ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ prank ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
prank - ຄິດໄລ່ການຈັດຮຽງລຳດັບຫຼາຍອັນທີ່ເປັນໄປໄດ້
ສະຫຼຸບສັງລວມ
prank sequence_file
prank [ຕົວກໍານົດການທາງເລືອກ] -d=sequence_file [ຕົວກໍານົດການທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
ຊຸດ Probabilistic Alignment (PRANK) ແມ່ນໂຄງການການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນທີ່ອາດຈະເປັນໄປໄດ້
DNA, codon ແລະລໍາດັບອາຊິດ amino. ມັນອີງໃສ່ສູດການຄິດໄລ່ນະວະນິຍາຍທີ່ປິ່ນປົວ
insertions ຢ່າງຖືກຕ້ອງແລະຫຼີກເວັ້ນການເກີນການຄາດຄະເນຂອງຈໍານວນຂອງເຫດການລຶບ.
ນອກຈາກນັ້ນ, PRANK ຢືມແນວຄວາມຄິດຈາກວິທີການທີ່ເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ໃຊ້ໃນ phylogenetics ແລະ
ຢ່າງຖືກຕ້ອງໃຊ້ເວລາເຂົ້າໄປໃນບັນຊີຂອງໄລຍະຫ່າງ evolutionary ລະຫວ່າງລໍາດັບ. ສຸດທ້າຍ, PRANK
ອະນຸຍາດໃຫ້ສໍາລັບການກໍານົດໂຄງສ້າງທີ່ເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບການລໍາດັບທີ່ຈະສອດຄ່ອງແລະຫຼັງຈາກນັ້ນ,
ພ້ອມໆກັນກັບການສອດຄ່ອງ, ຄາດຄະເນສະຖານທີ່ຂອງຫນ່ວຍງານໂຄງສ້າງໃນ
ລໍາດັບ.
OPTIONS
INPUT / OUTPUT PARAMETERS
-d=sequence_file
ໄຟລ໌ລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນໃນຮູບແບບ FASTA.
-t=tree_file
ໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ຈະໃຊ້. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, ຕົ້ນໄມ້ NJ ໂດຍປະມານຈະຖືກສ້າງຂຶ້ນ.
-o=output_file
ຕັ້ງຊື່ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, output_file ຖືກກໍານົດໃຫ້ output.
-f=output_format
ກໍານົດຮູບແບບຜົນຜະລິດ. output_format ສາມາດເປັນຫນຶ່ງໃນ ໄວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), ຟີລິບປີ,
ຟີລິບ, paml, ຫຼື nexus.
-m=model_file
ໄຟລ໌ຕົວແບບທີ່ຈະໃຊ້. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, model_file ຖືກກໍານົດໃຫ້ HKY2/WAG.
ສະ ໜັບ ສະ ໜູນ
ສະຫນັບສະຫນູນດ້ານຫລັງຂອງຄອມພິວເຕີ້.
-showxml
ການຈັດຮຽງຜົນຜະລິດ xml-file.
- ຕົ້ນສະແດງ
ຄູ່ມືການຈັດວາງຜົນຜະລິດ.
- ສະແດງໃຫ້ເຫັນ
ຜົນຜະລິດລໍາດັບບັນພະບູລຸດ.
- ຫໍ
ຜົນຜະລິດທັງຫມົດເຫຼົ່ານີ້.
- ຜູ້ມີຊື່ສຽງ
ຢ່າໃຊ້ Exonerate anchoring. (Exonerate ທີ່ຈະຕິດຕັ້ງແຍກຕ່າງຫາກ.)
-nomafft
ຢ່າໃຊ້ MAFFT ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ແນະນໍາ. (MAFFT ຈະຖືກຕິດຕັ້ງແຍກຕ່າງຫາກ.)
-njtree ຄາດຄະເນຕົ້ນໄມ້ຈາກການຈັດຮຽງຂໍ້ມູນເຂົ້າ (ແລະຈັດຮຽງໃໝ່).
- ຊື່ສັ້ນ
ຕັດຊື່ໃສ່ຕົວອັກສອນຍະຫວ່າງທຳອິດ.
- ງຽບ ຫຼຸດຜ່ອນຜົນຜະລິດ.
