raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

ການນໍາໃຊ້ - Randomized Axelerated ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ

ລາຍລະອຽດ

ໃຊ້ raxml ດ້ວຍການຮອງຮັບ AVX (1 cpus)

ນີ້ແມ່ນ RAxML ເວີຊັ່ນ 8.2.4 ອອກມາໂດຍ Alexandros Stamatakis ໃນວັນທີ 02 ຕຸລາ 2015.

ດ້ວຍການປະກອບສ່ວນລະຫັດທີ່ຊື່ນຊົມຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໂດຍ: Andre Aberer (HITS) Simon Berger
(HITS) Alexey Kozlov (HITS) Kassian Kobert (HITS) David Dao (KIT ແລະ HITS)
Nick Pattengale (Sandia) Wayne Pfeiffer (SDSC) Akifumi S. Tanabe (NRIFS)

ກະລຸນາປຶກສາກັບ RAxML-manual

ກະລຸນາລາຍງານຂໍ້ຜິດພາດຜ່ານກຸ່ມ RAxML google! ກະລຸນາສົ່ງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນທັງໝົດໃຫ້ພວກເຮົາ, ຖືກຕ້ອງ
invocation, ລາຍລະອຽດຂອງ HW ແລະລະບົບປະຕິບັດການ, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບຂໍ້ຄວາມຄວາມຜິດພາດທັງຫມົດທີ່ພິມອອກ
ຫນ້າຈໍ.

raxmlHPC[-SSE3|-AVX|-PTHREADS|-PTHREADS-SSE3|-PTHREADS-AVX|-HYBRID|-HYBRID-SSE3|HYBRID-AVX]

-s sequenceFileName -n outputFileName -m ຕົວແບບທົດແທນ

[-a weightFileName] [-A secondaryStructureSubstModel] [-b
bootstrapRandomNumberSeed] [-B wcCriterionThreshold] [-c numberOfCategories] [-C]
[-d] [-D] [-e likelihoodEpsilon] [-E excludeFileName] [-f
a|A|b|B|c|C|d|D|e|E|F|g|G|h|H|i|I|j|J|k|m|n|N|o|p| P|q|r|R|s|S|t|T|u|v|V|w|W|x|y]
[-F] [-g groupingFileName] [-G placementThreshold] [-h] [-H] [-i
initialRearrangementSetting] [-I autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN] [-j] [-J
MR|MR_DROP|MRE|STRICT|STRICT_DROP|T_ ] [-k] [-K] [-L MR|MRE|T_ ]
[-M] [-o outGroupName1[,outGroupName2[,...]]][-O] [-p parsimonyRandomSeed] [-P
proteinModel] [-q multipleModelFileName] [-r binaryConstraintTree] [-R
binaryModelParamFile] [-S secondaryStructureFile] [-t userStartingTree] [-T
numberOfThreads] [-u] [-U] [-v] [-V] [-w outputDirectory] [-W slidingWindowSize]
[-x rapidBootstrapRandomNumberSeed] [-X] [-y] [-Y
quartetGroupingFileName|ບັນພະບູລຸດSequenceCandidatesFileName] [-z multipleTreesFile]
[-#|-N numberOfRuns|autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN]
[--mesquite][--silent][--no-seq-check][--no-bfgs]
[--asc-corr=stamatakis|felsenstein|lewis]
[--flag-check][--auto-prot=ml|bic|aic|aicc]
[--epa-keep-placements=number][--epa-accumulated-threshold=threshold]
[--epa-prob-threshold=threshold] [--JC69][--K80][--HKY85]

-a ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ນ້ຳໜັກຖັນເພື່ອກຳນົດນ້ຳໜັກແຕ່ລະຖັນໃຫ້ແຕ່ລະຖັນ
ການຈັດວາງ. ນ້ຳໜັກເຫຼົ່ານັ້ນຕ້ອງເປັນຈຳນວນເຕັມທີ່ແຍກອອກດ້ວຍປະເພດໃດນຶ່ງ ແລະຈຳນວນໃດນຶ່ງ
ຊ່ອງຫວ່າງພາຍໃນໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກ, ເບິ່ງໄຟລ໌ "example_weights" ສໍາລັບຕົວຢ່າງ.

-A ລະບຸຮູບແບບການທົດແທນໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງທີ່ປະຕິບັດໃນ RAxML.
ນາມສະກຸນດຽວກັນກັບຢູ່ໃນຄູ່ມື PHASE ແມ່ນໃຊ້, ຮູບແບບທີ່ມີ: S6A, S6B,
S6C, S6D, S6E, S7A, S7B, S7C, S7D, S7E, S7F, S16, S16A, S16B

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ຮູບແບບ GTR 16 ລັດ (S16)

-b ລະບຸຕົວເລກຈໍານວນເຕັມ (ແກ່ນແບບສຸ່ມ) ແລະເປີດໃຊ້ bootstrapping

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-B ລະບຸຕົວເລກຈຸດລອຍລະຫວ່າງ 0.0 ແລະ 1.0 ທີ່ຈະໃຊ້ເປັນການຕັດ
ເກນການຢຸດການເລີ່ມຕົ້ນທີ່ອີງໃສ່ MR. ການຕັ້ງຄ່າທີ່ແນະນໍາແມ່ນ 0.03.

Default: 0.03 (ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ທີ່​ແນະ​ນໍາ​ການ​ກໍາ​ນົດ​ໂດຍ​ກົງ​)

-c ລະບຸຈໍານວນປະເພດອັດຕາທີ່ແຕກຕ່າງກັນສໍາລັບ RAxML ເມື່ອຮູບແບບຂອງອັດຕາ
heterogeneity ຖືກກໍານົດເປັນ CAT ອັດຕາສ່ວນບຸກຄົນຕໍ່ສະຖານທີ່ຖືກຈັດປະເພດເປັນ
numberOfCategories ອັດຕາປະເພດເພື່ອເລັ່ງການຄິດໄລ່.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 25

-C ເປີດໃຊ້ verbose output ສໍາລັບຕົວເລືອກ "-L" ແລະ "-fi". ນີ້ຈະຜະລິດຫຼາຍ, ເປັນ
ເຊັ່ນດຽວກັນກັບໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ verbose ຫຼາຍ

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-d ເລີ່ມການເພີ່ມປະສິດທິພາບ ML ຈາກຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນແບບສຸ່ມ

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-D ເງື່ອນໄຂການລວມຕົວຂອງການຄົ້ນຫາ ML. ນີ້ຈະທໍາລາຍການຊອກຫາ ML ຖ້າພີ່ນ້ອງ
Robinson-Foulds ໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງຕົ້ນໄມ້ທີ່ໄດ້ຮັບຈາກ SPR ຂີ້ກຽດສອງຄັ້ງຕິດຕໍ່ກັນ
ຮອບວຽນນ້ອຍກວ່າ ຫຼືເທົ່າກັບ 1%. ການນໍາໃຊ້ແນະນໍາສໍາລັບຊຸດຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼາຍໃນ
ຂໍ້ກໍານົດຂອງພາສີ. ກ່ຽວກັບຕົ້ນໄມ້ທີ່ມີຫຼາຍກວ່າ 500 ພາສີນີ້ຈະໃຫ້ເວລາປະຕິບັດ
ການປັບປຸງປະມານ 50% ໃນຂະນະທີ່ໃຫ້ຜົນຜະລິດພຽງແຕ່ຕົ້ນໄມ້ທີ່ຮ້າຍແຮງກວ່າເກົ່າ.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-e ກໍານົດຄວາມແມ່ນຍໍາຂອງການເພີ່ມປະສິດທິພາບແບບຈໍາລອງໃນຫນ່ວຍຄວາມເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະບັນທຶກສໍາລັບການເພີ່ມປະສິດທິພາບສຸດທ້າຍຂອງ
topology ຕົ້ນໄມ້

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.1
ສໍາລັບຕົວແບບທີ່ບໍ່ໃຊ້ອັດຕາສ່ວນຂອງສະຖານທີ່ invariant ຄາດຄະເນ

0.001 ສໍາລັບຕົວແບບທີ່ໃຊ້ອັດຕາສ່ວນຂອງສະຖານທີ່ invariant ຄາດຄະເນ

-E ລະ​ບຸ​ຊື່​ໄຟລ​໌​ທີ່​ຍົກ​ເວັ້ນ​, ທີ່​ປະ​ກອບ​ດ້ວຍ​ສະ​ເພາະ​ຂອງ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​
ທ່ານ​ຕ້ອງ​ການ​ທີ່​ຈະ​ຍົກ​ເວັ້ນ​. ຮູບແບບແມ່ນຄ້າຍຄືກັນກັບ Nexus, ໄຟລ໌ຈະຕ້ອງປະກອບດ້ວຍລາຍການ
ເຊັ່ນ "100-200 300-400", ເພື່ອຍົກເວັ້ນການຂຽນຄໍລໍາດຽວ, ຕົວຢ່າງ, "100-100", ຖ້າທ່ານ
ໃຊ້ຕົວແບບປະສົມ, ໄຟລ໌ຕົວແບບທີ່ດັດແປງທີ່ເຫມາະສົມຈະຖືກຂຽນ.

