ipdSummary - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

ipdSummary - ກວດຫາການດັດແປງພື້ນຖານ DNA ຈາກລາຍເຊັນ kinetic.

ລາຍລະອຽດ

kineticsເຄື່ອງ​ມື​ໂຫຼດ IPDs ທີ່​ສັງ​ເກດ​ຢູ່​ໃນ​ແຕ່​ລະ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ໃນ genome​, ແລະ​ປຽບ​ທຽບ IPDs ເຫຼົ່າ​ນັ້ນ
ເພື່ອປະເມີນມູນຄ່າທີ່ຄາດໄວ້ສໍາລັບ DNA ທີ່ບໍ່ໄດ້ຮັບການປັບປຸງ, ແລະຜົນໄດ້ຮັບຂອງການທົດສອບສະຖິຕິນີ້.
ຄ່າ IPD ທີ່ຄາດໄວ້ສໍາລັບ DNA ທີ່ບໍ່ໄດ້ດັດແປງສາມາດມາຈາກທັງສອງອັນ ໃນຊິລິໂກ ການຄວບຄຸມ or an
ຂະຫຍາຍໃຫຍ່ຂື້ນ ການຄວບຄຸມ. ໃນການຄວບຄຸມ silico ແມ່ນການຝຶກອົບຮົມໂດຍ PacBio ແລະສົ່ງກັບ
ຊຸດ. ມັນຄາດຄະເນຄາດຄະເນ IPD ໂດຍໃຊ້ສະພາບການລໍາດັບທ້ອງຖິ່ນປະມານປະຈຸບັນ
ຕໍາ​ແຫນ່ງ​. ຊຸດຂໍ້ມູນການຄວບຄຸມທີ່ຂະຫຍາຍໃຫຍ່ຂື້ນແມ່ນສ້າງຂື້ນໂດຍການຈັດລໍາດັບ DNA ທີ່ບໍ່ໄດ້ຮັບການແກ້ໄຂດ້ວຍ
ລໍາດັບດຽວກັນກັບຕົວຢ່າງການທົດສອບ. ຕົວ​ຢ່າງ​ການ​ຄວບ​ຄຸມ​ການ​ຂະ​ຫຍາຍ​ໂດຍ​ປົກ​ກະ​ຕິ​ແມ່ນ​ຜະ​ລິດ​ໂດຍ
ການຂະຫຍາຍພັນທຸກໍາຂອງຕົວຢ່າງຕົ້ນສະບັບ.

ການດັດແກ້ ການຄົ້ນພົບ
ຮູບແບບພື້ນຖານຂອງ kineticsTools ເຮັດການປຽບທຽບເອກະລາດຂອງ IPDs ໃນແຕ່ລະຕໍາແຫນ່ງເທິງ
genome, ສໍາລັບແຕ່ລະ strand, ແລະປ່ອຍສະຖິຕິຕ່າງໆໃຫ້ກັບ CSV ແລະ GFF (ຫຼັງຈາກນໍາໃຊ້ a
ການກັ່ນຕອງຄວາມສໍາຄັນ).

ການດັດແປງ ຕົວ
kineticsເຄື່ອງ​ມື ຍັງ ມີ a ການດັດແກ້ ຕົວ ຮູບແບບການ ທີ່ ສາມາດເຮັດໄດ້ ຖອດລະຫັດ ຫຼາຍເວັບໄຊ IPD
'ລາຍນິ້ວມື' ເຂົ້າໄປໃນ a ລົດລົງ ທີ່ກໍານົດໄວ້ of ໂທ of ສະເພາະ ການດັດແປງ. ນີ້ ຄຸນນະສົມບັດ ມີ ໄດ້
ດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້ ຜົນປະໂຫຍດ:

· ການ​ດັດ​ແກ້​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​ທີ່​ເກີດ​ຂຶ້ນ​ໃນ​ຖານ​ດຽວ​ກັນ​ສາ​ມາດ​ຈໍາ​ແນກ (ສໍາ​ລັບ​ການ​
ຕົວຢ່າງ m5C ແລະ m4C)

· ສັນ​ຍານ​ຈາກ​ການ​ດັດ​ແກ້​ຫນຶ່ງ​ແມ່ນ​ລວມ​ເຂົ້າ​ເປັນ​ສະ​ຖິ​ຕິ​ຫນຶ່ງ​, ການ​ປັບ​ປຸງ​
ຄວາມອ່ອນໄຫວ, ເອົາຈຸດສູງສຸດພິເສດອອກ, ແລະວາງສາຍໂທຢ່າງຖືກຕ້ອງ

OPTIONS

ກະລຸນາໂທຫາໂຄງການນີ້ກັບ - ຊ່ວຍ ເພື່ອເບິ່ງຕົວເລືອກທີ່ມີຢູ່.

