เบเบตเปเปเบกเปเบเบเปเบฒเบชเบฑเปเบ nucmer2xfig เบเบตเปเบชเบฒเบกเบฒเบเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเปเบเปเปเบ OnWorks เบเบนเปเปเบซเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบเปเบฎเบเบเบดเปเบเบเบฃเบตเปเบเบเปเบเปเบซเบเบถเปเบเปเบเบซเบผเบฒเบเปเบเปเบญเบเปเบฎเบฑเบเบงเบฝเบเบญเบญเบเปเบฅเบเปเบเบญเบเบเบงเบเปเบฎเบปเบฒเปเบเบฑเปเบ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator เบซเบผเบท MAC OS online emulator
เปเบเบเบเบฒเบ:
NAME
mummer - เบเบธเบโเบชเปเบฒโเบฅเบฑเบโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบฅเบฝเบโเบฅเปเบฒโเบเบฑเบโเบเบญเบ genomes เบซเบผเบฒเบโ
เบชเบฐเบซเบผเบธเบเบชเบฑเบเบฅเบงเบก
mummer-annotate
เบฅเบงเบกMUMs
dnadiff [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ]เบซเบผเบท [เบเบปเบงเปเบฅเบทเบญเบ]-d<deltaเปเบเบฅเป>
เบเบปเบเบเบฑเบเปเบเป
เบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบ
เปเบเบเบเบตเป [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ]<coordsเปเบเบฅเป>[UTRเปเบเบทเบญเบ][CDSเปเบเบทเบญเบ]
mgaps [-เบ][-f][-เบฅ][-เบช]
เปเบกเปเบเปเบฒเบ [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบเปเบเบเบฒเบ]
mummerplot [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ]<เบเบปเบเบเบฑเบเปเบเบฅเป>
เบเบปเบงเปเบฅเบ [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ]
nucmer2xfig
เบญเบฒเบเบตเบ [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ]
เบเบปเบเบเบฑเบเบเปเบณ [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ]
run-mummer1 <เปเบงเบญเปเบฒเบเบญเบดเบ><เปเบงเบชเบญเบเบเบฒเบก>[-r]
run-mummer3 <เปเบงเบญเปเบฒเบเบญเบดเบ><เบซเบผเบฒเบเปเบงเบชเบญเบเบเบฒเบก>
เบเบฒเบโเบเบฑเบโเบงเบฒเบโเบชเบฐโเปเบเบโเปเบซเปโเปเบซเบฑเบโ [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ]<เบญเปเบฒเบเบญเบตเบID >< qryID >
เบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเปเบกเปเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ .delta เบเบญเบ "เบเบปเบงเปเบฅเบ" เบซเบผเบท "promer" เปเบเบเบเบฒเบเบเบตเปเบชเบปเปเบเบเปเบฒเบ.
เบเบฑเบเบเบฑเบเบเปเบฒเบชเบฑเปเบ.
เบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบกเปเบเปเบเบทเปเบญ stdout, เปเบฅเบฐเบเบฐเบเบญเบเบเปเบงเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบเบเบฑเบเบซเบกเบปเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบกเปเบฅเบฐเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
เบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบเบทเบเบเปเบฒเบเบปเบเบขเบนเปเปเบเปเบชเบฑเปเบเบเปเบฒเบชเบฑเปเบ.
เบซเบกเบฒเบโเปเบซเบโ: เบเปเปโเบกเบตโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบฅเบฝเบโเบเบฒเบกโเบเปเบฒโเปเบฅเบตเปเบกโเบเบปเปเบโ, เบชเบฐโเบเบฑเปเบโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบฅเบฝเบโเบฅเปเบฒโเบเบฑเบโเบเบฐโเปเบเปโเบฎเบฑเบโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบฅเปเบฒโเบเบฑเบโเบเบฒเบกโเบเบตเปโเบเบปเบโเปเบโ
เปเบเป เบงเบฑเบเบชเบฐเบเบธเบเปเบญเบ.
เบชเบฒเบโเบชเบฐโเปเบเบโ [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ]
เบชเบฐเปเบเบ-snps [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ]
เบเบฒเบโเบชเบฐโเปเบเบโเบเบฐโเปเบเบทเปเบญเบโ [เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ]
เบฅเบฒเบเบฅเบฐเบญเบฝเบ
OPTIONS
เปเบเบทเปเบญเบเบกเบทเบเบฑเบเปเบปเบ (เบเบปเบเปเบงเบฑเปเบเบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบ) เบเบฐเบเบดเบเบฑเบเบเบฒเบกเบเบปเบงเปเบฅเบทเบญเบ -h, --help, -V เปเบฅเบฐ --version เบเบฒเบกเบเบตเปเบญเบฑเบเปเบถเปเบเบเบฐ.
เบเบฒเบเบซเบงเบฑเบ. เบเบฒเบเบเปเบงเบเปเบซเบผเบทเบญเบเบตเปเปเบกเปเบเบเบตเปเบฅเบตเบเปเบฅเบฐเปเบฎเบฑเบเปเบซเปเบซเบเปเบฒเบเบนเปเบเบฒเบเปเบซเบผเบปเปเบฒเบเบตเปเบฅเปเบฒเบชเบฐเปเบซเบกเปเบเบเบเบทเปเบเบเบฒเบเปเบฅเปเบง.
เบฅเบงเบกMUMs เบฅเบงเบก MUMs เปเบ เปเบเบเบเบฒเบเบเบฐเบซเบเบฒเบเบเบฒเบเปเบเปเบเบเบฑเบเบเบดเบเบเปเบฒเบ เปเบฅเบฐเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบ MUMs.
