ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ spidey ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
spidey - ຈັດລໍາດັບ mRNA ກັບ genome
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ຜີວພັນ [-] [-F N] [-G] [-L N] [-M ຊື່ເອກະສານ] [-N ຊື່ເອກະສານ] [-R ຊື່ເອກະສານ] [-S ໂມງແລງ] [-T N]
[-X] [-a ຊື່ເອກະສານ] [-c N] [-d] [-e X] [-f X] [-g X] -i ຊື່ເອກະສານ [-j] [-k ຊື່ເອກະສານ] [-l N]
-m ຊື່ເອກະສານ [-n N] [-o str] [-p N] [-r c/d/m/p/v] [-s] [-t ຊື່ເອກະສານ] [-u] [-w]
ລາຍລະອຽດ
ຜີວພັນ ແມ່ນເຄື່ອງມືສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ mRNA ຫນຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍອັນໃຫ້ກັບລໍາດັບ genomic ທີ່ໃຫ້.
ຜີວພັນ ໄດ້ຖືກຂຽນດ້ວຍສອງເປົ້າຫມາຍຕົ້ນຕໍຢູ່ໃນໃຈ: ຊອກຫາການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ດີໂດຍບໍ່ຄໍານຶງເຖິງ intron
ຂະໜາດ; ແລະຫຼີກເວັ້ນການສັບສົນໂດຍ pseudogenes ແລະ paralogs ໃກ້ຄຽງ. ໄປສູ່ການທໍາອິດ
ເປົ້າ ໝາຍ, ຜີວພັນ ໃຊ້ BLAST ແລະ Dot View (ເຄື່ອງມືການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນອື່ນ) ເພື່ອຊອກຫາຂອງມັນ
ການຈັດວາງ; ເນື່ອງຈາກວ່າເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນທັງສອງເຄື່ອງມືການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນ, ຜີວພັນ ບໍ່ໄດ້ຢູ່ໃນພາຍໃນ
ໂປດປານ introns ສັ້ນຫຼືຍາວກວ່າແລະບໍ່ມີຂະຫນາດ intros ສູງສຸດ. ເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການຜິດພາດ
ລວມທັງ exons ຈາກ paralogs ແລະ pseudogenes, ຜີວພັນ ທໍາອິດກໍານົດປ່ອງຢ້ຽມກ່ຽວກັບ genomic
ລໍາດັບແລະຫຼັງຈາກນັ້ນປະຕິບັດການຈັດລໍາດັບ mRNA-to-genomic ແຍກຕ່າງຫາກພາຍໃນແຕ່ລະປ່ອງຢ້ຽມ.
ເນື່ອງຈາກວ່າວິທີການກໍ່ສ້າງປ່ອງຢ້ຽມ, paralogs ໃກ້ຄຽງຫຼື pseudogenes ຄວນ
ຢູ່ໃນປ່ອງຢ້ຽມແຍກຕ່າງຫາກແລະບໍ່ຄວນຖືກລວມເຂົ້າໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ spliced ສຸດທ້າຍ.
ເລີ່ມຕົ້ນ ການຈັດວາງ ແລະ ການກໍ່ສ້າງ of ພັນທຸ ກຳ windows
ຜີວພັນ ໃຊ້ເວລາເປັນ input ເປັນລໍາດັບ genomic ດຽວແລະຊຸດຂອງການເຂົ້າເຖິງ mRNA ຫຼື FASTA
ລໍາດັບ. ການປຸງແຕ່ງທັງຫມົດແມ່ນເຮັດຫນຶ່ງລໍາດັບ mRNA ໃນເວລາດຽວກັນ. ຂັ້ນຕອນທໍາອິດສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ
ລໍາດັບ mRNA ແມ່ນ BLAST ທີ່ມີຄວາມເຂັ້ມງວດສູງຕໍ່ກັບລໍາດັບ genomic. ຜົນໄດ້ຮັບ hits
ໄດ້ຖືກວິເຄາະເພື່ອຊອກຫາປ່ອງຢ້ຽມ genomic.