ອັລເກີຣິດ

synthetic ການຄວບຄຸມ
ການສຶກສາກ່ຽວກັບຄວາມສໍາພັນລະຫວ່າງ IPD ແລະລໍາດັບເຫດການເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນວ່າຫຼາຍທີ່ສຸດ
ການປ່ຽນແປງຂອງ IPD ສະເລ່ຍໃນທົ່ວ genome ສາມາດຄາດຄະເນໄດ້ຈາກ 12-base context ລໍາດັບ.
ອ້ອມຮອບສະຖານທີ່ເຄື່ອນໄຫວຂອງ DNA polymerase. ຂອບເຂດຂອງສະພາບການທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ
ປ່ອງ​ຢ້ຽມ​ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ​ປ່ອງ​ຢ້ຽມ​ຂອງ DNA ໃນ​ການ​ພົວ​ພັນ​ກັບ polymerase ໄດ້​, ດັ່ງ​ທີ່​ເຫັນ​ຢູ່​ໃນ​
ໂຄງສ້າງຜລຶກ DNA/polymerase. ເພື່ອເຮັດໃຫ້ຂະບວນການຊອກຫາການດັດແປງ DNA ງ່າຍຂຶ້ນ
ດ້ວຍຂໍ້ມູນ PacBio, ເຄື່ອງມືປະກອບມີຕາຕະລາງການຊອກຫາທີ່ຜ່ານການຝຶກອົບຮົມກ່ອນການສ້າງແຜນທີ່ 12-mer DNA
ລໍາດັບຫມາຍເຖິງ IPD ທີ່ສັງເກດເຫັນໃນ C2 ເຄມີ.

ການກັ່ນຕອງ ແລະ Trimming
kineticsTools ໃຊ້ Mapping QV ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ BLASR ແລະເກັບໄວ້ໃນໄຟລ໌ cmp.h5 ເພື່ອ
ບໍ່ສົນໃຈການອ່ານທີ່ບໍ່ໄດ້ວາງແຜນໄວ້ຢ່າງໝັ້ນໃຈ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງການສ້າງແຜນທີ່ຂັ້ນຕ່ໍາ QV ທີ່ຕ້ອງການແມ່ນ
10, ຫມາຍຄວາມວ່າ BLASR ມີ 90\% ໝັ້ນ​ໃຈ​ວ່າ​ການ​ອ່ານ​ນັ້ນ​ຖືກ​ຕັ້ງ​ໄວ້​ຢ່າງ​ຖືກ​ຕ້ອງ. ເພາະ​ວ່າ
ຂອບເຂດຂອງຄວາມຍາວອ່ານທີ່ມີຢູ່ໃນ PacBio data ນີ້ສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ໃນການນໍາໃຊ້
--mapQvThreshold argument ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ, ຫຼືຜ່ານກ່ອງໂຕ້ຕອບການຕັ້ງຄ່າ SMRTPportal ສໍາລັບ
ການ​ກວດ​ສອບ​ການ​ດັດ​ແກ້​.

