ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ palogist ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
palogist - ປະຕິບັດການວິເຄາະສະມາຄົມ Genome-Wide ໂດຍໃຊ້ຕົວແບບ logistic
ສະຫຼຸບສັງລວມ
palogist [ ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ ທາງເລືອກໃນການ ]
ລາຍລະອຽດ
palogist ດໍາເນີນການ regression ເສັ້ນຢູ່ໃນຊຸດຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່ imputed ໃນວິທີການປະສິດທິພາບ.
ທາງເລືອກໃນການ
ທີ່ກໍານົດໄວ້ ຄໍາສັ່ງ ອອນໄລນ໌ ທາງເລືອກໃນການ
-p, --ຟີໂນ ເອກະສານ
ອ່ານຂໍ້ມູນ phenotype ຈາກ ເອກະສານ
-i, -- ຂໍ້ມູນ ເອກະສານ
ອ່ານຂໍ້ມູນ SNP ຈາກ ເອກະສານ (ເຊັ່ນ: ໄຟລ໌ MLINFO).
-d, --ປະລິມານ ເອກະສານ
SNP ຕົວຄາດຄະເນ (ເຊັ່ນ: MLDOSE/MLPROB) ຊື່ໄຟລ໌.
ຖ້າຕ້ອງການ ຄໍາສັ່ງ ອອນໄລນ໌ ທາງເລືອກໃນການ
-m, --ແຜນທີ່ ເອກະສານ
ຊື່ໄຟລ໌ແຜນທີ່, ປະກອບມີຕໍາແຫນ່ງຄູ່ພື້ນຖານສໍາລັບແຕ່ລະ SNP.
-n, --ນ້ອຍ NUMBER
ຈໍານວນຄົນທີ່ຈະວິເຄາະ.
-c, --chrom ເອກະສານ
ໂຄໂມໂຊມ (ທີ່ຈະຖືກສົ່ງກັບຜົນຜະລິດ).
-o, --ອອກ ເອກະສານ
ຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ regression.out.txt ).
- ແມ່ນແລ້ວ, --ຂ້າມ NUMBER
ຈຳນວນຖັນທີ່ຈະຂ້າມໃນໄຟລ໌ຄາດຄະເນ (ປະລິມານ/prob) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 2).
-t, --ລັກສະນະ NUMBER
ການວິເຄາະລັກສະນະຕ່າງໆ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1).
-g, --ngpreds NUMBER
ຈຳນວນຖັນຜູ້ຄາດຄະເນຕໍ່ເຄື່ອງໝາຍ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1 = MLDOSE; ອື່ນໃຊ້ 2 ສຳລັບ MLPROB).
-ກ, --ແຍກ ເອກະສານ
ຕົວອັກສອນເພື່ອແຍກຊ່ອງຂໍ້ມູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຍະຫວ່າງ).
-r, --ຄະແນນ
ໃຊ້ການທົດສອບຄະແນນ.
-e, --ບໍ່ຫົວ
ຢ່າລາຍງານເສັ້ນຫົວໃນຜົນໄດ້ຮັບ.
-l --allcov
ລາຍງານການຄາດຄະເນສໍາລັບການທັງຫມົດທີ່ມີຜົນໄດ້ຮັບ (ໃຫຍ່!).
-b, -- ການພົວພັນ
ເຊິ່ງ covariate ທີ່ຈະໃຊ້ສໍາລັບການໂຕ້ຕອບກັບການວິເຄາະ SNP (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນບໍ່ມີ
ການໂຕ້ຕອບ, 0).
-k, --interaction_only
ຄື -- ການພົວພັນ ແຕ່ບໍ່ມີ coariate ປະຕິບັດການໂຕ້ຕອບກັບ SNP (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
ບໍ່ມີການໂຕ້ຕອບ, 0).
- ໃນ, --mmscore ເອກະສານ
ການທົດສອບຄະແນນໃນຕົວຢ່າງຂອງບຸກຄົນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ. ການໂຕ້ຖຽງ FILE ແມ່ນຊື່ຂອງ a
ໄຟລ໌ທີ່ມີ matrix correlation inverse. ໃຫ້ສັງເກດວ່າຄຸນສົມບັດນີ້ຍັງຄົງຢູ່
ທົດລອງ!
-- ແຂງແຮງ
ລາຍງານຄວາມຜິດພາດມາດຕະຖານ (aka sandwich, aka Hubert-White) ທີ່ເຂັ້ມແຂງ.
- ຊ່ວຍ ພິມຊ່ວຍ.
ໃຊ້ palogist ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