-f ເລືອກ algorithm:

"-fa": ການວິເຄາະ Bootstrap ຢ່າງໄວວາແລະຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້ ML ທີ່ໄດ້ຮັບຄະແນນດີທີ່ສຸດໃນໂຄງການດຽວ
ແລ່ນ "-f A": ຄິດໄລ່ລັດບັນພະບຸລຸດຢູ່ຂອບເທິງຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງ ROOTED ສະຫນອງໃຫ້
ດ້ວຍ "-t" "-fb": ແຕ້ມຂໍ້ມູນ bipartition ໃສ່ຕົ້ນໄມ້ທີ່ໃຫ້ດ້ວຍ "-t" ອີງໃສ່
ຢູ່ເທິງຕົ້ນໄມ້ຫຼາຍຕົ້ນ

(ເຊັ່ນ: ຈາກ bootstrap) ໃນໄຟລ໌ທີ່ລະບຸໂດຍ "-z"

"-f B": ປັບແຕ່ງຕົວຂະຫຍາຍ br-len ແລະຕົວກໍານົດການຕົວແບບອື່ນໆ (GTR, alpha, ແລະອື່ນໆ) ໃນຕົ້ນໄມ້
ສະຫນອງໃຫ້ "-t".
ຕົ້ນໄມ້ຕ້ອງມີຄວາມຍາວຂອງງ່າ. ຄວາມຍາວຂອງສາຂາຈະບໍ່ຖືກປັບແຕ່ງ,
ພຽງ​ແຕ່​ປັບ​ຂະ​ຫນາດ​ໂດຍ​ມູນ​ຄ່າ​ທົ່ວ​ໄປ​ດຽວ​.

"-fc": ກວດເບິ່ງວ່າການຈັດຕໍາແຫນ່ງສາມາດອ່ານໄດ້ຢ່າງຖືກຕ້ອງໂດຍ RAxML "-f C": ບັນພະບຸລຸດ.
ການທົດສອບລໍາດັບສໍາລັບ Jiajie, ຜູ້ໃຊ້ຍັງຈະຕ້ອງໄດ້ສະຫນອງບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຊື່ taxon ຜ່ານ
-Y ແຍກດ້ວຍຊ່ອງຫວ່າງ "-fd": ການປີນຂຶ້ນເນີນພູຢ່າງໄວວາໃໝ່

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ

"-f D": ການປີນພູຢ່າງໄວວາດ້ວຍສາຍຮັດ RELL "-fe": ປັບຕົວແບບ + ສາຂາ
ຄວາມຍາວຂອງຕົ້ນໄມ້ປ້ອນຂໍ້ມູນພາຍໃຕ້ GAMMA/GAMMAI ພຽງແຕ່ "-f E": ປະຕິບັດໄວຫຼາຍ
ການທົດລອງຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້, ໃນປັດຈຸບັນພຽງແຕ່ສໍາລັບການທົດສອບ "-f F": ປະຕິບັດໄວ
ການຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້ທົດລອງ, ໃນປະຈຸບັນພຽງແຕ່ສໍາລັບການທົດສອບ "-fg": ຄອມພິວເຕີ້ຕໍ່ບັນທຶກເວັບໄຊທ໌
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຫນຶ່ງແຮ່ຫຼາຍໄດ້ຜ່ານ

"-z" ແລະຂຽນພວກມັນໃສ່ໄຟລ໌ທີ່ສາມາດອ່ານໄດ້ໂດຍ CONSEL
ຕົວກໍານົດການແບບຈໍາລອງຈະຖືກຄາດຄະເນຢູ່ໃນຕົ້ນໄມ້ທໍາອິດເທົ່ານັ້ນ!

"-f G": compute per site log ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຫນຶ່ງແຮ່ຫຼາຍຜ່ານ
"-z" ແລະຂຽນພວກມັນໃສ່ໄຟລ໌ທີ່ສາມາດອ່ານໄດ້ໂດຍ CONSEL. ຕົວກໍານົດການຂອງຕົວແບບ
ຈະຖືກປະເມີນຄືນໃຫມ່ສໍາລັບແຕ່ລະຕົ້ນໄມ້

"-fh": ການທົດສອບຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງບັນທຶກການຄິດໄລ່ (SH-test) ລະຫວ່າງຕົ້ນໄມ້ທີ່ດີທີ່ສຸດຜ່ານ "-t"
ແລະຊໍ່ຂອງຕົ້ນໄມ້ອື່ນໆຜ່ານ "-z" ຕົວກໍານົດການຂອງຕົວແບບຈະຖືກຄາດຄະເນ
ໃນ​ຕົ້ນ​ໄມ້​ທໍາ​ອິດ​ເທົ່າ​ນັ້ນ​!

"-f H": ການທົດສອບຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງບັນທຶກການຄິດໄລ່ (SH-test) ລະຫວ່າງຕົ້ນໄມ້ທີ່ດີທີ່ສຸດຜ່ານ "-t"
ແລະຊໍ່ຂອງຕົ້ນໄມ້ອື່ນໆໄດ້ຜ່ານ "-z" ຕົວກໍານົດການຂອງຕົວແບບຈະເປັນ
ການປະເມີນຄືນໃຫມ່ສໍາລັບແຕ່ລະຕົ້ນໄມ້

"-fi": ຄິດໄລ່ຄະແນນ IC ແລະ TC (Salichos and Rokas 2013) ໃນຕົ້ນໄມ້ທີ່ໃຫ້ດ້ວຍ "-t"
ອີງໃສ່ຕົ້ນໄມ້ຫຼາຍຊະນິດ
(ເຊັ່ນ: ຈາກ bootstrap) ໃນໄຟລ໌ທີ່ລະບຸໂດຍ "-z"

"-f I": ສູດການປົ່ງຮາກອອກຕາມຕົ້ນໄມ້ແບບງ່າຍໆສຳລັບຕົ້ນໄມ້ທີ່ບໍ່ໄດ້ປົ່ງຮາກອອກຕາມ.
ມັນຮາກຕົ້ນໄມ້ໂດຍການປົ່ງຮາກອອກຕາມສາຂາທີ່ດຸ່ນດ່ຽງຕົ້ນໄມ້ຍ່ອຍທີ່ດີທີ່ສຸດ
ຄວາມຍາວ (ລວມຍອດຂອງກິ່ງງ່າຢູ່ໃນຕົ້ນໄມ້ຍ່ອຍ) ຂອງຕົ້ນໄມ້ຍ່ອຍຊ້າຍແລະຂວາ. ກ
ສາຂາທີ່ມີຍອດເງິນທີ່ດີທີ່ສຸດບໍ່ມີຢູ່ສະເໝີ! ທ່ານຈໍາເປັນຕ້ອງລະບຸຕົ້ນໄມ້
ທ່ານຕ້ອງການຮາກຜ່ານ "-t".