ມີລັກສະນະບາງຢ່າງຂອງຂໍ້ມູນ PacBio ທີ່ຕ້ອງການຄວາມສົນໃຈເປັນພິເສດເພື່ອບັນລຸໄດ້
ປະສິດທິພາບການກວດສອບການດັດແປງທີ່ດີ. kineticsເຄື່ອງ​ມື​ກວດ​ກາ​ຄວາມ​ສອດ​ຄ່ອງ​ລະ​ຫວ່າງ​
ພື້ນຖານທີ່ສັງເກດເຫັນແລະລໍາດັບການອ້າງອິງ - ເພື່ອໃຫ້ການວັດແທກ IPD ເປັນ
ລວມຢູ່ໃນການວິເຄາະ, ລໍາດັບການອ່ານ PacBio ຕ້ອງກົງກັບລໍາດັບອ້າງອີງສໍາລັບ k
ອ້ອມຮອບຖານຂອງສະຫມອງ. ໃນໂມດູນປະຈຸບັນ k = 1 ການແຜ່ກະຈາຍ IPD ຢູ່ໃນບາງທ້ອງຖິ່ນ
ຄິດວ່າເປັນການປະສົມລະຫວ່າງຂະບວນການລວມ 'ປົກກະຕິ' IPD, ເຊິ່ງມີຄວາມອ່ອນໄຫວ
ກັບບໍລິບົດລໍາດັບທ້ອງຖິ່ນແລະການດັດແກ້ DNA ແລະຂະບວນການ 'ຢຸດ' ທີ່ປົນເປື້ອນ
IPD ທີ່ມີໄລຍະເວລາດົນກວ່າຫຼາຍ (ຫມາຍຄວາມວ່າ > 10x ຍາວກວ່າປົກກະຕິ), ແຕ່ບໍ່ຄ່ອຍເກີດຂຶ້ນ
(~1% ຂອງ IPD). ໝາຍເຫດ: ຄວາມເຂົ້າໃຈຂອງພວກເຮົາໃນປັດຈຸບັນແມ່ນວ່າການຢຸດຊົ່ວຄາວບໍ່ໄດ້ເປັນປະໂຫຍດ
ຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບສະຖານະ methylation ຂອງ DNA, ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ການວິເຄາະລະມັດລະວັງຫຼາຍອາດຈະເປັນ
ຮັບປະກັນ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າການດັດແກ້ທີ່ເພີ່ມຂຶ້ນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍປະມານ 1% ຂອງ
IPDs ທີ່ສັງເກດເຫັນແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນໂດຍເຫດການຢຸດຊົ່ວຄາວ. Capping ສັງເກດເຫັນ IPDs ຢູ່ທີ່ 99 ທົ່ວໂລກ
ເປີເຊັນແມ່ນກະຕຸ້ນໂດຍທິດສະດີຈາກການທົດສອບສົມມຸດຕິຖານທີ່ເຂັ້ມແຂງ. ບາງເນື້ອໃນລໍາດັບ
ອາດຈະມີ IPD ທີ່ຍາວກວ່າຕາມທໍາມະຊາດ, ເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການເກັບຂໍ້ມູນຫຼາຍເກີນໄປໃນສະພາບການເຫຼົ່ານັ້ນ, ຫລວງ
ເກນຖືກປັບຕາມບໍລິບົດດັ່ງນີ້: capThreshold = ສູງສຸດ(global99,
5*ແບບການຄາດເດົາ, ເປີເຊັນ(ipdObservations, 75))

ສະຖິຕິ ການທົດສອບ
ພວກເຮົາທົດສອບສົມມຸດຕິຖານທີ່ IPDs ສັງເກດເຫັນຢູ່ໃນສະຖານທີ່ສະເພາະໃດຫນຶ່ງໃນຕົວຢ່າງມີ a
ຫມາຍຄວາມວ່າຍາວກວ່າ IPDs ທີ່ສັງເກດເຫັນຢູ່ໃນສະຖານທີ່ດຽວກັນໃນ DNA ທີ່ບໍ່ໄດ້ຮັບການປັບປຸງ. ຖ້າພວກເຮົາສ້າງ
ຊຸດຂໍ້ມູນການຂະຫຍາຍພັນທຸກຳທັງໝົດ, ເຊິ່ງເອົາການດັດແປງ DNA, ພວກເຮົາໃຊ້ຕົວຄວບຄຸມກໍລະນີ,
t-test ສອງຕົວຢ່າງ. ເຄື່ອງມືນີ້ຍັງສະຫນອງຕົວແບບ 'ການຄວບຄຸມສັງເຄາະ' ທີ່ໄດ້ກໍານົດໄວ້ກ່ອນ
ເຊິ່ງຄາດຄະເນ IPD ທີ່ບໍ່ມີການດັດແກ້, ໃຫ້ບໍລິບົດ 12 ລຳດັບພື້ນຖານ. ໃນສັງເຄາະ
ກໍລະນີຄວບຄຸມພວກເຮົາໃຊ້ t-test ຕົວຢ່າງດຽວ, ດ້ວຍການປັບຕົວເພື່ອບັນຊີສໍາລັບຄວາມຜິດພາດໃນ
ຮູບແບບການຄວບຄຸມສັງເຄາະ.