ການຈັດຮຽງ BLAST ແມ່ນຈັດຮຽງຕາມຄະແນນ ແລະຈາກນັ້ນຖືກມອບໝາຍໃສ່ໜ້າຕ່າງໂດຍ recursive
ຟັງຊັນທີ່ເອົາການຈັດລໍາດັບທໍາອິດແລະຫຼັງຈາກນັ້ນລົງບັນຊີລາຍຊື່ການຈັດຕໍາແຫນ່ງເພື່ອຊອກຫາທັງຫມົດ
ການຈັດລໍາດັບທີ່ສອດຄ່ອງກັບຄັ້ງທໍາອິດ (ສາຍດຽວກັນຂອງ mRNA, ທັງ mRNA ແລະ
ພິກັດ genomic ແມ່ນ nonoverlapping ແລະສອດຄ່ອງ linearly). ໃນການຜ່ານຕໍ່ໄປ,
ການຈັດວາງທີ່ຍັງເຫຼືອແມ່ນໄດ້ຖືກກວດກາແລະຖືກໃສ່ເຂົ້າໄປໃນຄວາມບໍ່ຊ້ໍາກັນຂອງຕົນເອງ,
ປ່ອງຢ້ຽມທີ່ສອດຄ່ອງກັນ, ຈົນກ່ວາບໍ່ມີການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃດໄວ້. ຂຶ້ນຢູ່ກັບວິທີການຈໍາລອງພັນທຸກໍາ
ຕ້ອງການ, ເທິງ n ປ່ອງຢ້ຽມຖືກເລືອກເພື່ອໄປຂັ້ນຕອນຕໍ່ໄປແລະອັນອື່ນແມ່ນ
ລຶບແລ້ວ.
ສອດຄ່ອງ in ແຕ່ລະຄົນ ປ່ອງຢ້ຽມ
ເມື່ອປ່ອງຢ້ຽມ genomic ຖືກສ້າງຂຶ້ນ, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ BLAST ເບື້ອງຕົ້ນຈະຖືກປົດປ່ອຍແລະ
ການຄົ້ນຫາ BLAST ອື່ນແມ່ນປະຕິບັດ, ເວລານີ້ກັບ mRNA ທັງຫມົດຕໍ່ກັບ genomic
ພາກພື້ນທີ່ກໍານົດໂດຍປ່ອງຢ້ຽມ, ແລະຄວາມເຂັ້ມງວດຕ່ໍາກວ່າການຄົ້ນຫາເບື້ອງຕົ້ນ. ຜີວພັນ
ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ນໍາໃຊ້ algorithm greedy ເພື່ອສ້າງຄະແນນສູງ, ບໍ່ຊ້ໍາກັນຂອງ subset ໄດ້.
ການຈັດຮຽງຈາກການຄົ້ນຫາ BLAST ທີສອງ. ຊຸດທີ່ສອດຄ່ອງນີ້ໄດ້ຖືກວິເຄາະຢ່າງລະມັດລະວັງເພື່ອ
ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າລໍາດັບ mRNA ທັງຫມົດແມ່ນກວມເອົາໂດຍການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ເມື່ອພົບຊ່ອງຫວ່າງ
ລະຫວ່າງການຈັດຕໍາແຫນ່ງ, ພາກພື້ນທີ່ເຫມາະສົມຂອງລໍາດັບ genomic ແມ່ນຊອກຫາຕໍ່ກັບ
ຂາດ mRNA, ທໍາອິດໃຊ້ BLAST ທີ່ມີຄວາມເຂັ້ມງວດຕໍ່າຫຼາຍແລະ, ຖ້າ BLAST ລົ້ມເຫລວໃນການຊອກຫາ
ຕີ, ການນໍາໃຊ້ຟັງຊັນ DotView ເພື່ອຊອກຫາການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ໃນເວລາທີ່ຊ່ອງຫວ່າງໄດ້ຖືກພົບເຫັນຢູ່ໃນຕອນທ້າຍຂອງ
ການຈັດຮຽງ, ການຄົ້ນຫາ BLAST ແລະ DotView ແມ່ນອະນຸຍາດໃຫ້ຕົວຈິງເພື່ອຂະຫຍາຍໄລຍະຜ່ານມາ
ຂອບເຂດຂອງປ່ອງຢ້ຽມ. ຖ້າປາຍ 3' ຂອງ mRNA ບໍ່ສອດຄ່ອງຢ່າງສົມບູນ, ມັນແມ່ນ
ທໍາອິດກວດຫາການປະກົດຕົວຂອງຫາງ poly(A). ບໍ່ມີຄວາມພະຍາຍາມທີ່ຈະຈັດວາງ
ສ່ວນຂອງ mRNA ທີ່ເບິ່ງຄືວ່າເປັນຫາງ poly(A); ບາງຄັ້ງມີຫາງ poly(A).
