makeBadgerMatrix - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

addUnalignedIntervals - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
alignmentProjector - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
backbone_global_to_local - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
bbAnalyze - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
createBackboneMFA - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
getAlignmentWindows - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
getOrthologList - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
makeBadgerMatrix - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
mauveToXMFA - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
mfa2xmfa - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
projectAndStrip - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
randomGeneSample - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
scoreAlignment - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
stripGapColumns - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
stripSubsetLCBs - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
toGrimmFormat - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
toMultiFastA - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
toRawSequence - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
uniqueMerCount - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
UniquifyTree - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner
xmfa2maf - ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຊຸດ mauveAligner

ລາຍລະອຽດ

ເຄື່ອງມືເຫຼົ່ານີ້ເປັນຂອງຊຸດ mauveAligner. ເຂົາເຈົ້າບໍ່ໄດ້ຖືກບັນທຶກໄວ້ຢ່າງຊັດເຈນແຕ່
ກໍາລັງພິມບົດສະຫຼຸບທີ່ຊ້ໍາກັນຢູ່ທີ່ນີ້.

addUnalignedIntervals ໄລຍະຫ່າງ ໄຟລ໌> <ຜົນຜະລິດ ໄລຍະຫ່າງ ໄຟລ໌>

alignmentProjector xmfa> <ຜົນຜະລິດ xmfa> <mfa seq ວັດສະດຸປ້ອນ> <mfa seq ຜົນຜະລິດ> <ລາຍຊື່ of
seqs to ປະກອບມີ, ເລີ່ມຕົ້ນ at 0>

backbone_global_to_local <xmfa ໄຟລ໌> <ກະດູກສັນຫຼັງ ໄຟລ໌> <ຜົນຜະລິດ ໄຟລ໌>

bb ວິເຄາະ <xmfa ໄຟລ໌> <ຄູ່ມື ຕົ້ນໄມ້ > <ກະດູກສັນຫຼັງ seqpos ໄຟລ໌> <ກະດູກສັນຫຼັງ col ໄຟລ໌> <ໝາຍເຫດ
seq ດັດຊະນີ> <ຜົນຜະລິດ ໄຟລ໌>

ດັດຊະນີ seq ຫຍໍ້ມາຈາກ 0.

ສ້າງBackboneMFA ໄລຍະຫ່າງ ໄຟລ໌> <ຜົນຜະລິດ MFA ຊື່>

getAlignmentWindows <XMFA ການຈັດຮຽງ > <ປ່ອງຢ້ຽມ ຄວາມຍາວ> <ປ່ອງຢ້ຽມ ປ່ຽນແປງ ຈຳນວນ > <ຖານ output
ຊື່ໄຟລ໌>

getOrthologList getOrthologList xmfa> <ກະດູກສັນຫຼັງ seq ໄຟລ໌> <ອ້າງອີງ genome > <CDS
ortholog ຊື່ໄຟລ໌> <CDS alignment ຖານ ຊື່>

ເຮັດໃຫ້BadgerMatrix ເຮັດໃຫ້BadgerMatrix xmfa> <ຜົນຜະລິດ ຄົນຊົ່ວຮ້າຍ ໄຟລ໌> <LCB ປະສານງານ ໄຟລ໌>

mauveToXMFA mauveToXMFA < Mauve ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ ວັດສະດຸປ້ອນ> <XMFA ຜົນຜະລິດ>

mfa2xmfa < MFA alignment ວັດສະດຸປ້ອນ> <XMFA alignment ຜົນຜະລິດ> [ບໍ່ສອດຄ່ອງ FastA ຜົນຜະລິດ]

projectAndStrip xmfa> <ຜົນຜະລິດ xmfa> ...

ຕົວລະບຸລໍາດັບຕົວເລກເລີ່ມຕົ້ນທີ່ 0.

ຕົວຢ່າງແບບສຸ່ມGene xmfa> <ກະດູກສັນຫຼັງ seq ໄຟລ໌> <ຕົວຢ່າງ genome > <ຕົວເລກ of ພັນທຸ ກຳ >
<ຜົນຜະລິດ ຖານ ຊື່> [ສຸ່ມ ແກ່ນ]

ການຈັດຮຽງຄະແນນ <ຖືກຕ້ອງ ການຈັດຮຽງ > <ຄິດໄລ່ ການຈັດຮຽງ > [ພັດທະນາ ລໍາດັບ ໄຟລ໌] [ຄຳຂວັນ]

stripGapColumns XMFA> <ຜົນຜະລິດ XMFA>

stripSubsetLCBs xmfa> bbcols> <ຜົນຜະລິດ xmfa> [ນ AML ຂະ​ຫນາດ​] [ນ genomes]
[ສຸ່ມ ຕົວຢ່າງຍ່ອຍ to X kb]

toGrimmFormat < Mauve ການຈັດວາງ > <genome 1 ທ ຄວາມຍາວ>... N ທ ຄວາມຍາວ>

ເປັນ MultiFastA ໄລຍະຫ່າງ ໄຟລ໌> <ຜົນຜະລິດ ຖານ ຊື່>

toRawSequence ລໍາດັບ > <ຜົນຜະລິດ ໄຟລ໌>

ເປັນເອກະລັກ MerCount <ຈັດຮຽງ ທະເລ ລາຍການ>

ຕົ້ນໄມ້ເອກະລັກ <ເຊື່ອມຕໍ່ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ໄຟລ໌> <ເຊື່ອມຕໍ່ output ໄຟລ໌>

ຕົ້ນໄມ້ທັງໝົດໃນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຕ້ອງມີຕົວເລກຂອງ taxa ດຽວກັນ ແລະ taxon ດຽວກັນ
ປ້າຍກໍາກັບ

xmfa2maf <xmfa ວັດສະດຸປ້ອນ> < maf ຜົນຜະລິດ>

ໃຊ້ makeBadgerMatrix ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net