ການນໍາເຂົ້າ

aligned_reads.cmp.h5
ໄຟລ໌ cmp.h5 ມາດຕະຖານມີການຈັດຮຽງ ແລະຂໍ້ມູນ IPD ສະໜອງຂໍ້ມູນ kinetic
ໃຊ້ເພື່ອປະຕິບັດການກວດສອບການດັດແກ້. ໄຟລ໌ cmp.h5 ມາດຕະຖານຂອງວຽກ SMRTportal ແມ່ນ
data/aligned_read.cmp.h5.

ກະສານອ້າງອີງ ລໍາດັບ
ເຄື່ອງມືຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີລໍາດັບການອ້າງອິງທີ່ໃຊ້ເພື່ອປະຕິບັດການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ໃນປັດຈຸບັນນີ້ຕ້ອງ
ສະໜອງໃຫ້ຜ່ານເສັ້ນທາງໄປຫາບ່ອນເກັບຂໍ້ມູນອ້າງອີງ SMRTportal.

OUTPUTS

ເຄື່ອງ​ມື​ການ​ກວດ​ສອບ​ການ​ດັດ​ແກ້​ໃຫ້​ຜົນ​ໄດ້​ຮັບ​ໃນ​ຫຼາຍ​ຮູບ​ແບບ​ທີ່​ເຫມາະ​ສົມ​ສໍາ​ລັບ​ການ​
ການ​ວິ​ເຄາະ​ສະ​ຖິ​ຕິ​ໃນ​ຄວາມ​ເລິກ​, ກະ​ສານ​ອ້າງ​ອີງ​ໄວ​, ແລະ​ການ​ສົມ​ບູນ​ໂດຍ​ເຄື່ອງ​ມື​ການ​ສ້າງ​ພາບ​
ເຊັ່ນ PacBio SMRTView. ຜົນໄດ້ຮັບໂດຍທົ່ວໄປແມ່ນຖືກດັດສະນີໂດຍຕໍາແຫນ່ງອ້າງອີງແລະ
ສາຍອ້າງອີງ. ໃນທຸກໆກໍລະນີ, ມູນຄ່າຂອງສາຍພັນຫມາຍເຖິງສາຍພັນທີ່ຖື
ການປ່ຽນແປງໃນຕົວຢ່າງ DNA. ຈື່ໄວ້ວ່າຜົນກະທົບ kinetic ຂອງການດັດແປງແມ່ນ
ສັງເກດເຫັນຢູ່ໃນລໍາດັບການອ່ານທີ່ສອດຄ່ອງກັບສາຍກົງກັນຂ້າມ. ດັ່ງ​ນັ້ນ​ການ​ອ່ານ​ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ​
strand ໃນ​ທາງ​ບວກ​ນໍາ​ເອົາ​ຂໍ້​ມູນ​ຂ່າວ​ສານ​ກ່ຽວ​ກັບ​ການ​ດັດ​ແກ້​ກ່ຽວ​ກັບ strand ທາງ​ລົບ​ແລະ​ຮອງ​
ກົງກັນຂ້າມ, ແຕ່ໃນຊຸດເຄື່ອງມືນີ້ພວກເຮົາສະເຫມີລາຍງານ strand ທີ່ປະກອບດ້ວຍ putative ໄດ້
ການດັດແກ້.

modifications.csv
ໄຟລ໌ modifications.csv ປະກອບມີຫນຶ່ງແຖວສໍາລັບແຕ່ລະຄູ່ (ຕໍາແຫນ່ງອ້າງອີງ, strand).
ທີ່ປາກົດຢູ່ໃນຊຸດຂໍ້ມູນທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງຢ່າງຫນ້ອຍ x. x ເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 3, ແຕ່ແມ່ນ
ຕັ້ງຄ່າດ້ວຍທຸງ '--minCoverage' ເປັນ ipdSummary.py. ດັດຊະນີຕໍາແຫນ່ງອ້າງອີງແມ່ນ
1-based ສໍາລັບຄວາມເຂົ້າກັນໄດ້ກັບໄຟລ໌ gff ສະພາບແວດລ້ອມ R.

