ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ mhap ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
mhap - ລໍາດັບ probabilistic ທັບຊ້ອນກັນ
ລາຍລະອຽດ
ກະລຸນາຕັ້ງ -s ຫຼື -p ທາງເລືອກ. ເບິ່ງຕົວເລືອກຂ້າງລຸ່ມນີ້: MHAP: MinHash Alignment Protocol.
ເຄື່ອງມືສໍາລັບການຊອກຫາການທັບຊ້ອນຂອງລໍາດັບການອ່ານຍາວ (ເຊັ່ນ PacBio ຫຼື Nanopore) ໃນ
ຊີວະວິທະຍາ.
ເວີຊັນ: 1.6, ເວລາສ້າງ: 09/12/2015 11:46 PM ການນໍາໃຊ້ 1 (ປະຕິບັດໂດຍກົງ): java
server -Xmx - ກະປ໋ອງ -s[-ກ
file>] [-f ] ການນໍາໃຊ້ 2 (ສ້າງ precomputed
binaries): java server -Xmx - ກະປ໋ອງ -p
-q [-f ]
--ການຈັດວາງ, default = false
ທາງເລືອກໃນການທົດລອງ.
--alignment-offset, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = -0.535
ຄ່າຊົດເຊີຍເພື່ອບັນຊີສໍາລັບຄວາມແຕກຕ່າງໃນຄະແນນກົງກັນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ.
--alignment-ຄະແນນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1.0E-6
ຄະແນນຕັດອອກສໍາລັບການແຂ່ງຂັນ.
--filter-threshold, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1.0E-5
[double], ການຕັດອອກທີ່ k-mer ໃນໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງ k-mer ຖືກພິຈາລະນາ
ຊ້ຳໆ. ຄ່ານີ້ສໍາລັບ k-mer ສະເພາະແມ່ນລະບຸໄວ້ໃນຖັນທີສອງໃນ
ໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງ. ຖ້າບໍ່ມີໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງໃຫ້, ທາງເລືອກນີ້ຈະຖືກລະເລີຍ.
- ຊ່ວຍ, default = false
ສະແດງເມນູຊ່ວຍເຫຼືອ.
--max-shift, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.2
[double], ຂະຫນາດຂອງພາກພື້ນໄປທາງຊ້າຍແລະຂວາຂອງການທັບຊ້ອນທີ່ຄາດຄະເນ, ຕາມທີ່ໄດ້ມາ
ຈາກການປ່ຽນແປງປານກາງ ແລະຄວາມຍາວຂອງລຳດັບ, ບ່ອນທີ່ການຈັບຄູ່ k-mer ຍັງຢູ່
ຖືວ່າຖືກຕ້ອງ. ການກັ່ນຕອງຂັ້ນຕອນທີສອງເທົ່ານັ້ນ.
--min-store-length, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0
[int], ຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດທີ່ອ່ານຖືກເກັບໄວ້ໃນກ່ອງ. ໃຊ້ເພື່ອກັ່ນຕອງອອກ
ອ່ານສັ້ນຈາກໄຟລ໌ FASTA.
--nanopore-ໄວ, default = false
ກໍານົດພາລາມິເຕີທັງຫມົດສໍາລັບການຕັ້ງຄ່າໄວ Nanopore. ນີ້ແມ່ນດີທີ່ສຸດໃນປະຈຸບັນ
ການຊີ້ນໍາ, ແລະສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ທຸກເວລາໂດຍບໍ່ມີການເຕືອນ.
--ບໍ່ມີຕົວຕົນ, default = false
ຢ່າຄິດໄລ່ການທັບຊ້ອນກັນລະຫວ່າງລໍາດັບພາຍໃນກ່ອງ. ຄວນຖືກນໍາໃຊ້ໃນເວລາທີ່
ໄປຫາແລະຈາກລໍາດັບແມ່ນມາຈາກໄຟລ໌ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
--num-hashes, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 512
[int], ຈໍານວນ min-mers ທີ່ຈະໃຊ້ໃນ MinHashing.
--num-min-ກົງກັນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 3
[int], ຕໍາ່ສຸດທີ່ # min-mer ທີ່ຕ້ອງຖືກແບ່ງປັນກ່ອນທີ່ຈະຄິດໄລ່ການກັ່ນຕອງຂັ້ນຕອນທີສອງ.
ລຳດັບໃດໆກໍຕາມທີ່ຕ່ຳກວ່າຄ່ານັ້ນແມ່ນຖືວ່າບໍ່ທັບຊ້ອນກັນ.