"-fj": ສ້າງຊໍ່ຂອງໄຟລ໌ການຈັດຮຽງ bootstrapped ຈາກໄຟລ໌ການຈັດຮຽງຕົ້ນສະບັບ.
ທ່ານຈໍາເປັນຕ້ອງກໍານົດເມັດທີ່ມີ "-b" ແລະຈໍານວນຂອງ replicate ກັບ "-#"

"-f J": ຄິດໄລ່ຄ່າສະຫນັບສະຫນຸນຄ້າຍຄື SH ໃນຕົ້ນໄມ້ທີ່ໃຫ້ຜ່ານ "-t". "-fk":
ແກ້​ໄຂ​ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ​ສາ​ຂາ​ຍາວ​ໃນ​ຊຸດ​ຂໍ້​ມູນ​ແບ່ງ​ປັນ​ທີ່​ມີ​ຂໍ້​ມູນ​ທີ່​ຂາດ​ຫາຍ​ໄປ​ໂດຍ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​

ຂັ້ນຕອນການລັກຂະໂມຍຄວາມຍາວຂອງສາຂາ.
ທາງເລືອກນີ້ພຽງແຕ່ເຮັດວຽກຮ່ວມກັນກັບ "-t", "-M", ແລະ "-q". ມັນຈະພິມອອກ
ຕົ້ນໄມ້ທີ່ມີຄວາມຍາວຂອງງ່າສັ້ນກວ່າ, ແຕ່ມີຄະແນນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຄືກັນ.

"-fm": ສົມທຽບ bipartitions ລະຫວ່າງສອງຊໍ່ຂອງຕົ້ນໄມ້ທີ່ຜ່ານ "-t" ແລະ "-z"
ຕາມລໍາດັບ. ນີ້ຈະສົ່ງຄືນຄວາມສຳພັນ Pearson ລະຫວ່າງ bipartitions ທັງໝົດ
ພົບເຫັນຢູ່ໃນສອງໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້. ໄຟລ໌ທີ່ເອີ້ນວ່າ
RAxML_bipartitionFrequencies.outpuFileName ຈະຖືກພິມອອກເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍ
ຄວາມຖີ່ bipartition ຄູ່ຂອງສອງຊຸດ

"-fn": ຄິດໄລ່ຄະແນນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງບັນທຶກຂອງຕົ້ນໄມ້ທັງໝົດທີ່ຢູ່ໃນໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ສະໜອງໃຫ້ໂດຍ
"-z" ພາຍໃຕ້ GAMMA ຫຼື GAMMA+P-Invar ຕົວກໍານົດການແບບຈໍາລອງຈະຖືກຄາດຄະເນຢູ່ໃນ
ຕົ້ນ​ທໍາ​ອິດ​ເທົ່າ​ນັ້ນ​!

"-f N": ຄິດໄລ່ຄະແນນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງບັນທຶກຂອງຕົ້ນໄມ້ທັງໝົດທີ່ຢູ່ໃນໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ສະໜອງໃຫ້
"-z" ພາຍໃຕ້ GAMMA ຫຼື GAMMA+P-Invar ຕົວກໍານົດການແບບຈໍາລອງຈະຖືກປະເມີນຄືນໃຫມ່ສໍາລັບ
ແຕ່ລະຕົ້ນໄມ້

"-fo": ການປີນພູໄວເກົ່າ ແລະຊ້າກວ່າໂດຍບໍ່ມີການຕັດທາງ heuristic "-fp": ປະຕິບັດ
ການເພີ່ມ MP stepwise ອັນບໍລິສຸດຂອງລໍາດັບໃຫມ່ໃຫ້ກັບຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ບໍ່ຄົບຖ້ວນແລະອອກ
"-f P": ປະຕິບັດການຈັດວາງ phylogenetic ຂອງຕົ້ນໄມ້ຍ່ອຍທີ່ລະບຸໄວ້ໃນໄຟລ໌ຜ່ານ
ຜ່ານ "-z" ເຂົ້າໄປໃນຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງທີ່ໃຫ້

ໃນ​ທີ່​ຕົ້ນ​ໄມ້​ຍ່ອຍ​ເຫຼົ່າ​ນີ້​ແມ່ນ​ບັນ​ຈຸ​ໂດຍ​ຜ່ານ "-t​" ການ​ນໍາ​ໃຊ້​
ຂັ້ນຕອນການຈັດວາງແບບວິວັດທະນາການ.

"-fq": ເຄື່ອງຄິດເລກໄວ "-fr": ຄິດໄລ່ຄູ່ Robinson-Foulds (RF)
ໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງຕົ້ນໄມ້ທັງໝົດໃນໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ຜ່ານ "-z"

ຖ້າຕົ້ນໄມ້ມີ node labales ເປັນຕົວແທນເປັນຄ່າສະຫນັບສະຫນູນ integer ໂຄງການກໍ່ຈະ
ຄິດໄລ່ສອງລົດຊາດຂອງ
ໄລຍະທາງ Robinson-Foulds (WRF).

"-f R": ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງ Robinson-Foulds (RF) ຄູ່ທັງໝົດລະຫວ່າງຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງໃຫຍ່.
ຜ່ານ "-t"

ແລະ​ຕົ້ນ​ໄມ້​ຂະ​ຫນາດ​ນ້ອຍ​ຈໍາ​ນວນ​ຫຼາຍ (ທີ່​ຈະ​ຕ້ອງ​ມີ​ສ່ວນ​ຍ່ອຍ​ຂອງ taxa ຂອງ​ຕົ້ນ​ໄມ້​ຂະ​ຫນາດ​ໃຫຍ່​) ໄດ້​ຜ່ານ​
"-z".
ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນມີຈຸດປະສົງເພື່ອກວດກາເບິ່ງຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງ phylogenies ຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼາຍ
ທີ່ບໍ່ສາມາດກວດສອບສາຍຕາໄດ້ອີກຕໍ່ໄປ.

"-fs": ແຍກການຈັດແບ່ງການແບ່ງສ່ວນຫຼາຍພັນທຸກໍາອອກເປັນຕາມລໍາດັບ
subalignments "-f S": ຄິດໄລ່ຄວາມລໍາອຽງການຈັດວາງສະຖານທີ່ສະເພາະໂດຍໃຊ້ການປະໄວ້
ການ​ທົດ​ສອບ​ທີ່​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ດົນ​ໃຈ​ໂດຍ​ວິ​ທີ​ການ​ຈັດ​ວາງ​ວິ​ວັດ​ການ​ຈັດ​ຕັ້ງ "-ft​"​: ເຮັດ​ເປັນ​ໄມ້​ຢືນ​ຕົ້ນ randomized
ຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ຄົງທີ່ "-f T": ເຮັດການເພີ່ມປະສິດທິພາບຢ່າງລະອຽດຂອງ ML
ຕົ້ນໄມ້ຈາກການຄົ້ນຫາ bootstrap ຢ່າງໄວວາໃນຮູບແບບ stand-alone "-fu": ປະຕິບັດ morphological
calibration ນ​້​ໍ​າ​ໂດຍ​ນໍາ​ໃຊ້​ຄວາມ​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​ສູງ​ສຸດ​, ນີ້​ຈະ​ກັບ​ຄືນ​ມາ vector ນ​້​ໍ​າ​.