เปเบเบฑเบเปเบเบฅเป fasta เบเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ. เปเบเบฑเบโเบซเบผเบฒเบ
เปเบเบฅเป fasta เบเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบเบปเบเบเบฑเบเบเบฑเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
-D เบเบฝเบเปเบเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบเบทเปเบญ stdout เบเปเบฒเปเบซเบเปเบเบเบตเปเปเบเบเบเปเบฒเบ
เปเบฅเบฐเบฅเบฑเบเบชเบฐเบเบฐ
-n เบญเบฐโเบเบธโเบเบฒเบโเปเบซเปโเบกเบตโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบเบนเปโเบเบฝเบโเปเบเปโเบฅเบฐโเบซเบงเปเบฒเบ nucleotidesโ, เปเบเบฑเปเบโ, ACGTsโ
-N num Break matches at เบซเบผเบทเบซเบผเบฒเบเบเบงเปเบฒ ACGTs เบเบดเบเบเปเปเบเบฑเบ
เปเบเบฑเบ -q เปเบเปเปเบเบทเปเบญเบเบดเบเบเปเบฒเบเบเบณเบเบฑเบเปเบเบเบชเบญเบเบเบฒเบก
เปเบเบฑเบ -r เปเบเปเปเบเบทเปเบญเบเบดเบเบเปเบฒเบเบเบณเบเบฑเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
-S เบญเบญเบเบเบงเบฒเบกเปเบเบเบเปเบฒเบเบเบฑเบเปเบปเบเปเบเบชเบฒเบ
-t Label query เบเบปเบเบเบฑเบ header fasta query
-v num เบเบฑเปเบเบฅเบฐเบเบฑเบ verbose เบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบดเปเบชเบ
-W file เบฃเบตเปเบเบฑเบเบเบทเปเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ witherrors.gaps
-x เบเปเปเปเบซเปเบญเบญเบเปเบเบฅเป .cover
-e เบเบฑเปเบโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบญเบฑเบโเบเบฒโเบเบงเบฒเบกโเบเบดเบโเบเบฒเบโเปเบเบฑเบ e (เปเบเบฑเปเบ 0.02 เปเบกเปเบโเบชเบญเบโเปเบเบตโเปเบเบฑเบโ)
dnadiff เบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเบงเบดเปเบเบฒเบฐเบเบฝเบเบเบฝเบเบเบญเบเบชเบญเบเบเบธเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเปเบเบเปเบเป nucmer เปเบฅเบฐเบเบตเปเบเปเบฝเบงเบเปเบญเบเบเบญเบเบกเบฑเบ
เบเบปเบเบเบฐเปเบซเบเบเบเบตเปเบกเบตเบเบปเบงเบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเปเบเบฐเบเปเบฒ. เปเบเบดเปเบเปเบญเบเบฐเบชเบฒเบ MUMmer เบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบฅเบฒเบเบฅเบฐเบญเบฝเบเปเบเบตเปเบกเปเบเบตเบก
เบฅเบฒเบโเบฅเบฐโเบญเบฝเบโเบเบญเบโเบเบปเบโเบเบฐโเบฅเบดเบโเปเบเปโ. เบเบฐเบฅเบดเบเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเปเปเปเบเบเบตเป:
.report - เบชเบฐเบซเบผเบธเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ, เบเบงเบฒเบกเปเบเบเบเปเบฒเบเปเบฅเบฐ SNPs
.delta - เบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ nucmer เบกเบฒเบเบเบฐเบเบฒเบ
.1delta - เบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบ 1-to-1 เบเบฒเบ delta-filter -1
.mdelta - เบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบ M-to-M เบเบฒเบ delta-filter -m
.1coords - 1-to-1 เบเบดเบเบฑเบเบเบฒเบ show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - เบเบดเบเบฑเบ M-to-M เบเบฒเบ show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNPs เบเบฒเบ show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - เบเบฒเบเบเบฑเบเบเบฐเปเบเบเบเบธเบเปเบเปเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบเบเบฒเบ show-diff -rH .mdelta
.qdiff - เบเบธเบเปเบเบ qry เบเบฐเปเบเบเบเบฒเบ show-diff -qH .mdelta
.unref - IDs เปเบฅเบฐเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเบตเปเบเปเปเบชเบญเบเบเปเบญเบเบเบฑเบ (เบเปเบฒเบกเบต)
.unqry - IDs query unaligned เปเบฅเบฐเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบง (เบเปเบฒเบกเบต)
เบเบฑเบเบเบฑเบ:
เบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบดเบ เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบเบซเบผเบฒเบเบเบทเปเปเบเบฅเป FASTA
query เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบกเบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเบซเบผเบฒเบเบเบทเปเปเบเบฅเป FASTA
or
เปเบเบฅเป delta เบเปเปเปเบเปเบเบฑเปเบเบเบญเบเปเบเบฅเปเบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบ .delta เบเบฒเบ nucmer
เบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ:
-d|delta เบชเบฐเปเบญเบเปเบเบฅเป delta precomputed เบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบฒเบเบงเบดเปเบเบฒเบฐ
-h
--help เบชเบฐเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบฒเบเบเปเบงเบเปเบซเบผเบทเบญเปเบฅเบฐเบญเบญเบ
-p|prefix เบเปเบฒเบเบปเบเบเปเบฒเบเปเบฒเบซเบเปเบฒเบเบญเบเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ "out")
-V
--version เบชเบฐเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบชเบฐเบเบฑเบ เปเบฅเบฐเบญเบญเบ
เปเบเบเบเบตเป
-h
--help เบชเบฐเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบฒเบเบเปเบงเบเปเบซเบผเบทเบญเปเบฅเบฐเบญเบญเบ
-m|mag เบเปเบฒโเบเบปเบโเบเบฒเบโเบเบฐโเบซเบเบฒเบโเบเบตเปโเบฎเบนเบโเบเบฒเบโเบเบตเปโเปเบเปโเบฎเบฑเบโเบเบฒเบโเบชเบฐโเปเบเบโเปเบซเปโเปเบซเบฑเบโ,
เบเบตเปเปเบกเปเบเบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบเบชเปเบฒเบฅเบฑเบ fig2dev เบเบตเปเบเบทเบเบเปเบฒเปเบเปเปเบเบทเปเบญเบชเปเบฒเบ
เปเบเบฅเป PDF เปเบฅเบฐ PS (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 1.0)