--num-threads, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 12
[int], ຈໍານວນຂອງກະທູ້ທີ່ຈະໃຊ້ສໍາລັບການຄິດໄລ່. ໂດຍປົກກະຕິແລ້ວຕັ້ງເປັນ 2 x #cores.
--pacbio-ໄວ, default = false
ກໍານົດພາລາມິເຕີທັງຫມົດສໍາລັບການຕັ້ງຄ່າໄວ PacBio. ນີ້ແມ່ນດີທີ່ສຸດໃນປະຈຸບັນ
ການຊີ້ນໍາ, ແລະສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ທຸກເວລາໂດຍບໍ່ມີການເຕືອນ.
--pacbio-sensitive, default = false
ກໍານົດພາລາມິເຕີທັງຫມົດສໍາລັບການຕັ້ງຄ່າທີ່ລະອຽດອ່ອນ PacBio. ນີ້ແມ່ນດີທີ່ສຸດໃນປະຈຸບັນ
ການຊີ້ນໍາ, ແລະສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ທຸກເວລາໂດຍບໍ່ມີການເຕືອນ.
--store-full-id, default = false
ເກັບຮັກສາ ID ເຕັມທີ່ເຫັນຢູ່ໃນໄຟລ໌ FASTA, ແທນທີ່ຈະເກັບຮັກສາພຽງແຕ່ລໍາດັບ
ຕໍາແຫນ່ງໃນໄຟລ໌. ບາງໄຟລ໌ FASTA ມີ IDS ຍາວ, ເຮັດໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບຊ້າລົງ.
ຕົວເລືອກນີ້ຖືກລະເລີຍເມື່ອໃຊ້ຮູບແບບໄຟລ໌ທີ່ຖືກບີບອັດ.
-- ເກນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.04
[double], ຂອບເຂດຄວາມຄ້າຍຄືກັນຂອງຄະແນນຕັດອອກສໍາລັບຂັ້ນຕອນທີສອງການຈັດລຽງ - merge
ການກັ່ນຕອງ. ນີ້ແມ່ນອີງໃສ່ຕົວເລກສະເລ່ຍຂອງ k-mers ທີ່ກົງກັນໃນການທັບຊ້ອນກັນ
ພາກພື້ນ.
- ການປ່ຽນແປງ, default = false
ສະແດງສະບັບແລະເວລາສ້າງ.
-- ນໍ້າໜັກ, default = false
ປະຕິບັດ MinHashing ນ້ໍາຫນັກ.
-f, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ""
ໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງ k-mer ທີ່ໃຊ້ສໍາລັບການກັ່ນຕອງອອກ k-mers ຊ້ໍາຊ້ອນສູງ. ຕ້ອງໄດ້ຮັບການຈັດຮຽງ
ໃນລໍາດັບ descending ຂອງຄວາມຖີ່ (ຖັນທີສອງ).
-h, default = false
ສະແດງເມນູຊ່ວຍເຫຼືອ.
-k, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 16
[int], ຂະຫນາດ k-mer ໃຊ້ສໍາລັບ MinHashing. ຂະຫນາດ k-mer ສໍາລັບການກັ່ນຕອງຂັ້ນຕອນທີສອງແມ່ນ
ແຍກຕ່າງຫາກ, ແລະບໍ່ສາມາດແກ້ໄຂໄດ້.
-p, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ""
ໃຊ້ 2 ເທົ່ານັ້ນ. ໄດເລກະທໍລີທີ່ມີໄຟລ໌ FASTA ທີ່ຄວນຈະຖືກປ່ຽນເປັນ
ຮູບແບບຖານສອງສໍາລັບການເກັບຮັກສາ.
-q, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ""
ການນໍາໃຊ້ 1: ໄຟລ໌ FASTA ຂອງການອ່ານ, ຫຼືລະບົບຂອງໄຟລ໌, ທີ່ຈະຖືກປຽບທຽບກັບ
ຊຸດອ່ານຢູ່ໃນກ່ອງ (ເບິ່ງ -s). ການນໍາໃຊ້ 2: ໄດເລກະທໍລີຜົນຜະລິດສໍາລັບຖານສອງ
ຟໍແມັດໄຟລ໌ dat.
-s, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = ""
ໃຊ້ 1 ເທົ່ານັ້ນ. ໄຟລ໌ FASTA ຫຼື binary dat (ເບິ່ງການນໍາໃຊ້ 2) ຂອງການອ່ານທີ່ຈະເປັນ
ເກັບໄວ້ໃນກ່ອງຫນຶ່ງ, ແລະການອ່ານຕໍ່ໄປທັງຫມົດຈະຖືກປຽບທຽບກັບ.
ໃຊ້ mhap ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
