nucmer2xfig - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

mummer - ຊຸດ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຈັດ​ລຽງ​ລໍາ​ດັບ​ຂອງ genomes ຫຼາຍ​

ສະຫຼຸບສັງລວມ

mummer-annotate
ລວມMUMs
dnadiff [ທາງເລືອກ]ຫຼື [ຕົວເລືອກ]-d<deltaໄຟລ໌>
ກົງກັນແທ້
ຊ່ອງຫວ່າງ
ແຜນທີ່ [ທາງເລືອກ]<coordsໄຟລ໌>[UTRເຊືອກ][CDSເຊືອກ]
mgaps [-ງ][-f][-ລ][-ສ]
ແມ່ບ້ານ [ທາງເລືອກໃນການ]
mummerplot [ທາງເລືອກ]<ກົງກັນໄຟລ໌>
ຕົວເລກ [ທາງເລືອກ]
nucmer2xfig
ອາຊີບ [ທາງເລືອກ]
ກົງກັນຊ້ຳ [ທາງເລືອກ]
run-mummer1 <ໄວອ້າງອິງ><ໄວສອບຖາມ>[-r]
run-mummer3 <ໄວອ້າງອິງ><ຫຼາຍໄວສອບຖາມ>
ການ​ຈັດ​ວາງ​ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​ [ທາງເລືອກ]<ອ້າງອີງID >< qryID >

ການປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນຜົນຜະລິດ .delta ຂອງ "ຕົວເລກ" ຫຼື "promer" ໂຄງການທີ່ສົ່ງຜ່ານ.
ບັນທັດຄໍາສັ່ງ.

ຜົນຜະລິດແມ່ນເພື່ອ stdout, ແລະປະກອບດ້ວຍການຈັດຕໍາແຫນ່ງທັງຫມົດລະຫວ່າງການສອບຖາມແລະການອ້າງອີງ
ລໍາດັບທີ່ຖືກກໍານົດຢູ່ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ.

ຫມາຍ​ເຫດ​: ບໍ່​ມີ​ການ​ຈັດ​ລຽງ​ຕາມ​ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​, ສະ​ນັ້ນ​ການ​ຈັດ​ລຽງ​ລໍາ​ດັບ​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ຈັດ​ລໍາ​ດັບ​ຕາມ​ທີ່​ພົບ​ໃນ​
ໄດ້ ວັດສະດຸປ້ອນ.
ສາຍ​ສະ​ແດງ​ [ທາງເລືອກ]
ສະແດງ-snps [ທາງເລືອກ]
ການ​ສະ​ແດງ​ກະ​ເບື້ອງ​ [ທາງເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ

OPTIONS

ເຄື່ອງມືທັງໝົດ (ຍົກເວັ້ນຊ່ອງຫວ່າງ) ປະຕິບັດຕາມຕົວເລືອກ -h, --help, -V ແລະ --version ຕາມທີ່ອັນໜຶ່ງຈະ.
ຄາດຫວັງ. ການຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ແມ່ນດີເລີດແລະເຮັດໃຫ້ຫນ້າຜູ້ຊາຍເຫຼົ່ານີ້ລ້າສະໄຫມໂດຍພື້ນຖານແລ້ວ.
ລວມMUMs ລວມ MUMs ໃນ ໂດຍການຂະຫຍາຍການແຂ່ງຂັນປິດທ້າຍ ແລະລະຫວ່າງ MUMs.
ເປັນໄຟລ໌ fasta ຂອງລໍາດັບອ້າງອີງ. ເປັນ​ຫຼາຍ
ໄຟລ໌ fasta ຂອງລໍາດັບທີ່ກົງກັນກັບການອ້າງອີງ

-D ພຽງແຕ່ຜົນຜະລິດເພື່ອ stdout ຕໍາແຫນ່ງທີ່ແຕກຕ່າງ
ແລະລັກສະນະ
-n ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ມີ​ການ​ຈັບ​ຄູ່​ພຽງ​ແຕ່​ລະ​ຫວ່າງ nucleotides​, ເຊັ່ນ​, ACGTs​
-N num Break matches at ຫຼືຫຼາຍກວ່າ ACGTs ຕິດຕໍ່ກັນ
ແທັກ -q ໃຊ້ເພື່ອຕິດປ້າຍກຳກັບແບບສອບຖາມ
ແທັກ -r ໃຊ້ເພື່ອຕິດປ້າຍກຳກັບການອ້າງອີງ
-S ອອກຄວາມແຕກຕ່າງທັງໝົດໃນສາຍ
-t Label query ກົງກັບ header fasta query
-v num ຕັ້ງລະດັບ verbose ສໍາລັບຜົນຜະລິດພິເສດ
-W file ຣີເຊັດຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດເລີ່ມຕົ້ນ witherrors.gaps
-x ບໍ່ໃຫ້ອອກໄຟລ໌ .cover
-e ຕັ້ງ​ການ​ຕັດ​ອັດ​ຕາ​ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​ເປັນ e (ເຊັ່ນ 0.02 ແມ່ນ​ສອງ​ເປີ​ເຊັນ​)
dnadiff ດໍາເນີນການວິເຄາະປຽບທຽບຂອງສອງຊຸດລໍາດັບໂດຍໃຊ້ nucmer ແລະທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຂອງມັນ
ຜົນປະໂຫຍດທີ່ມີຕົວກໍານົດການແນະນໍາ. ເບິ່ງເອກະສານ MUMmer ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມ
ລາຍ​ລະ​ອຽດ​ຂອງ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໄດ້​. ຜະລິດໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຕໍ່ໄປນີ້:

.report - ສະຫຼຸບການຈັດລໍາດັບ, ຄວາມແຕກຕ່າງແລະ SNPs
.delta - ຜົນຜະລິດການຈັດລໍາດັບ nucmer ມາດຕະຖານ
.1delta - ການຈັດຮຽງ 1-to-1 ຈາກ delta-filter -1
.mdelta - ການຈັດຮຽງ M-to-M ຈາກ delta-filter -m
.1coords - 1-to-1 ພິກັດຈາກ show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - ພິກັດ M-to-M ຈາກ show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNPs ຈາກ show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - ການຈັດປະເພດຈຸດແບ່ງການອ້າງອີງຈາກ show-diff -rH .mdelta
.qdiff - ຈຸດແຍກ qry ປະເພດຈາກ show-diff -qH .mdelta
.unref - IDs ແລະຄວາມຍາວທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນ (ຖ້າມີ)
.unqry - IDs query unaligned ແລະຄວາມຍາວ (ຖ້າມີ)

ບັງຄັບ:
ການອ້າງອິງ ກໍານົດການປ້ອນຂໍ້ມູນອ້າງອີງຫຼາຍຊື່ໄຟລ໌ FASTA
query ກໍານົດການສອບຖາມການປ້ອນຂໍ້ມູນຫຼາຍຊື່ໄຟລ໌ FASTA
or
ໄຟລ໌ delta ບໍ່ໄດ້ກັ່ນຕອງໄຟລ໌ການຈັດຮຽງ .delta ຈາກ nucmer

ທາງເລືອກ:
-d|delta ສະໜອງໄຟລ໌ delta precomputed ສໍາລັບການວິເຄາະ
-h
--help ສະແດງຂໍ້ມູນການຊ່ວຍເຫຼືອແລະອອກ
-p|prefix ກໍານົດຄໍານໍາຫນ້າຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ "out")
-V
--version ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ ແລະອອກ

ແຜນທີ່
-h
--help ສະແດງຂໍ້ມູນການຊ່ວຍເຫຼືອແລະອອກ
-m|mag ກໍາ​ນົດ​ການ​ຂະ​ຫຍາຍ​ທີ່​ຮູບ​ພາບ​ທີ່​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​,
ນີ້ແມ່ນທາງເລືອກສໍາລັບ fig2dev ທີ່ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສ້າງ
ໄຟລ໌ PDF ແລະ PS (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1.0)
-n|num ຕັ້ງຈໍານວນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ໃຊ້ເພື່ອແບ່ງສ່ວນ
ຜົນຜະລິດ, ນີ້ແມ່ນເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການສ້າງໄຟລ໌ທີ່ເກີນໄປ
ຂະຫນາດໃຫຍ່ທີ່ຈະສະແດງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 10)
-p|prefix ກໍານົດຄໍານໍາຫນ້າໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ "PROMER_graph ຫຼື NUCMER_graph")
-v
--verbose Verbose ບັນທຶກໄຟລ໌ທີ່ປຸງແຕ່ງແລ້ວ
-V
--version ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ ແລະອອກ
-x1 coord ກໍານົດຂອບເຂດປະສານງານຕ່ໍາຂອງຈໍສະແດງຜົນ
-x2 coord ກໍານົດຂອບເຂດປະສານງານດ້ານເທິງຂອງຈໍສະແດງຜົນ
-g|ref ຖ້າໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນຖືກສະໜອງໃຫ້ໂດຍ 'mgaps', ຕັ້ງຄ່າ
ID ລຳດັບການອ້າງອີງ (ຕາມທີ່ມັນປາກົດຢູ່ໃນຖັນທຳອິດ
ຂອງໄຟລ໌ UTR/CDS coords)
-I ສະແດງຊື່ຂອງລໍາດັບການສອບຖາມ
-Ir ສະແດງຊື່ຂອງພັນທຸກໍາອ້າງອີງ
ແມ່ບ້ານ ຊອກຫາແລະຜົນຜະລິດ (ເພື່ອ stdout) ຕໍາແຫນ່ງແລະຄວາມຍາວຂອງຄວາມຍາວພຽງພໍທັງຫມົດ
ການຈັບຄູ່ສູງສຸດຂອງສາຍຍ່ອຍໃນ ແລະ