-n|num เบเบฑเปเบเบเปเบฒเบเบงเบเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบตเปเปเบเปเปเบเบทเปเบญเปเบเปเบเบชเปเบงเบ
เบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ, เบเบตเปเปเบกเปเบเปเบเบทเปเบญเบซเบผเบตเบเปเบงเบฑเปเบเบเบฒเบเบชเปเบฒเบเปเบเบฅเปเบเบตเปเปเบเบตเบเปเบ
เบเบฐเบซเบเบฒเบเปเบซเบเปเบเบตเปเบเบฐเบชเบฐเปเบเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 10)
-p|prefix เบเปเบฒเบเบปเบเบเปเบฒเบเปเบฒเบซเบเปเบฒเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ
(เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ "PROMER_graph เบซเบผเบท NUCMER_graph")
-v
--verbose Verbose เบเบฑเบเบเบถเบเปเบเบฅเปเบเบตเปเบเบธเบเปเบเปเบเปเบฅเปเบง
-V
--version เบชเบฐเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบชเบฐเบเบฑเบ เปเบฅเบฐเบญเบญเบ
-x1 coord เบเปเบฒเบเบปเบเบเบญเบเปเบเบเบเบฐเบชเบฒเบเบเบฒเบเบเปเปเบฒเบเบญเบเบเปเบชเบฐเปเบเบเบเบปเบ
-x2 coord เบเปเบฒเบเบปเบเบเบญเบเปเบเบเบเบฐเบชเบฒเบเบเบฒเบเบเปเบฒเบเปเบเบดเบเบเบญเบเบเปเบชเบฐเปเบเบเบเบปเบ
-g|ref เบเปเบฒเปเบเบฅเปเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบทเบเบชเบฐเปเบญเบเปเบซเปเปเบเบ 'mgaps', เบเบฑเปเบเบเปเบฒ
ID เบฅเบณเบเบฑเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ (เบเบฒเบกเบเบตเปเบกเบฑเบเบเบฒเบเบปเบเบขเบนเปเปเบเบเบฑเบเบเบณเบญเบดเบ
เบเบญเบเปเบเบฅเป UTR/CDS coords)
-I เบชเบฐเปเบเบเบเบทเปเบเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบก
-Ir เบชเบฐเปเบเบเบเบทเปเบเบญเบเบเบฑเบเบเบธเบเปเบฒเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
เปเบกเปเบเปเบฒเบ เบเบญเบเบซเบฒเปเบฅเบฐเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ (เปเบเบทเปเบญ stdout) เบเปเบฒเปเบซเบเปเบเปเบฅเบฐเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเบญเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเบฝเบเบเปเบเบฑเบเบซเบกเบปเบ
เบเบฒเบเบเบฑเบเบเบนเปเบชเบนเบเบชเบธเบเบเบญเบเบชเบฒเบเบเปเบญเบเปเบ เปเบฅเบฐ
-mum compute เบเบฒเบเบเบฑเบเบเบนเปเบชเบนเบเบชเบธเบเบเบตเปเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบเปเบเบเบฑเบเบชเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ
-mumcand เบเบทเบเบฑเบเบเบฑเบ -mumreference
-mumreference compute เบเบปเบเบเบฑเบเบชเบนเบเบชเบธเบเบเบตเปเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบ
เบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบดเบเปเบเปเบเปเปเบเปเบฒเปเบเบฑเบเปเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบก
(เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ)
-maxmatch เบเบดเบเปเบฅเปเบเบฒเบเปเบเปเบเบเบฑเบเบชเบนเบเบชเบธเบเบเบฑเบเบซเบกเบปเบเปเบเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบถเบเปเบเบดเบเบเบงเบฒเบกเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบเบเบญเบเปเบเบปเบฒเปเบเบปเปเบฒ
-n เบเบปเบเบเบฑเบเบเบปเบงเบญเบฑเบเบชเบญเบ a, c, g, เบซเบผเบท t
เบเบงเบเปเบเบปเบฒเบชเบฒเบกเบฒเบเบขเบนเปเปเบเบเบปเบงเบเบดเบกเปเบซเบเปเบซเบผเบทเบเปเปเบฒ
-l เบเปเบฒเบเบปเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเปเบฒเปเบชเบธเบเบเบตเปเบเบญเบเบเบฒเบเปเบเปเบเบเบฑเบ
เบเปเบฒเบเปเปเปเบเปเบเบฑเปเบ, เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบเปเบกเปเบ 20
-b เบเบดเบโเปเบฅเปโเบเบปเบโเบเบฑเบโเบเปเบฒเบกโเปเบโเบเปเบฒเบโเบซเบเปเบฒโเปเบฅเบฐโเบเบตเปเบโเบเบฑเบโเบเบทเบโเปเบโเบเปเบญเบโ
-r เบเบฝเบเปเบเป compute reverse complement matches
-s เบชเบฐโเปเบเบโเปเบซเปโเปเบซเบฑเบ substrings เบเบตเปโเบเบปเบโเบเบฑเบโ
-c เบฅเบฒเบโเบเบฒเบโเบเบฒเบโเบชเบญเบโเบเบฒเบกโเบเปเบฒโเปเบซเบเปเบโเบเบญเบโเบเบฒเบโเบเบปเบโเบเบฑเบโเบเบฑเบโเบเบฒเบโเบเบญเบโเบชเบฐโเบซเบเบญเบโ
เบเบฝเบเบเบฑเบเบฅเบณเบเบฑเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบกเบเบปเปเบเบชเบฐเบเบฑเบ
-F เบเบฑเบเบเบฑเบ 4 เบเปเบฅเปเบฒเบฎเบนเบเปเบเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบถเบเปเบเบดเบเบเปเบฒเบเบงเบเบเบญเบ
เบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
-L เบชเบฐเปเบเบเปเบซเปเปเบซเบฑเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบกเปเบเปเบเบงเบซเบปเบง
เบเปเบญเบเบชเบฒเบง
nucmer เบชเปเบฒเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบ nucleotide เบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเบชเบญเบ input mutli-FASTA
เปเบเบฅเป. เบชเบญเบเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบกเปเบเบเบทเบเบชเปเบฒเบเบเบถเปเบ. เบฅเบฒเบเบเบฒเบเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ .cluster
เบเบธเปเบกเบเบญเบเบเบฒเบเปเบเปเบเบเบฑเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเปเบเปเบฅเบฐเบฅเปเบฒเบเบฑเบ. เปเบเบฅเป .delta เบฅเบฒเบเบเบทเป
เปเบฅโเบเบฐโเบซเปเบฒเบโเบฅเบฐโเบซเบงเปเบฒเบโเบเบฒเบโเปเบเบโเปเบฅเบฐโเบเบฒเบโเบฅเบปเบโเบเบตเปโเบชเปเบฒเบโเบเบฐโเปเบเบโเบชเบนเบโเบชเบธเบโ
เบเบฒเบเบเบฑเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเปเบเปเบฅเบฐเบฅเปเบฒเบเบฑเบ.
