run_gubbins - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

run_gubbins - ການວິເຄາະ phylogenetic ຂອງລໍາດັບ genome

ສະຫຼຸບສັງລວມ

run_gubbins [-h] [--outgroup OUTGROUP] [--starting_tree STARTING_TREE] [--use_time_stamp]
[--verbose] [--no_cleanup] [--tree_builder TREE_BUILDER] [--iterations ITERATIONS]
[--min_snps MIN_SNPS] [--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE] [--prefix PREFIX] [--threads
THREADS] [--converge_method CONVERGE_METHOD] [--version] [--min_window_size
MIN_WINDOW_SIZE] [--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE] alignment_filename

ລາຍລະອຽດ

Gubbins ສະຫນັບສະຫນູນການວິເຄາະ phylogenetic ຢ່າງໄວວາຂອງຕົວຢ່າງຂະຫນາດໃຫຍ່ຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ recombinant
ລໍາດັບ genome ທັງຫມົດ.

Gubbins (genealogies unbiased ໂດຍ recomBinations ໃນ Nucleotide Sequences) ເປັນ algorithm
ທີ່ກໍານົດຄືນໃຫມ່ຂອງ loci ທີ່ມີຄວາມຫນາແຫນ້ນສູງຂອງການທົດແທນພື້ນຖານໃນຂະນະທີ່
concurrently ການ​ກໍ່​ສ້າງ phylogeny ອີງ​ໃສ່​ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​ຈຸດ putative ນອກ​ຂອງ​
ພາກພື້ນເຫຼົ່ານີ້. ການຈໍາລອງສະແດງໃຫ້ເຫັນ algorithm ສ້າງຄວາມຖືກຕ້ອງສູງ
reconstructions ພາຍໃຕ້ຕົວແບບທີ່ແທ້ຈິງຂອງ evolution ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍໄລຍະສັ້ນ, ແລະສາມາດດໍາເນີນການໄດ້
ໃນເວລາພຽງແຕ່ສອງສາມຊົ່ວໂມງໃນການຈັດລໍາດັບຂອງຫຼາຍຮ້ອຍ genome ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ.

OPTIONS

ຕຳ ແໜ່ງ ການໂຕ້ຖຽງ:
alignment_filename
ໄຟລ໌ການຈັດຮຽງແບບ Multifasta

ທາງເລືອກ ການໂຕ້ຖຽງ:
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ

--ກຸ່ມ ກຸ່ມນອກ, -o ນອກກຸ່ມ
ຊື່ກຸ່ມນອກສຳລັບການປົ່ງຮາກອອກຕາມ. ບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຊື່ທີ່ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດສາມາດໃຊ້ຖ້າພວກມັນ
ປະກອບເປັນ clade

--starting_tree STARTING_Tree, -s STARTING_TREE
ຕົ້ນ​ໄມ້​

--use_time_stamp, -u
ໃຊ້ສະແຕມເວລາໃນຊື່ໄຟລ໌

-- verbose, -v
ເປີດການດີບັກ

--no_cleanup, -n
ຢ່າເຮັດຄວາມສະອາດໄຟລ໌ປານກາງ

--tree_builder TREE_BUILDER, -t TREE_BUILDER
ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກທີ່ຈະໃຊ້ສໍາລັບການກໍ່ສ້າງຕົ້ນໄມ້ [raxml|fasttree|hybrid], ເລີ່ມຕົ້ນ RAxML

-- ຊ້ຳ ລາຍການ, -i ລາຍການ
ຈຳນວນສູງສຸດຂອງການເຮັດຊ້ຳ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 5

--min_snps MIN_SNPS, -m MIN_SNPS
ຕ່ຳສຸດ SNPs ເພື່ອລະບຸຕົວບລັອກການປະສົມຄືນໃໝ່, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 3

--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE, -f FILTER_PERCENTAGE
ການກັ່ນຕອງອອກ taxa ທີ່ມີຫຼາຍກ່ວາອັດຕາສ່ວນຂອງຊ່ອງຫວ່າງນີ້, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 25

-- ຄໍານໍາຫນ້າ PREFIX, -p PREFIX
ເພີ່ມຄໍານໍາຫນ້າໃສ່ຊື່ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບສຸດທ້າຍ

-- ກະທູ້ ກະທູ້, -c ປ່າໄມ້
ຈຳນວນຂອງກະທູ້ທີ່ຈະແລ່ນດ້ວຍ RAXML, ແຕ່ຖ້າມີລຸ້ນ PTHREADS ເທົ່ານັ້ນ

--converge_method CONVERGE_METHOD, -z CONVERGE_METHOD
ເງື່ອນ​ໄຂ​ທີ່​ຈະ​ນໍາ​ໃຊ້​ເພື່ອ​ໃຫ້​ຮູ້​ວ່າ​ໃນ​ເວ​ລາ​ທີ່​ຈະ​ຢຸດ​ເຊົາ​ການ​ເຮັດ​ໃຫ້​ມັນ​ເປັນ [ຊັ່ງ​
ted_robinson_foulds|robinson_foulds|ການລວມເຂົ້າກັນໃໝ່]

- ການປ່ຽນແປງ
ສະ​ແດງ​ຕົວ​ເລກ​ສະ​ບັບ​ຂອງ​ໂຄງ​ການ​ແລະ​ອອກ​

--min_window_size MIN_WINDOW_SIZE, -a MIN_WINDOW_SIZE
ຂະໜາດໜ້າຕ່າງຕໍ່າສຸດ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 100

--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE, -b MAX_WINDOW_SIZE
ຂະໜາດໜ້າຕ່າງສູງສຸດ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 10000

ໃຊ້ run_gubbins ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net