mipe2dbSTS - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

mipe2dbSTS.pl - ສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສຳລັບການສົ່ງໄປຫາ dbSTS
ລວມຢູ່ໃນຜົນຜະລິດ: ພາກ STS ຂອງການຍື່ນສະເຫນີ dbSTS
ອີງໃສ່ MIPE ລຸ້ນ v1.1
arguments: * mipe_file
* ໄຟລ​໌ config​
* (ທາງເລືອກ) ລາຍຊື່ PCR IDs

ໄຟລ໌ config ປະກອບດ້ວຍເສັ້ນທີ່ມີລະຫັດແລະຄ່າ, ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງຫມາຍເທົ່າທຽມກັນ ('=').
ກຸນແຈປະກອບດ້ວຍຕົວພິມນ້ອຍຂອງເອກະສານຍື່ນສະເຫນີ NCBI (ເບິ່ງເວັບໄຊທ໌ dbSTS), ຕິດຕາມດ້ວຍ.
ຂີດກ້ອງ ແລະຊື່ຕົວພິມນ້ອຍຂອງຊ່ອງຂໍ້ມູນໃນໄຟລ໌ນັ້ນ.
ຊ່ອງຂໍ້ມູນຕໍ່ໄປນີ້ຄວນຖືກກໍານົດໄວ້ໃນໄຟລ໌ config:
pub_title=
pub_authors=
source_name=
source_organism=
cont_name=
cont_fax=
cont_tel=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_addr=
protocol_name=
protocol_protocol=
buffer_name=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
ສໍາລັບ protocol_protocol, buffer_buffer ແລະ sts_pcr_profile, ແມ່ນມີຄວາມຈໍາເປັນຫຼາຍແຖວ (ເບິ່ງຕົວຢ່າງ).

ຕົວຢ່າງຂອງໄຟລ໌ config ເບິ່ງຄືວ່ານີ້:
pub_title=ການສ້າງແຜນທີ່ພັນທຸກໍາຂອງໄກ່ SNPs
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal, T.; Crooijmans,RPMA; Groenen, ແມ່
source_name= DNA ພັນທຸ ກຳ ຂອງໄກ່
source_organism=gallus gallus
cont_name=Jan Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=[email protected]
cont_lab=ກຸ່ມການລ້ຽງສັດ ແລະພັນທຸກໍາ
cont_inst=ມະຫາວິທະຍາໄລ Wageningen
cont_addr=ຕູ້ໄປສະນີ 338, 6700 AH Wageningen, ເນເທີແລນ
protocol_name=Protocol_Aerts
protocol_protocol=ແມ່ແບບ: 30-60 ງ
protocol_protocol=Primer: ແຕ່ລະ 4 uM
protocol_protocol=dNTPs: ແຕ່ລະ 200 uM
protocol_protocol=Taq: 0.3 ຫນ່ວຍ
protocol_protocol=ປະລິມານ: 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 ມມ
buffer_buffer=(NH4)2SO4: 20 mM
buffer_buffer=Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer=ທະວີບ 20: 0.01% (w/v)
buffer_buffer=pH: 8.8

ໃຊ້ mipe2dbSTS ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net