ທີ່ສອດຄ່ອງກັບລໍາດັບ genomic, ແລະເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນສັງເກດເຫັນຍ້ອນວ່າພວກເຂົາຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງ
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງ pseudogene ໄດ້.
ໃນປັດຈຸບັນທີ່ mRNA ແມ່ນກວມເອົາຢ່າງສົມບູນໂດຍຊຸດຂອງການຈັດຕໍາແຫນ່ງ, ຂອບເຂດຂອງ
alignments (ຄວນຈະມີຫນຶ່ງ alignment ຕໍ່ exon ໃນປັດຈຸບັນ) ໄດ້ຖືກປັບເພື່ອໃຫ້ໄດ້
alignments abut ກັນຢ່າງຊັດເຈນແລະດັ່ງນັ້ນວ່າພວກເຂົາເຈົ້າແມ່ນຢູ່ໃກ້ຊິດກັບຜູ້ໃຫ້ທຶນ splice ທີ່ດີ
ແລະສະຖານທີ່ຮັບ. ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວ, ການຈັດລຽງຂອງ exons ສອງອັນທີ່ຕິດກັນທັບຊ້ອນກັນຫຼາຍເທົ່າ
20 ຫຼື 30 ຄູ່ພື້ນຖານຢູ່ໃນລໍາດັບ mRNA. ຂອບເຂດແດນ exon ທີ່ແທ້ຈິງອາດຈະຢູ່ທຸກບ່ອນພາຍໃນ
ການທັບຊ້ອນກັນນີ້, ຫຼື (ດັ່ງທີ່ພວກເຮົາໄດ້ເຫັນໃນທາງທີ່ເຫັນໄດ້ຊັດເຈນ) ແມ່ນແຕ່ບາງຄູ່ພື້ນຖານຢູ່ນອກການທັບຊ້ອນກັນ.
ເພື່ອວາງຂອບເຂດຂອບເຂດ exon, ການທັບຊ້ອນບວກກັບຄູ່ພື້ນຖານສອງສາມຄູ່ໃນແຕ່ລະດ້ານແມ່ນ
ກວດສອບສະຖານທີ່ຜູ້ໃຫ້ທຶນ splice, ການນໍາໃຊ້ຫນ້າທີ່ທີ່ມີ matrices splice ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ຂຶ້ນກັບອົງການຈັດຕັ້ງທີ່ເລືອກ. ສະຖານທີ່ຜູ້ໃຫ້ທຶນ splice ຈໍານວນຫນ້ອຍທີ່ສຸດ (ໂດຍຄະແນນ) ແມ່ນຫຼັງຈາກນັ້ນ
ການປະເມີນຜົນວ່າເຂົາເຈົ້າມີຜົນກະທົບຫຼາຍປານໃດເຂດແດນການຈັດຕັ້ງຕົ້ນສະບັບ. ເວັບໄຊທີ່
ມີຜົນກະທົບເຂດຊາຍແດນຫນ້ອຍທີ່ສຸດແມ່ນໄດ້ຮັບການຄັດເລືອກ, ແລະການປະເມີນຜົນທີ່ມີຂອງ
ສະຖານທີ່ຮັບ. ການຈັດຮຽງໄດ້ຖືກຕັດອອກຫຼືຂະຫຍາຍອອກຕາມຄວາມຈໍາເປັນເພື່ອໃຫ້ພວກມັນ
ຢຸດຢູ່ທີ່ສະຖານທີ່ຜູ້ໃຫ້ທຶນ splice ແລະເພື່ອວ່າພວກເຂົາບໍ່ທັບຊ້ອນກັນ.