ທ່ານ​ຈໍາ​ເປັນ​ຕ້ອງ​ໄດ້​ສະ​ຫນອງ​ການ​ສອດ​ຄ່ອງ morphological ແລະ​ຕົ້ນ​ໄມ້​ກະ​ສານ​ອ້າງ​ອີງ​ໂດຍ​ຜ່ານ "-t​"

"-fv": ຈັດລຽງລຳດັບສະພາບແວດລ້ອມເປັນຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງໂດຍລະອຽດ
ອ່ານແຊກ
ທ່ານຈະຕ້ອງເລີ່ມຕົ້ນ RAxML ດ້ວຍຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງທີ່ບໍ່ສົມບູນແບບແລະ
ການ​ຈັດ​ວາງ​ທີ່​ປະ​ກອບ​ດ້ວຍ​ລໍາ​ດັບ​ທັງ​ຫມົດ (ການ​ອ້າງ​ອີງ + ຄໍາ​ຖາມ​)

"-f V": ການຈັດປະເພດຂອງລໍາດັບສິ່ງແວດລ້ອມເຂົ້າໄປໃນຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງໂດຍລະອຽດ
ອ່ານແຊກ
ທ່ານຈະຕ້ອງເລີ່ມຕົ້ນ RAxML ດ້ວຍຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງທີ່ບໍ່ສົມບູນແບບແລະ
ການຈັດຮຽງທີ່ບັນຈຸທຸກລໍາດັບ (ອ້າງອີງ + ຄໍາຖາມ) ຄໍາເຕືອນ: ນີ້ແມ່ນການທົດສອບ
ການປະຕິບັດເພື່ອການຈັດການຊຸດຂໍ້ມູນຫຼາຍພັນທຸກໍາ/ທັງໝົດ genome ທີ່ມີປະສິດທິພາບຫຼາຍຂຶ້ນ!

"-fw": ການ​ທົດ​ສອບ​ການ​ຄິດ​ໄລ່ ELW ໃນ​ຊໍ່​ຂອງ​ຕົ້ນ​ໄມ້​ຜ່ານ​ທາງ "-z​"
ຕົວກໍານົດການແບບຈໍາລອງຈະຖືກຄາດຄະເນຢູ່ໃນຕົ້ນໄມ້ທໍາອິດເທົ່ານັ້ນ!

"-f W": ຄິດໄລ່ການທົດສອບ ELW ໃນຊໍ່ຕົ້ນໄມ້ທີ່ຜ່ານ "-z"
ຕົວກໍານົດການແບບຈໍາລອງຈະຖືກປະເມີນຄືນໃຫມ່ສໍາລັບແຕ່ລະຕົ້ນໄມ້

"-fx": ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງ ML ທີ່ເປັນຄູ່, ຕົວກໍານົດການແບບ ML ຈະຖືກຄາດຄະເນຢູ່ໃນ MP.
ຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນ ຫຼືຕົ້ນໄມ້ທີ່ຜູ້ໃຊ້ກຳນົດເອງຜ່ານທາງ "-t", ອະນຸຍາດໃຫ້ໃຊ້ສະເພາະກັບ GAMMA ເທົ່ານັ້ນ
ແບບຈໍາລອງຂອງອັດຕາ heterogeneity

"-fy": ຈັດປະເພດຂອງລໍາດັບສິ່ງແວດລ້ອມເປັນຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງໂດຍໃຊ້ parsimony
ທ່ານຈະຕ້ອງເລີ່ມຕົ້ນ RAxML ດ້ວຍຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງທີ່ບໍ່ສົມບູນແບບແລະ
ການ​ຈັດ​ວາງ​ທີ່​ປະ​ກອບ​ດ້ວຍ​ລໍາ​ດັບ​ທັງ​ຫມົດ (ການ​ອ້າງ​ອີງ + ຄໍາ​ຖາມ​)

Default for "-f": ການປີນພູຢ່າງໄວວາໃໝ່

-F ເປີດໃຊ້ການຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້ ML ພາຍໃຕ້ແບບຈໍາລອງ CAT ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼາຍໂດຍບໍ່ມີການປ່ຽນໄປ
GAMMA ໃນທີ່ສຸດ (ຊ່ວຍປະຢັດຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ). ຕົວເລືອກນີ້ຍັງສາມາດໃຊ້ກັບ GAMMA ໄດ້
ແບບຈໍາລອງເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການເພີ່ມປະສິດທິພາບຢ່າງລະອຽດຂອງຕົ້ນໄມ້ ML ທີ່ໄດ້ຮັບຄະແນນດີທີ່ສຸດໃນ
ຈົບ.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-g ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ຂອງຕົ້ນໄມ້ຂໍ້ຈຳກັດ multifurcating ຕົ້ນໄມ້ນີ້ບໍ່ຕ້ອງການ
ເພື່ອໃຫ້ມີຄວາມສົມບູນແບບ, ie ຈະຕ້ອງບໍ່ມີ taxa ທັງຫມົດ

-G ເປີດໃຊ້ heuristics algorithm ການຈັດວາງແບບວິວັດທະນາການໂດຍອີງໃສ່ ML ໂດຍການລະບຸ
threshold value (ແຕ່ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກິ່ງງ່າ insertion ທີ່ຈະໄດ້ຮັບການປະເມີນໂດຍໃຊ້ຊ້າ
ແຊກພາຍໃຕ້ ML).

-h ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.

-H ປິດການບີບອັດຮູບແບບ.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ

-i ການຕັ້ງຄ່າການຈັດລຽງໃຫມ່ໃນເບື້ອງຕົ້ນສໍາລັບການນໍາໃຊ້ການປ່ຽນແປງທາງພູມິສາດຕໍ່ມາ
ໂຄງການໄລຍະ

-I ການວິເຄາະການຢຸດການເລີ່ມຕົ້ນຂອງ posteriori. ໃຊ້:

"-I autoFC" ສໍາລັບເງື່ອນໄຂທີ່ອີງໃສ່ຄວາມຖີ່ "-I autoMR" ສໍາລັບກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່
ເງື່ອນໄຂຕົ້ນໄມ້ເປັນເອກະສັນກັນ "-I autoMRE" ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ເອກະພາບຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ທີ່ຂະຫຍາຍອອກ.
ເກນ "-I autoMRE_IGN" ສໍາລັບຕົວຊີ້ວັດທີ່ຄ້າຍຄືກັບ MRE, ແຕ່ລວມເອົາ bipartitions
ພາຍໃຕ້ຂອບເຂດບໍ່ວ່າຈະເຂົ້າກັນໄດ້

ຫຼື​ບໍ່. ອັນນີ້ຈຳລອງ MRE ແຕ່ໄວກວ່າໃນການຄຳນວນ.

ນອກນັ້ນທ່ານຍັງຈໍາເປັນຕ້ອງໄດ້ຜ່ານໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ປະກອບດ້ວຍ bootstrap replicates ຫຼາຍໂດຍຜ່ານ "-z"

-j ລະບຸວ່າໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ລະດັບປານກາງຈະຖືກຂຽນໃສ່ໄຟລ໌ໃນລະຫວ່າງມາດຕະຖານ
ML ແລະ BS ຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-J Compute majority rule consensus tree with "-J MR" ຫຼືກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ຂະຫຍາຍ
ຕົ້ນໄມ້ເອກະສັນກັບ "-J MRE" ຫຼືຕົ້ນໄມ້ເອກະພາບທີ່ເຂັ້ມງວດກັບ "-J STRICT". ສໍາ​ລັບ
ເກນຄວາມເຫັນດີທີ່ກຳນົດເອງ >= 50%, ລະບຸ T_ , ບ່ອນທີ່ 100 >= NUM ​​>= 50.
ຕົວເລືອກ "-J STRICT_DROP" ແລະ "-J MR_DROP" ຈະປະຕິບັດລະບົບທີ່ລະບຸ.
dropsets ທີ່ບັນຈຸ taxa rogue ສະເຫນີໂດຍ Pattengale et al. ໃນເຈ້ຍ
"ການເປີດເຜີຍຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມດ້ານ phylogenetic ທີ່ເຊື່ອງໄວ້". ນອກນັ້ນທ່ານຍັງຈະຕ້ອງໄດ້ສະຫນອງຕົ້ນໄມ້
ໄຟລ໌ທີ່ປະກອບດ້ວຍຕົ້ນໄມ້ທີ່ບໍ່ໄດ້ຮາກຫຼາຍຜ່ານ "-z"

