ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ hmmer2 ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
HMMER - ໂປຼແກຼມຕົວແບບ Markov ທີ່ເຊື່ອງໄວ້ profile
ສະຫຼຸບສັງລວມ
hmm2align
ຈັດຮຽງລຳດັບຫຼາຍອັນໃສ່ໂປຣໄຟລ໌ HMM.
hmm2build
ສ້າງໂປຣໄຟລ໌ HMM ຈາກການຈັດຮຽງລຳດັບຫຼາຍອັນ.
hmm2calibrate
ກຳນົດຕົວກໍານົດຄວາມສຳຄັນທາງສະຖິຕິທີ່ເໝາະສົມສຳລັບໂປຣໄຟລ໌ HMM ກ່ອນ
ເພື່ອດໍາເນີນການຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນ.
hmm2 ແປງ
ປ່ຽນໂປຣໄຟລ໌ HMMER HMMs ໃຫ້ເປັນຮູບແບບອື່ນ ເຊັ່ນ: ໂປຣໄຟລ໌ GCG.
hmm2emit
ສ້າງລໍາດັບຕາມຄວາມເປັນໄປໄດ້ຈາກໂປຣໄຟລ໌ HMM.
hmm2fetch
ດຶງຂໍ້ມູນ HMM ຈາກຖານຂໍ້ມູນ HMM
hmm2index
ສ້າງດັດຊະນີ SSI binary ສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນ HMM
hmm2pfam
ຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນ HMM ຂໍ້ມູນທີ່ມີລໍາດັບ (ເຊັ່ນ: ການອະທິບາຍປະເພດຕ່າງໆຂອງ
ໂດເມນໃນລໍາດັບການສອບຖາມ).
hmm2search
ຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບທີ່ມີ profile HMM (ie, ຊອກຫາ homologues ເພີ່ມເຕີມຂອງ
ຄອບຄົວຕົວແບບ).
ລາຍລະອຽດ
ໂປຣແກຣມເຫຼົ່ານີ້ໃຊ້ຕົວແບບ Markov ທີ່ເຊື່ອງໄວ້ໂປຣໄຟລ໌ (ໂປຣໄຟລ໌ HMMs) ເພື່ອສ້າງແບບຈໍາລອງຫຼັກ
ໂຄງສ້າງເປັນເອກະສັນກັນຂອງຄອບຄົວຂອງທາດໂປຼຕີນ ຫຼືອາຊິດນິວຄລີອິກຕາມລໍາດັບ.
OPTIONS
ທັງຫມົດ ຮຳເມີ ບັນດາໂຄງການໃຫ້ບົດສະຫຼຸບສັ້ນໆຂອງ syntax ເສັ້ນຄໍາສັ່ງຂອງພວກເຂົາແລະທາງເລືອກຖ້າ
ຮຽກຮ້ອງໂດຍບໍ່ມີການໂຕ້ຖຽງໃດໆ. ເມື່ອຖືກຮຽກຮ້ອງດ້ວຍການໂຕ້ຖຽງດຽວ, -h (ie, ຊ່ວຍ), ກ
ໂປລແກລມຈະລາຍງານຂໍ້ມູນການໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ verbose ຫຼາຍ, ລວມທັງບໍ່ຄ່ອຍໄດ້ໃຊ້,
ທາງເລືອກໃນການທົດລອງ, ແລະຜູ້ຊ່ຽວຊານ. -h ຈະລາຍງານຕົວເລກສະບັບທີ່ມີປະໂຫຍດຖ້າທ່ານ
ຕ້ອງການລາຍງານຂໍ້ຜິດພາດ ຫຼືບັນຫາກັບຂ້ອຍ.
ແຕ່ລະຄົນ ຮຳເມີ ໂປລແກລມມີຫນ້າຜູ້ຊາຍຂອງຕົນເອງສະຫຼຸບໂດຍຫຍໍ້ກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ. ມີ
ຍັງເປັນຄູ່ມືຂອງຜູ້ໃຊ້ທີ່ມາພ້ອມກັບການແຈກຢາຍຊອບແວ, ເຊິ່ງລວມມີການສອນ
ການແນະນຳ ແລະ ລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມຂອງໂປຣແກຣມ.
ເບິ່ງ http://hmmer.janelia.org/ ສໍາລັບເອກະສານອອນໄລນ໌ແລະການປ່ອຍ HMMER ໃນປັດຈຸບັນ.