เบเบฑเบเบเบฑเบ:
เบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบดเบ เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบทเปเปเบเบฅเป multi-FASTA เบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
Query เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบกเบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเบซเบผเบฒเบเบเบทเปเปเบเบฅเป FASTA
--mum เปเบเปเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบนเปเบชเบฐเบกเปเบเบตเปเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบเปเบเบเบฑเบเบชเบญเบเปเบญเบเบฐเบชเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
เปเบฅเบฐเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบก
--mumcand เบเบทเบเบฑเบเบเบฑเบ --mumreference
--mumreference เปเบเปเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบนเปเบชเบฐเบกเปเบเบตเปเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบเปเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
เปเบเปเบเปเปเบเปเบฒเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบเปเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบก (เบเบถเบเบเบดเบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ)
--maxmatch เปเบเปเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบนเปเบชเบฐเบกเปเบเบฑเบเปเบปเบเปเบเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบถเบเปเบเบดเบเบเบงเบฒเบกเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบเบเบญเบเบเบงเบเบกเบฑเบ
-b|breaklen เบเปเบฒโเบเบปเบโเปเบฅโเบเบฐโเบเบฒเบโเบเบฒเบโเบเบฐโเบซเบเบฒเบโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบเบฑเปเบโเบเบฐโเบเบฐโเบเบฒโเบเบฒเบกโเบเบตเปโเบเบฐโ
เบเบฐเบซเบเบฒเบเปเบเบเบเบฐเปเบเบเบเบตเปเบเปเปเบเบตเบเปเบญเบเบเบตเปเบเบฐเบเบญเบกเปเบเป (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 200)
-c|mincluster เบเบณเบเบปเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเปเปเบฒเบชเบธเบเบเบญเบเบเบธเปเบกเบเบตเปเบเบปเบเบเบฑเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 65)
--[เบเปเป]delta เบชเบฐเบซเบผเบฑเบเบเบฒเบเบชเปเบฒเบเปเบเบฅเป delta (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ --delta)
--depend เบเบดเบกเบเปเปเบกเบนเบ dependency เปเบฅเบฐเบญเบญเบ
-d|diagfactor เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฑเบเปเบเบเบฒเบเปเบเบเบเบงเบฒเบกเปเบเบเบเปเบฒเบเบเบฒเบเบเบงเบฒเบเบเบญเบเบเบธเปเบก
(เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 0.12)
--[no]extend เบชเบฐเบซเบผเบฑเบเบเบฑเปเบเบเบญเบเบเบฒเบเบเบฐเบซเบเบฒเบเบเบธเปเบก (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ --extend)
-f
--forward เปเบเปเบเบฝเบเปเบเปเปเบชเบฑเปเบเบเปเปเบซเบเปเบฒเบเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ Query
-g|maxgap เบเปเบฒเบเบปเบเบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบเบชเบนเบเบชเบธเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเบชเบญเบเบเปเบฒเบเบตเปเบเบดเบเบเบฑเบเปเบ a
เบเบธเปเบก (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 90)
-h
--help เบชเบฐเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบฒเบเบเปเบงเบเปเบซเบผเบทเบญเปเบฅเบฐเบญเบญเบ
-l|minmatch เบเบฑเปเบโเบเบงเบฒเบกโเบเบฒเบงโเบเปเบฒโเปโเบชเบธเบโเบเบตเปโเบเบญเบโเบเบฒเบโเปเบเปเบโเบเบฑเบโเบเบฝเบง (เบเปเบฒโเปเบฅเบตเปเบกโเบเบปเปเบ 20โ)
-o
--coords เบชเปเบฒเบ NUCmer1.1 coords เบเบปเปเบเบชเบฐเบเบฑเบเปเบเบเบญเบฑเบเบเบฐเปเบเบกเบฑเบ
เปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบเบเปเบเปเปเบเบเบเบฒเบ 'show-coords'
--[เบเปเป]เบเบฑเบเบเปเบฝเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบฐเปเบเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบณเปเปเปเบเปเบซเปเปเปเบฒเบฐเบชเบปเบก, เปเบเบฑเปเบ: เบเปเบฒเบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบ
เบชเปเบงเบเบเบฐเบซเบเบฒเบเปเบเบฎเบญเบเบเบธเบเบชเบดเปเบเบชเบธเบเบเบญเบเบฅเบณเบเบฑเบ, เบกเบฑเบเบเบฐเบเบญเบเบซเบผเบฑเบ
เปเบเบทเปเบญเปเบเบตเปเบกเบเบฐเบชเบดเบเบเบดเบเบฒเบเบเบฐเปเบเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบเปเบเบเบเบตเปเบเบฐเบชเบดเปเบเบชเบธเบ
เบเบฒเบเบเบฑเบเบงเบฒเบเปเบเบเบญเบเบเปเบฒเบเบเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ --optimize)
-p|prefix เบเปเบฒเบเบปเบเบเปเบฒเบเปเบฒเบซเบเปเบฒเบเบญเบเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ "out")
-r
--reverse เปเบเปเบเบฝเบเปเบเปเบเบฒเบเบเบฐเบเบญเบ reverse เบเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ Query
--[เบเปเป]เปเบฎเบฑเบเปเบซเปเบเบงเบฒเบกเบเปเบฒเบเบเบญเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเบเปเบฒเบเบเบถเปเบเปเบเบเบเบฒเบเปเบญเบปเบฒเบเบธเปเบกเบเบตเปเบกเบตเปเบเบปเบฒเบญเบญเบ. เบซเบฑเบ
เบเบฒเบโเปเบฅเบทเบญเบโเบเบตเปโเบเบดเบโเบเปเบฒโเบซเบฒเบโเบงเปเบฒโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบฅเบฝเบโเบฅเปเบฒโเบเบฑเบโเบเบญเบโเบเบปเบโเปเบญเบโเปเบเบทเปเบญโเปเบเบดเปเบโ
เบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบฒเบเบเปเปเบฒ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ --simplify)
เบญเบฒเบเบตเบ
promer เบชเปเบฒเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฅเบฝเบเบเบญเบเบญเบฒเบเบดเบ amino เบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบ DNA mutli-FASTA เบชเบญเบเบญเบฑเบ
เปเบเบฅเป. เบชเบญเบเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบกเปเบเบเบทเบเบชเปเบฒเบเบเบถเปเบ. เบฅเบฒเบเบเบฒเบเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ .cluster
เบเบธเปเบกเบเบญเบเบเบฒเบเปเบเปเบเบเบฑเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเปเบเปเบฅเบฐเบฅเปเบฒเบเบฑเบ. เปเบเบฅเป .delta เบฅเบฒเบเบเบทเป
เปเบฅโเบเบฐโเบซเปเบฒเบโเบฅเบฐโเบซเบงเปเบฒเบโเบเบฒเบโเปเบเบโเปเบฅเบฐโเบเบฒเบโเบฅเบปเบโเบเบตเปโเบชเปเบฒเบโเบเบฐโเปเบเบโเบชเบนเบโเบชเบธเบโ
เบเบฒเบเบเบฑเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเปเบเปเบฅเบฐเบฅเปเบฒเบเบฑเบ. เบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบ DNA เบเบทเบเปเบเปเบเบฑเบเบเบฑเบเปเบปเบ 6
เบญเปเบฒเบเบเบญเบเปเบเบทเปเบญเบชเปเบฒเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ, เปเบเปเบเบฒเบเบเบฐเบชเบฒเบเบเบฒเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ
เบญเปเบฒเบเบญเบตเบเบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบ DNA เบเบปเปเบเบชเบฐเบเบฑเบ.