-k ລະບຸວ່າຕົ້ນໄມ້ທີ່ຕິດຢູ່ຄວນຖືກພິມດ້ວຍຄວາມຍາວຂອງງ່າ. ໄດ້
bootstraps ຈະແລ່ນດົນກວ່ານີ້, ເພາະວ່າຕົວກໍານົດການຂອງຕົວແບບຈະຖືກປັບແຕ່ງຢູ່ທີ່
ສິ້ນສຸດແຕ່ລະໄລຍະພາຍໃຕ້ GAMMA ຫຼື GAMMA+P-Invar ຕາມລໍາດັບ.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-K ລະບຸຮູບແບບການທົດແທນຫຼາຍລັດ (ສູງສຸດ 32 ລັດ) ທີ່ໄດ້ປະຕິບັດໃນ
RAxML. ຮູບແບບທີ່ມີຢູ່ແມ່ນ: ORDERED, MK, GTR

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ຮູບແບບ GTR

-L Compute consensus tree labeled by IC ສະ​ຫນັບ​ສະ​ຫນູນ​ແລະ​ມູນ​ຄ່າ TC ໂດຍ​ລວມ​ເປັນ
ສະເໜີໃນ Salichos ແລະ Rokas 2013. ຄິດໄລ່ເປັນໄມ້ຢືນຕົ້ນຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ກັບ
"-L MR" ຫຼືໄມ້ຢືນຕົ້ນຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ທີ່ມີ "-L MRE". ສໍາລັບປະເພນີ
ເກນຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມ >= 50%, ລະບຸ "-L T_ ", where 100 >= NUM ​​>= 50. ທ່ານຈະ
ແນ່ນອນຍັງຈໍາເປັນຕ້ອງໄດ້ສະຫນອງໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ປະກອບດ້ວຍຕົ້ນໄມ້ທີ່ບໍ່ໄດ້ຮາກຫຼາຍໂດຍຜ່ານ
"-z"!

-m ແບບຈໍາລອງຂອງ Binary (Morphological), Nucleotide, Multi-State, ຫຼືອາຊິດອາມິໂນ
ການທົດແທນ:

ໄບນາຣີ:

"-m BINCAT[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ BINGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m BINCati[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ພາຍໃຕ້ BINGAMMAI ໂດຍອັດຕະໂນມັດ, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m ASC_BINCAT[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ BINGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ. ASC
ຄໍານໍາຫນ້າຈະແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຄວາມລໍາອຽງໃນການກວດສອບ.

"-m BINGAMMA[X]"
: ແບບຈໍາລອງ GAMMA ຂອງອັດຕາ heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ).

ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m ASC_BINGAMMA[X]" : ໂມເດວ GAMMA ຂອງອັດຕາ heterogeneity (ພາຣາມິເຕີອັນຟາຈະເປັນ
ຄາດ).
ຄໍານໍາຫນ້າ ASC ຈະແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຄວາມລໍາອຽງໃນການກວດສອບ. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m BINGAMMAI[X]"
: ຄືກັນກັບ BINGAMMA, ແຕ່ມີການຄາດຄະເນອັດຕາສ່ວນຂອງສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ປ່ຽນແປງ.

ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

ທາດນິວເຄລຍ:

"-m GTRCAT[X]"
: GTR + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນພາຍໃຕ້ GTRGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ດ້ວຍທາງເລືອກ
"X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m GTRCATI[X]"
: GTR + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນພາຍໃຕ້ GTRGAMMAI, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ດ້ວຍທາງເລືອກ
"X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m ASC_GTRCAT[X]"
: GTR + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນພາຍໃຕ້ GTRGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ດ້ວຍທາງເລືອກ
"X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ. ຄຳນຳໜ້າ ASC
willl ແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຄວາມລໍາອຽງໃນການກວດສອບ.

"-m GTRGAMMA[X]"
: GTR + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ຮູບແບບ GAMMA ຂອງອັດຕາ

heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ).
ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m ASC_GTRGAMMA[X]" : GTR + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ຮູບແບບ GAMMA ຂອງອັດຕາ
heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ). ຄຳນຳໜ້າ ASC ຈະຖືກຕ້ອງ
ຄວາມ​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​ສໍາ​ລັບ​ອະ​ຄະ​ຕິ​ການ​ຢັ້ງ​ຢືນ​. ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດເຮັດໄດ້
ລະບຸການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m GTRGAMMAI[X]"
: ຄືກັນກັບ GTRGAMMA, ແຕ່ມີການຄາດຄະເນອັດຕາສ່ວນຂອງສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ປ່ຽນແປງ.

ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

ຫຼາຍລັດ:

"-m MULTICAT[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ MULTIGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m MULTICATI[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ MULTIGAMMAI, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m ASC_MULTICAT[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ MULTIGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ. ASC
ຄໍານໍາຫນ້າຈະແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຄວາມລໍາອຽງໃນການກວດສອບ.

"-ມ MULTIGAMMA[X]"
: ແບບຈໍາລອງ GAMMA ຂອງອັດຕາ heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ).

ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m ASC_MULTIGAMMA[X]" : ໂມເດວ GAMMA ຂອງອັດຕາ heterogeneity (ພາຣາມິເຕີອັນຟາຈະເປັນ
ຄາດ).
ຄໍານໍາຫນ້າ ASC ຈະແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຄວາມລໍາອຽງໃນການກວດສອບ. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m MultiGAMMAI[X]"
: ຄືກັນກັບ MULTIGAMMA, ແຕ່ມີການຄາດຄະເນອັດຕາສ່ວນຂອງສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ປ່ຽນແປງ.

ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

ທ່ານ​ສາ​ມາດ​ນໍາ​ໃຊ້​ສູງ​ເຖິງ 32 ລັດ​ຕົວ​ອັກ​ສອນ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​ເພື່ອ​ເຂົ້າ​ລະ​ຫັດ​ພາກ​ພື້ນ​ຫຼາຍ​ລັດ​, ພວກ​ເຂົາ​ເຈົ້າ​
ຕ້ອງໃຊ້ຕາມລໍາດັບດັ່ງນີ້: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, A, B, C, D, E,
F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V ie, ຖ້າທ່ານມີ 6 ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ຕົວອັກສອນລະບຸວ່າເຈົ້າຈະໃຊ້ 0, 1, 2, 3, 4, 5 ເພື່ອເຂົ້າລະຫັດເຫຼົ່ານີ້. ການທົດແທນ
ຕົວແບບສໍາລັບພາກພື້ນຫຼາຍລັດສາມາດເລືອກໄດ້ໂດຍຜ່ານທາງເລືອກ "-K".

ອາ​ຊິດ​ອາ​ມິ​ໂນ​:

"-m PROTCATmatrixName[F|X]"
: ກໍານົດ AA matrix + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງ
ເວັບໄຊສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ PROTGAMMAmatrixName[F|X], ຂຶ້ນກັບຕົ້ນໄມ້
ທາງເລືອກຄົ້ນຫາ. ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງ
ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m PROTCATTImatrixName[F|X]"
: ກໍານົດ AA matrix + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງ
ເວັບໄຊສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ PROTGAMMAImatrixName[F|X], ຂຶ້ນກັບຕົ້ນໄມ້
ທາງເລືອກຄົ້ນຫາ. ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງ
ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m ASC_PROTCATmatrixName[F|X]"
: ກໍານົດ AA matrix + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງ
ເວັບໄຊສະເພາະ

ອັດ​ຕາ​ການ​ວິ​ວັດ​ການ​ທີ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ປະ​ເພດ​ອອກ​ເປັນ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ປະ​ເພດ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ PROTGAMMAmatrixName[F|X], ຂຶ້ນກັບຕົ້ນໄມ້
ທາງເລືອກຄົ້ນຫາ. ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງ
ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ. ຄໍານໍາຫນ້າ ASC ຈະແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບການຢືນຢັນ
ອະຄະຕິ.