ສຸດທ້າຍ ຜົນ
ປ່ອງຢ້ຽມໄດ້ຖືກກວດກາຢ່າງລະມັດລະວັງເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍຕໍ່ exon, ຈໍານວນຂອງ
ຊ່ອງຫວ່າງຕໍ່ exon, ຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍໂດຍລວມ, ການຄຸ້ມຄອງສ່ວນຮ້ອຍຂອງ mRNA, ມີ
ຫາງ poly(A) ສອດຄ່ອງຫຼືບໍ່ສອດຄ່ອງ, ຈໍານວນຂອງສະຖານທີ່ບໍລິຈາກ splice ແລະການມີຫຼື.
ການຂາດສະຖານທີ່ຜູ້ໃຫ້ທຶນແລະຜູ້ຮັບ splice ສໍາລັບແຕ່ລະ exon, ແລະການປະກົດຕົວຂອງ mRNA.
ທີ່ມີ 5' ຫຼື 3' ປາຍ (ຫຼືທັງສອງ) ທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັບລໍາດັບ genomic. ຖ້າ
ຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍໂດຍລວມແລະຄວາມຍາວສ່ວນຮ້ອຍແມ່ນຢູ່ເຫນືອການຕັດທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້, a
ບົດລາຍງານສະຫຼຸບໄດ້ຖືກພິມອອກ, ແລະ, ຖ້າຫາກວ່າຮ້ອງຂໍ, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງຂໍ້ຄວາມສະແດງໃຫ້ເຫັນຕົວຕົນແລະ
ບໍ່ກົງກັນກໍ່ຖືກພິມອອກ.
ຊະນິດພັນຕ່າງ ການຈັດວາງ
ຜີວພັນ ມີຄວາມສາມາດປະຕິບັດການຈັດລຽງແບບ interspecies. ຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ ສຳ ຄັນໃນ
ການຈັດລຽງລະຫວ່າງຊະນິດແມ່ນວ່າຕົວຕົນ mRNA-genomic ຈະບໍ່ຢູ່ໃກ້ 100% ຍ້ອນວ່າມັນ.
ແມ່ນຢູ່ໃນການຈັດລໍາດັບ intraspecies; ນອກຈາກນີ້, ການຈັດວາງມີຊ່ອງຫວ່າງຫຼາຍ ແລະຍາວ. ຖ້າ
ຜີວພັນ ຖືກນໍາໃຊ້ໃນຮູບແບບປົກກະຕິຂອງຕົນເພື່ອເຮັດການຈັດລໍາດັບ interspecies, ມັນຜະລິດແບບຈໍາລອງ gene
ມີຫຼາຍ, exons ສັ້ນຫຼາຍ. ເມື່ອທຸງລະຫວ່າງຊະນິດຖືກຕັ້ງ, ຜີວພັນ ໃຊ້ແຕກຕ່າງກັນ
ຕົວກໍານົດການ BLAST ເພື່ອຊຸກຍູ້ໃຫ້ມີຊ່ອງຫວ່າງທີ່ຍາວກວ່າແລະຫຼາຍແລະບໍ່ລົງໂທດຢ່າງຮຸນແຮງ
ບໍ່ກົງກັນ. ດ້ວຍວິທີນີ້, ການຈັດຮຽງສໍາລັບ exons ແມ່ນຍາວກວ່າແລະໃກ້ຊິດ
ປະມານໂຄງສ້າງ gene ຕົວຈິງ.
ການຂຸດຄົ້ນ CDS ການຈັດວາງ
ເມື່ອໃດ ຜີວພັນ ຖືກແລ່ນຢູ່ໃນໂໝດຮັບຮູ້ເຄືອຂ່າຍ ຫຼືເມື່ອໄຟລ໌ ASN.1 ຖືກໃຊ້ສຳລັບ mRNA
ບັນທຶກ, ມັນມີຄວາມສາມາດສະກັດ CDS ສອດຄ່ອງຈາກການຈັດຕໍາແຫນ່ງ mRNA ແລະການພິມ
ຂໍ້ມູນ CDS ຄືກັນ. ເນື່ອງຈາກການຈັດຮຽງ CDS ແມ່ນພຽງແຕ່ຊຸດຍ່ອຍຂອງການຈັດຮຽງ mRNA,
ມັນຂ້ອນຂ້າງກົງໄປກົງມາທີ່ຈະຕັດການຈັດຮຽງ exon ຕາມຄວາມຈໍາເປັນແລະ
ສ້າງການຈັດຮຽງ CDS. ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ພາກພື້ນທີ່ບໍ່ໄດ້ແປໃນປັດຈຸບັນໄດ້ຖືກກໍານົດ, ສະນັ້ນ
ຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍສໍາລັບພາກພື້ນທີ່ບໍ່ໄດ້ແປ 5' ແລະ 3' ແມ່ນຍັງຖືກຄິດໄລ່.
