ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ primeDTLSR ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
primeDTLSR - Guest-in-host tree inference tool
ສະຫຼຸບສັງລວມ
primeDTLSR [OPTIONS] seqfile hostfile [gsfile]
ລາຍລະອຽດ
inference tree in-host ການເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະ reconciliation ການນໍາໃຊ້ DTLRS ພື້ນຖານ
ຕົວແບບ. ຄຸນສົມບັດຂອງຕົວແບບ:
1) topology ຕົ້ນໄມ້ແຂກ evolves ພາຍໃນ host tree ໂດຍວິທີການຊ້ໍາກັນ, ການສູນເສຍ
ແລະເຫດການການໂອນຍ້າຍຕາມແນວນອນທີ່ນໍາພາໂດຍອັດຕາດຽວກັນ, ຄືກັນກັບການເກີດ - ການເສຍຊີວິດ
ຂະບວນການ. ສາຂາຂອງສາຍພັນແມ່ນກຳນົດຢູ່ໃນຈຸດທີ່ເປັນເຈົ້າພາບ.
2) ໂມງໂມເລກຸນທີ່ຜ່ອນຄາຍ; ລໍາດັບການປ່ຽນແປງອັດຕາການປ່ຽນແປງໃນໄລຍະແຄມຕົ້ນໄມ້ແຂກ.
ອັດຕາແມ່ນໄດ້ມາຈາກການແຈກຢາຍທີ່ລະບຸໄວ້. ນອກຈາກນີ້, ອັດຕາການປ່ຽນແປງໃນໄລຍະເວັບໄຊ
ອາດຈະຖືກເພີ່ມ, ໂດຍໃຊ້ການກະຈາຍ gamma discretized ດ້ວຍຄ່າສະເລ່ຍ 1.
3) ຮູບແບບການທົດແທນທາງເລືອກ; ມາດຕະຖານຫຼືຜູ້ໃຊ້ກໍານົດ. ການປະຕິບັດການນໍາໃຊ້ a
ການຕັດສິນໃຈຂອງຕົ້ນໄມ້ເຈົ້າພາບເພື່ອປະມານຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງຄວາມເປັນໄປໄດ້ທັງຫມົດ
ການປະຕິບັດການຄືນດີສໍາລັບສະຖານະພາລາມິເຕີໃນປະຈຸບັນ.
ການຈັດຕັ້ງປະຕິບັດໃຊ້ການຕັດແຍກຂອງຕົ້ນໄມ້ທີ່ເປັນເຈົ້າພາບເພື່ອປະມານຄວາມເປັນໄປໄດ້
ຂອງການປະຕິບັດການປອງດອງທີ່ເປັນໄປໄດ້ທັງໝົດສໍາລັບສະຖານະພາລາມິເຕີປັດຈຸບັນ.
seqfile ເປັນໄຟລ໌ທີ່ມີລໍາດັບການຈັດລໍາດັບສໍາລັບໃບໄມ້ຢືນຕົ້ນແຂກ.
hostfile ເປັນໄຟລ໌ PrIME Newick ກັບ host tree incl. ເວລາທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ໃບຕ້ອງມີ
ເວລາ 0 ແລະຮາກມີເວລາ > 0.
gsfile ແມ່ນໄຟລ໌ທີ່ຂັ້ນດ້ວຍແຖບທີ່ກ່ຽວກັບໃບໄມ້ຢືນຕົ້ນແຂກກັບໃບໄມ້ຢືນຕົ້ນຖ້າບໍ່ມີຂໍ້ມູນ
ລວມຢູ່ໃນ hostfile.
OPTIONS
-h, -u, -?
ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອ (ຂໍ້ຄວາມນີ້).
-o ເອກະສານ
ອອກຊື່ໄຟລ໌. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ stderr.
-s UNSIGNED_INT
ແກ່ນສໍາລັບເຄື່ອງກໍາເນີດຈໍານວນ pseudo-random. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງແກ່ນແບບສຸ່ມ.
-i UNSIGNED_INT
ຈໍານວນການຊໍ້າຄືນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
-t UNSIGNED_INT
thinning, ie ຕົວຢ່າງທຸກໆ -th iteration. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
-w UNSIGNED_INT
ຜົນການວິນິດໄສເພື່ອ stderr ທຸກ -th ຕົວຢ່າງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
-q ບໍ່ອອກຜົນການວິນິດໄສ. ບໍ່ງຽບໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
-m MCMC|PDHC|PD
ປະເພດການປະຕິບັດ (MCMC, ການປີນພູຄວາມຫນາແຫນ້ນຫຼັງຈາກຄ່າເບື້ອງຕົ້ນ, ຫຼືພຽງແຕ່.