"-m PROTGAMMAmatrixName[F|X]"
: ກຳນົດ AA matrix + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ຮູບແບບ GAMMA ຂອງອັດຕາ

heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ).
ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m ASC_PROTGAMMAmatrixName[F|X]" : ລະບຸເມທຣິກ AA + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງການທົດແທນ.
ອັດຕາ + ຮູບແບບ GAMMA ຂອງອັດຕາ
heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ). ຄຳນຳໜ້າ ASC ຈະຖືກຕ້ອງ
ຄວາມ​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​ສໍາ​ລັບ​ອະ​ຄະ​ຕິ​ການ​ຢັ້ງ​ຢືນ​. ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດເຮັດໄດ້
ລະບຸການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

"-m PROTGAMMAImatrixName[F|X]"
: ຄືກັນກັບ PROTGAMMAmatrixName[F|X], ແຕ່ມີການຄາດຄະເນອັດຕາສ່ວນຂອງຕົວປ່ຽນແປງ.
ສະຖານທີ່.

ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.

ຮູບແບບການທົດແທນ AA ທີ່ມີຢູ່: DAYHOFF, DCMUT, JTT, MTREV, WAG, RTREV, CPREV,
VT, BLOSUM62, MTMAM, LG, MTART, MTZOA, PMB, HIVB, HIVW, JTTDCMUT, ໄຂ້ຫວັດໃຫຍ່, STMTREV,
DUMMY, DUMMY2, AUTO, LG4M, LG4X, PROT_FILE, GTR_UNLINKED, GTR ດ້ວຍຕົວເລືອກ "F"
ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດລະບຸໄດ້ວ່າທ່ານຕ້ອງການໃຊ້ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ empirical. ອັດຕະໂນມັດ ແລະ
ບໍ່ຮອງຮັບ AUTOX ອີກຕໍ່ໄປ, ຖ້າທ່ານລະບຸ AUTO ມັນຈະທົດສອບ prot subst.
ຮູບແບບທີ່ມີແລະບໍ່ມີຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ empirical ໃນປັດຈຸບັນ! ກະລຸນາສັງເກດວ່າສໍາລັບ
ແບບຈໍາລອງແບ່ງສ່ວນທີ່ທ່ານສາມາດນອກຈາກນັ້ນລະບຸຕົວແບບ AA ຕໍ່ເຊື້ອສາຍໃນ
ໄຟລ໌ການແບ່ງປັນ (ເບິ່ງຄູ່ມືສໍາລັບລາຍລະອຽດ). ຍັງສັງເກດວ່າຖ້າທ່ານຄາດຄະເນ AA GTR
ຕົວກໍານົດການກ່ຽວກັບຊຸດຂໍ້ມູນແບ່ງສ່ວນ, ພວກມັນຈະຖືກເຊື່ອມຕໍ່ (ຄາດຄະເນຮ່ວມກັນ) ໃນທົ່ວ
ການແບ່ງສ່ວນທັງຫມົດເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການ over-parameterization

-M ສະຫຼັບການປະເມີນຄວາມຍາວແຕ່ລະສາຂາຕໍ່ພາທິຊັນ. ພຽງແຕ່ມີຜົນກະທົບ
ເມື່ອໃຊ້ປະສົມປະສານກັບ "-q" ຄວາມຍາວຂອງສາຂາສໍາລັບແຕ່ລະ partitions ຈະເປັນ
ພິມອອກເປັນໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກ A ນ້ໍາຫນັກສະເລ່ຍຂອງຄວາມຍາວຂອງສາຂາແມ່ນຄິດໄລ່ໂດຍ
ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ຄວາມ​ຍາວ​ຂອງ​ການ​ແບ່ງ​ປັນ​ທີ່​ກ່ຽວ​ຂ້ອງ​

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-n ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ.

-o ລະບຸຊື່ຂອງ outgrpoup ດຽວຫຼືບັນຊີລາຍຊື່ທີ່ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດຂອງ outgroups, ເຊັ່ນ:
"-o Rat" ຫຼື "-o Rat, Mouse", ໃນກໍລະນີທີ່ຫຼາຍກຸ່ມນອກບໍ່ແມ່ນ monophyletic
ຊື່ທໍາອິດໃນບັນຊີລາຍຊື່ຈະຖືກເລືອກເປັນກຸ່ມນອກ, ຢ່າປ່ອຍໃຫ້ຊ່ອງຫວ່າງລະຫວ່າງ
ຊື່ taxon!

-O ປິດການກວດສອບລໍາດັບທີ່ບໍ່ໄດ້ກໍານົດຢ່າງສົມບູນໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ໂຄງການຈະ
ບໍ່ອອກດ້ວຍຂໍ້ຄວາມສະແດງຂໍ້ຜິດພາດເມື່ອ "-O" ຖືກລະບຸ.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ກວດສອບການເປີດໃຊ້ງານ

-p ລະບຸແກ່ນຈຳນວນແບບສຸ່ມສຳລັບການອ້າງອີງຂອງ parsimony. ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ທ່ານ
ຜະລິດຜົນໄດ້ຮັບຂອງເຈົ້າຄືນໃຫມ່ແລະຈະຊ່ວຍໃຫ້ຂ້ອຍດີບັກໂຄງການ.

-P ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ຂອງຮູບແບບການທົດແທນ AA (ທາດໂປຼຕີນ) ທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້. ໄຟລ໌ນີ້
ຕ້ອງມີ 420 ລາຍການ, 400 ທໍາອິດແມ່ນອັດຕາທົດແທນ AA (ອັນນີ້ຕ້ອງ
be a symmetric matrix) ແລະ 20 ສຸດທ້າຍແມ່ນຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ empirical.

-q ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ທີ່ປະກອບດ້ວຍການມອບໝາຍແບບຈໍາລອງເພື່ອຈັດຮຽງ
partitions ສໍາລັບຫຼາຍແບບຂອງການທົດແທນ. ສໍາລັບ syntax ຂອງໄຟລ໌ນີ້ກະລຸນາ
ປຶກສາຫາລືຄູ່ມື.

-r ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ຂອງຕົ້ນໄມ້ຂໍ້ຈຳກັດຄູ່. ຕົ້ນໄມ້ນີ້ບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງເປັນ
ທີ່ສົມບູນແບບ, ie ຈະຕ້ອງບໍ່ມີ taxa ທັງຫມົດ

-R ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ຂອງໄຟລ໌ພາລາມິເຕີຕົວແບບຖານສອງທີ່ເຄີຍມີມາກ່ອນ
ສ້າງຂຶ້ນດ້ວຍ RAxML ໂດຍໃຊ້ -f e ທາງເລືອກການປະເມີນຕົ້ນໄມ້. ຊື່ໄຟລ໌ຄວນ
ເປັນ: RAxML_binaryModelParameters.runID

-s ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ຂໍ້ມູນການຈັດຮຽງໃນຮູບແບບ PHYLIP

-S ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ໂຄງສ້າງສຳຮອງ. ໄຟລ໌ສາມາດບັນຈຸ "." ສໍາລັບ
ຖັນການຈັດຮຽງທີ່ບໍ່ປະກອບເປັນສ່ວນຂອງລຳຕົ້ນ ແລະຕົວອັກສອນ "()<>[]{}" ເປັນ
ກໍານົດຂອບເຂດຂອງລໍາຕົ້ນແລະ pseudoknots

-t ລະບຸຜູ້ໃຊ້ເລີ່ມຕົ້ນຊື່ໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ໃນຮູບແບບ Newick

-T ລຸ້ນ PTHREADS ເທົ່ານັ້ນ! ລະບຸຈໍານວນຂອງຫົວຂໍ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການດໍາເນີນການ. ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າ
ຕັ້ງ "-T" ເປັນຈໍານວນ CPU ສ່ວນໃຫຍ່ທີ່ເຈົ້າມີຢູ່ໃນເຄື່ອງຂອງເຈົ້າ, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ, ຢູ່ທີ່ນັ້ນ
ຈະ​ເປັນ​ການ​ຫຼຸດ​ຜ່ອນ​ການ​ປະ​ຕິ​ບັດ​ຢ່າງ​ໃຫຍ່​ຫຼວງ​!

