rate4site - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

rate4site - ເຄື່ອງກວດຈັບສະຖານທີ່ອາຊິດ amino ທີ່ຖືກອະນຸລັກ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

rate4site [ຕົວເລືອກ] -s

ລາຍລະອຽດ

ອັດຕາການວິວັດທະນາການບໍ່ຄົງທີ່ລະຫວ່າງສະຖານທີ່ອາຊິດ amino: ບາງຕໍາແຫນ່ງພັດທະນາຊ້າໆ
ແລະໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວເອີ້ນວ່າ "ອະນຸລັກ", ໃນຂະນະທີ່ຄົນອື່ນພັດທະນາຢ່າງໄວວາແລະຖືກກ່າວເຖິງ
ເປັນ "ຕົວແປ". ອັດຕາການປ່ຽນແປງທີ່ສອດຄ້ອງກັບລະດັບທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງການບໍລິສຸດ
ການຄັດເລືອກປະຕິບັດຢູ່ໃນເວັບໄຊທ໌ເຫຼົ່ານີ້. ການຄັດເລືອກທີ່ບໍລິສຸດສາມາດເປັນຜົນມາຈາກເລຂາຄະນິດ
ຂໍ້ຈໍາກັດກ່ຽວກັບການພັບຂອງທາດໂປຼຕີນເຂົ້າໄປໃນໂຄງສ້າງ 3D ຂອງມັນ, ຂໍ້ຈໍາກັດຂອງອາຊິດ amino
ສະຖານທີ່ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບກິດຈະກໍາຂອງ enzymatic ຫຼືໃນການຜູກມັດ ligand ຫຼື, ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, ທີ່ອາຊິດ amino
ສະຖານທີ່ທີ່ມີສ່ວນຮ່ວມໃນການໂຕ້ຕອບຂອງທາດໂປຼຕີນ - ທາດໂປຼຕີນ. Rate4Site ຄິດໄລ່ພີ່ນ້ອງ
ອັດຕາວິວັດທະນາການຢູ່ແຕ່ລະບ່ອນໂດຍໃຊ້ຕົວແບບວິວັດທະນາການທີ່ອີງໃສ່ຄວາມເປັນໄປໄດ້. ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້
ຄໍານຶງເຖິງຂະບວນການ stochastic ທີ່ຕິດພັນກັບ evolution ລໍາດັບພາຍໃນທາດໂປຼຕີນ
ຄອບຄົວແລະຕົ້ນໄມ້ phylogenetic ຂອງທາດໂປຼຕີນໃນຄອບຄົວ. ຄະແນນການອະນຸລັກ
ຢູ່ໃນເວັບໄຊທີ່ສອດຄ້ອງກັບອັດຕາວິວັດທະນາການຂອງເວັບໄຊ.

ວິທີການ

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ obligatory ໄປຫາ Rate4Site ແມ່ນໄຟລ໌ MSA. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ໂຄງການຈະຄິດໄລ່ a
phylogenetic tree ທີ່ສອດຄ່ອງກັບ MSA ທີ່ມີຢູ່ (ຜູ້ໃຊ້ຍັງສາມາດປ້ອນ a
ຕົ້ນໄມ້ທີ່ຄິດໄລ່ກ່ອນ). ຫຼັງຈາກນັ້ນມັນຄິດໄລ່ຄະແນນການອະນຸລັກພີ່ນ້ອງສໍາລັບແຕ່ລະສະຖານທີ່ໃນ
MSA ໄດ້. ນີ້ແມ່ນປະຕິບັດໂດຍໃຊ້ວິທີການ Bayesian empirical ຫຼືສູງສຸດ
ວິທີການຄວາມເປັນໄປໄດ້ (Pupko et al., 2002). ຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງສອງວິທີແມ່ນ
ອະທິບາຍລາຍລະອຽດໃນ Mayrose et al (2004).

ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ

Mayrose, I., Graur, D., Ben-Tal, N., and Pupko, T. 2004. ການປຽບທຽບອັດຕາສະເພາະຂອງເວັບໄຊ-
ວິທີການ inference: ວິທີການ Bayesian ແມ່ນດີກວ່າ. Mol Biol Evol 21: 1781-1791.

OPTIONS

-s MSA_FILE
ຊື່ໄຟລ໌ລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ຮູບແບບຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນສະຫນັບສະຫນູນ: Mase, Molphy,
Phylip, Clustal, Fasta

-t ຊື່​ໄຟລ​໌​ຕົ້ນ​ໄມ້​ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ (ໃນ​ຮູບ​ແບບ Newick​)

-o OUTPUT_FILE
ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບຜົນໄດ້ຮັບ

-a ຊື່ລໍາດັບອ້າງອີງໃນ MSA. ຄະແນນການອະນຸລັກແມ່ນພິມອອກໂດຍອີງໃສ່
ອາຊິດ amino ໃນລໍາດັບນີ້.

-k ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ Gamma ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​

-m ຮູບແບບວິວັດທະນາການ. ຮູບແບບອາຊິດ amino ຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນສະຫນັບສະຫນູນ:

ວັນ (-md), JTT (-mj), REV (-mr), aaJC (-ma), LG (-Ml), WAG (-Mw).

ສໍາລັບ nucleotides, ຮູບແບບຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນສະຫນັບສະຫນູນ: JC (-mn), HKY (-Mh), Tamura92 (-Mt), GTR (-Mg).

-b ທຸງການເພີ່ມປະສິດທິພາບຄວາມຍາວຂອງສາຂາ:

-bn = ບໍ່ມີການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງຄວາມຍາວສາຂາ

-bh = ການ​ປັບ​ປຸງ​ທີ່​ດີ​ທີ່​ຈະ​ນໍາ​ໃຊ້​ຮູບ​ແບບ​ທີ່​ເປັນ​ເອ​ກະ​ສານ (ບໍ່​ມີ​ໃນ​ບັນ​ດາ​ເວັບ​ໄຊ​ຕ​໌​ອັດ​ຕາ​ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​)

-bg = ການເພີ່ມປະສິດທິພາບໂດຍໃຊ້ຕົວແບບ Gamma

-i ໃຫ້ຄະແນນທຸງວິທີການ inference:

-Im = ອັດຕາແມ່ນ inferred ໂດຍໃຊ້ວິທີຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ

-Ib = ອັດຕາແມ່ນ inferred ໂດຍໃຊ້ວິທີການ Bayes empirical

-z ວິທີການກໍ່ສ້າງຕົ້ນໄມ້

zj = Neighbor-joining tree with Jukes-Cantor distances

zn = Neighbor-joining tree with maximum belihood distances

-h ຂໍ້​ຄວາມ​ຊ່ວຍ​ເຫຼືອ​ສັ້ນ​

ໃຊ້ rate4site ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net