-mum compute ການຈັບຄູ່ສູງສຸດທີ່ເປັນເອກະລັກໃນທັງສອງລໍາດັບ
-mumcand ຄືກັນກັບ -mumreference
-mumreference compute ກົງກັນສູງສຸດທີ່ເປັນເອກະລັກ
ລໍາດັບການອ້າງອິງແຕ່ບໍ່ຈໍາເປັນໃນລໍາດັບການສອບຖາມ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-maxmatch ຄິດໄລ່ການແຂ່ງຂັນສູງສຸດທັງຫມົດໂດຍບໍ່ຄໍານຶງເຖິງຄວາມເປັນເອກະລັກຂອງເຂົາເຈົ້າ
-n ກົງກັບຕົວອັກສອນ a, c, g, ຫຼື t
ພວກເຂົາສາມາດຢູ່ໃນຕົວພິມໃຫຍ່ຫຼືຕ່ໍາ
-l ກໍານົດຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງການແຂ່ງຂັນ
ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 20
-b ຄິດ​ໄລ່​ກົງ​ກັນ​ຂ້າມ​ໄປ​ຂ້າງ​ຫນ້າ​ແລະ​ປີ້ນ​ກັບ​ຄືນ​ໄປ​ບ່ອນ​
-r ພຽງແຕ່ compute reverse complement matches
-s ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ substrings ທີ່​ກົງ​ກັນ​
-c ລາຍ​ງານ​ການ​ສອບ​ຖາມ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ຂອງ​ການ​ກົງ​ກັນ​ກັບ​ການ​ຕອບ​ສະ​ຫນອງ​
ທຽບກັບລຳດັບການສອບຖາມຕົ້ນສະບັບ
-F ບັງຄັບ 4 ຄໍລໍາຮູບແບບຜົນຜະລິດໂດຍບໍ່ຄໍານຶງເຖິງຈໍານວນຂອງ
ການປ້ອນຂໍ້ມູນລໍາດັບອ້າງອີງ
-L ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບການສອບຖາມໃນແຖວຫົວ
ນ້ອງສາວ
nucmer ສ້າງການຈັດຮຽງ nucleotide ລະຫວ່າງສອງ input mutli-FASTA
ໄຟລ໌. ສອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນ. ລາຍການໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ .cluster
ກຸ່ມຂອງການແຂ່ງຂັນລະຫວ່າງແຕ່ລະລໍາດັບ. ໄຟລ໌ .delta ລາຍຊື່
ໄລ​ຍະ​ຫ່າງ​ລະ​ຫວ່າງ​ການ​ແຊກ​ແລະ​ການ​ລົບ​ທີ່​ສ້າງ​ຄະ​ແນນ​ສູງ​ສຸດ​
ການຈັດລໍາດັບລະຫວ່າງແຕ່ລະລໍາດັບ.

ບັງຄັບ:
ການອ້າງອິງ ກໍານົດການປ້ອນຂໍ້ມູນຊື່ໄຟລ໌ multi-FASTA ອ້າງອີງ
Query ກໍານົດການສອບຖາມການປ້ອນຂໍ້ມູນຫຼາຍຊື່ໄຟລ໌ FASTA

--mum ໃຊ້ການຈັບຄູ່ສະມໍທີ່ເປັນເອກະລັກໃນທັງສອງເອກະສານອ້າງອີງ
ແລະການສອບຖາມ
--mumcand ຄືກັນກັບ --mumreference
--mumreference ໃຊ້ການຈັບຄູ່ສະມໍທີ່ເປັນເອກະລັກໃນການອ້າງອີງ
ແຕ່ບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງເປັນເອກະລັກໃນການສອບຖາມ (ພຶດຕິກໍາເລີ່ມຕົ້ນ)
--maxmatch ໃຊ້ການຈັບຄູ່ສະມໍທັງໝົດໂດຍບໍ່ຄໍານຶງເຖິງຄວາມເປັນເອກະລັກຂອງພວກມັນ

