macsyfinder - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

macsyfinder - ໜ້າຄູ່ມືສຳລັບ macsyfinder 1.0.2

ລາຍລະອຽດ

ການນໍາໃຊ້: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}]
[--replicon-topology {linear,circular}] [--topology-file TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--inter-gene-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-mandatory-genes-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--min-genes-ຕ້ອງການ MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--multi-loci
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-value-search
E_VALUE_RES] [--i-evaluue-ເລືອກ I_EVALUE_SEL] [--coverage-profile COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-search-suffix
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profile-suffix PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--previous-run PREVIOUS_RUN] ລະບົບ [ລະບົບ ...]

MacSyFinder ເປັນ​ເຄື່ອງ​ມື​ສໍາ​ລັບ​ການ​ກວດ​ສອບ​ຂອງ​ລະ​ບົບ​ຄວາມ​ລັບ​ທາດ​ໂປຼ​ຕີນ​ຂອງ​ເຊື້ອ​ແບັກ​ທີ​ເຣັຍ diderm​
ຈາກຊຸດຂໍ້ມູນທາດໂປຼຕີນ.

ຕຳ ແໜ່ງ ການໂຕ້ຖຽງ:
ລະບົບ
ລະ​ບົບ​ການ​ກວດ​ສອບ​. ນີ້ແມ່ນທາງເລືອກທີ່ບັງຄັບໂດຍບໍ່ມີຄໍາສໍາຄັນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ
ມັນ. ເພື່ອກວດຫາລະບົບຄວາມລັບຂອງທາດໂປຼຕີນທັງໝົດ ແລະສ່ວນຍ່ອຍທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ: ຕັ້ງເປັນ
"ທັງໝົດ" (ກໍລະນີທີ່ບໍ່ລະອຽດອ່ອນ). ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ, ລະບົບດຽວຫຼືຫຼາຍສາມາດຖືກກໍານົດ.
ຕົວຢ່າງ: "T2SS T4P".

ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ:
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ຊຸດຂໍ້ມູນ ຕົວເລືອກ:
--sequence-db SEQUENCE_DB
ເສັ້ນທາງໄປຫາຊຸດຂໍ້ມູນລໍາດັບໃນຮູບແບບ fasta.

--db-type {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}
ປະເພດຂອງຊຸດຂໍ້ມູນທີ່ຈະຈັດການກັບ. "unordered_replicon" ກົງກັບ a
genome ທີ່ບໍ່ປະກອບ, "unordered" ກັບຊຸດຂໍ້ມູນ metagenomic, "ordered_replicon" ກັບ
genome ປະກອບ, ແລະ "gembase" ກັບຊຸດຂອງ replicacon ບ່ອນທີ່ຕົວລະບຸລໍາດັບ.
ປະຕິບັດຕາມສົນທິສັນຍານີ້: ">RepliconName SequenceID".

--replicon-topology {linear,circular}
topology ຂອງ replicacon (ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນມີຄວາມຫມາຍພຽງແຕ່ຖ້າຫາກວ່າ db_type ແມ່ນ
'ordered_replicon' ຫຼື 'gembase'.

--topology-file TOPOLOGY_FILE
ເສັ້ນທາງໄຟລ໌ Topology. ໄຟລ໌ topology ອະນຸຍາດໃຫ້ຫນຶ່ງເພື່ອກໍານົດ topology (linear ຫຼື
ວົງກົມ) ສໍາລັບແຕ່ລະ relicon (ທາງເລືອກນີ້ມີຄວາມຫມາຍພຽງແຕ່ຖ້າຫາກວ່າ db_type ແມ່ນ
'ordered_replicon' ຫຼື 'gembase'. ໄຟລ໌ topology ເປັນໄຟລ໌ຕາຕະລາງທີ່ມີສອງ
ຖັນ: ທີ 1 ແມ່ນຊື່ relicon, ແລະ ຖັນທີ 2 ແມ່ນ topology ທີ່ສອດຄ້ອງກັນ:
"RepliconA linear"

--idx ບັງຄັບໃຫ້ສ້າງດັດສະນີສໍາລັບຊຸດຂໍ້ມູນລໍາດັບເຖິງແມ່ນວ່າພວກເຂົາກ່ອນຫນ້າ
ຄິດ​ໄລ່​ແລະ​ນໍາ​ສະ​ເຫນີ​ໃນ​ທີ່​ຕັ້ງ​ຊຸດ​ຂໍ້​ມູນ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ = False​)

