razers - ອອນໄລນ໌ໃນຟັງໄດ້

ໂຄງການ:

NAME

razers - ແຜນທີ່ອ່ານໄວດ້ວຍການຄວບຄຸມຄວາມອ່ອນໄຫວ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

razers [ຕົວເລືອກ] razers [ຕົວເລືອກ]


ລາຍລະອຽດ

RazerS ເປັນຕົວສ້າງແຜນທີ່ການອ່ານທີ່ລະອຽດອ່ອນເຕັມຮູບແບບທີ່ຫຼາກຫຼາຍໂດຍອີງໃສ່ຕົວກອງການນັບ k-mer.
ມັນຮອງຮັບການສ້າງແຜນທີ່ແບບດ່ຽວ ແລະແບບຄູ່, ແລະປັບຕົວກອງໄດ້ດີທີ່ສຸດ
ອີງໃສ່ຄວາມອ່ອນໄຫວຫນ້ອຍທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້. ເບິ່ງ
http://www.seqan.de/projects/razers ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ.

ການປ້ອນຂໍ້ມູນໃສ່ RazerS ແມ່ນໄຟລ໌ genome ອ້າງອີງ ແລະເປັນໄຟລ໌ໜຶ່ງທີ່ມີອັນດຽວ
ອ່ານຫຼືສອງໄຟລ໌ທີ່ມີຄູ່ຊ້າຍຫຼືຂວາຂອງການອ່ານທີ່ຈັບຄູ່.

(c) ລິຂະສິດ 2009 ໂດຍ David Weese.

-h, - ຊ່ວຍ

ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.

- ການປ່ຽນແປງ

ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ

ຕົວເລືອກຫຼັກ:

-f, --ຕໍ່

ແຜນທີ່ອ່ານພຽງແຕ່ເພື່ອສົ່ງຕໍ່ strands.

-r, -- ປີ້ນ

ແຜນທີ່ອ່ານພຽງແຕ່ເພື່ອປີ້ນກັບ strands.

-i, --percent-ຕົວຕົນ NUMBER

ເປີເຊັນຂອງຕົວຕົນ. ໃນຂອບເຂດ [50..100]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 92.

-rr, --ອັດຕາການຮັບຮູ້ NUMBER

ອັດ​ຕາ​ການ​ຮັບ​ຮູ້​ສ່ວນ​ຮ້ອຍ​. ໃນຂອບເຂດ [80..100]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 99.

-pd, --param-dir DIR

ອ່ານໄຟລ໌ພາລາມິເຕີທີ່ຄິດໄລ່ໂດຍຜູ້ໃຊ້ຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີ .

-id, --indels

ອະນຸຍາດໃຫ້ indels. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ກົງກັນເທົ່ານັ້ນ.

-ll, --library-length NUMBER

ຄວາມຍາວຫ້ອງສະໝຸດຄູ່. ໃນຂອບເຂດ [1..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 220.

-ການ, --library-error NUMBER

ຄວາມທົນທານຕໍ່ຄວາມຍາວຫ້ອງສະໝຸດແບບຄູ່. ໃນໄລຍະ [0..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.

-m, -- hits ສູງສຸດ NUMBER

ຜົນຜະລິດເທົ່ານັ້ນ ຂອງ hits ທີ່ດີທີ່ສຸດ. ໃນຂອບເຂດ [1..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100.

--ເປັນເອກະລັກ

ຜົນໄດ້ຮັບສະເພາະການຈັບຄູ່ທີ່ດີທີ່ສຸດ (-m 1 - ດຣ 0 - ປ).

-tr, --trim-reads NUMBER

ຕັດອ່ານຕາມຄວາມຍາວທີ່ກຳນົດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ. ໃນຂອບເຂດ [14..inf].

-o, -- ຜົນຜະລິດ ເອກະສານ

ປ່ຽນຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: .razers. ປະເພດໄຟລ໌ທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ: razers,
eland, fa, fasta, ແລະ gff.

-v, -- verbose

ໂຫມດ verbose.

-vv, --vverbose

ໂຫມດ verbose ຫຼາຍ.