-b|breaklen ກໍາ​ນົດ​ໄລ​ຍະ​ທາງ​ການ​ຂະ​ຫຍາຍ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ຈະ​ພະ​ຍາ​ຍາມ​ທີ່​ຈະ​
ຂະຫຍາຍເຂດຄະແນນທີ່ບໍ່ດີກ່ອນທີ່ຈະຍອມແພ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 200)
-c|mincluster ກຳນົດຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດຂອງກຸ່ມທີ່ກົງກັນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 65)
--[ບໍ່]delta ສະຫຼັບການສ້າງໄຟລ໌ delta (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ --delta)
--depend ພິມຂໍ້ມູນ dependency ແລະອອກ
-d|diagfactor ກໍານົດປັດໄຈການແຍກຄວາມແຕກຕ່າງທາງຂວາງຂອງກຸ່ມ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.12)
--[no]extend ສະຫຼັບຂັ້ນຕອນການຂະຫຍາຍກຸ່ມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ --extend)
-f
--forward ໃຊ້ພຽງແຕ່ເສັ້ນຕໍ່ຫນ້າຂອງລໍາດັບ Query
-g|maxgap ກໍານົດຊ່ອງຫວ່າງສູງສຸດລະຫວ່າງສອງຄໍາທີ່ຕິດກັນໃນ a
ກຸ່ມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 90)
-h
--help ສະແດງຂໍ້ມູນການຊ່ວຍເຫຼືອແລະອອກ
-l|minmatch ຕັ້ງ​ຄວາມ​ຍາວ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ຂອງ​ການ​ແຂ່ງ​ຂັນ​ດຽວ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 20​)
-o
--coords ສ້າງ NUCmer1.1 coords ຕົ້ນສະບັບໂດຍອັດຕະໂນມັດ
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດໂດຍໃຊ້ໂຄງການ 'show-coords'
--[ບໍ່]ປັບປ່ຽນການປັບຄະແນນການຈັດຕຳແໜ່ງໃຫ້ເໝາະສົມ, ເຊັ່ນ: ຖ້າການຈັດຮຽງ
ສ່ວນຂະຫຍາຍໄປຮອດຈຸດສິ້ນສຸດຂອງລຳດັບ, ມັນຈະຖອຍຫຼັງ
ເພື່ອເພີ່ມປະສິດທິພາບຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງແທນທີ່ຈະສິ້ນສຸດ
ການຈັດວາງໃນຕອນທ້າຍຂອງລໍາດັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ --optimize)
-p|prefix ກໍານົດຄໍານໍາຫນ້າຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ "out")
-r
--reverse ໃຊ້ພຽງແຕ່ການປະກອບ reverse ຂອງລໍາດັບ Query
--[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ຄວາມງ່າຍຂອງການຈັດຮຽງງ່າຍຂຶ້ນໂດຍການເອົາກຸ່ມທີ່ມີເງົາອອກ. ຫັນ
ທາງ​ເລືອກ​ນີ້​ປິດ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ການ​ຈັດ​ລຽງ​ລໍາ​ດັບ​ຂອງ​ຕົນ​ເອງ​ເພື່ອ​ເບິ່ງ​
ສໍາລັບການຊ້ໍາ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ --simplify)

ອາຊີບ
promer ສ້າງການຈັດລຽງຂອງອາຊິດ amino ລະຫວ່າງການປ້ອນຂໍ້ມູນ DNA mutli-FASTA ສອງອັນ
ໄຟລ໌. ສອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນ. ລາຍການໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ .cluster
ກຸ່ມຂອງການແຂ່ງຂັນລະຫວ່າງແຕ່ລະລໍາດັບ. ໄຟລ໌ .delta ລາຍຊື່
ໄລ​ຍະ​ຫ່າງ​ລະ​ຫວ່າງ​ການ​ແຊກ​ແລະ​ການ​ລົບ​ທີ່​ສ້າງ​ຄະ​ແນນ​ສູງ​ສຸດ​
ການຈັດລໍາດັບລະຫວ່າງແຕ່ລະລໍາດັບ. ການປ້ອນຂໍ້ມູນ DNA ຖືກແປເປັນທັງໝົດ 6
ອ່ານກອບເພື່ອສ້າງຜົນຜະລິດ, ແຕ່ການປະສານງານຜົນຜະລິດ
ອ້າງອີງການປ້ອນຂໍ້ມູນ DNA ຕົ້ນສະບັບ.