ຄວາມຫນາແຫນ້ນດ້ານຫລັງເບື້ອງຕົ້ນ). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
- ສມ UniformAA|JC69|JTT|UniformCodon|ArveCodon
ຮູບແບບການທົດແທນ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
-ສຸ DNA|AminoAcid|Codon
...float(n*(n-1)/2)>
ຮູບແບບການທົດແທນທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້. ຂະໜາດຂອງ Pi ແລະ R ຕ້ອງພໍດີກັບປະເພດຂໍ້ມູນ (DNA: n=4,
AminoAcid: n=20, Codon: n=62). R ແມ່ນໃຫ້ເປັນມາຕຣິກເບື້ອງສາມຫຼ່ຽມເທິງແປ.
ຢ່າໃຊ້ທັງສອງທາງເລືອກ -Su ແລະ -Sm.
-ນ UNSIGNED_INT
ຈໍານວນຂັ້ນຕອນຂອງການແຜ່ກະຈາຍ Gamma discretized ສໍາລັບອັດຕາການວິວັດທະນາການລໍາດັບ
ການປ່ຽນແປງຫຼາຍກວ່າສະຖານທີ່. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ (ບໍ່ມີການປ່ຽນແປງ).
- Ed Gamma|InvG|LogN|ເຄື່ອງແບບ
ການແຜ່ກະຈາຍສໍາລັບອັດຕາການປ່ຽນແປງຂອງ IID ລະຫວ່າງແຄມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
- Ep ລູກລອຍ ລູກລອຍ
ຄ່າສະເລ່ຍເບື້ອງຕົ້ນ ແລະຄວາມແຕກຕ່າງຂອງການແຈກຢາຍອັດຕາຂອບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ ແລະ .
-Ef ແກ້ໄຂຄ່າສະເລ່ຍ ແລະຄວາມແຕກຕ່າງຂອງການກະຈາຍອັດຕາຂອບ. ບໍ່ໄດ້ແກ້ໄຂໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
-Gi ເອກະສານ
ຊື່ໄຟລ໌ທີ່ມີ topology ຕົ້ນໄມ້ແຂກເບື້ອງຕົ້ນ.
-ກກ ການແກ້ໄຂຕົ້ນໄມ້ topology ແຂກ, ເຊັ່ນວ່າປະຕິບັດການບໍ່ມີການແລກປ່ຽນກິ່ງງ່າ. ບໍ່ໄດ້ແກ້ໄຂໂດຍ
Default
-Bp ລູກລອຍ ລູກລອຍ ລູກລອຍ
ການຊໍ້າຊ້ອນເບື້ອງຕົ້ນ, ການສູນເສຍແລະອັດຕາການໂອນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ , ແລະ .
-Bf ແກ້ໄຂການຊໍ້າຊ້ອນ, ການສູນເສຍແລະອັດຕາການໂອນໄປຫາມູນຄ່າເບື້ອງຕົ້ນ. ບໍ່ໄດ້ແກ້ໄຂໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
- ທ ລູກລອຍ
ລົບລ້າງຊ່ວງເວລາຂອງຂອບເທິງຮາກໃນຕົ້ນໄມ້ເຈົ້າພາບ. ຕ້ອງໃຫຍ່ກວ່າ 0.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງຄ່າທີ່ມີໄຟລ໌.
- ດທ ລູກລອຍ
ໄລຍະເວລາຂອງການຕັດສິນໃຈໂດຍປະມານ. ຕັ້ງຄ່າເປັນ 0 ເພື່ອແບ່ງລຸ້ນຂອບເປັນ
ຈໍານວນສ່ວນດຽວກັນ (ເບິ່ງ -Di). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
-ດີ UNSIGNED_INT
ຈໍານວນຂັ້ນຕອນລຸ່ມຂອງ discretization subintervals ຕໍ່ການຜະລິດຂອບ. ຖ້າ -Dt ຖືກຕັ້ງ 0,
ອັນນີ້ກາຍເປັນຕົວເລກທີ່ແນ່ນອນຂອງໄລຍະຍ່ອຍ. ຕໍາ່ສຸດທີ່ 2. @Defaults ກັບ
conf_value_from_cmake_DiscMinIvs@.
-C UNSIGNED_INT
ຈໍານວນການໂອນນັບໃນລະຫວ່າງການເກັບຕົວຢ່າງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
-r Rescale the host tree ເພື່ອໃຫ້ເວລາຂອງຮາກຫາໃບເທົ່າກັບ 1.0. ສົມມຸດຕິຖານທັງໝົດ
ຕົວກໍານົດການຈະຫມາຍເຖິງຂະຫນາດໃຫມ່. ປິດຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
-Z ຢ່າພິມເວລາຕິດຝາ ແລະເວລາ CPU ທີ່ຜ່ານໄປ
-W ຢ່າພິມເສັ້ນຄໍາສັ່ງ
-debuginfo
ສະແດງໃຫ້ເຫັນອື່ນໆ. ຂໍ້ມູນກັບ stderr ກ່ອນທີ່ຈະ iterating. ບໍ່ສະແດງໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
ອອກ STATUS
0 ການປະຕິບັດໂຄງການສົບຜົນສໍາເລັດ.
1 ເກີດຄວາມຜິດພາດບາງຢ່າງ
URL
ຫນ້າທໍາອິດຂອງ prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
ໃຊ້ primeDTLSR ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