เบเบฑเบเบเบฑเบ:
เบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบดเบ เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเปเบญเบเบฐเบชเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบเบซเบผเบฒเบ FASTA DNA
Query เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบกเบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเบซเบผเบฒเบเปเบเบฅเป FASTA DNA
--mum เปเบเปเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบนเปเบชเบฐเบกเปเบเบตเปเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบเปเบเบเบฑเบเบชเบญเบเปเบญเบเบฐเบชเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
เปเบฅเบฐเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบก
--mumcand เบเบทเบเบฑเบเบเบฑเบ --mumreference
--mumreference เปเบเปเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบนเปเบชเบฐเบกเปเบเบตเปเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบเปเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ
เปเบเปเบเปเปเบเปเบฒเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบเปเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบก (เบเบถเบเบเบดเบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ)
--maxmatch เปเบเปเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบนเปเบชเบฐเบกเปเบเบฑเบเปเบปเบเปเบเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบถเบเปเบเบดเบเบเบงเบฒเบกเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบเบเบญเบเบเบงเบเบกเบฑเบ
-b|breaklen เบเปเบฒโเบเบปเบโเปเบฅโเบเบฐโเบเบฒเบโเบเบฒเบโเบเบฐโเบซเบเบฒเบโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบเบฑเปเบโเบเบฐโเบเบฐโเบเบฒโเบเบฒเบกโเบเบตเปโเบเบฐโ
เบเบฐโเบซเบเบฒเบโเบเบฒเบโเบเบทเปเบโเบเบฐโเปเบเบโเบเบตเปโเบเปเปโเบเบตโเบเปเบญเบโเบเบตเปโเบเบฐโเบเบญเบกโเปเบเปโ, เบเบฒเบโเบงเบฑเบโเปเบเบโเปเบโ
เบญเบฒเบเบดเบ amino (เบกเบฒเบเบเบฐเบเบฒเบ 60)
-c|mincluster เบเบณเบเบปเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเปเปเบฒเบชเบธเบเบเบญเบเบเบธเปเบกเบเบตเปเบเบปเบเบเบฑเบ, เบงเบฑเบเปเบเบเปเบเบฑเบ
เบญเบฒเบเบดเบ amino (เบกเบฒเบเบเบฐเบเบฒเบ 20)
--[เบเปเป]delta เบชเบฐเบซเบผเบฑเบเบเบฒเบเบชเปเบฒเบเปเบเบฅเป delta (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ --delta)
--depend เบเบดเบกเบเปเปเบกเบนเบ dependency เปเบฅเบฐเบญเบญเบ
-d|diagfactor เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฑเบเปเบเบเบฒเบเปเบเบเบเบงเบฒเบกเปเบเบเบเปเบฒเบเบเบฒเบเบเบงเบฒเบเบเบญเบเบเบธเปเบก
(เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ .11)
--[no]extend เบชเบฐเบซเบผเบฑเบเบเบฑเปเบเบเบญเบเบเบฒเบเบเบฐเบซเบเบฒเบเบเบธเปเบก (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ --extend)
-g|maxgap เบเปเบฒเบเบปเบเบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบเบชเบนเบเบชเบธเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเบชเบญเบเบเปเบฒเบเบตเปเบเบดเบเบเบฑเบเปเบ a
เบเบธเปเบก, เบงเบฑเบเปเบเบเปเบเบญเบฒเบเบดเบ amino (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 30)
-l|minmatch เบเปเบฒเบเบปเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเปเบฒเปเบชเบธเบเบเบญเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบนเปเบเบฝเบง, เบงเบฑเบเปเบเบเปเบเบฑเบ amino
เบญเบฒเบเบดเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 6)
-m|masklen เบเบณเบเบปเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเบญเบเปเปเบฒเบเบฒเบ bookend เบชเบนเบเบชเบธเบ, เบงเบฑเบเปเบเบเปเบเบฑเบ amino
เบญเบฒเบเบดเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 8)
-o
--coords เบชเปเบฒเบ PROmer1.1 ".coords" เบเบปเปเบเบชเบฐเบเบฑเบเปเบเบเบญเบฑเบเบเบฐเปเบเบกเบฑเบ.
เปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบเบเปเบเปเปเบเบเบเบฒเบ "show-coords".
--[เบเปเป]เบเบฑเบเบเปเบฝเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบฐเปเบเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบณเปเปเปเบเปเบซเปเปเปเบฒเบฐเบชเบปเบก, เปเบเบฑเปเบ: เบเปเบฒเบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบ
เบชเปเบงเบเบเบฐเบซเบเบฒเบเปเบเบฎเบญเบเบเบธเบเบชเบดเปเบเบชเบธเบเบเบญเบเบฅเบณเบเบฑเบ, เบกเบฑเบเบเบฐเบเบญเบเบซเบผเบฑเบ
เปเบเบทเปเบญเปเบเบตเปเบกเบเบฐเบชเบดเบเบเบดเบเบฒเบเบเบฐเปเบเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบเปเบเบเบเบตเปเบเบฐเบชเบดเปเบเบชเบธเบ
เบเบฒเบเบเบฑเบเบงเบฒเบเปเบเบเบญเบเบเปเบฒเบเบเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ --optimize)
-p|prefix เบเปเบฒเบเบปเบเบเปเบฒเบเปเบฒเบซเบเปเบฒเบเบญเบเปเบเบฅเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ "out")
-x|matrix เบเบฑเปเบเปเบฅเบ matrix เบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเปเบเบฑเบ 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] เบซเบผเบท 3 [BLOSUM 80] (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 2)
เบเบปเบเบเบฑเบเบเปเบณ เบเบญเบเบซเบฒเบเบฒเบเปเบเปเบเบเบฑเบเบเบตเปเปเบเปเบเบญเบเบชเบนเบเบชเบธเบเบเบฑเบเปเบปเบเปเบ
-E เปเบเปเบเบฒเบเบเบปเปเบเบซเบฒเบขเปเบฒเบเบเบปเบเบเปเบงเบ (เบเปเบฒ) เปเบเบทเปเบญเบเบญเบเบซเบฒเบเปเบฒเบเบตเปเบเบปเบเบเบฑเบ
-f Forward strand เปเบเบปเปเบฒเบเบฑเปเบ, เบขเปเบฒเปเบเป reverse complement
-n # เบเบฑเปเบโเบเบงเบฒเบกโเบเบฒเบงโเบเบปเบโเบเบฑเบโเบขเปเบฒเบโเปเบเปโเบเบญเบโเบเปเบฒโเปโเบชเบธเบโเบเบตเปโเปเบเบฑเบ #
-t เบเบฝเบเปเบเปเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ tandem เบเปเปเบฒเบเบทเบ
-V # เบเปเบฒเบเบปเบเบฅเบฐเบเบฑเบเบเบญเบ verbose (debugging) เบเบฒเบเบเบดเบกเปเบเบฑเบ #
เบเบฒเบโเบเบฑเบโเบงเบฒเบโเบชเบฐโเปเบเบโเปเบซเปโเปเบซเบฑเบโ
-h เบชเบฐเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบฒเบเบเปเบงเบเปเบซเบผเบทเบญ
-q เบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฅเบฝเบเบเบฒเบกเบเบฒเบเบเบฐเบชเบฒเบเบเบฒเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบกเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ
-r เบเบฑเบเบฎเบฝเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเบเบฒเบกเบเบธเบเบเบฐเบชเบฒเบเบเบฒเบเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ
-w int เบเปเบฒเบเบปเบเบเบงเบฒเบกเบเบงเปเบฒเบเบเบญเบเบซเบเปเบฒเบเป - เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบเปเบกเปเบ 60
-x int เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฐเปเบเบ matrix - เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบเปเบกเปเบ 2 (BLOSUM 62),
เบเบฒเบโเปเบฅเบทเบญเบโเบญเบทเปเบโเบฅเบงเบกโเบกเบต 1 (BLOSUM 45) เปเบฅเบฐ 3 (BLOSUM 80)
เบซเบกเบฒเบเปเบซเบ: เบเบฝเบเปเบเปเบกเบตเบเบปเบเบเบฐเบเบปเบเบเปเบฝเบงเบเบฑเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฅเบฝเบเบเบญเบเบญเบฒเบเบดเบ amino
เบชเบฒเบโเบชเบฐโเปเบเบโ
-b เบฎเบงเบกเบเบฒเบเบเบฑเบเบงเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบฑเบเปเบเบเบเปเปเบเปเบฒเบเบถเบเปเบเบดเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเบนเป dir
เบซเบผเบทเบเบญเบ เปเบฅเบฐเบเปเปเบชเบฐเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบปเบงเบเบปเบเปเบเป.
-B เบเปเบฝเบเบเบปเบเบญเบญเบเบกเบฒเปเบเบฑเบเบฎเบนเบเปเบเบ btab
-c เบฅเบงเบกเปเบญเบปเบฒเบเปเปเบกเบนเบเบเบฒเบเบเบธเปเบกเบเบญเบเปเบเบตเปเบเบฑเบเปเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ
-d เบชเบฐเปเบเบเบเบดเบเบเบฒเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบงเบฒเบเปเบเบชเปเบงเบเปเบเบตเปเบกเปเบเบตเบก
เบเบฑเบ FRM (เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบเบชเปเบฒเบฅเบฑเบ promer)
-g เบเบฒเบโเปเบฅเบทเบญเบโเบเบตเปโเบเบทเบโเบเบฑเบโเปเบฅเบทเบญเบโ. เบเบฐเบฅเบธเบเบฒเปเบเป 'delta-filter' เปเบเบ
-h เบชเบฐเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบฒเบเบเปเบงเบเปเบซเบผเบทเบญ
-H เบขเปเบฒเบเบดเบกเบซเบปเบงเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ
-I float เบเปเบฒเบเบปเบเบเบปเบงเบเบปเบเบชเปเบงเบเบฎเปเบญเบเบเปเบฒเปเบชเบธเบเบเบตเปเบเบฐเบชเบฐเปเบเบ
-k Knockout (เบเปเปเบชเบฐเปเบเบ) เบเบฒเบเบเบฑเบเบงเบฒเบเบเบตเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบฑเบ
เบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเบญเบทเปเบเปเบเบเบญเบเบเบตเปเปเบเบเบเปเบฒเบเบเบฑเบเบซเบผเบฒเบเบเปเบงเบฒ 50%
เบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเบญเบเบเบงเบเบกเบฑเบ, เปเบฅเบฐเบกเบตเบเบงเบฒเบกเบเปเบฒเบเบเบทเบเบฑเบเบชเปเบงเบเบฎเปเบญเบเปเปเบญเบเบเบงเปเบฒ
เบซเบผเบทเบกเบตเบซเบเปเบญเบเบเบงเปเบฒ 75% เบเบญเบเบเบฐเบซเบเบฒเบเบเบญเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบเบญเบทเปเบเป
(เปเบเบฃเปเบกเบตเปเบเบปเปเบฒเบเบฑเปเบ)
-l เบเบฐเบเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบฅเปเบฒเบเบฑเบเปเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ
-L เบเบฒเบง เบเปเบฒเบเบปเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบชเบธเบเบเบตเปเปเบเบทเปเบญเบชเบฐเปเบเบ
-o เบเบฑเบเบเบถเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเบชเบนเบเบชเบธเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเบชเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ, ie
เบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบฑเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ เปเบฅเบฐ เบฅเบณเบเบฑเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบก
-q เบเบฑเบเบฎเบฝเบเปเบเบงเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบเบ IDs เบชเบญเบเบเบฒเบก เปเบฅเบฐเบเบธเบเบเบฐเบชเบฒเบเบเบฒเบ
-r เบเบฑเบโเบญเบญเบโเบชเบฒเบโเบเบปเบโเบเบฐโเบฅเบดเบโเปเบเบ IDs เบเบฐโเบชเบฒเบโเบญเปเบฒเบโเบญเบตเบโเปเบฅเบฐโเบเบฐโเบชเบฒเบโเบเบฒเบโ
-T เบเปเบฝเบเบเบปเบเบญเบญเบเบกเบฒเปเบเบฑเบเบฎเบนเบเปเบเบเบเบตเปเบเบฑเปเบเปเบเบ
เบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเปเบกเปเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ .delta เบเบญเบ "เบเบปเบงเปเบฅเบ" เบซเบผเบท "promer" เปเบเบเบเบฒเบเบเบตเปเบชเบปเปเบเบเปเบฒเบ.
เบเบฑเบเบเบฑเบเบเปเบฒเบชเบฑเปเบ.
เบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบกเปเบเปเบเบทเปเบญ stdout, เปเบฅเบฐเบเบฐเบเบญเบเบเปเบงเบเบเบฑเบเบเบตเบฅเบฒเบเบเบทเปเบเบญเบเบเบธเบเบเบฐเบชเบฒเบเบเบฒเบ, เบเบปเบงเบเบปเบเบชเปเบงเบเบฎเปเบญเบ, เปเบฅเบฐเบญเบทเปเบเป
เบเปเปเบกเบนเบเบเบตเปเปเบเบฑเบเบเบฐเปเบซเบเบเบเปเบฝเบงเบเบฑเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบกเบตเบขเบนเปเปเบเปเบเบฅเป .delta เบเบตเปเปเบเปเปเบเบฑเบ
input
เบซเบกเบฒเบโเปเบซเบโ: เบเปเปโเบกเบตโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบฅเบฝเบโเบเบฒเบกโเบเปเบฒโเปเบฅเบตเปเบกโเบเบปเปเบโ, เบชเบฐโเบเบฑเปเบโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบเบฑเปเบโเบเบฐโเปเบเปโเบฎเบฑเบโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบฅเปเบฒโเบเบฑเบโเบเบฒเบกโเบเบตเปโเบเบปเบโ
เปเบ เบงเบฑเบเบชเบฐเบเบธเบเปเบญเบ.