ການຈັດການ ລວມ
-d1=alignment_file
ໄຟລ໌ການຈັດລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນທໍາອິດໃນຮູບແບບ FASTA.
-d2=alignment_file
ໄຟລ໌ການຈັດຮຽງທີ່ສອງໃນຮູບແບບ FASTA.
-t1=tree_file
ໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ສໍາລັບການຈັດລໍາດັບທໍາອິດ. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, ຕົ້ນໄມ້ NJ ປະມານແມ່ນ
ສ້າງຂຶ້ນ.
-t2=tree_file
ໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ສໍາລັບການຈັດລໍາດັບທີສອງ. ຖ້າບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, ຕົ້ນໄມ້ NJ ປະມານແມ່ນ
ສ້າງຂຶ້ນ.
MODEL PARAMETERS
-F, +F ບັງຄັບໃຫ້ຊ່ອງແຊກຖືກຂ້າມສະເໝີ.
-gaprate=#
ກໍານົດອັດຕາການເປີດຊ່ອງຫວ່າງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.025 ສໍາລັບ DNA ແລະ 0.005 ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ.
-gapext=#
ກໍານົດຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.75 ສໍາລັບ DNA ແລະ 0.5 ສໍາລັບການ
ໂປຣຕີນ.
-codon ໃຊ້ຕົວແບບ codon empirical ສໍາລັບການຂຽນລະຫັດ DNA.
- DNA, -ໂປຣຕີນ
ໃຊ້ຕົວແບບ DNA ຫຼືທາດໂປຼຕີນ, ຕາມລໍາດັບ. ປິດໃຊ້ງານການຊອກຄົ້ນຫາແບບອັດຕະໂນມັດ.
-termgap
ລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ປາຍຍອດຕາມປົກກະຕິ.
- ນາມ
ບໍ່ມີຂໍ້ມູນທີ່ຂາດຫາຍໄປ. ໃຊ້ -F ສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ປາຍຍອດ.
- ຮັກສາ ຢ່າເອົາຊ່ອງຫວ່າງອອກຈາກລໍາດັບທີ່ວາງໄວ້ກ່ອນ.
ອື່ນໆ PARAMETERS
-iterate=#
ຮອບຂອງການ iteration re-alignment; ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, iterate ຫ້າເທື່ອແລະຮັກສາທີ່ດີທີ່ສຸດ
ຜົນໄດ້ຮັບ.
- ຄັ້ງດຽວ ແລ່ນພຽງແຕ່ຄັ້ງດຽວ. ຄືກັນກັບ -iterate=1.
- prunetree
ກິ່ງງ່າຂອງຕົ້ນໄມ້ນຳທາງ Prune ໂດຍບໍ່ມີຂໍ້ມູນລຳດັບ.
-prunedata
ຂໍ້ມູນລຳດັບ prune ທີ່ບໍ່ມີໃບແນະນຳ.
-uselogs
ຊ້າກວ່າແຕ່ຄວນເຮັດວຽກໃຫ້ຫຼາຍລໍາດັບ.
- ແປ
ແປຂໍ້ມູນປ້ອນເຂົ້າເປັນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ.
-mttranslate
ແປຂໍ້ມູນປ້ອນເຂົ້າເປັນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນໂດຍໃຊ້ຕາຕະລາງ mt.
- ແປງ
ບໍ່ສອດຄ່ອງ, ພຽງແຕ່ປ່ຽນເປັນຮູບແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
-dna=dna_sequence_file
ໄຟລ໌ລໍາດັບ DNA ສໍາລັບການແປຄືນຂອງການຈັດລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ.
-ຊ່ວຍ ສະແດງຫນ້າຊ່ວຍເຫຼືອຂະຫຍາຍທີ່ມີທາງເລືອກເພີ່ມເຕີມ.
-ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງເວີຊັນ ແລະກວດສອບການອັບເດດ.
AUTHORS
prank ໄດ້ຖືກຂຽນໂດຍ Ari Lotynoja.
ຫນ້າຄູ່ມືນີ້ໄດ້ຖືກຂຽນໃນເບື້ອງຕົ້ນໂດຍ Manuel Prinz[email protected]> ສໍາລັບ Debian
ໂຄງການ (ແລະອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້ໂດຍຜູ້ອື່ນ).
ໃຊ້ prank ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
