ນີ້ແມ່ນ razers ຄໍາສັ່ງທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
razers - ແຜນທີ່ອ່ານໄວດ້ວຍການຄວບຄຸມຄວາມອ່ອນໄຫວ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
razers [ຕົວເລືອກ] razers [ຕົວເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
RazerS ເປັນຕົວສ້າງແຜນທີ່ການອ່ານທີ່ລະອຽດອ່ອນເຕັມຮູບແບບທີ່ຫຼາກຫຼາຍໂດຍອີງໃສ່ຕົວກອງການນັບ k-mer.
ມັນຮອງຮັບການສ້າງແຜນທີ່ແບບດ່ຽວ ແລະແບບຄູ່, ແລະປັບຕົວກອງໄດ້ດີທີ່ສຸດ
ອີງໃສ່ຄວາມອ່ອນໄຫວຫນ້ອຍທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້. ເບິ່ງ
http://www.seqan.de/projects/razers ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ.
ການປ້ອນຂໍ້ມູນໃສ່ RazerS ແມ່ນໄຟລ໌ genome ອ້າງອີງ ແລະເປັນໄຟລ໌ໜຶ່ງທີ່ມີອັນດຽວ
ອ່ານຫຼືສອງໄຟລ໌ທີ່ມີຄູ່ຊ້າຍຫຼືຂວາຂອງການອ່ານທີ່ຈັບຄູ່.
(c) ລິຂະສິດ 2009 ໂດຍ David Weese.
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.
- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ
ຕົວເລືອກຫຼັກ:
-f, --ຕໍ່
ແຜນທີ່ອ່ານພຽງແຕ່ເພື່ອສົ່ງຕໍ່ strands.
-r, -- ປີ້ນ
ແຜນທີ່ອ່ານພຽງແຕ່ເພື່ອປີ້ນກັບ strands.
-i, --percent-ຕົວຕົນ NUMBER
ເປີເຊັນຂອງຕົວຕົນ. ໃນຂອບເຂດ [50..100]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 92.
-rr, --ອັດຕາການຮັບຮູ້ NUMBER
ອັດຕາການຮັບຮູ້ສ່ວນຮ້ອຍ. ໃນຂອບເຂດ [80..100]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 99.
-pd, --param-dir DIR
ອ່ານໄຟລ໌ພາລາມິເຕີທີ່ຄິດໄລ່ໂດຍຜູ້ໃຊ້ຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີ .
-id, --indels
ອະນຸຍາດໃຫ້ indels. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ກົງກັນເທົ່ານັ້ນ.
-ll, --library-length NUMBER
ຄວາມຍາວຫ້ອງສະໝຸດຄູ່. ໃນຂອບເຂດ [1..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 220.
-ການ, --library-error NUMBER
ຄວາມທົນທານຕໍ່ຄວາມຍາວຫ້ອງສະໝຸດແບບຄູ່. ໃນໄລຍະ [0..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.
-m, -- hits ສູງສຸດ NUMBER
ຜົນຜະລິດເທົ່ານັ້ນ ຂອງ hits ທີ່ດີທີ່ສຸດ. ໃນຂອບເຂດ [1..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100.
--ເປັນເອກະລັກ
ຜົນໄດ້ຮັບສະເພາະການຈັບຄູ່ທີ່ດີທີ່ສຸດ (-m 1 - ດຣ 0 - ປ).
-tr, --trim-reads NUMBER
ຕັດອ່ານຕາມຄວາມຍາວທີ່ກຳນົດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ. ໃນຂອບເຂດ [14..inf].
-o, -- ຜົນຜະລິດ ເອກະສານ
ປ່ຽນຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .razers. ປະເພດໄຟລ໌ທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ: razers,
eland, fa, fasta, ແລະ gff.
-v, -- verbose
ໂຫມດ verbose.
-vv, --vverbose
ໂຫມດ verbose ຫຼາຍ.