เบชเบฐเปเบเบ-snps
-C เบซเปเบฒเบกเบฅเบฒเบเบเบฒเบ SNPs เบเบฒเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเปเบญเบเบเบตเปเบกเบตเบเบงเบฒเบกเบเปเปเบเบฑเบเปเบเบ
เบเบฒเบเบชเปเบฒเบเปเบเบเบเบตเป, ie เบเบฝเบเปเบเปเบฅเบฒเบเบเบฒเบ SNPs เบเปเบญเบเบเบตเป [R] เปเบฅเบฐ [Q]
เบเบฑเบเปเบเบปเปเบฒเบเบฑเบ 0 เปเบฅเบฐเบเปเปเปเบซเปเบญเบญเบเบเบฑเบเปเบซเบผเบปเปเบฒเบเบตเป
-h เบชเบฐเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบฒเบเบเปเบงเบเปเบซเบผเบทเบญ
-H เบขเปเบฒเบเบดเบกเบซเบปเบงเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ
-เบเปเบญเบเบเปเปเปเบเปเบฅเบฒเบเบเบฒเบ indels
-l เบเบฐเบเบญเบเบกเบตเบเปเปเบกเบนเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบฅเปเบฒเบเบฑเบเปเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ
-q เบเบฑเบเบฎเบฝเบเปเบเบงเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบเบ IDs เบชเบญเบเบเบฒเบกเปเบฅเบฐเบเปเบฒเปเบซเบเปเบ SNP
-r เบเบฑเบเบฎเบฝเบเปเบเบงเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบเบ ID เบญเปเบฒเบเบญเบตเบเปเบฅเบฐเบเปเบฒเปเบซเบเปเบ SNP
-S เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบเปเบเบเบตเปเบเบฐเบฅเบฒเบเบเบฒเบเปเบเบเบเบฒเบเบเปเบฒเบ
เปเบชเบฑเปเบ 'show-coords' เปเบเบซเบฒ stdin
-T เบชเบฐเบซเบผเบฑเบเปเบเปเบเบฑเบเบฎเบนเบเปเบเบเบเบตเปเบเบฑเปเบเปเบเบ
-x int เบฅเบงเบก x เบเบปเบงเบญเบฑเบเบชเบญเบเบเบญเบเบเปเบฅเบดเบเบปเบ SNP เบเบตเปเบขเบนเปเบญเปเบญเบกเบเปเบฒเบเปเบ
เบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ, เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ 0
เบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเปเบกเปเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ .delta เบเบญเบเปเบเบฃเปเบเบฃเบก nucmer เบซเบผเบท promer เบเบตเปเบชเบปเปเบเบเปเบฒเบเบเบณเบชเบฑเปเบ
เปเบชเบฑเปเบ.
เบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบกเปเบเปเบเบทเปเบญ stdout, เปเบฅเบฐเบเบฐเบเบญเบเบเปเบงเบเบเบฑเบเบเบตเบฅเบฒเบเบเบทเปเบเบญเบ SNPs (เบซเบผเบทเบเบฒเบเบเบปเบเปเบเบเบญเบฒเบเบดเบ amino เบชเปเบฒเบฅเบฑเบ
promer) เบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบเปเบฅเบฐเบเปเปเบกเบนเบเบเบตเปเปเบเบฑเบเบเบฐเปเบซเบเบเบญเบทเปเบเป. เบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเบเบฐเบเบทเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเบเปเบงเบ -r เบเบฒเบกเบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ
เปเบฅเบฐเบเบฑเบ [BUFF] เบเบฐเบญเปเบฒเบเบญเบตเบเปเบเบดเบเบฅเบณเบเบฑเบเบเบตเปเบเบณเปเปเปเบเปเบเปเบเบทเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเบชเบฐเปเปเบต.
เบเปเบฒโเบเบตเปโเบฅเบฐโเบเบธโเปเบฅโเบเบฐโเบซเปเบฒเบโเบเบฒเบ SNP เบเบตเปโเบซเบฒโเบเปเปโเบเบปเบโเบเบฑเบโเบเบตเปโเปเบเปโเบเบตเปโเบชเบธเบ (เบเปเบฒเบโเบเบญเบโเบเบฒเบโเบเบฑเบโเบเปเบฒโเปเบซเบเปเบโ,
indel, SNP, เปเบฅเบฐเบญเบทเปเบเป) เปเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบเบเบฝเบงเบเบฑเบ, เปเบเบเบฐเบเบฐเบเบตเปเบเบฑเบ [DIST] เบเปเบฒเบเบปเบเปเบฅเบเบฐเบซเปเบฒเบ
เบเบฒเบ SNP เบเบตเปเปเบเบซเบฒเบเบธเบเบชเบดเปเบเบชเบธเบเบเบญเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเปเบเปเบเบตเปเบชเบธเบ. SNPs เบเบตเปเบเบฑเบ [R] เปเบฅเบฐ [Q] เปเบกเปเบ
เบซเบผเบฒเบเบเบงเปเบฒ 0 เบเบงเบเบเบทเบเบเบฐเปเบกเบตเบเบเปเบงเบเบเบงเบฒเบกเบฅเบฐเบกเบฑเบเบฅเบฐเบงเบฑเบ, เบเปเบญเบเบงเปเบฒเบเปเบฅเปเบฒเปเบซเบผเบปเปเบฒเบเบตเปเบฅเบฐเบเบธเบเปเบฒเบเบงเบ
เบเบฒเบเบเบฑเบเบเบณเปเปเปเบเบญเบทเปเบเบเบตเปเบเบฑเบเบเปเบญเบเบเบฑเบเบเบฑเบเบเบณเปเปเปเบเบเบตเป. เปเบเป -C เปเบเบทเปเบญเบฎเบฑเบเบเบฐเบเบฑเบ SNPs เบเบฝเบเปเบเปเบฅเบฒเบเบเบฒเบเบกเบฒเบเบฒเบ
เบเบฒเบเบเบทเปเบเบเบตเปเบชเบญเบเบเปเบญเบเปเบเบฑเบเปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบ.