ຜົນຜະລິດ ຄໍລໍາ
ໃນຊິລິໂກ ການຄວບຄຸມ ຮູບແບບການ

┌──────────────────────────────────────────── ──┐
│ຖັນ │ ຄຳອະທິບາຍ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│refId │ ID ລຳດັບການອ້າງອີງຂອງ │ ນີ້
│ │ ການສັງເກດ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│tpl │ ຕຳແໜ່ງແມ່ແບບທີ່ອີງໃສ່ 1 │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│strand │ strand ຕົວຢ່າງເດີມທີ່ │
│ │ kinetics ຖືກສ້າງຂຶ້ນ. '0' ແມ່ນ │
│ │ ສາຍຂອງຕົ້ນສະບັບ │
│ │ FASTA, '1' ແມ່ນສາຍກົງກັນຂ້າມ │
│ │ ຈາກ FASTA │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│base │ ຖານ cognate ຢູ່ນີ້ │
│ │ ຕໍາແໜ່ງໃນການອ້າງອີງ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│score │ Phred-transformed pvalue ເປັນ │
│ │ ການບ່ຽງເບນ kinetic ມີຢູ່ໃນນີ້ │
│ │ ຕໍາແໜ່ງ │
└──────────────────────────────────────────── ──┘

│tMean │ ຄ່າສະເລ່ຍຂອງ IPD ປົກກະຕິ │
│ │ ສັງເກດຢູ່ຕຳແໜ່ງນີ້ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│tErr │ ຂໍ້ຜິດພາດມາດຕະຖານຂອງ │
│ │ IPD ປົກກະຕິທີ່ສັງເກດເຫັນຢູ່ນີ້ │
│ │ ຕໍາແໜ່ງ (ມາດຕະຖານບ່ຽງເບນ / │
│ │ sqrt(ກວມເອົາ) │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│modelPrediction │ normalized mean IPD ຄາດຄະເນໂດຍ │
│ │ ຮູບແບບການຄວບຄຸມສັງເຄາະສຳລັບ │
│ │ ລຳດັບນີ້ບໍລິບົດ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│ipdRatio │ tMean / modelPrediction │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│ການຄຸ້ມຄອງ │ ຈຳນວນ IPD ທີ່ຖືກຕ້ອງຢູ່ນີ້ │
ຕໍາແໜ່ງ │ │ (ເບິ່ງພາກການກັ່ນຕອງ │
│ │ ສຳລັບລາຍລະອຽດ) │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│frac │ ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ຂອງ​ສ່ວນ​ຫນຶ່ງ​ຂອງ │​
│ │ ໂມເລກຸນທີ່ນຳ │
│ │ ການດັດແກ້ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│fracLow │ 2.5% ຄວາມໝັ້ນໃຈຜູກມັດຂອງ frac │
│ │ ປະມານ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│fracUpp │ 97.5% ຄວາມໝັ້ນໃຈຜູກມັດຂອງ frac │
│ │ ປະມານ │
└──────────────────────────────────────────── ──┘

ການຄວບຄຸມກໍລະນີ ຮູບແບບການ

┌──────────────────────────────────────────── ──┐
│ຖັນ │ ຄຳອະທິບາຍ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│refId │ ID ລຳດັບການອ້າງອີງຂອງ │ ນີ້
│ │ ການສັງເກດ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│tpl │ ຕຳແໜ່ງແມ່ແບບທີ່ອີງໃສ່ 1 │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│strand │ strand ຕົວຢ່າງເດີມທີ່ │
│ │ kinetics ຖືກສ້າງຂຶ້ນ. '0' ແມ່ນ │
│ │ ສາຍຂອງຕົ້ນສະບັບ │
│ │ FASTA, '1' ແມ່ນສາຍກົງກັນຂ້າມ │
│ │ ຈາກ FASTA │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│base │ ຖານ cognate ຢູ່ນີ້ │
│ │ ຕໍາແໜ່ງໃນການອ້າງອີງ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│score │ Phred-transformed pvalue ເປັນ │
│ │ ການບ່ຽງເບນ kinetic ມີຢູ່ໃນນີ້ │
│ │ ຕໍາແໜ່ງ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│caseMean │ ຄ່າສະເລ່ຍຂອງກໍລະນີປົກກະຕິ IPDs │
│ │ ສັງເກດຢູ່ຕຳແໜ່ງນີ້ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│controlMean │ ຄ່າສະເລ່ຍຂອງ IPD ຄວບຄຸມປົກກະຕິ │
│ │ ສັງເກດຢູ່ຕຳແໜ່ງນີ້ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│caseStd │ ຄ່າບ່ຽງເບນມາດຕະຖານຂອງ case IPDs │
│ │ ສັງເກດຢູ່ຕຳແໜ່ງນີ້ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│controlStd │ ການບ່ຽງເບນມາດຕະຖານຂອງການຄວບຄຸມ │
│ │ IPD ທີ່ສັງເກດເຫັນຢູ່ຕຳແໜ່ງນີ້ │
└──────────────────────────────────────────── ──┘