ຕົວເລືອກຮູບແບບຜົນຜະລິດ:
-a, --ການຈັດວາງ
ຖິ້ມການຈັດຮຽງສໍາລັບແຕ່ລະການແຂ່ງຂັນ (ພຽງແຕ່ຮູບແບບ razer ຫຼື fasta).
- ປ, --purge-ambiguous
Purge ອ່ານດ້ວຍຫຼາຍກ່ວາ ການແຂ່ງຂັນທີ່ດີທີ່ສຸດ.
- ດຣ, --ໄລຍະຫ່າງ NUMBER
ພິຈາລະນາການຈັບຄູ່ເທົ່ານັ້ນທີ່ມີຄວາມຜິດພາດຫຼາຍກວ່າ NUM ທຽບກັບທີ່ດີທີ່ສຸດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
ຜົນຜະລິດທັງຫມົດ.
-gn, --genome-naming NUMBER
ເລືອກວິທີການຕັ້ງຊື່ genomes (ເບິ່ງພາກການຕັ້ງຊື່ຂ້າງລຸ່ມນີ້). ໃນຂອບເຂດ [0..1]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
0.
-rn, --ອ່ານຊື່ NUMBER
ເລືອກວິທີການອ່ານຊື່ (ເບິ່ງຫົວຂໍ້ການຕັ້ງຊື່ຂ້າງລຸ່ມນີ້). ໃນຂອບເຂດ [0..2]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.
- ດັ່ງນັ້ນ, --sort-order NUMBER
ເລືອກວິທີການຈັດຮຽງທີ່ກົງກັນ (ເບິ່ງພາກການຈັດຮຽງຂ້າງລຸ່ມນີ້). ໃນຂອບເຂດ [0..1].
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.
-pf, --ຮູບແບບຕໍາແຫນ່ງ NUMBER
ເລືອກເລກຕໍາແຫນ່ງເລີ່ມຕົ້ນ / ສິ້ນສຸດ (ເບິ່ງພາກສ່ວນປະສານງານຂ້າງລຸ່ມນີ້). ຢູ່ໃນຂອບເຂດ
[0..1]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.
ຕົວເລືອກການກັ່ນຕອງ:
-s, --ຮູບຮ່າງ BITSTRING
ຕັ້ງຮູບຮ່າງ k-mer ດ້ວຍຕົນເອງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 11111111111.
-t, -- ເກນ NUMBER
ກຳນົດເກນການນັບ k-mer ຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍຕົນເອງ. ໃນຂອບເຂດ [1..inf].
-ອຄ, --overabundance-ຕັດ NUMBER
ກໍານົດອັດຕາສ່ວນການຕັດ k-mer overabundance. ໃນຂອບເຂດ [0..1].
-rl, --repeat ຄວາມຍາວ NUMBER
ຂ້າມການຊ້ຳແບບງ່າຍໆຂອງຄວາມຍາວ . ໃນຂອບເຂດ [1..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1000.
-tl, --taboo-length NUMBER
ກໍານົດຄວາມຍາວຂອງຂໍ້ຫ້າມ. ໃນຂອບເຂດ [1..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1.
- ມ, -- ຄວາມຈໍາຕໍ່າ
ຫຼຸດການນຳໃຊ້ໜ່ວຍຄວາມຈຳໃນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຂອງການແລ່ນ.
ຕົວເລືອກການຢັ້ງຢືນ:
-mN, --match-N
N ກົງກັບຕົວອັກສອນອື່ນທັງໝົດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N ກົງກັບບໍ່ມີຫຍັງ.
-ed, --error-disstr ເອກະສານ
ຂຽນການແຈກຢາຍຂໍ້ຜິດພາດໄປຫາ FILE.
-mcl, --min-clip-len NUMBER
ກໍານົດຄວາມຍາວການອ່ານຫນ້ອຍທີ່ສຸດສໍາລັບການອ່ານ clipping. ໃນໄລຍະ [0..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.