ຕົວເລືອກຮູບແບບຜົນຜະລິດ:

-a, --ການຈັດວາງ

ຖິ້ມການຈັດຮຽງສໍາລັບແຕ່ລະການແຂ່ງຂັນ (ພຽງແຕ່ຮູບແບບ razer ຫຼື fasta).

- ປ, --purge-ambiguous

Purge ອ່ານດ້ວຍຫຼາຍກ່ວາ ການແຂ່ງຂັນທີ່ດີທີ່ສຸດ.

- ດຣ, --ໄລຍະຫ່າງ NUMBER

ພິຈາລະນາການຈັບຄູ່ເທົ່ານັ້ນທີ່ມີຄວາມຜິດພາດຫຼາຍກວ່າ NUM ທຽບກັບທີ່ດີທີ່ສຸດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
ຜົນຜະລິດທັງຫມົດ.

-gn, --genome-naming NUMBER

ເລືອກວິທີການຕັ້ງຊື່ genomes (ເບິ່ງພາກການຕັ້ງຊື່ຂ້າງລຸ່ມນີ້). ໃນຂອບເຂດ [0..1]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
0.

-rn, --ອ່ານ​ຊື່ NUMBER

ເລືອກວິທີການອ່ານຊື່ (ເບິ່ງຫົວຂໍ້ການຕັ້ງຊື່ຂ້າງລຸ່ມນີ້). ໃນຂອບເຂດ [0..2]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.

- ດັ່ງນັ້ນ, --sort-order NUMBER

ເລືອກວິທີການຈັດຮຽງທີ່ກົງກັນ (ເບິ່ງພາກການຈັດຮຽງຂ້າງລຸ່ມນີ້). ໃນຂອບເຂດ [0..1].
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.

-pf, --ຮູບ​ແບບ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ NUMBER

ເລືອກ​ເລກ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ / ສິ້ນ​ສຸດ (ເບິ່ງ​ພາກ​ສ່ວນ​ປະ​ສານ​ງານ​ຂ້າງ​ລຸ່ມ​ນີ້​)​. ຢູ່ໃນຂອບເຂດ
[0..1]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.

ຕົວເລືອກການກັ່ນຕອງ:

-s, --ຮູບຮ່າງ BITSTRING

ຕັ້ງຮູບຮ່າງ k-mer ດ້ວຍຕົນເອງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 11111111111.

-t, -- ເກນ NUMBER

ກຳນົດເກນການນັບ k-mer ຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍຕົນເອງ. ໃນຂອບເຂດ [1..inf].

-ອຄ, --overabundance-ຕັດ NUMBER

ກໍານົດອັດຕາສ່ວນການຕັດ k-mer overabundance. ໃນຂອບເຂດ [0..1].

-rl, --repeat ຄວາມຍາວ NUMBER

ຂ້າມການຊ້ຳແບບງ່າຍໆຂອງຄວາມຍາວ . ໃນຂອບເຂດ [1..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1000.

-tl, --taboo-length NUMBER

ກໍານົດຄວາມຍາວຂອງຂໍ້ຫ້າມ. ໃນຂອບເຂດ [1..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1.

- ມ, -- ຄວາມ​ຈໍາ​ຕໍ່າ​

ຫຼຸດການນຳໃຊ້ໜ່ວຍຄວາມຈຳໃນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຂອງການແລ່ນ.

ຕົວເລືອກການຢັ້ງຢືນ:

-mN, --match-N

N ກົງກັບຕົວອັກສອນອື່ນທັງໝົດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N ກົງກັບບໍ່ມີຫຍັງ.

-ed, --error-disstr ເອກະສານ

ຂຽນການແຈກຢາຍຂໍ້ຜິດພາດໄປຫາ FILE.

-mcl, --min-clip-len NUMBER

ກໍານົດຄວາມຍາວການອ່ານຫນ້ອຍທີ່ສຸດສໍາລັບການອ່ານ clipping. ໃນໄລຍະ [0..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.