│ipdRatio │ tMean / modelPrediction │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│testStatistic │ t-test ສະຖິຕິ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│ ການຄຸ້ມຄອງ │ ຄ່າສະເລ່ຍຂອງກໍລະນີ ແລະ ການຄວບຄຸມ │
│ │ ການຄຸ້ມຄອງ │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│controlCoverage │ ຈຳນວນຂອງ IPD ຄວບຄຸມທີ່ຖືກຕ້ອງຢູ່ທີ່ │
│ │ ຕໍາແໜ່ງນີ້ (ເບິ່ງ ການກັ່ນຕອງ │
│ │ ພາກສ ຳລັບລາຍລະອຽດ) │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│case Coverage │ ຈຳນວນກໍລະນີ IPD ທີ່ຖືກຕ້ອງຢູ່ │ ນີ້
ຕໍາແໜ່ງ │ │ (ເບິ່ງພາກການກັ່ນຕອງ │
│ │ ສຳລັບລາຍລະອຽດ) │
└──────────────────────────────────────────── ──┘

modifications.gff
modifications.gff ແມ່ນສອດຄ່ອງກັບ GFF Version 3 ສະເພາະ (-
http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml). ແຕ່ລະຕໍາແຫນ່ງແມ່ແບບ / ຄູ່ strand ທີ່
p-value ເກີນ pvalue threshold ປາກົດເປັນແຖວ. ຕໍາແຫນ່ງແມ່ແບບແມ່ນ 1-based,
ຕາມ GFF spec. ຖັນ strand ຫມາຍເຖິງ strand ປະຕິບັດການກວດພົບ
ການ​ດັດ​ແກ້​, ຊຶ່ງ​ເປັນ​ສາຍ​ກົງ​ກັນ​ຂ້າມ​ຈາກ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ເພື່ອ​ກວດ​ສອບ​ການ​ດັດ​ແກ້​. ໄດ້
ຖັນຄວາມເຊື່ອໝັ້ນ GFF ແມ່ນຄ່າກວດຫາທີ່ປ່ຽນເປັນ Phred.

ຫມາຍ​ເຫດ​ on genome ຕົວທ່ອງເວັບ ເຂົ້າກັນໄດ້

ໄຟລ໌ modifications.gff ຈະບໍ່ເຮັດວຽກໂດຍກົງກັບຕົວທ່ອງເວັບຂອງ genome ສ່ວນໃຫຍ່. ເຈົ້າ​ຈະ
ອາດຈະຈໍາເປັນຕ້ອງເຮັດສໍາເນົາຂອງໄຟລ໌ GFF ແລະປ່ຽນຖັນ _seqid_ ຈາກ
ຊື່ 'ref0000x' ທົ່ວໄປທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ PacBio, ໄປຫາສ່ວນຫົວ FASTA ທີ່ມີຢູ່ໃນຕົ້ນສະບັບ
ເອກະສານອ້າງອີງ FASTA. ຕາຕະລາງແຜນທີ່ແມ່ນຂຽນຢູ່ໃນສ່ວນຫົວຂອງ modifications.gff
ຍື່ນໃນ #ສ່ວນຫົວລຳດັບ ແທັກ. ບັນຫານີ້ຈະຖືກແກ້ໄຂໃນການປ່ອຍ 1.4 ຂອງ
kineticsເຄື່ອງ​ມື

ຖັນຂໍ້ມູນຊ່ວຍຂອງໄຟລ໌ GFF ມີສະຖິຕິອື່ນໆທີ່ອາດຈະເປັນປະໂຫຍດ
ການວິເຄາະທາງລຸ່ມ ຫຼືການກັ່ນຕອງ. ໂດຍສະເພາະລະດັບການຄຸ້ມຄອງຂອງການອ່ານທີ່ເຄີຍໃຊ້
ເຮັດການໂທ, ແລະ +/- ລໍາດັບ 20bp ບໍລິບົດທີ່ອ້ອມຮອບເວັບໄຊທ໌.

