ
ລວມມີສະຕັອກໂຮມ, SELEX, MSF, Clustal, Phylip, ແລະ A2M.
--withali
ອ່ານການຈັດຮຽງຈາກໄຟລ໌ ແລະຈັດວາງມັນເປັນວັດຖຸດຽວກັບ HMM; ຕົວຢ່າງ
ການສອດຄ່ອງໃນ ແມ່ນໄດ້ຮັບການສ້ອມແຊມ. ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ທ່ານຈັດລໍາດັບກັບຕົວແບບ
ກັບ hmm2align ແລະເບິ່ງພວກມັນຢູ່ໃນບໍລິບົດຂອງຫຼາຍທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້ທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ
ການຈັດວາງ. ການຈັດລຽງຂອງການຈັດລຽງແມ່ນເຮັດດ້ວຍ heuristic (nonoptimal)
ຂັ້ນຕອນການດໍາເນີນໂຄງການແບບເຄື່ອນໄຫວ, ຊຶ່ງອາດຈະຊ້າບາງຢ່າງແລະບໍ່ໄດ້ຮັບປະກັນ
ສອດຄ່ອງຢ່າງສົມບູນກັບວິທີການກໍ່ສ້າງ HMM (ເຖິງແມ່ນວ່າມັນຄວນຈະເປັນ
ຂ້ອນຂ້າງໃກ້ຊິດ). ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃດສາມາດນໍາໃຊ້, ບໍ່ພຽງແຕ່ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່
HMM ຖືກສ້າງຂຶ້ນຈາກ. ປຽບທຽບ --mapali ທາງເລືອກ.
ໃຊ້ hmm2align ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net