ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ norsp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
norsp - ຕົວຄາດຄະເນຂອງໂຄງສ້າງມັດທະຍົມທີ່ບໍ່ແມ່ນປົກກະຕິ (NORS)
ສະຫຼຸບສັງລວມ
norsp [ຕົວເລືອກ] -fileSeq -fileHssp -filePhd -filePhdHtm
-fileCoils
ລາຍລະອຽດ
ພາກພື້ນທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນທາງດ້ານໂຄງສ້າງຫຼາຍມີບົດບາດສໍາຄັນໃນຂະບວນການທາງຊີວະພາບ. ມັນມີ
ໄດ້ຮັບການສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າພາກພື້ນ loopy ຂະຫຍາຍແມ່ນອຸດົມສົມບູນໃນທໍາມະຊາດ, ແລະວ່າພວກເຂົາເຈົ້າແມ່ນ
evolutionary ການອະນຸລັກ. NORSp ເປັນຕົວພະຍາກອນທີ່ມີໃຫ້ສາທາລະນະສໍາລັບພາກພື້ນທີ່ບໍ່ເປັນລະບຽບ
ໃນທາດໂປຼຕີນ. ໂດຍສະເພາະ, ມັນຄາດຄະເນພາກພື້ນຍາວທີ່ບໍ່ມີໂຄງສ້າງມັດທະຍົມປົກກະຕິ.
ເມື່ອຜູ້ໃຊ້ສົ່ງລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ, NORSp ຈະວິເຄາະທາດໂປຼຕີນກ່ຽວກັບມັນ
ໂຄງປະກອບການຮອງ, ແລະການປະກົດຕົວຂອງ helices transmembrane ແລະ coiled-coil. ມັນຈະຫຼັງຈາກນັ້ນ
ສົ່ງຄືນອີເມລໃຫ້ຜູ້ໃຊ້ກ່ຽວກັບການປະກົດຕົວ ແລະຕຳແໜ່ງຂອງພາກພື້ນທີ່ບໍ່ເປັນລະບຽບ.
NORSp ສາມາດເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບນັກຊີວະວິທະຍາໃນຫຼາຍວິທີ. ສໍາລັບຕົວຢ່າງ, crystallographers ສາມາດ
ກວດເບິ່ງວ່າທາດໂປຼຕີນຂອງພວກເຂົາມີພາກພື້ນ NORS ຫຼືບໍ່ແລະເຮັດການຕັດສິນໃຈກ່ຽວກັບວ່າຈະ
ດໍາເນີນການທົດລອງນັບຕັ້ງແຕ່ທາດໂປຼຕີນຈາກ NORS ອາດຈະມີຄວາມຫຍຸ້ງຍາກທີ່ຈະ crystallise, ເປັນ
ສະແດງໃຫ້ເຫັນໂດຍການປະກົດຕົວຕໍ່າຂອງພວກເຂົາໃນ PDB. ນັກຊີວະວິທະຍາທີ່ສົນໃຈກ່ຽວກັບທາດໂປຼຕີນ
ຄວາມສໍາພັນຂອງໂຄງສ້າງການເຮັດວຽກອາດຈະພົບວ່າມັນຫນ້າສົນໃຈທີ່ຈະກວດສອບວ່າ
ສະຖານທີ່ປະຕິສໍາພັນຂອງທາດໂປຼຕີນ - ໂປຣຕີນກົງກັບພາກພື້ນ NORS.
ເບິ່ງເວັບໄຊທ໌ທາງການສໍາລັບການຊ່ວຍເຫຼືອ
.
ຜົນຜະລິດ ຮູບແບບ
ການບັນຍາຍດ້ວຍຕົນເອງ, ເບິ່ງຜົນໄດ້ຮັບຕົວຢ່າງໃນ /usr/share/doc/norsp/example.
ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ
Liu, J. ແລະ Rost, B. (2003). NORSp: ການຄາດຄະເນຂອງພາກພື້ນທີ່ຍາວນານໂດຍບໍ່ມີການຮອງປົກກະຕິ
ໂຄງສ້າງ. ອາຊິດນິວຄລີອິກ Res, 31(13), 3833-5.
Liu, J., H. Tan ແລະ B. Rost. ໂປຣຕີນ Loopy ປະກົດວ່າຖືກຮັກສາໄວ້ຢູ່ໃນວິວັດທະນາການ. J Mol Biol,
322(1): 53-64, 2002.
OPTIONS
-fileSeq=ເອກະສານ
ໄຟລ໌ລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ
-fileHssp=ເອກະສານ
ປ້ອນໄຟລ໌ hssp
-filePhd=ເອກະສານ
ປ້ອນໄຟລ໌ໂຄງສ້າງສຳຮອງ
-filePhdHtm=ເອກະສານ
ປ້ອນໄຟລ໌ helices trans-membrane
-fileCoils=ເອກະສານ
ປ້ອນໄຟລ໌ coils coiled. ໃຫ້ສັງເກດວ່າ 'ເອກະສານ_raw' ຍັງຖືກອ່ານ. ສ້າງສິ່ງເຫຼົ່ານີ້ດ້ວຍ
coils-ຫໍ່(1).
-fileSum=ເອກະສານ
ເອກະສານສະຫຼຸບການຄາດຄະເນຜົນຜະລິດ
-o=ເອກະສານ
ໄຟລ໌ການຄາດຄະເນຜົນຜະລິດ
--win=NUMBER
window size
--secCut=NUMBER
ເນື້ອໃນໂຄງສ້າງສູງສຸດ
--accLen=NUMBER
ຕ່ຳສຸດທີ່ຕົກຄ້າງຕິດຕໍ່ກັນ
-html
ຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບ HTML
-v, --ເວີຊັ່ນ
ສະບັບ Norsp
-ແມງໄມ້
ແກ້ບັນຫາຂໍ້ຄວາມ
-?, --help
ຫນ້າຈໍຊ່ວຍເຫຼືອ
ໃຊ້ norsp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
