ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ make_das_confp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
make_das_conf.pl - ສ້າງໄຟລ໌ config GBrowse ຈາກແຫຼ່ງ DAS
ສະຫຼຸບສັງລວມ
% make_das_conf.pl http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16 > /usr/local/apache/conf/gbrowse.conf/ucsc.conf
ລາຍລະອຽດ
ສະຄຣິບນີ້ສ້າງໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າສະບັບຮ່າງທີ່ເໝາະສົມສຳລັບການຊອກຫາ DAS ໄລຍະໄກ
server
ເພື່ອໃຊ້ສະຄຣິບນີ້, ໃຫ້ມັນເປັນ URL ຂອງເຊີບເວີ DAS. ຖ້າທ່ານຊີ້ມັນຢູ່ທີ່ URL ພື້ນຖານ DAS
(ບໍ່ມີຊື່ແຫຼ່ງຂໍ້ມູນ), ຄືກັບ "http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das", ມັນຈະ
ພິມບັນຊີລາຍຊື່ຂອງແຫຼ່ງຂໍ້ມູນທີ່ຖືກຕ້ອງເພື່ອຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ. ຖ້າທ່ານໃຫ້ມັນ URL DAS ຄົບຖ້ວນ,
ຄືກັບ "http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16", ມັນຈະພິມການຕັ້ງຄ່າ gbrowse
ໄຟລ໌ໄປຫາຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ.
ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການປັບໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າຫຼັງຈາກທີ່ທ່ານສ້າງມັນ. ໃນ
ໂດຍສະເພາະ, ທ່ານຈະຕ້ອງການທີ່ຈະປັບແຕ່ງປະເພດ glyph ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບແຕ່ລະຕິດຕາມແລະ
ປັບບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຕົວຢ່າງທີ່ໄດ້ຮັບໃນຄໍາແນະນໍາ (ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສະຄຣິບນີ້ນໍາໃຊ້
ບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນຂອງຈຸດເຂົ້າ, ເຊິ່ງອາດຈະຍາວຫຼາຍ).
ຍັງໄດ້ຮັບຮູ້ວ່າ script ນີ້ສ້າງຊຸດຂອງຕົວລວບລວມທີ່ອາດຈະເປັນຫຼືບໍ່ມີ
ຖືກຕ້ອງ. ພິຈາລະນາກໍລະນີຂອງເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍ DAS ທີ່ໃຊ້ໂຄງສ້າງ canonical ສໍາລັບ a
mRNA ປະສົມ:
ວິທີການຕົ້ນຕໍ: mRNA
ພາກສ່ວນຍ່ອຍ: 5'-UTR, CDS, 3'-UTR
ສະຄຣິບແປງນີ້ຈະສ້າງຊຸດຕົວລວມຕໍ່ໄປນີ້:
mRNA{mRNA}
5'-UTR{5'-UTR}
CDS{CDS}
3'-UTR{3'-UTR}
ມັນຍັງຈະສ້າງທັງຫມົດສີ່ເພງ, ແຕ່ລະອັນສໍາລັບ mRNA ແລະແຕ່ລະພາກສ່ວນຂອງມັນ.
ນີ້ແມ່ນ, ແນ່ນອນ, ບໍ່ຖືກຕ້ອງ. ທ່ານຈະຕ້ອງການທີ່ຈະລວມເຫຼົ່ານີ້ເຂົ້າໄປໃນອັນດຽວ
ຕົວລວບລວມ:
mRNA{5'-UTR,3'-UTR,CDS/mRNA}
ໃຊ້ make_das_confp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