-u ໃຊ້ຄ່າປານກາງສໍາລັບການປະມານແຍກຂອງຕົວແບບ GAMMA ຂອງອັດຕາ
ຄວາມແຕກຕ່າງກັນ

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-U ພະຍາຍາມຊ່ວຍປະຢັດຫນ່ວຍຄວາມຈໍາໂດຍໃຊ້ SEV-based ການປະຕິບັດສໍາລັບຖັນຊ່ອງຫວ່າງໃນ gappy ຂະຫນາດໃຫຍ່
ສອດຄ່ອງ ເຕັກນິກແມ່ນໄດ້ອະທິບາຍຢູ່ທີ່ນີ້:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/470 ນີ້ພຽງແຕ່ຈະເຮັດວຽກສໍາລັບ DNA ແລະ / ຫຼື
ຂໍ້ມູນ PROTEIN ແລະພຽງແຕ່ມີລະຫັດສະບັບ SSE3 ຫຼື AVX-vextorized.

-v ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ

-V ປິດການນຳໃຊ້ອັດຕາຄວາມແຕກຕ່າງກັນລະຫວ່າງຕົວແບບຂອງເວັບໄຊ ແລະໃຊ້ອັນໜຶ່ງທີ່ບໍ່ມີອັດຕາຄວາມແຕກຕ່າງກັນ
ແທນ. ໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າທ່ານລະບຸຕົວແບບ CAT ຂອງອັດຕາຄວາມແຕກຕ່າງກັນ.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໃຊ້ອັດຕາຄວາມແຕກຕ່າງກັນ

-w ເສັ້ນທາງເຕັມ (!) ໄປຫາໄດເລກະທໍລີທີ່ RAxML ຈະຂຽນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຂອງມັນ

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໄດເລກະທໍລີປະຈຸບັນ

-W ເລື່ອນຂະໜາດໜ້າຕ່າງສຳລັບການປະອອກ-ໜຶ່ງ-ອອກ-ໜຶ່ງ-ອອກ-ນອກສະຖານທີ່ສະເພາະການຈັດວາງ ລຳອຽງ ສູດການຄິດໄລ່ເທົ່ານັ້ນ
ມີປະສິດທິພາບເມື່ອໃຊ້ປະສົມປະສານກັບ "-f S"

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100 ເວັບໄຊ

-x ລະບຸຕົວເລກຈໍານວນເຕັມ (ແກ່ນແບບສຸ່ມ) ແລະເປີດໃຊ້ການໃສ່ເກີບໄວ ລະມັດລະວັງ:
ບໍ່ເຫມືອນກັບສະບັບ 7.0.4 RAxML ຈະເຮັດການຈໍາລອງ BS ຢ່າງໄວວາພາຍໃຕ້ຮູບແບບຂອງ
ອັດຕາ heterogeneity ທີ່ທ່ານລະບຸຜ່ານ "-m" ແລະບໍ່ແມ່ນໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນພາຍໃຕ້ CAT

-X ຄືກັນກັບຕົວເລືອກ "-y" ຂ້າງລຸ່ມນີ້, ແນວໃດກໍ່ຕາມການຄົ້ນຫາ parsimony ແມ່ນ superficial ຫຼາຍ.
RAxML ພຽງແຕ່ຈະເຮັດແບບສຸ່ມຄໍາສັ່ງເພີ່ມເຕີມຕາມລໍາດັບ parsimony tree
ການກໍ່ສ້າງຄືນໃຫມ່ໂດຍບໍ່ມີການປະຕິບັດ SPRs ເພີ່ມເຕີມ. ນີ້ອາດຈະເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບ
ຊຸດຂໍ້ມູນ genome ຢ່າງກວ້າງຂວາງຫຼາຍ, ເນື່ອງຈາກວ່ານີ້ສາມາດສ້າງ topologically ຫຼາຍ
ຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-y ຖ້າທ່ານຕ້ອງການຄິດໄລ່ພຽງແຕ່ຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນ parsimony ກັບ RAxML ລະບຸ "-y", the
ໂຄງ​ການ​ຈະ​ອອກ​ຫຼັງ​ຈາກ​ການ​ຄິດ​ໄລ່​ຂອງ​ຕົ້ນ​ໄມ້​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-Y ຜ່ານຊື່ໄຟລ໌ການຈັດກຸ່ມ quartet ກໍານົດສີ່ກຸ່ມທີ່ຈະແຕ້ມ quartets
ຮູບແບບການປ້ອນໄຟລ໌ຕ້ອງມີ 4 ກຸ່ມໃນຮູບແບບຕໍ່ໄປນີ້: (ໄກ່, ມະນຸດ,
Loach), (ງົວ, Carp), (ຫນູ, ຫນູ, ປະທັບຕາ), (ປາວານ, ກົບ); ພຽງແຕ່ເຮັດວຽກໃນການປະສົມປະສານ
ກັບ -f q !

-z ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ຂອງໄຟລ໌ທີ່ປະກອບມີຫຼາຍຕົ້ນໄມ້ເຊັ່ນ: ຈາກ bootstrap
ທີ່ຈະຖືກໃຊ້ເພື່ອແຕ້ມຄ່າ bipartition ໃສ່ຕົ້ນໄມ້ທີ່ມີ "-t", ມັນ
ຍັງສາມາດຖືກໃຊ້ເພື່ອຄິດໄລ່ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງບັນທຶກແຕ່ລະເວັບໄຊທ໌ໂດຍປະສົມປະສານກັບ "-fg" ແລະ
ເພື່ອອ່ານຊໍ່ຕົ້ນໄມ້ສໍາລັບທາງເລືອກອື່ນ ("-fh", "-fm", "-fn").

-#|-N ລະບຸຈໍານວນຂອງການແລ່ນທາງເລືອກໃນຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນການປະສົມປະສານ
ດ້ວຍຕົວເລືອກ "-b", ນີ້ຈະເອີ້ນການວິເຄາະ boostrap ຫຼາຍໃຫ້ສັງເກດວ່າ "-N"
ໄດ້ຖືກເພີ່ມເປັນທາງເລືອກນັບຕັ້ງແຕ່ "-#" ບາງຄັ້ງກໍ່ເຮັດໃຫ້ເກີດບັນຫາກັບແນ່ນອນ
ລະບົບການຍື່ນສະເຫນີວຽກ MPI, ເນື່ອງຈາກວ່າ "-#" ມັກຈະຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເລີ່ມຕົ້ນຄໍາເຫັນ. ຖ້າ​ເຈົ້າ
ຕ້ອງ​ການ​ທີ່​ຈະ​ນໍາ​ໃຊ້​ມາດ​ຕະ​ຖານ bootstopping ລະ​ບຸ "-# autoMR" ຫຼື "-# autoMRE" ຫຼື "-#
autoMRE_IGN" ສໍາລັບເງື່ອນໄຂທີ່ອີງໃສ່ຕົ້ນໄມ້ສ່ວນໃຫຍ່ (ເບິ່ງ -I ທາງເລືອກ) ຫຼື "-#
autoFC" ສໍາລັບເງື່ອນໄຂທີ່ອີງໃສ່ຄວາມຖີ່
ປະສົມປະສານກັບ "-x" ຫຼື "-b"

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1 ການວິເຄາະດຽວ

--mesquite ພິມໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ສາມາດໄດ້ຮັບການວິເຄາະໂດຍ Mesquite.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

--ງຽບ ປິດການພິມຄຳເຕືອນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບລຳດັບທີ່ຄືກັນ ແລະທັງໝົດ
ສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ໄດ້ກໍານົດຢູ່ໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

--no-seq-ກວດ ປິດໃຊ້ງານການກວດສອບການປ້ອນຂໍ້ມູນ MSA ສໍາລັບລໍາດັບທີ່ຄືກັນ ແລະທັງໝົດ
ສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ.
ການເປີດໃຊ້ທາງເລືອກນີ້ອາດຈະປະຫຍັດເວລາ, ໂດຍສະເພາະສໍາລັບ phylogenomic ຂະຫນາດໃຫຍ່
ການຈັດວາງ. ກ່ອນທີ່ຈະໃຊ້ນີ້, ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າກວດເບິ່ງການສອດຄ່ອງໂດຍໃຊ້ "-fc"
ທາງເລືອກ!

