ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ seqwordse ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
seqwords - ສ້າງໄຟລ໌ DHF ຈາກການຄົ້ນຫາຄໍາຫລັກຂອງ UniProt.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
seqwords -keyfile infile -spfile infile -outfile outfile
seqwords -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
seqwords ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນເປັນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "Protein: 3D Structure".
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
-keyfile infile
ຕົວເລືອກນີ້ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ຄໍາສໍາຄັນ (ການປ້ອນຂໍ້ມູນ). ນີ້ປະກອບມີບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ
ຄໍາສໍາຄັນສະເພາະກັບຈໍານວນຄອບຄົວ SCOP ຫຼື CATH ແລະ superfamilies ທີ່ໃຊ້ໂດຍ
SEQWORDS ເພື່ອຊອກຫາຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ.
-spfile infile
ຕົວເລືອກນີ້ລະບຸຊື່ຂອງຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ (ການປ້ອນຂໍ້ມູນ) ເພື່ອຊອກຫາ.
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-outfile outfile
ຕົວເລືອກນີ້ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ DHF (ໄຟລ໌ hits ໂດເມນ) (ຜົນຜະລິດ). A 'ໂດເມນ
hits file' ມີຖານຂໍ້ມູນ hits (ລໍາດັບ) ທີ່ມີຂໍ້ມູນການຈັດປະເພດໂດເມນ,
ໃນຮູບແບບ DHF (ຄື FASTA). ຍອດນິຍົມແມ່ນຍາດພີ່ນ້ອງກັບຄອບຄົວ SCOP ຫຼື CATH (ຫຼື
node ອື່ນໃນລໍາດັບໂຄງສ້າງ) ແລະຖືກພົບເຫັນຈາກການຄົ້ນຫາລໍາດັບ
ຖານຂໍ້ມູນ. ໄຟລ໌ທີ່ບັນຈຸ hits ດຶງມາຈາກ PSIBLAST ແມ່ນສ້າງຂຶ້ນໂດຍການໃຊ້
SEQSEARCH, hits retrieve by a sparse protein signatore ໂດຍໃຊ້ SIGSCAN ຫຼືຕ່າງໆ.
ປະເພດຂອງ HMM ແລະໂປຣໄຟລ໌ໂດຍໃຊ້ LIBSCAN. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: test.hits
ໃຊ້ seqwordse ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net