-qih, --quality-in-header

ສະຕຣິງທີ່ມີຄຸນນະພາບໃນສ່ວນຫົວ fasta.

ຮູບແບບ, ການຕັ້ງຊື່, ການຈັດຮຽງ, ແລະແຜນການປະສານງານ

RazerS ຮອງຮັບຮູບແບບຜົນຜະລິດຕ່າງໆ. ຮູບແບບຜົນຜະລິດໄດ້ຖືກກວດພົບໂດຍອັດຕະໂນມັດ
ຈາກຊື່ໄຟລ໌ຕໍ່ທ້າຍ.

.razers

ຮູບແບບ Razer

.fa, .fasta

ປັບປຸງຮູບແບບ Fasta

.eland

ຮູບແບບ Eland

ຮູບແບບ .gff GFF

ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ການອ່ານ ແລະ contigs ແມ່ນອ້າງອີງໂດຍ Fasta ids ຂອງພວກເຂົາທີ່ລະບຸໄວ້ໃນວັດສະດຸປ້ອນ
ໄຟລ໌. ກັບ -gn ແລະ -rn ທາງ​ເລືອກ​ພຶດ​ຕິ​ກໍາ​ນີ້​ສາ​ມາດ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​:

0 ໃຊ້ Fasta id.

1 ຕົວ​ເລກ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​ດ້ວຍ 1.

2 ໃຊ້ລໍາດັບການອ່ານ (ພຽງແຕ່ສໍາລັບການອ່ານສັ້ນ!).

ວິ​ທີ​ການ​ຈັບ​ຄູ່​ໄດ້​ຖືກ​ຈັດ​ຮຽງ​ໃນ​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ສາ​ມາດ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​ທີ່​ມີ​ - ດັ່ງນັ້ນ ທາງເລືອກ
ສໍາລັບຮູບແບບດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້: razer, fasta, sam, ແລະ amos. ຊັ້ນປະຖົມ ແລະ ມັດທະຍົມ
ຄີແມ່ນ:

0 1. ອ່ານຈໍານວນ, 2. ຕໍາແຫນ່ງ genome

1 1. ຕໍາແຫນ່ງ genome, 2. ອ່ານຈໍານວນ

ພື້ນທີ່ປະສານງານທີ່ໃຊ້ສໍາລັບຕໍາແຫນ່ງເລີ່ມຕົ້ນແລະສິ້ນສຸດສາມາດປ່ຽນແປງໄດ້ດ້ວຍ -pf
ທາງ​ເລືອກ​ສໍາ​ລັບ​ຮູບ​ແບບ razer ແລະ fasta​:

0 ຊ່ອງຫວ່າງ. ຊ່ອງຫວ່າງລະຫວ່າງຕົວອັກສອນແມ່ນນັບຈາກ 0.

1 ພື້ນທີ່ຕໍາແຫນ່ງ. ຕົວອັກສອນແມ່ນນັບຈາກ 1.

ຕົວຢ່າງ

razers example/genome.fa example/reads.fa -id -a -mN -v

ແຜນທີ່ດຽວຈົບອ່ານດ້ວຍອັດຕາຄວາມຜິດພາດ 4%, indels, ແລະຜົນໄດ້ຮັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. Ns ແມ່ນ
ຖືວ່າກົງກັບທຸກຢ່າງ.

razers example/genome.fa example/reads.fa example/reads2.fa -id -mN

ແຜນທີ່ທີ່ຈັບຄູ່-end ອ່ານດ້ວຍຄວາມຜິດພາດສູງສຸດ 4%, indels, ແລະຜົນຜະລິດທີ່ເຮັດແຜນທີ່ສອດຄ່ອງກັນ
ຄູ່ພາຍໃນຂະຫນາດຫ້ອງສະຫມຸດເລີ່ມຕົ້ນ. Ns ຖືກພິຈາລະນາວ່າກົງກັບທຸກສິ່ງທຸກຢ່າງ.

ເວີຊັ່ນ

razers ຮຸ່ນ: 1.2 [13764] ອັບເດດຫຼ້າສຸດ 2013-03-15

ໃຊ້ razers ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net