ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ sindex ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
sindex - index a sequence database for sfetch
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ດັດຊະນີ [ທາງເລືອກ] seqfile1 [seqfile2...]
ລາຍລະອຽດ
ດັດຊະນີ ດັດສະນີຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍກວ່ານັ້ນ seqfiles ສໍາລັບການດຶງຂໍ້ມູນລໍາດັບໃນອະນາຄົດໂດຍ ດຶງຂໍ້ມູນ. SSI
ໄຟລ໌ ("ດັດສະນີລໍາດັບ squid") ຖືກສ້າງຂື້ນຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີດຽວກັນກັບໄຟລ໌ລໍາດັບ. ໂດຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໄຟລ໌ນີ້ເອີ້ນວ່າ .ssi.
ຖ້າມີຫຼາຍກວ່າຫນຶ່ງໄຟລ໌ລໍາດັບຢູ່ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ, ຊື່ໄຟລ໌ SSI ຈະເປັນ
ສ້າງຂຶ້ນຈາກຊື່ໄຟລ໌ລໍາດັບສຸດທ້າຍ. ນີ້ອາດຈະບໍ່ແມ່ນສິ່ງທີ່ທ່ານຕ້ອງການ; ເບິ່ງ -o
ທາງເລືອກທີ່ຈະລະບຸຊື່ຂອງທ່ານເອງສໍາລັບໄຟລ໌ SSI.
ດັດຊະນີ ມີຄວາມສາມາດໃນການດັດສະນີໄຟລ໌ຂະຫນາດໃຫຍ່ (> 2 GB) ຖ້າການສະຫນັບສະຫນູນ LFS ທາງເລືອກໄດ້ຖືກເປີດໃຊ້
ໃນເວລາລວບລວມ. ເບິ່ງຄໍາແນະນໍາການຕິດຕັ້ງທີ່ມາພ້ອມກັບ @PACKAGE@.
OPTIONS
-h ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອໂດຍຫຍໍ້; ປະກອບມີຈໍານວນສະບັບແລະສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກທັງຫມົດ, ລວມທັງ
ທາງເລືອກຜູ້ຊ່ຽວຊານ.
-o <ssi outfile>
ຊີ້ທິດທາງດັດຊະນີ SSI ໄປຫາໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່ . ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໄຟລ໌ SSI ຈະໄປ
to .ssi.
EXPERT OPTIONS
-64 ບັງຄັບໄຟລ໌ SSI ເຂົ້າໄປໃນໂຫມດ 64-bit (seqfile ຂະຫນາດໃຫຍ່), ເຖິງແມ່ນວ່າ seqfile ຂະຫນາດນ້ອຍ.
ທ່ານບໍ່ຕ້ອງການເຮັດສິ່ງນີ້ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າທ່ານກໍາລັງດີບັກ.
--ພາຍນອກ
ຜົນບັງຄັບໃຊ້ ດັດຊະນີ ເພື່ອເຮັດການຈັດລຽງບັນທຶກຂອງຕົນໂດຍພາຍນອກ (on-disk) sorting. ນີ້ແມ່ນພຽງແຕ່
ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການ debugging, ເຊັ່ນດຽວກັນ.
-- ຂໍ້ມູນ
ລະບຸວ່າໄຟລ໌ລໍາດັບແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບແນ່ນອນ ; ບລັອກໄຟລ໌ລໍາດັບ
ການກວດຫາຮູບແບບອັດຕະໂນມັດ. ນີ້ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດໃນທໍ່ອັດຕະໂນມັດ, ເພາະວ່າມັນປັບປຸງ
ຄວາມແຂງແຮງ (ການກວດຈັບອັດຕະໂນມັດເປັນບາງໂອກາດອາດຈະຜິດພາດໃນຄວາມບໍ່ສົມບູນແບບຢ່າງຜິດໆ
ໄຟລ໌). ຕົວຢ່າງທົ່ວໄປລວມມີ genbank, embl, gcg, pir, stockholm, clustal, msf, ຫຼື
ຟີລິບ; ເບິ່ງເອກະສານທີ່ພິມອອກສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນຂອງຊື່ຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບ.
--pfamseq
hack ສໍາລັບ Pfam; ດັດສະນີໄຟລ໌ FASTA ທີ່ຮູ້ວ່າມີເສັ້ນຕົວລະບຸຢູ່ໃນ
format ">[ຊື່] [accession] [ລາຍລະອຽດທາງເລືອກ]". ປົກກະຕິແລ້ວພຽງແຕ່ລໍາດັບ
ຊື່ຈະຖືກດັດສະນີເປັນກະແຈຫຼັກໃນໄຟລ໌ FASTA SSI, ແຕ່ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້
ດັດສະນີທັງຊື່ (ເປັນລະຫັດຫຼັກ) ແລະການເຂົ້າ (ເປັນລະຫັດສຳຮອງ).
ໃຊ້ sindex ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