เบเบฒเบโเบชเบฐโเปเบเบโเบเบฐโเปเบเบทเปเบญเบโ
-a เบญเบฐ เบเบด เบเบฒเบ เปเบชเบฑเปเบ เบเบฒเบ เบเบญเบ เบเบฐ เปเบเบทเปเบญเบ เปเบเบ เบเบฒเบ เบเบดเบก เปเบเบ -delimited
เบเบฒเบโเบเบฑเบโเบเบฑเปเบโเบเบฐโเบชเบฒเบโเบเบฒเบโเบเบฒเบโเบเบทเปเบโเบเบฑเบ stdoutโ
-c เบชเบปเบกเบกเบธเบเบงเปเบฒเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบเปเบเบฑเบเบงเบปเบเบกเบปเบ, เปเบฅเบฐเบญเบฐเบเบธเบเบฒเบเปเบซเป
contigs เบเบฐเปเบเบทเปเบญเบเปเบเบทเปเบญเบเบฐเบซเบเบฒเบเบเบปเปเบเบเปเบฒเปเบเบตเบ
-g int เบเบณเบเบปเบเบเปเบญเบเบซเบงเปเบฒเบเบชเบนเบเบชเบธเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเบเบธเปเบก [-1, INT_MAX]
เบเปเบฒเบเบญเบ -1 เบเบฐเปเบเบฑเบเบเบปเบงเปเบเบเบเบตเปเบเปเปเบกเบตเบเบญเบเปเบเบ
(เบเบปเบงเปเบฅเบเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ = 1000)
(เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ promer = -1)
-i float เบเบฑเปเบเบเบปเบงเบเบปเบเบชเปเบงเบเบฎเปเบญเบเบเบฑเปเบเบเปเปเบฒเปเบเบฑเบเบเบฐเปเบเบทเปเบญเบ [0.0, 100.0]
(เบเบปเบงเปเบฅเบเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ = 90.0)
(เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ promer = 55.0)
-l int เบเปเบฒเบเบปเบเบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเปเบฒเปเบชเบธเบเบเบตเป contig เปเบเบทเปเบญเบฅเบฒเบเบเบฒเบ [-1, INT_MAX]
เบเปเบฒเบเบญเบ -1 เบเบฐเปเบเบฑเบเบเบปเบงเปเบเบเบเบตเปเบเปเปเบกเบตเบเบญเบเปเบเบ
(เบเปเบฒเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบเบเบปเปเบงเปเบ = 1)
-p file เบชเบปเปเบเบญเบญเบเปเบกเปเบฅเบเบธเบ pseudo เบเบญเบ query contigs เบเบฑเบ 'file'
-R เบเบฑเบเบเบฒเบเบเบฑเบ contigs เบเปเบณเปเปเบเบเบเบฒเบเบงเบฒเบเบเบงเบเบกเบฑเบเปเบเบเบชเบธเปเบก
เบขเบนเปเปเบเบชเบฐเบเบฒเบเบเบตเปเบชเปเบฒเปเบเบปเบฒเบเบญเบเปเบเบปเบฒเปเบเบปเปเบฒ (เบซเบกเบฒเบเบเบงเบฒเบกเบงเปเบฒ -V 0)
-t file เบชเบปเปเบเบญเบญเบเบเบฑเบเบเบตเบฅเบฒเบเบเบทเป contig เปเบเบ TIGR เบเบญเบเปเบเปเบฅเบฐเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบก
เบเบตเปเบเบฝเบเบเปเบเบฑเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบตเบ (เบเปเปเปเบเบฑเบเบงเบปเบ)
-u file Output the tab-delimited alignment region coordinates
เบเบญเบ contigs เบเบตเปเบเปเปเบชเบฒเบกเบฒเบเปเบเปเปเบเปเบเบฑเบ 'file'
-v float เบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเบเบธเปเบกเบเบญเบ contig เบเปเบฒเปเบชเบธเบเบเบตเปเปเบเบฑเบเบเบฐเปเบเบทเปเบญเบ [0.0, 100.0]
(nucmer default = 95.0) เบเบปเบเบฅเบงเบกเบเบญเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเปเบเปเบฅเบฐเบญเบฑเบ
(promer default = 50.0) เบเบญเบเปเบเบเบเบญเบเบเบฒเบเบเบทเปเบ syntenic
-V float เบเปเบฒเบเบปเบเบเบงเบฒเบกเปเบเบเบเปเบฒเบเบเบญเบเบเบฒเบเบเบธเปเบกเบเบญเบ contig เบเปเบฒเปเบชเบธเบ [0.0, 100.0]
ie เบเบงเบฒเบกเปเบเบเบเปเบฒเบเบเบตเปเบเปเบฒเปเบเบฑเบเปเบเบทเปเบญเบเปเบฒเบเบปเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบเบซเบเบถเปเบ
เปเบกเปเบ 'เบเบต' เบเปเบงเบฒเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบเบญเบทเปเบ
(nucmer default = 10.0) เบเบปเบเบฅเบงเบกเบเบญเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบฎเบฝเบเปเบเปเบฅเบฐเบญเบฑเบ
(promer default = 30.0) เบเบญเบเปเบเบเบเบญเบเบเบฒเบเบเบทเปเบ syntenic
-x เบญเบฐเบเบดเบเบฒเบเปเบชเบฑเปเบเบเบฒเบเบเบฒเบเบเบฐเปเบเบทเปเบญเบเปเบเบเบเบฒเบเบเบดเบก XML contig
เบเบฒเบเปเบเบทเปเบญเบกเปเบเบเบเปเปเบกเบนเบเบเบฑเบ stdout
เบเบฒเบเบเปเบญเบเบเปเปเบกเบนเบเปเบกเปเบเบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบ .delta เบเบญเบเปเบเบเบเบฒเบ nucmer, เบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเบเปเบฝเบงเบเบฑเบเบเปเปเบกเบนเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบตเปเบเปเบฒเบเบเบทเบเบฑเบเบซเบผเบฒเบ, เบซเบผเบท
เบเบปเบเปเบเปเบฎเบฑเบ .delta เบเบญเบเปเบเบเบเบฒเบ promer, เบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเบเปเบฝเบงเบเบฑเบเบเปเปเบกเบนเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบ divergent.
เบเบปเบเบเบฐเบฅเบดเบเปเบกเปเบเปเบเบทเปเบญ stdout, เปเบฅเบฐเบเบฐเบเบญเบเบเปเบงเบเบชเบฐเบเบฒเบเบเบตเปเบเบฒเบเบเบฐเปเบเบเบญเบเปเบเปเบฅเบฐ aligning query
contig เปเบเบฑเบเปเบเบเบเบตเปเบเบฑเบเบฅเปเบฒเบเบฑเบเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบญเบดเบ. เบเบดเบเบฑเบเปเบซเบผเบปเปเบฒเบเบตเปเบญเปเบฒเบเปเบเบดเบเบเบญเบเปเบเบเบเบญเบ
เบเบฒเบเบชเบญเบเบเบฒเบกเบเบฑเบเบซเบกเบปเบ contig, เปเบเบดเบเปเบกเปเบเบงเปเบฒเบเบฝเบเปเบเปเบญเบฑเบเบเบฒเบชเปเบงเบเบเบตเปเปเบเปเบเบญเบเบเบญเบ contig เปเบกเปเบเบเบปเบงเบเบดเบเปเบฅเปเบง
เบชเบญเบเบเปเบญเบ (เปเบงเบฑเปเบเปเบชเบเปเบเปเบงเปเบฒเบเบฒเบเปเบฅเบทเบญเบ -a เบเบทเบเบเปเบฒเปเบเป). เบเบฑเบเปเบกเปเบ, เปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบเปเบ ref, เบชเบดเปเบเบชเบธเบเปเบ ref, เปเบฅเบเบฐเปเบเบซเบฒ
contig เบเปเปเปเบ, เบเบงเบฒเบกเบเบฒเบงเบเบญเบ contig เบเบตเป, เบเบฒเบเบเบธเปเบกเบเบญเบเบเบฒเบเบเบฑเบเบเปเบฒเปเบซเบเปเบ, เปเบญเบเบฐเบฅเบฑเบ, เบเบฐเบเบปเบกเบเบดเปเบเบ, เปเบฅเบฐ ID
เบเบฒเบกเบฅเปเบฒเบเบฑเบ.
เปเบเป nucmer2xfig เบญเบญเบเปเบฅเบเปเปเบเบเปเบเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบ onworks.net