ບັງຄັບ:
ການອ້າງອິງ ກໍານົດການປ້ອນຂໍ້ມູນເອກະສານອ້າງອີງຫຼາຍ FASTA DNA
Query ກໍານົດການສອບຖາມການປ້ອນຂໍ້ມູນຫຼາຍໄຟລ໌ FASTA DNA

--mum ໃຊ້ການຈັບຄູ່ສະມໍທີ່ເປັນເອກະລັກໃນທັງສອງເອກະສານອ້າງອີງ
ແລະການສອບຖາມ
--mumcand ຄືກັນກັບ --mumreference
--mumreference ໃຊ້ການຈັບຄູ່ສະມໍທີ່ເປັນເອກະລັກໃນການອ້າງອີງ
ແຕ່ບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງເປັນເອກະລັກໃນການສອບຖາມ (ພຶດຕິກໍາເລີ່ມຕົ້ນ)
--maxmatch ໃຊ້ການຈັບຄູ່ສະມໍທັງໝົດໂດຍບໍ່ຄໍານຶງເຖິງຄວາມເປັນເອກະລັກຂອງພວກມັນ

-b|breaklen ກໍາ​ນົດ​ໄລ​ຍະ​ທາງ​ການ​ຂະ​ຫຍາຍ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ຈະ​ພະ​ຍາ​ຍາມ​ທີ່​ຈະ​
ຂະ​ຫຍາຍ​ພາກ​ພື້ນ​ຄະ​ແນນ​ທີ່​ບໍ່​ດີ​ກ່ອນ​ທີ່​ຈະ​ຍອມ​ແພ້​, ການ​ວັດ​ແທກ​ໃນ​
ອາຊິດ amino (ມາດຕະຖານ 60)
-c|mincluster ກຳນົດຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດຂອງກຸ່ມທີ່ກົງກັນ, ວັດແທກເປັນ
ອາຊິດ amino (ມາດຕະຖານ 20)
--[ບໍ່]delta ສະຫຼັບການສ້າງໄຟລ໌ delta (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ --delta)
--depend ພິມຂໍ້ມູນ dependency ແລະອອກ
-d|diagfactor ກໍານົດປັດໄຈການແຍກຄວາມແຕກຕ່າງທາງຂວາງຂອງກຸ່ມ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ .11)
--[no]extend ສະຫຼັບຂັ້ນຕອນການຂະຫຍາຍກຸ່ມ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ --extend)
-g|maxgap ກໍານົດຊ່ອງຫວ່າງສູງສຸດລະຫວ່າງສອງຄໍາທີ່ຕິດກັນໃນ a
ກຸ່ມ, ວັດແທກໃນອາຊິດ amino (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 30)
-l|minmatch ກໍານົດຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດຂອງການຈັບຄູ່ດຽວ, ວັດແທກເປັນ amino
ອາຊິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 6)
-m|masklen ກຳນົດຄວາມຍາວຂອງໜ້າກາກ bookend ສູງສຸດ, ວັດແທກເປັນ amino
ອາຊິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 8)
-o
--coords ສ້າງ PROmer1.1 ".coords" ຕົ້ນສະບັບໂດຍອັດຕະໂນມັດ.
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດໂດຍໃຊ້ໂຄງການ "show-coords".
--[ບໍ່]ປັບປ່ຽນການປັບຄະແນນການຈັດຕຳແໜ່ງໃຫ້ເໝາະສົມ, ເຊັ່ນ: ຖ້າການຈັດຮຽງ
ສ່ວນຂະຫຍາຍໄປຮອດຈຸດສິ້ນສຸດຂອງລຳດັບ, ມັນຈະຖອຍຫຼັງ
ເພື່ອເພີ່ມປະສິດທິພາບຄະແນນການຈັດຕໍາແຫນ່ງແທນທີ່ຈະສິ້ນສຸດ
ການຈັດວາງໃນຕອນທ້າຍຂອງລໍາດັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ --optimize)

