probalign - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

probalign - ຈັດລໍາດັບໃນ MFAFILE(s) ແລະພິມຜົນໄດ້ຮັບກັບຜົນໄດ້ຮັບມາດຕະຖານ

ລາຍລະອຽດ

PROBALIGN ເວີຊັ່ນ 1.4 (ພະຈິກ 2010) ຈັດລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຫຼາຍອັນ ແລະພິມໃສ່ກັບ
ຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ. ຂຽນໂດຍ Satish Chikkagoudar ແລະ Usman Roshan ໂດຍໃຊ້ລະຫັດຈາກ PROBCONS
ສະບັບ 1.1 (ຂຽນໂດຍ Chuong Do) ແລະອີງໃສ່ probA (ຂຽນໂດຍ Ulrike Muckstein).

PROBALIGN 1.4 ມາພ້ອມກັບການຮັບປະກັນຢ່າງແທ້ຈິງ. ນີ້ແມ່ນຊອບແວຟຣີ, ແລະທ່ານ
ຍິນດີຕ້ອນຮັບການແຈກຢາຍມັນພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂສະເພາະໃດຫນຶ່ງ. ເບິ່ງໄຟລ໌ README ສໍາລັບລາຍລະອຽດ.

ການນໍາໃຊ້:
probalign [ຕົວເລືອກ]... [MFAFILE]...

ລາຍລະອຽດ:
ຈັດລໍາດັບໃນ MFAFILE(s) ແລະພິມຜົນໄດ້ຮັບກັບຜົນໄດ້ຮັບມາດຕະຖານ

- ກຸ່ມ

ໃຊ້ຮູບແບບຜົນຜະລິດ CLUSTALW ແທນ MFA

-v, -- verbose

ລາຍງານຄວາມຄືບໜ້າໃນຂະນະທີ່ຈັດຮຽງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ)

-a, --alignment-order

ພິມລໍາດັບໃນການຈັດລໍາດັບແທນທີ່ຈະໃສ່ຄໍາສັ່ງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ)

-T, - ອຸນຫະພູມ

ກໍານົດພາລາມິເຕີອຸນຫະພູມ thermodynamic

(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5 (ສໍາລັບຮູບແບບຂໍ້ມູນທາດໂປຼຕີນ), 1 (ສໍາລັບຮູບແບບຂໍ້ມູນ nucleotide)).

-score_matrix, --score_matrix

ກຳນົດປະເພດຂອງການໃຫ້ຄະແນນທີ່ໃຊ້ໃນການຄຳນວນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: gonnet_160, ເປັນຕົວແທນຂອງ gonnet 160, ເບິ່ງ README ສໍາລັບລາຍລະອຽດ)

-ໄປ, --gap-ເປີດ

ຕົວເລືອກນີ້ສາມາດຖືກໃຊ້ເພື່ອລະບຸຕົວກໍານົດການເປີດຊ່ອງຫວ່າງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ Gonnet
160 (ທາດໂປຼຕີນ) ແມ່ນ 22 ແລະ nucleotide (ມາຕຣິກເບື້ອງງ່າຍດາຍ) ແມ່ນ 4.

-ຈີ, --gap-extension

ຕົວເລືອກນີ້ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອລະບຸຕົວກໍານົດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ
Gonnet 160 (ທາດໂປຼຕີນ) ແມ່ນ 1 ແລະ nucleotide (ມາຕຣິກເບື້ອງງ່າຍດາຍ) ແມ່ນ 0.25.

- ນູກ

ລະບຸຕົວເລືອກນີ້ເພື່ອຊີ້ບອກວ່າລໍາດັບທີ່ປ້ອນເຂົ້າແມ່ນລໍາດັບ nucleotide

-ປ້ອງກັນ

ລະບຸຕົວເລືອກນີ້ເພື່ອຊີ້ບອກວ່າລໍາດັບທີ່ປ້ອນເຂົ້າແມ່ນລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ
[ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]

-showPP

ສົ່ງຜົນໃຫ້ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັງຂອງຖັນການຈັດຮຽງເປັນລຳດັບໃໝ່ທີ່ມີຊື່
Posterior Probabilities (ຄ່າຄວາມເປັນໄປໄດ້ຈະຖືກປັບຂະໜາດໃຫ້ຢູ່ລະຫວ່າງຈຳນວນເຕັມ
ລະຫວ່າງ 0 ແລະ 9).

ໃຊ້ probalign ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net