ລະບົບ ການກວດພົບ ຕົວເລືອກ:
--inter-gene-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
ເກນການຕັ້ງທ້ອງຖິ່ນຮ່ວມກັນ: ຈຳນວນສູງສຸດຂອງອົງປະກອບທີ່ບໍ່ກົງກັນກັບໂປຣໄຟລ໌
ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ລະ​ຫວ່າງ​ສອງ​ອົງ​ປະ​ກອບ​ທີ່​ກົງ​ກັນ​ສໍາ​ລັບ​ພວກ​ເຂົາ​ທີ່​ຈະ​ພິ​ຈາ​ລະ​ນາ​ຕິດ​ຕໍ່​ກັນ​. ທາງເລືອກ
ມີຄວາມຫມາຍສໍາລັບຊຸດຂໍ້ມູນ 'ສັ່ງ' ເທົ່ານັ້ນ. ຄ່າທໍາອິດຕ້ອງກົງກັບລະບົບ, the
ທີສອງກັບອົງປະກອບຈໍານວນຫນຶ່ງ. ທາງເລືອກນີ້ສາມາດຖືກຊ້ໍາຫຼາຍຄັ້ງ:
"--inter-gene-max-space T2SS 12 --inter-gene-max-space ທຸງ 20"

--min-mandatory-genes-ຕ້ອງການ MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
ຈໍາ​ນວນ​ຫນ້ອຍ​ຂອງ​ພັນ​ທຸ​ກໍາ​ບັງ​ຄັບ​ຈໍາ​ເປັນ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ປະ​ເມີນ​ລະ​ບົບ​. ທໍາອິດ
ຄ່າຕ້ອງກົງກັບຊື່ລະບົບ, ຄ່າທີສອງເປັນຈຳນວນເຕັມ. ທາງເລືອກນີ້
ສາມາດຊ້ຳໄດ້ຫຼາຍຄັ້ງ: "--minmandatory-genes-required T2SS 15
--min-mandatorygenes-ຕ້ອງການ ທຸງ 10"

--min-genes-ຕ້ອງການ MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
ຈໍານວນ genes ຫນ້ອຍທີ່ຕ້ອງການສໍາລັບການປະເມີນລະບົບ (ລວມທັງທັງສອງ
ອົງປະກອບ 'ບັງຄັບ' ແລະ 'ອຸປະກອນເສີມ'). ຄ່າທຳອິດຕ້ອງກົງກັບ a
ຊື່ລະບົບ, ຄ່າທີສອງເປັນຈໍານວນເຕັມ. ທາງເລືອກນີ້ສາມາດຖືກຊ້ໍາຫຼາຍ
ເວລາ: "--min-genesrequired T2SS 15 --min-genes-ຕ້ອງການ ທຸງ 10"

--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
ຈໍານວນສູງສຸດຂອງພັນທຸກໍາທີ່ຕ້ອງການສໍາລັບການປະເມີນລະບົບ. ຄ່າທໍາອິດຕ້ອງ
ກົງກັບຊື່ລະບົບ, ຄ່າທີສອງເປັນຈຳນວນເຕັມ. ທາງເລືອກນີ້ສາມາດເປັນ
ເຮັດຊ້ຳຫຼາຍຄັ້ງ: "--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-genes ທຸງ 10

--multi-loci MULTI_LOCI
ອະນຸຍາດໃຫ້ເກັບຮັກສາລະບົບ multi-loci ສໍາລັບລະບົບທີ່ກໍານົດໄວ້. ລະບົບແມ່ນ
ລະບຸເປັນລາຍການທີ່ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດ (--multi-loci sys1,sys2) ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ False

ທາງເລືອກໃນການ ສໍາລັບການ ຮມເມີ ການປະຕິບັດ ແລະ hits ການກັ່ນຕອງ:
--hmmer HMMER_EXE
ເສັ້ນທາງໄປສູ່ໂຄງການ Hmmer.

--index-db INDEX_DB_EXE
ຕົວດັດສະນີທີ່ຈະໃຊ້ສໍາລັບ Hmmer. ຄ່າສາມາດເປັນ 'makeblastdb' ຫຼື
'formatdb' ຫຼືເສັ້ນທາງໄປຫາຫນຶ່ງໃນສອງເຫຼົ່ານີ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = makeblastb)

--e-value-ຄົ້ນຫາ E_VALUE_RES
ຄ່າ e-value ສູງສຸດສໍາລັບ hits ທີ່ຈະລາຍງານໃນລະຫວ່າງການຄົ້ນຫາ Hmmer. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1)

--i-value-ເລືອກ I_EVALUE_SEL
ຄ່າ e-value ເອກະລາດສູງສຸດສໍາລັບການຕີ Hmmer ຈະຖືກເລືອກສໍາລັບການກວດສອບລະບົບ.
(ເລີ່ມຕົ້ນ = 0.001)

-- coverage-profile COVERAGE_PROFILE
ການຄຸ້ມຄອງໂປຣໄຟລ໌ຕໍາ່ສຸດທີ່ຕ້ອງຢູ່ໃນການຈັດຕໍາແໜ່ງການຕີເພື່ອອະນຸຍາດໃຫ້ມີການເລືອກຕີ
ສໍາລັບການກວດສອບລະບົບ. (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.5)

ເສັ້ນທາງ ຕົວເລືອກ:
-d DEF_DIR, --def DEF_DIR
ເສັ້ນທາງໄປສູ່ໄຟລ໌ຄໍານິຍາມຂອງລະບົບ.