-p|prefix ກໍານົດຄໍານໍາຫນ້າຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ "out")
-x|matrix ຕັ້ງເລກ matrix ການຈັດຮຽງເປັນ 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] ຫຼື 3 [BLOSUM 80] (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 2)
ກົງກັນຊ້ຳ ຊອກຫາການແຂ່ງຂັນທີ່ແນ່ນອນສູງສຸດທັງໝົດໃນ
-E ໃຊ້ການຄົ້ນຫາຢ່າງຄົບຖ້ວນ (ຊ້າ) ເພື່ອຊອກຫາຄໍາທີ່ກົງກັນ
-f Forward strand ເທົ່ານັ້ນ, ຢ່າໃຊ້ reverse complement
-n # ຕັ້ງ​ຄວາມ​ຍາວ​ກົງ​ກັນ​ຢ່າງ​ແນ່​ນອນ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ເປັນ #
-t ພຽງແຕ່ຜົນຜະລິດ tandem ຊໍ້າຄືນ
-V # ກໍານົດລະດັບຂອງ verbose (debugging) ການພິມເປັນ #
ການ​ຈັດ​ວາງ​ສະ​ແດງ​ໃຫ້​ເຫັນ​
-h ສະແດງຂໍ້ມູນການຊ່ວຍເຫຼືອ
-q ການຈັດຮຽງການຈັດລຽງຕາມການປະສານງານການສອບຖາມເລີ່ມຕົ້ນ
-r ຈັດຮຽງການຈັດຮຽງຕາມຈຸດປະສານງານເລີ່ມຕົ້ນ
-w int ກໍານົດຄວາມກວ້າງຂອງຫນ້າຈໍ - ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 60
-x int ກໍານົດປະເພດ matrix - ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 2 (BLOSUM 62),
ທາງ​ເລືອກ​ອື່ນ​ລວມ​ມີ 1 (BLOSUM 45) ແລະ 3 (BLOSUM 80)
ຫມາຍເຫດ: ພຽງແຕ່ມີຜົນກະທົບກ່ຽວກັບການຈັດລຽງຂອງອາຊິດ amino
ສາຍ​ສະ​ແດງ​
-b ຮວມການຈັດວາງທັບຊ້ອນກັນໂດຍບໍ່ຄໍານຶງເຖິງການຈັບຄູ່ dir
ຫຼືກອບ ແລະບໍ່ສະແດງຂໍ້ມູນຕົວຕົນໃດໆ.
-B ປ່ຽນຜົນອອກມາເປັນຮູບແບບ btab
-c ລວມເອົາຂໍ້ມູນການຄຸ້ມຄອງເປີເຊັນໃນຜົນຜະລິດ
-d ສະແດງທິດທາງການຈັດວາງໃນສ່ວນເພີ່ມເຕີມ
ຖັນ FRM (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ promer)
-g ທາງ​ເລືອກ​ທີ່​ຖືກ​ຄັດ​ເລືອກ​. ກະລຸນາໃຊ້ 'delta-filter' ແທນ
-h ສະແດງຂໍ້ມູນການຊ່ວຍເຫຼືອ
-H ຢ່າພິມຫົວຜົນຜະລິດ
-I float ກໍານົດຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍຕໍາ່ສຸດທີ່ຈະສະແດງ
-k Knockout (ບໍ່ສະແດງ) ການຈັດວາງທີ່ທັບຊ້ອນກັນ
ການຈັດຮຽງອື່ນໃນກອບທີ່ແຕກຕ່າງກັນຫຼາຍກ່ວາ 50%
ຄວາມຍາວຂອງພວກມັນ, ແລະມີຄວາມຄ້າຍຄືກັນສ່ວນຮ້ອຍໜ້ອຍກວ່າ
ຫຼືມີຫນ້ອຍກວ່າ 75% ຂອງຂະຫນາດຂອງການຈັດຕໍາແຫນ່ງອື່ນໆ
(ໂປຣເມີເທົ່ານັ້ນ)
-l ປະກອບຂໍ້ມູນຄວາມຍາວລໍາດັບໃນຜົນຜະລິດ
-L ຍາວ ກໍານົດຄວາມຍາວການຈັດຕໍາ່ສຸດທີ່ເພື່ອສະແດງ
-o ບັນທຶກການຈັດຮຽງສູງສຸດລະຫວ່າງສອງລໍາດັບ, ie
ທັບຊ້ອນກັນລະຫວ່າງການອ້າງອີງ ແລະ ລຳດັບການສອບຖາມ
-q ຈັດຮຽງແຖວຜົນຜະລິດໂດຍ IDs ສອບຖາມ ແລະຈຸດປະສານງານ
-r ຄັດ​ອອກ​ສາຍ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໂດຍ IDs ກະ​ສານ​ອ້າງ​ອີງ​ແລະ​ປະ​ສານ​ງານ​
-T ປ່ຽນຜົນອອກມາເປັນຮູບແບບທີ່ຂັ້ນແຖບ

ການປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນຜົນຜະລິດ .delta ຂອງ "ຕົວເລກ" ຫຼື "promer" ໂຄງການທີ່ສົ່ງຜ່ານ.
ບັນທັດຄໍາສັ່ງ.

ຜົນຜະລິດແມ່ນເພື່ອ stdout, ແລະປະກອບດ້ວຍບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຈຸດປະສານງານ, ຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍ, ແລະອື່ນໆ
ຂໍ້ມູນທີ່ເປັນປະໂຫຍດກ່ຽວກັບຂໍ້ມູນການຈັດລໍາດັບທີ່ມີຢູ່ໃນໄຟລ໌ .delta ທີ່ໃຊ້ເປັນ
input