ໂດຍທົ່ວໄປ, ບໍ່ມີທາງເລືອກໃນແຖວຄໍາສັ່ງຄວນຈະຕ້ອງການໂດຍຜູ້ໃຊ້ເລີ່ມຕົ້ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
ຕັ້ງຄ່າສໍາລັບການປະຕິບັດທີ່ດີທີ່ສຸດໃນສະຖານະການສ່ວນໃຫຍ່. ຕົວເລືອກທີ່ເປັນຕົວພິມນ້ອຍດຽວ
ຕົວອັກສອນ (ຕົວຢ່າງ -a ) ແມ່ນທາງເລືອກ "ທົ່ວໄປ" ທີ່ຄາດວ່າຈະຖືກນໍາໃຊ້ເລື້ອຍໆແລະຈະ
ມີຄວາມສໍາຄັນໃນຫຼາຍຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ. ຕົວເລືອກທີ່ເປັນຕົວພິມໃຫຍ່ດຽວ (ຕົວຢ່າງ -B )
ປົກກະຕິແລ້ວແມ່ນທາງເລືອກທົ່ວໄປຫນ້ອຍ, ແຕ່ຍັງອາດຈະມີຄວາມສໍາຄັນໃນບາງຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ. ທາງເລືອກ
ນັ້ນແມ່ນຄໍາສັບເຕັມ (ຕົວຢ່າງ -- verbose ) ແມ່ນບໍ່ຄ່ອຍໄດ້ໃຊ້, ທົດລອງ, ຫຼືຜູ້ຊ່ຽວຊານ
ທາງເລືອກ. ທາງເລືອກການທົດລອງບາງຢ່າງມີພຽງແຕ່ມີສໍາລັບການທົດລອງຕໍ່ເນື່ອງຂອງຂ້າພະເຈົ້າເອງທີ່ມີ
HMMER, ແລະອາດຈະບໍ່ໄດ້ຮັບການສະຫນັບສະຫນູນຫຼືເອກະສານຢ່າງພຽງພໍ.
ລໍາດັບ ເອກະສານ ຮູບແບບ
ໂດຍທົ່ວໄປ, ຮຳເມີ ພະຍາຍາມອ່ານຮູບແບບໄຟລ໌ລໍາດັບຊີວະພາບທົ່ວໄປທີ່ສຸດ. ມັນ
ກວດຫາຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ໂດຍອັດຕະໂນມັດ. ມັນຍັງກວດຫາອັດຕະໂນມັດວ່າລໍາດັບແມ່ນທາດໂປຼຕີນ
ຫຼືອາຊິດນິວຄລີອິກ. ລະຫັດ degeneracy IUPAC ມາດຕະຖານແມ່ນໄດ້ຮັບອະນຸຍາດນອກເຫນືອຈາກປົກກະຕິ
ລະຫັດ 4 ຕົວອັກສອນ ຫຼື 20 ຕົວອັກສອນ.
ບໍ່ສອດຄ່ອງ ລໍາດັບ
ໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນອາດຈະຢູ່ໃນ FASTA, Swissprot, EMBL, GenBank, PIR,
Intelligenetics, Strider, ຫຼືຮູບແບບ GCG. ຮູບແບບເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນເອກະສານຢູ່ໃນ
ຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້.
ລໍາດັບ ການຈັດວາງ
ການຈັດຮຽງລໍາດັບຫຼາຍອັນອາດຈະຢູ່ໃນຮູບແບບ CLUSTALW, SELEX, ຫຼື GCG MSF. ເຫຼົ່ານີ້
ຮູບແບບຕ່າງໆແມ່ນບັນທຶກໄວ້ໃນຄູ່ມືຜູ້ໃຊ້.
ENVIRONMENT ຄວາມຮັບຜິດຊອບ
ເພື່ອຄວາມສະດວກໃນການນໍາໃຊ້ລໍາດັບຄວາມຫມັ້ນຄົງຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະຖານຂໍ້ມູນ HMM, ຮຳເມີ ຊອກຫາໄຟລ໌ລໍາດັບ
ແລະໄຟລ໌ HMM ໃນໄດເລກະທໍລີທີ່ເຮັດວຽກໃນປະຈຸບັນເຊັ່ນດຽວກັນກັບຢູ່ໃນລະບົບລະບົບທີ່ລະບຸໄວ້
ໂດຍຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ.
BLASTDB
ລະບຸສະຖານທີ່ໄດເລກະທໍລີຂອງຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ. ຕົວຢ່າງ: /seqlibs/blast-
db/. ໃນການຕິດຕັ້ງທີ່ໃຊ້ຊອບແວ BLAST, ການປ່ຽນແປງສະພາບແວດລ້ອມນີ້ແມ່ນເປັນໄປໄດ້
ທີ່ຈະກໍານົດໄວ້ແລ້ວ.
HMMERDB
ລະບຸທີ່ຢູ່ໄດເລກະທໍລີຂອງຖານຂໍ້ມູນ HMM. ຕົວຢ່າງ: /seqlibs/pfam/.
ໃຊ້ hmmer2 ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