┌───────────────┬─────────────────────────────
│ຖັນ │ ຄຳອະທິບາຍ │
├────────────────────────────────────────────────
│seqid │ Fasta contig name │
├────────────────────────────────────────────────
│ແຫຼ່ງ │ ຊື່ຂອງເຄື່ອງມື -- 'kinModCall' │
├────────────────────────────────────────────────
│type │ ປະເພດການດັດແກ້ -- in │
│ │ ໂໝດການລະບຸຕົວຕົນນີ້ຈະເປັນ │
│ │ m6A, m4C, ຫຼື m5C ສໍາລັບການລະບຸ │
│ │ ຖານ, ຫຼືແທັກທົ່ວໄປ │
│ │ 'modified_base' ຖ້າເປັນ kinetic │
ກວດພົບເຫດການ │ │ ທີ່ບໍ່ │
│ │ ກົງກັບການປ່ຽນແປງທີ່ຮູ້ຈັກ │
│ │ ລາຍເຊັນ │
├────────────────────────────────────────────────
│start │ ຕຳແໜ່ງການດັດແກ້ຢູ່ contig │
├────────────────────────────────────────────────
│end │ ການດັດແກ້ຕໍາແໜ່ງຢູ່ contig │
├────────────────────────────────────────────────
│score │ Phred ປ່ຽນ p-value ຂອງ │
│ │ ການກວດຫາ - ນີ້ແມ່ນ │
│ │ ການກວດຫາສະຖານທີ່ດຽວ p-value │
├────────────────────────────────────────────────
│strand │ ຕົວຢ່າງ strand ປະກອບດ້ວຍ │
│ │ ການດັດແກ້ │
└────────────────────────────────────────────────────┘

│ ໄລຍະ │ ບໍ່ສາມາດໃຊ້ໄດ້ │
├────────────────────────────────────────────────
│ຄຸນລັກສະນະ │ ຊ່ອງຂໍ້ມູນພິເສດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພື້ນຖານ │
│ │ mods. IPDRatio ແມ່ນ │ ແບບດັ້ງເດີມ
│ │ IPDRatio, ບໍລິບົດແມ່ນ │
│ │ ລຳດັບອ້າງອີງ -20bp ຫາ │
│ │ +20bp ຮອບການດັດແກ້, │
│ │ ແລະລະດັບການຄຸ້ມຄອງແມ່ນຕົວເລກ │
│ │ ຂອງການສັງເກດ IPD ທີ່ໃຊ້ຫຼັງຈາກ │
│ │ ການສ້າງແຜນທີ່ QV filtering ແລະ │
│ │ ການກັ່ນຕອງຄວາມຖືກຕ້ອງ. ຖ້າແຖວ │
│ │ ຜົນໄດ້ຮັບຈາກ │ ທີ່ໄດ້ລະບຸ
ການດັດແກ້ │ │ ພວກເຮົາຍັງລວມເອົາ │
│ │ identificationQv tag ກັບ │
│ │ ຈາກການດັດແກ້ │
│ │ ຂັ້ນຕອນການລະບຸຕົວຕົນ. │
│ │ identificationQv ແມ່ນ │
│ │ ຄວາມເປັນໄປໄດ້ທີ່ປ່ຽນເປັນ phred ຂອງ │
│ │ ການລະບຸບໍ່ຖືກຕ້ອງ, ສໍາລັບ │
│ │ ພື້ນຖານທີ່ຖືກລະບຸວ່າເປັນ │
│ │ ມີ │ ສະເພາະ
│ │ ການປ່ຽນແປງ. frac, fracLow, │
│ │ fracUp ແມ່ນການຄາດຄະເນ │
│ │ ຊິ້ນສ່ວນຂອງໂມເລກຸນບັນຈຸ │
│ │ ການດັດແກ້, ແລະ 5% │
│ │ ໄລຍະຄວາມໝັ້ນໃຈຂອງ │
│ │ ການຄາດຄະເນ. ເມທິເລດ │
│ │ ເສດສ່ວນປະມານແມ່ນ │
│ │ ຄຸນສົມບັດລະດັບເບຕ້າ, ແລະຄວນ │
│ │ ຖືກໃຊ້ສຳລັບສຳຫຼວດ │ ເທົ່ານັ້ນ
│ │ ຈຸດປະສົງ. │
└────────────────────────────────────────────────────┘