ຫມາຍ​ເຫດ​: ບໍ່​ມີ​ການ​ຈັດ​ລຽງ​ຕາມ​ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​, ສະ​ນັ້ນ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ຈັດ​ລໍາ​ດັບ​ຕາມ​ທີ່​ພົບ​
ໃນ ວັດສະດຸປ້ອນ.
ສະແດງ-snps
-C ຫ້າມລາຍງານ SNPs ຈາກການສອດຄ່ອງທີ່ມີຄວາມບໍ່ຊັດເຈນ
ການສ້າງແຜນທີ່, ie ພຽງແຕ່ລາຍງານ SNPs ບ່ອນທີ່ [R] ແລະ [Q]
ຖັນເທົ່າກັບ 0 ແລະບໍ່ໃຫ້ອອກຖັນເຫຼົ່ານີ້
-h ສະແດງຂໍ້ມູນການຊ່ວຍເຫຼືອ
-H ຢ່າພິມຫົວຜົນຜະລິດ
-ຂ້ອຍບໍ່ໄດ້ລາຍງານ indels
-l ປະກອບມີຂໍ້ມູນຄວາມຍາວລໍາດັບໃນຜົນຜະລິດ
-q ຈັດຮຽງແຖວຜົນຜະລິດໂດຍ IDs ສອບຖາມແລະຕໍາແຫນ່ງ SNP
-r ຈັດຮຽງແຖວຜົນຜະລິດໂດຍ ID ອ້າງອີງແລະຕໍາແຫນ່ງ SNP
-S ກໍານົດການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃດທີ່ຈະລາຍງານໂດຍການຜ່ານ
ເສັ້ນ 'show-coords' ໄປຫາ stdin
-T ສະຫຼັບໄປເປັນຮູບແບບທີ່ຂັ້ນແຖບ
-x int ລວມ x ຕົວອັກສອນຂອງບໍລິບົດ SNP ທີ່ຢູ່ອ້ອມຂ້າງໃນ
ຜົນຜະລິດ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0

ການປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນຜົນຜະລິດ .delta ຂອງໂປຣແກຣມ nucmer ຫຼື promer ທີ່ສົ່ງຜ່ານຄຳສັ່ງ
ເສັ້ນ.

ຜົນຜະລິດແມ່ນເພື່ອ stdout, ແລະປະກອບດ້ວຍບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ SNPs (ຫຼືການທົດແທນອາຊິດ amino ສໍາລັບ
promer) ກັບຕໍາແຫນ່ງແລະຂໍ້ມູນທີ່ເປັນປະໂຫຍດອື່ນໆ. ຜົນຜະລິດຈະຖືກຈັດຮຽງດ້ວຍ -r ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແລະຖັນ [BUFF] ຈະອ້າງອີງເຖິງລຳດັບທີ່ຕຳແໜ່ງໄດ້ຖືກຈັດຮຽງສະເໝີ.
ຄ່າ​ນີ້​ລະ​ບຸ​ໄລ​ຍະ​ຫ່າງ​ຈາກ SNP ນີ້​ຫາ​ບໍ່​ກົງ​ກັນ​ທີ່​ໃກ້​ທີ່​ສຸດ (ທ້າຍ​ຂອງ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​,
indel, SNP, ແລະອື່ນໆ) ໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງດຽວກັນ, ໃນຂະນະທີ່ຖັນ [DIST] ກໍານົດໄລຍະຫ່າງ
ຈາກ SNP ນີ້ໄປຫາຈຸດສິ້ນສຸດຂອງລໍາດັບທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດ. SNPs ທີ່ຖັນ [R] ແລະ [Q] ແມ່ນ
ຫຼາຍກວ່າ 0 ຄວນຖືກປະເມີນດ້ວຍຄວາມລະມັດລະວັງ, ຍ້ອນວ່າຄໍລໍາເຫຼົ່ານີ້ລະບຸຈໍານວນ
ການຈັດຕຳແໜ່ງອື່ນທີ່ທັບຊ້ອນກັນກັບຕຳແໜ່ງນີ້. ໃຊ້ -C ເພື່ອຮັບປະກັນ SNPs ພຽງແຕ່ລາຍງານມາຈາກ
ພາກພື້ນທີ່ສອດຄ່ອງເປັນເອກະລັກ.