-qih, --quality-in-header
ສະຕຣິງທີ່ມີຄຸນນະພາບໃນສ່ວນຫົວ fasta.
ຮູບແບບ, ການຕັ້ງຊື່, ການຈັດຮຽງ, ແລະແຜນການປະສານງານ
RazerS ຮອງຮັບຮູບແບບຜົນຜະລິດຕ່າງໆ. ຮູບແບບຜົນຜະລິດໄດ້ຖືກກວດພົບໂດຍອັດຕະໂນມັດ
ຈາກຊື່ໄຟລ໌ຕໍ່ທ້າຍ.
.razers
ຮູບແບບ Razer
.fa, .fasta
ປັບປຸງຮູບແບບ Fasta
.eland
ຮູບແບບ Eland
ຮູບແບບ .gff GFF
ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ການອ່ານ ແລະ contigs ແມ່ນອ້າງອີງໂດຍ Fasta ids ຂອງພວກເຂົາທີ່ລະບຸໄວ້ໃນວັດສະດຸປ້ອນ
ໄຟລ໌. ກັບ -gn ແລະ -rn ທາງເລືອກພຶດຕິກໍານີ້ສາມາດໄດ້ຮັບການປ່ຽນແປງ:
0 ໃຊ້ Fasta id.
1 ຕົວເລກເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ 1.
2 ໃຊ້ລໍາດັບການອ່ານ (ພຽງແຕ່ສໍາລັບການອ່ານສັ້ນ!).
ວິທີການຈັບຄູ່ໄດ້ຖືກຈັດຮຽງໃນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດສາມາດໄດ້ຮັບການປ່ຽນແປງທີ່ມີ - ດັ່ງນັ້ນ ທາງເລືອກ
ສໍາລັບຮູບແບບດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້: razer, fasta, sam, ແລະ amos. ຊັ້ນປະຖົມ ແລະ ມັດທະຍົມ
ຄີແມ່ນ:
0 1. ອ່ານຈໍານວນ, 2. ຕໍາແຫນ່ງ genome
1 1. ຕໍາແຫນ່ງ genome, 2. ອ່ານຈໍານວນ
ພື້ນທີ່ປະສານງານທີ່ໃຊ້ສໍາລັບຕໍາແຫນ່ງເລີ່ມຕົ້ນແລະສິ້ນສຸດສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ດ້ວຍ -pf
ທາງເລືອກສໍາລັບຮູບແບບ razer ແລະ fasta:
0 ຊ່ອງຫວ່າງ. ຊ່ອງຫວ່າງລະຫວ່າງຕົວອັກສອນແມ່ນນັບຈາກ 0.
1 ພື້ນທີ່ຕໍາແຫນ່ງ. ຕົວອັກສອນແມ່ນນັບຈາກ 1.
ຕົວຢ່າງ
razers example/genome.fa example/reads.fa -id -a -mN -v
ແຜນທີ່ດຽວຈົບອ່ານດ້ວຍອັດຕາຄວາມຜິດພາດ 4%, indels, ແລະຜົນໄດ້ຮັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. Ns ແມ່ນ
ຖືວ່າກົງກັບທຸກຢ່າງ.
razers example/genome.fa example/reads.fa example/reads2.fa -id -mN
ແຜນທີ່ທີ່ຈັບຄູ່-end ອ່ານດ້ວຍຄວາມຜິດພາດສູງສຸດ 4%, indels, ແລະຜົນຜະລິດທີ່ເຮັດແຜນທີ່ສອດຄ່ອງກັນ
ຄູ່ພາຍໃນຂະຫນາດຫ້ອງສະຫມຸດເລີ່ມຕົ້ນ. Ns ຖືກພິຈາລະນາວ່າກົງກັບທຸກສິ່ງທຸກຢ່າງ.
ເວີຊັ່ນ
razers ຮຸ່ນ: 1.2 [13764] ອັບເດດຫຼ້າສຸດ 2013-03-15
ໃຊ້ razers ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net