oligotm - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

oligotm - ພິມອຸນຫະພູມການລະລາຍຂອງ oligo ໃນ stdout

ສະຫຼຸບສັງລວມ

oligotm [ຕົວເລືອກ] {oligo}

ບ່ອນທີ່ oligo ແມ່ນລໍາດັບ DNA ຂອງລະຫວ່າງ 2 ແລະ 36 ຖານ

ລາຍລະອຽດ

oligotm ພິມອຸນຫະພູມການລະລາຍຂອງ deoxyribonucleotide ທີ່ໃຫ້ໄວ້ຕາມມາດຕະຖານ
ຜົນຜະລິດ. ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຫ້ອງສະຫມຸດ oligotm.

OPTIONS

-mv monovalent_conc
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງ cations monovalent ໃນ mM, ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 50 mM.

-ດີວີດີ divalent_conc
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງ divalent cations ໃນ mM, ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0 mM.

-n dNTP_conc
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງ deoxynucleotide triphosphate ໃນ mM, ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0 mM.

-d dna_conc
ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນຂອງສາຍ DNA ໃນ nM, ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 50 nM.

-tp [0|1]
ລະບຸຕາຕະລາງຂອງຕົວກໍານົດການ thermodynamic ແລະວິທີການຂອງອຸນຫະພູມ melting
ການ​ຄິດ​ໄລ່​:

· 0 Breslauer et al., 1986 ແລະ Rychlik et al., 1990 (ໃຊ້ໂດຍ primer3 ເຖິງແລະ
ລວມທັງການປ່ອຍ 1.1.0). ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່ ບໍ່ ຄ່າທີ່ແນະນໍາ.

· 1 ໃຊ້ຕົວກໍານົດການໃກ້ຄຽງທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດຈາກ SantaLucia 1998. ນີ້ is ໄດ້ ແນະນໍາໃຫ້
ມູນຄ່າ.

-sc [0..2]
ລະບຸສູດການແກ້ໄຂເກືອສໍາລັບການຄິດໄລ່ອຸນຫະພູມການລະລາຍ:

· 0 Schildkraut ແລະ Lifson 1965, ໃຊ້ໂດຍ primer3 ເຖິງແລະລວມທັງການປ່ອຍ 1.1.0.
ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່ ບໍ່ ຄ່າທີ່ແນະນໍາ.

· 1 ຊານຕາລູເຊຍ 1998. ນີ້ is ໄດ້ ແນະນໍາໃຫ້ ມູນຄ່າ.

· 2 Owczarzy et al., 2004.

-i
ພິມເອກະສານອ້າງອີງເຖິງສິ່ງພິມທີ່ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການຄິດໄລ່ອຸນຫະພູມ.

ການອ້າງອິງ

ກະລຸນາອ້າງເຖິງ Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 ໃນ WWW ສໍາລັບຜູ້ໃຊ້ທົ່ວໄປແລະສໍາລັບ
ນັກຂຽນໂປລແກລມຊີວະວິທະຍາ." ໃນ S. Krawetz ແລະ S. Misener, eds. ວິທີການຊີວະວິທະຍາແລະ
ອະນຸສັນຍາໃນຊຸດ Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
ຫນ້າ 365-386.

ໃຊ້ oligotm ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net