ການ​ສະ​ແດງ​ກະ​ເບື້ອງ​
-a ອະ ທິ ບາຍ ເສັ້ນ ທາງ ຂອງ ກະ ເບື້ອງ ໂດຍ ການ ພິມ ແຖບ -delimited
ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ​ປະ​ສານ​ງານ​ພາກ​ພື້ນ​ກັບ stdout​
-c ສົມມຸດວ່າລໍາດັບການອ້າງອີງເປັນວົງມົນ, ແລະອະນຸຍາດໃຫ້
contigs ກະເບື້ອງເພື່ອຂະຫຍາຍຕົ້ນກໍາເນີດ
-g int ກຳນົດຊ່ອງຫວ່າງສູງສຸດລະຫວ່າງການຈັດຮຽງກຸ່ມ [-1, INT_MAX]
ຄ່າຂອງ -1 ຈະເປັນຕົວແທນທີ່ບໍ່ມີຂອບເຂດ
(ຕົວເລກເລີ່ມຕົ້ນ = 1000)
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ promer = -1)
-i float ຕັ້ງຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍຂັ້ນຕໍ່າເປັນກະເບື້ອງ [0.0, 100.0]
(ຕົວເລກເລີ່ມຕົ້ນ = 90.0)
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ promer = 55.0)
-l int ກໍານົດຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດທີ່ contig ເພື່ອລາຍງານ [-1, INT_MAX]
ຄ່າຂອງ -1 ຈະເປັນຕົວແທນທີ່ບໍ່ມີຂອບເຂດ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນທົ່ວໄປ = 1)
-p file ສົ່ງອອກໂມເລກຸນ pseudo ຂອງ query contigs ກັບ 'file'
-R ຈັດການກັບ contigs ຊ້ຳໆໂດຍການວາງພວກມັນແບບສຸ່ມ
ຢູ່ໃນສະຖານທີ່ສໍາເນົາຂອງເຂົາເຈົ້າ (ຫມາຍຄວາມວ່າ -V 0)
-t file ສົ່ງອອກບັນຊີລາຍຊື່ contig ແບບ TIGR ຂອງແຕ່ລະລໍາດັບການສອບຖາມ
ທີ່ພຽງພໍກັບການອ້າງອີງ (ບໍ່ເປັນວົງ)
-u file Output the tab-delimited alignment region coordinates
ຂອງ contigs ທີ່ບໍ່ສາມາດໃຊ້ໄດ້ກັບ 'file'
-v float ກໍານົດການຄຸ້ມຄອງ contig ຕໍາ່ສຸດທີ່ເປັນກະເບື້ອງ [0.0, 100.0]
(nucmer default = 95.0) ຜົນລວມຂອງການຈັດຮຽງແຕ່ລະອັນ
(promer default = 50.0) ຂອບເຂດຂອງພາກພື້ນ syntenic
-V float ກໍານົດຄວາມແຕກຕ່າງຂອງການຄຸ້ມຄອງ contig ຕໍາ່ສຸດ [0.0, 100.0]
ie ຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ຈໍາເປັນເພື່ອກໍານົດການຈັດຕໍາແຫນ່ງຫນຶ່ງ
ແມ່ນ 'ດີ' ກ່ວາການຈັດຕໍາແຫນ່ງອື່ນ
(nucmer default = 10.0) ຜົນລວມຂອງການຈັດຮຽງແຕ່ລະອັນ
(promer default = 30.0) ຂອບເຂດຂອງພາກພື້ນ syntenic
-x ອະທິບາຍເສັ້ນທາງການກະເບື້ອງໂດຍການພິມ XML contig
ການເຊື່ອມໂຍງຂໍ້ມູນກັບ stdout

ການປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນຜົນຜະລິດ .delta ຂອງໂຄງການ nucmer, ດໍາເນີນການກ່ຽວກັບຂໍ້ມູນລໍາດັບທີ່ຄ້າຍຄືກັນຫຼາຍ, ຫຼື
ຜົນໄດ້ຮັບ .delta ຂອງໂຄງການ promer, ດໍາເນີນການກ່ຽວກັບຂໍ້ມູນລໍາດັບ divergent.

ຜົນຜະລິດແມ່ນເພື່ອ stdout, ແລະປະກອບດ້ວຍສະຖານທີ່ຄາດຄະເນຂອງແຕ່ລະ aligning query
contig ເປັນແຜນທີ່ກັບລໍາດັບການອ້າງອິງ. ພິກັດເຫຼົ່ານີ້ອ້າງເຖິງຂອບເຂດຂອງ
ການສອບຖາມທັງຫມົດ contig, ເຖິງແມ່ນວ່າພຽງແຕ່ອັດຕາສ່ວນທີ່ແນ່ນອນຂອງ contig ແມ່ນຕົວຈິງແລ້ວ
ສອດຄ່ອງ (ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າທາງເລືອກ -a ຖືກນໍາໃຊ້). ຖັນແມ່ນ, ເລີ່ມຕົ້ນໃນ ref, ສິ້ນສຸດໃນ ref, ໄລຍະໄປຫາ
contig ຕໍ່ໄປ, ຄວາມຍາວຂອງ contig ນີ້, ການຄຸ້ມຄອງການຈັດຕໍາແຫນ່ງ, ເອກະລັກ, ປະຖົມນິເທດ, ແລະ ID
ຕາມລໍາດັບ.

ໃຊ້ nucmer2xfig ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net