obrotate - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

obrotate — batch-rotate ມຸມ dihedral ຈັບຄູ່ກັບຮູບແບບ SMARTS

ສະຫຼຸບສັງລວມ

obrotate 'ແບບສະມາດໂຟນ' ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ ປະລໍາມະນູ1 ປະລໍາມະນູ2 ປະລໍາມະນູ3 ປະລໍາມະນູ4 ມຸມ

ລາຍລະອຽດ

ໂຄງການ obrotate rotates ມຸມ torsional (dihedral) ຂອງພັນທະບັດທີ່ກໍານົດໄວ້ໃນໂມເລກຸນ.
ກັບທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້. ໃນຄໍາສັບຕ່າງໆອື່ນໆ, ມັນເຮັດເຊັ່ນດຽວກັນກັບຜູ້ໃຊ້ກໍານົດມຸມໃນ
ຊຸດແບບຈໍາລອງໂມເລກຸນ, ແຕ່ໄວກວ່າຫຼາຍ ແລະໃນຮູບແບບ batch (ເຊັ່ນ: ໃນທົ່ວຫຼາຍ
ໂມເລກຸນໃນໄຟລ໌).

ສີ່ ID ອະຕອມທີ່ຕ້ອງການແມ່ນດັດສະນີເຂົ້າໄປໃນຮູບແບບ SMARTS, ເຊິ່ງເລີ່ມຕົ້ນທີ່ atom 0
(ສູນ). ມຸມທີ່ສະຫນອງແມ່ນເປັນອົງສາ. ສອງອະຕອມທີ່ໃຊ້ໃນການກໍານົດມຸມ dihedral
ແລະ ບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງເຊື່ອມຕໍ່ກັບປະລໍາມະນູຂອງພັນທະບັດ ແລະ
ໃນ​ວິ​ທີ​ການ​ໃດ​ຫນຶ່ງ.

ລໍາດັບຂອງອະຕອມແມ່ນສໍາຄັນ - ສ່ວນຂອງໂມເລກຸນທີ່ຕິດກັບ ແລະ
ຍັງຄົງຄົງທີ່, ແຕ່ສ່ວນທີ່ຜູກມັດກັບ ແລະ & ຍ້າຍ.

ຕົວຢ່າງ

ໃຫ້ເວົ້າວ່າທ່ານຕ້ອງການກໍານົດຄວາມສອດຄ່ອງຂອງຈໍານວນໂມເລກຸນຈໍານວນຫລາຍດ້ວຍ a
pyridyl scaffold ແລະທົດແທນດ້ວຍຕ່ອງໂສ້ aliphatic ຢູ່ 3 ຕໍາແຫນ່ງ, ສໍາລັບການຍົກຕົວຢ່າງ,
docking ຫຼືຈຸດປະສົງ 3D-QSAR.

ເພື່ອກໍານົດຄ່າຂອງມຸມ dihedral ທໍາອິດເປັນ 90 ອົງສາ:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90

ທີ່ນີ້ 6 ແລະ 7 ກໍານົດພັນທະບັດທີ່ຈະຫມຸນໃນ patter ຂອງ SMARTS, ເຊັ່ນ, c1-C ແລະອະຕອມ 5 ແລະ 8.
ກໍານົດມຸມ dihedral ໂດຍສະເພາະເພື່ອຫມຸນ.

ເນື່ອງຈາກວ່າປະລໍາມະນູເພື່ອກໍານົດ dihedral ບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງເຊື່ອມຕໍ່ໂດຍກົງ, ໄນໂຕຣເຈນໃນ
pyridine ສາ​ມາດ​ນໍາ​ໃຊ້​ໄດ້​:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 4 6 7 8 90

ຮັກສາວົງແຫວນ pyridyl ຄົງແລະຍ້າຍຕ່ອງໂສ້ aliphatic:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90

ຮັກສາຕ່ອງໂສ້ aliphatic ຄົງແລະຍ້າຍວົງ pyridyl:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 8 7 6 5 90

ໃຊ້ obrotate ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net