-o OUT_DIR, --out-dir OUT_DIR
ເສັ້ນທາງໄປຫາໄດເລກະທໍລີບ່ອນທີ່ຈະເກັບຜົນໄດ້ຮັບ. ຖ້າ outdir ຖືກລະບຸ res-search-dir
ຈະຖືກລະເລີຍ.

-r RES_SEARCH_DIR, --res-search-dir RES_SEARCH_DIR
ເສັ້ນທາງໄປຫາໄດເລກະທໍລີບ່ອນທີ່ຈະເກັບຮັກສາໄດເລກະທໍລີຜົນການຄົ້ນຫາຂອງ MacSyFinder
(ໄດເລກະທໍລີທີ່ເຮັດວຽກໃນປັດຈຸບັນເລີ່ມຕົ້ນ).

--res-search-suffix RES_SEARCH_SUFFIX
ຄຳຕໍ່ທ້າຍເພື່ອມອບໃຫ້ກັບໄຟລ໌ຜົນຜະລິດດິບ Hmmer.

--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX
ຄໍາຕໍ່ທ້າຍທີ່ຈະໃຫ້ກັບໄຟລ໌ hits ທີ່ຖືກກັ່ນຕອງ.

-p PROFILE_DIR, --profile-dir PROFILE_DIR
ເສັ້ນທາງໄປຫາໄດເລກະທໍລີໂປຣໄຟລ໌.

--profile-suffix PROFILE_SUFFIX
ຄໍາຕໍ່ທ້າຍຂອງໄຟລ໌ໂປຣໄຟລ໌. ສໍາລັບແຕ່ລະອົງປະກອບ 'Gene', ໂປຣໄຟລ໌ທີ່ສອດຄ້ອງກັນແມ່ນ
ຄົ້ນຫາໃນ 'profile_dir', ໃນໄຟລ໌ທີ່ຊື່ແມ່ນອີງໃສ່ຊື່ Gene + the
ຄຳຕໍ່ທ້າຍໂປຣໄຟລ໌. ຕົວຢ່າງ, ຖ້າ Gene ມີຊື່ 'gspG' ແລະຄໍາຕໍ່ທ້າຍແມ່ນ
'.hmm3', ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ໂປຣໄຟລ໌ຄວນຈະຖືກຈັດໃສ່ໃນສະຖານທີ່ທີ່ລະບຸໄວ້ແລະຖືກຕັ້ງຊື່
'gspG.hmm3'

ໂດຍ​ທົ່ວ​ໄປ ຕົວເລືອກ:
-w WORKER_NB, -- ຄົນງານ WORKER_NB
ຈໍານວນຄົນງານທີ່ຈະໃຊ້ໂດຍ MacSyFinder. ໃນກໍລະນີທີ່ຜູ້ໃຊ້ຕ້ອງການດໍາເນີນການ
MacSyFinder ໃນຮູບແບບ multithread. (0 ຫມາຍ​ຄວາມ​ວ່າ​ຫຼັກ​ທັງ​ຫມົດ​ຈະ​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 1​)

-v, --ຄຳເວົ້າ
ເພີ່ມລະດັບ verbosity. ມີ 4 ລະດັບ: ຂໍ້ຄວາມຜິດພາດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ),
ຄຳເຕືອນ (-v), ຂໍ້​ມູນ (-vv) ແລະ Debug.(-vvv)

--ບັນທຶກ LOG_FILE
ເສັ້ນທາງໄປຫາໄດເລກະທໍລີບ່ອນເກັບໄຟລ໌ບັນທຶກ 'macsyfinder.log'.

--config CFG_FILE
ເສັ້ນທາງໄປຫາໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າ MacSyFinder putative ທີ່ຈະຖືກນໍາໃຊ້.

--ການແລ່ນກ່ອນໜ້າ PREVIOUS_RUN
ເສັ້ນທາງໄປຫາໄດເລກະທໍລີແລ່ນ MacSyFinder ທີ່ຜ່ານມາ. ມັນອະນຸຍາດໃຫ້ຄົນຫນຶ່ງຂ້າມ Hmmer ໄດ້
ຂັ້ນຕອນການຄົ້ນຫາໃນຊຸດຂໍ້ມູນດຽວກັນ, ຍ້ອນວ່າມັນໃຊ້ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ຜ່ານມາແລະຕົວກໍານົດການດັ່ງນັ້ນ
ກ່ຽວກັບການຊອກຄົ້ນຫາ Hmmer. ໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າຈາກການແລ່ນຜ່ານມານີ້ຈະເປັນ
ໃຊ້. (ຂັດ​ແຍ່ງ​ກັບ​ທາງ​ເລືອກ​ --config, --sequence-db, --profile-suffix,
--resextract-suffix, --e-value-res, --db-type, --hmmer)

ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມ, ໄປຢ້ຽມຢາມເວັບໄຊທ໌ MacSyFinder ແລະເບິ່ງເອກະສານ MacSyFinder.

ໃຊ້ macsyfinder ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net