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

--no-bfgs ປິດການນຳໃຊ້ວິທີການ BFGS ອັດຕະໂນມັດເພື່ອເພີ່ມປະສິດທິພາບອັດຕາ GTR ໃນ unpartitioned
ຊຸດຂໍ້ມູນ DNA

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: BFGS ເປີດ

--asc-corr ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ລະ​ບຸ​ປະ​ເພດ​ຂອງ​ການ​ແກ້​ໄຂ​ອະ​ຄະ​ຕິ​ການ​ກວດ​ສອບ​ທີ່​ທ່ານ​ຕ້ອງ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​.
ມີ 3

ປະ​ເພດ​ທີ່​ມີ​ຢູ່​: --asc-corr=lewis: ການແກ້ໄຂມາດຕະຖານໂດຍ Paul Lewis
--asc-corr=felsenstein: ການແກ້ໄຂແນະນໍາໂດຍ Joe Felsenstein ທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້
ລະບຸຢ່າງຈະແຈ້ງ

ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ສະ​ຖານ​ທີ່ invariable (ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ເປັນ​ທີ່​ຮູ້​ຈັກ​) ຫນຶ່ງ​ຕ້ອງ​ການ​ແກ້​ໄຂ​ສໍາ​ລັບ​ການ​.

--asc-corr=stamakis: ການ​ແກ້​ໄຂ​ນໍາ​ສະ​ເຫນີ​ໂດຍ​ຕົນ​ເອງ​ທີ່​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ຢ່າງ​ຊັດ​ເຈນ​
ລະບຸ
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ສະ​ຖານ​ທີ່ invariable ສໍາ​ລັບ​ແຕ່​ລະ​ຕົວ​ອັກ​ສອນ (ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ເປັນ​ທີ່​ຮູ້​ຈັກ​) ຫນຶ່ງ​ຕ້ອງ​ການ​ແກ້​ໄຂ​
ສໍາລັບ.

--ທຸງ-ກວດ ເມື່ອໃຊ້ຕົວເລືອກນີ້, RAxML ຈະກວດເບິ່ງພຽງແຕ່ວ່າທຸງເສັ້ນຄໍາສັ່ງທັງຫມົດ
ສະເພາະແມ່ນມີຢູ່ແລ້ວອອກ

ດ້ວຍຂໍ້ຄວາມທີ່ສະແດງທຸງບັນທັດຄໍາສັ່ງທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງທັງໝົດ ຫຼືມີຂໍ້ຄວາມທີ່ລະບຸໄວ້
ວ່າທຸງທັງຫມົດແມ່ນຖືກຕ້ອງ.

--auto-prot=ml|bic|aic|aicc ໃນ​ເວ​ລາ​ທີ່​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ການ​ຄັດ​ເລືອກ​ຕົວ​ແບບ​ທາດ​ໂປຼ​ຕີນ​ອັດ​ຕະ​ໂນ​ມັດ​ທີ່​ທ່ານ​ສາ​ມາດ​ເລືອກ​ເອົາ​
ເງື່ອນໄຂໃນການເລືອກຮູບແບບເຫຼົ່ານີ້.

RAxML ຈະທົດສອບ prot subst ທີ່ມີຢູ່ທັງໝົດ. ຮຸ່ນຍົກເວັ້ນສໍາລັບ LG4M, LG4X ແລະ
ແບບຈໍາລອງທີ່ອີງໃສ່ GTR, ມີແລະບໍ່ມີຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ empirical. ທ່ານສາມາດເລືອກ
ລະຫວ່າງການຄັດເລືອກໂດຍອີງໃສ່ຄະແນນ ML ແລະເງື່ອນໄຂ BIC, AIC, ແລະ AICc.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ml

--epa-keep-placements=ຈໍານວນ ລະ​ບຸ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ບ່ອນ​ທີ່​ມີ​ທ່າ​ແຮງ​ທີ່​ທ່ານ​ຕ້ອງ​ການ​ທີ່​ຈະ​ເກັບ​ຮັກ​ສາ​ໄວ້​
ສໍາລັບການອ່ານແຕ່ລະອັນໃນ EPA algorithm.

ໃຫ້ສັງເກດວ່າ, ມູນຄ່າຕົວຈິງທີ່ພິມອອກຍັງຈະຂຶ້ນກັບການຕັ້ງຄ່າສໍາລັບ
--epa-prob-threshold=threshold !

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 7

--epa-prob-threshold=threshold ລະບຸເກນເປີເຊັນສຳລັບການລວມເອົາທ່າແຮງ
ການຈັດວາງຂອງການອ່ານຂຶ້ນຢູ່ກັບ

ນ້ໍາຫນັກຕໍາແຫນ່ງສູງສຸດສໍາລັບການອ່ານນີ້. ຖ້າທ່ານຕັ້ງຄ່ານີ້ເປັນ 0.01 ການຈັດວາງ
ທີ່ມີນ້ໍາຫນັກບັນຈຸເຂົ້າຮຽນ 1 ເປີເຊັນຂອງການຈັດວາງສູງສຸດຈະຍັງຄົງຢູ່
ພິມອອກເປັນໄຟລ໌ຖ້າຫາກວ່າການຕັ້ງຄ່າຂອງ --epa-keep-placements ອະນຸຍາດໃຫ້ສໍາລັບມັນ

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.01

--epa-accumulated-threshold=threshold ລະບຸເກນນ້ຳໜັກຄວາມເປັນໄປໄດ້ສະສົມ
ສໍາລັບສະຖານທີ່ທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງການອ່ານແມ່ນພິມ

ຍື່ນ. ສະຖານທີ່ສໍາລັບການອ່ານຈະຖືກພິມອອກຈົນກ່ວາຜົນລວມຂອງການຈັດວາງຂອງພວກເຂົາ
ນ້ຳໜັກໄດ້ຮອດເກນກຳນົດແລ້ວ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າ, ທາງເລືອກນີ້ບໍ່ສາມາດເປັນ
ນໍາ​ໃຊ້​ໃນ​ການ​ປະ​ສົມ​ປະ​ສານ​ກັບ​ --epa-prob-threshold ຫຼືກັບ --epa-keep-placements!

--JC69 ລະບຸວ່າການແບ່ງປັນ DNA ທັງຫມົດຈະພັດທະນາພາຍໃຕ້ຮູບແບບ Jukes-Cantor, ນີ້
overrides ສະເພາະຕົວແບບອື່ນໆທັງໝົດສໍາລັບ DNA partitions.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

--K80 ລະບຸວ່າສ່ວນແບ່ງ DNA ທັງໝົດຈະພັດທະນາພາຍໃຕ້ຮູບແບບ K80, ນີ້ຈະລົບລ້າງທັງໝົດ
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະຂອງຕົວແບບອື່ນໆສໍາລັບການແບ່ງສ່ວນ DNA.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

--HKY85 ລະບຸວ່າສ່ວນແບ່ງ DNA ທັງໝົດຈະພັດທະນາພາຍໃຕ້ແບບຈໍາລອງ HKY85, ນີ້ເປັນການລົບລ້າງ
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະຂອງຕົວແບບອື່ນໆທັງຫມົດສໍາລັບການແບ່ງສ່ວນ DNA.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

ນີ້ແມ່ນ RAxML ເວີຊັ່ນ 8.2.4 ອອກມາໂດຍ Alexandros Stamatakis ໃນວັນທີ 02 ຕຸລາ 2015.

ດ້ວຍການປະກອບສ່ວນລະຫັດທີ່ຊື່ນຊົມຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໂດຍ: Andre Aberer (HITS) Simon Berger
(HITS) Alexey Kozlov (HITS) Kassian Kobert (HITS) David Dao (KIT ແລະ HITS)
Nick Pattengale (Sandia) Wayne Pfeiffer (SDSC) Akifumi S. Tanabe (NRIFS)

ໃຊ້ raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ການບໍລິການ onworks.net