ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ ntdpal ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
ntdpal - ສະຫນອງການທໍາງານການຈັດຕໍາແຫນ່ງຂອງ Primer3
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ntdpal [-ກ gval] [-ລ ລວາລ] [-ມ mval] [-f1, f2, f3] [-p] [-s] [-e] {seq1} {seq2} {ຮູບແບບການ}
ລາຍລະອຽດ
Ntdpal (NucleoTide Dynamic Programming ALignment) ແມ່ນໂຄງການແບບຢືນຢູ່ຄົນດຽວທີ່ສະຫນອງ.
ການທໍາງານການຈັດຕໍາແຫນ່ງຂອງ Primer3 (ທ້ອງຖິ່ນ, aka Smith-Waterman, ທົ່ວໂລກ, aka
Needleman-Wunsch, ບວກກັບ "ເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງໂລກ").
OPTIONS
-g gval
gval ແມ່ນ float (ບວກ) (.01 ຄວາມແມ່ນຍໍາ) ລະບຸການລົງໂທດສໍາລັບການສ້າງຊ່ອງຫວ່າງ
ຕາມລໍາດັບ (ການລົງໂທດແມ່ນລົບອອກຈາກຄະແນນຜົນຜະລິດ)
-l h
ລວາລ ເປັນການເລື່ອນ (ບວກ) (.01 ຄວາມແມ່ນຍໍາ) ລະບຸໂທດສໍາລັບການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ
ຕາມລໍາດັບ (ການລົງໂທດແມ່ນລົບອອກຈາກຄະແນນຜົນຜະລິດ)
-a
ເຮັດໃຫ້ຕາຕະລາງຄະແນນຖືກດັດແກ້ໂດຍ dpal_set_ambiguity_codes.
-e
ເຮັດໃຫ້ຕໍາແຫນ່ງສິ້ນສຸດຂອງການຈັດລໍາດັບໃນທັງສອງລໍາດັບຖືກພິມ. ຢ່າ
ສັບສົນກັບ 'e' ຮູບແບບການ.
-f1, -f2, -f3
ບັງຄັບໃຫ້ປະຕິບັດສະເພາະ. -f2 ກໍາລັງໃຊ້ການປະຕິບັດທີ່ອາດຈະສະຫນອງ
ຂໍ້ຄວາມຜິດພາດໃຫ້ຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ, ອາດຈະມີຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຂອງຄວາມໄວບາງ.
-h
ໃຊ້ຕາຕະລາງຄະແນນທີ່ແຕກຕ່າງກັນ: G ແລະ C ກົງກັນ = 3, A ແລະ T = 2, ແລະບໍ່ກົງກັນ =
-0.5. (ມາຕຣິກເບື້ອງການໃຫ້ຄະແນນເລີ່ມຕົ້ນມອບໝາຍ 1 ໃຫ້ກັບການຈັບຄູ່, ແລະ -1 ໃຫ້ກັບການບໍ່ກົງກັນ.)
-p
ເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບສະແດງຢູ່ໃນ stderr.
-s
ສາເຫດ ພຽງແຕ່ ຄະແນນທີ່ຈະພິມ.
-m mval
ແມ່ນຊ່ອງຫວ່າງສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 3).
seq1 ແລະ seq2
ແມ່ນລໍາດັບທີ່ຈະສອດຄ່ອງ.
ຮູບແບບການ
ແມ່ນຫນຶ່ງໃນ g, G, l, ຫຼື L ການລະບຸລະດັບໂລກ, ທົ່ວໂລກທີ່ຍຶດຫມັ້ນ, ທ້ອງຖິ່ນ, ຫຼືທ້ອງຖິ່ນ
end-anchored alignment ຕາມລໍາດັບ. ສໍາລັບການເຂົ້າກັນໄດ້ໃນດ້ານຫລັງ e ເທົ່າກັບ G.
ການອ້າງອິງ
ກະລຸນາອ້າງເຖິງ Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 ໃນ WWW ສໍາລັບຜູ້ໃຊ້ທົ່ວໄປແລະສໍາລັບ
ນັກຂຽນໂປລແກລມຊີວະວິທະຍາ." ໃນ S. Krawetz ແລະ S. Misener, eds. ວິທີການຊີວະວິທະຍາແລະ
ອະນຸສັນຍາໃນຊຸດ Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
ຫນ້າ 365-386.
ໃຊ້ ntdpal ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