motifs.gff
ຖ້າເຄື່ອງມືຊອກຫາ Motif ຖືກແລ່ນ, ມັນຈະສ້າງ motifs.gff, ເຊິ່ງເປັນເວີຊັນທີ່ປະມວນຜົນແລ້ວ.
ຂອງ modifications.gff ກັບການປ່ຽນແປງດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້. ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ການ​ດັດ​ແກ້​ທີ່​ກວດ​ພົບ​ເກີດ​ຂຶ້ນ​ໃນ a
motif ກວດພົບໂດຍ motif finder, ການແກ້ໄຂໄດ້ຖືກອະທິບາຍດ້ວຍຂໍ້ມູນ motif. ອັນ
ຄຸນລັກສະນະ 'motif' ໄດ້ຖືກເພີ່ມປະກອບດ້ວຍ motif string, ແລະຄຸນລັກສະນະ 'id' ຖືກເພີ່ມ
ມີ motif id, ເຊິ່ງແມ່ນ motif string ສໍາລັບ motifs unpaired ຫຼື
'motifString1/motifString2' ສໍາລັບ motifs ຈັບຄູ່. ຖ້າຕົວຢ່າງ motif ມີຢູ່ໃນ genome,
ແຕ່ບໍ່ຖືກກວດພົບໃນ modifications.gff, ມີການເພີ່ມເຂົ້າໃນ motifs.gff, ຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງ.
ການປະກົດຕົວຂອງ motif ແລະ kinetics ທີ່ສັງເກດເຫັນຢູ່ໃນສະຖານທີ່ນັ້ນ.

motif_summary.csv
ຖ້າເຄື່ອງມືຊອກຫາ Motif ຖືກເປີດໃຊ້, motif_summary.csv ຈະຖືກສ້າງຂື້ນ, ສະຫຼຸບການດັດແກ້.
motifs ຄົ້ນພົບໂດຍເຄື່ອງມື. CSV ປະ​ກອບ​ດ້ວຍ​ຫນຶ່ງ​ແຖວ​ຕໍ່​ກັບ motif ທີ່​ກວດ​ພົບ​, ມີ​
ຕິດຕາມຖັນ

┌──────────────────────────────────────────── ─────┐
│ຖັນ │ ຄຳອະທິບາຍ │
├────────────────────────────────────────── ─────┤
│motifString │ ລຳດັບ motif ທີ່ກວດພົບ │
├────────────────────────────────────────── ─────┤
│centerPos │ ຕໍາແໜ່ງໃນ motif ຂອງ │
│ │ ການດັດແກ້ (0-based) │
├────────────────────────────────────────── ─────┤
│fraction │ ເສດສ່ວນຂອງຕົວຢ່າງນີ້ │
│ │ motif ທີ່ມີການດັດແກ້ QV ຂ້າງເທິງ │
│ │ ເກນ QV │
├────────────────────────────────────────── ─────┤
│nDetected │ ຈຳນວນຂອງກໍລະນີນີ້ │
│ │ motif ທີ່ສູງກວ່າເກນ │
└────────────────────────────────────────── ─────┘

│nGenome │ ຈຳນວນຂອງຕົວຢ່າງນີ້ │
│ │ motif ໃນລໍາດັບອ້າງອີງ │
├────────────────────────────────────────── ─────┤
│groupTag │ ສະຕຣິງທີ່ລະບຸ motif │
│ │ ການຈັດກຸ່ມ. ສຳລັບຮູບແຕ້ມຄູ່ນີ້ │
│ │ ແມ່ນ │
│ │ " / ", │
│ │ ສຳລັບຮູບແຕ້ມທີ່ບໍ່ໄດ້ຈັບຄູ່ ອັນນີ້ເທົ່າກັບ │
│ │ motifString │
├────────────────────────────────────────── ─────┤
│partnerMotifString │ motifString of paired motif │
│ │ (motif ກັບ │
│ │ ປີ້ນກັບກັນ │
│ │ motifString) │
├────────────────────────────────────────── ─────┤
│meanScore │ Mean Modification Qv ຂອງກວດພົບ │
│ │ ຕົວຢ່າງ │
├────────────────────────────────────────── ─────┤
│meanIpdRatio │ ອັດຕາສ່ວນ IPD ສະເລ່ຍຂອງກວດພົບ │
│ │ ຕົວຢ່າງ │
├────────────────────────────────────────── ─────┤
│meanCoverage │ ການຄຸ້ມຄອງສະເລ່ຍຂອງກວດພົບ │
│ │ ຕົວຢ່າງ │
├────────────────────────────────────────── ─────┤
│objectiveScore │ ຄະແນນຈຸດປະສົງຂອງ motif ນີ້ໃນ │
│ │ algorithm finder motif │
└────────────────────────────────────────── ─────┘

ໃຊ້ ipdSummary ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net