OPTIONS
ສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກແມ່ນລວມຢູ່ຂ້າງລຸ່ມນີ້.
- ພິມຂໍ້ຄວາມການນໍາໃຊ້.
-F N ການເລີ່ມຕົ້ນຂອງໄລຍະຫ່າງພັນທຸກໍາທີ່ຕ້ອງການ (ຈາກ; 0-based).
-G ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນລາຍການ GI.
-L N ຂະຫນາດ intron ຂະຫນາດໃຫຍ່ພິເສດທີ່ຈະໃຊ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 220000).
-M ຊື່ເອກະສານ
ໄຟລ໌ທີ່ມີຜູ້ໃຫ້ທຶນ splice matrix.
-N ຊື່ເອກະສານ
ໄຟລ໌ທີ່ມີຕົວຮັບ splice matrix.
-R ຊື່ເອກະສານ
ໄຟລ໌ (ລວມທັງເສັ້ນທາງ) ເພື່ອເຮັດຊ້ໍາຖານຂໍ້ມູນ blast ສໍາລັບການກັ່ນຕອງ.
-S ໂມງແລງ ຈໍາກັດການບວກ (p) ຫຼືລົບ (m) strand ຂອງລໍາດັບ genomic.
-T N ການຢຸດເຊົາໄລຍະຫ່າງຂອງພັນທຸກໍາທີ່ຕ້ອງການ (ເຖິງ; 0-based).
-X ໃຊ້ຂະຫນາດ introns ຂະຫນາດໃຫຍ່ພິເສດ (ເພີ່ມຂີດຈໍາກັດສໍາລັບ introns ທໍາອິດແລະ terminal
ຈາກ 100kb ຫາ 240kb ແລະສໍາລັບຄົນອື່ນທັງຫມົດຈາກ 35kb ຫາ 120kb); ອາດຈະສົ່ງຜົນໃຫ້
ເວລາຄອມພິວເຕີ້ຍາວກວ່າຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ.
-a ຊື່ເອກະສານ
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດສໍາລັບການຈັດຕັ້ງໃນເວລາທີ່ມຸ້ງໄປຫາໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກກັບ -p 3 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ =
spidey.aln).
-c N ການຕັດຕົວຕົນ, ເປັນສ່ວນຮ້ອຍ, ສໍາລັບຈຸດປະສົງການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ.
-d ພະຍາຍາມຈັດລໍາດັບການເຂົ້າລະຫັດທີ່ສອດຄ້ອງກັບບັນທຶກ mRNA ທີ່ໃຫ້ໄວ້ (ອາດຈະ
ຕ້ອງການການເຂົ້າເຖິງເຄືອຂ່າຍ).
-e X First-pass e-value (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1.0e-10). ຄ່າທີ່ສູງຂຶ້ນເພີ່ມຄວາມໄວໃນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ
ຂອງຄວາມອ່ອນໄຫວ.
-f X Second-pass e-value (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 0.001).
-g X Third-pass e-value (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 10).
-i ຊື່ເອກະສານ
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນທີ່ມີລໍາດັບ genomic ໃນຮູບແບບ ASN.1 ຫຼື FASTA. ຖ້າເຈົ້າ
ຄອມພິວເຕີກໍາລັງແລ່ນຢູ່ໃນເຄືອຂ່າຍທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງ GenBank, ທ່ານສາມາດທົດແທນໄດ້
ໝາຍເລກການເຂົ້າໃຊ້ທີ່ຕ້ອງການສຳລັບຊື່ໄຟລ໌.
-j ພິມການຈັດຮຽງ ASN.1 ບໍ?
-k ຊື່ເອກະສານ
ໄຟລ໌ສໍາລັບຜົນຜະລິດ ASN.1 ກັບ -k (default = spidey.asn).
-l N ຄວາມຍາວຂອງການຄຸ້ມຄອງການຕັດອອກ, ເປັນເປີເຊັນ.
-m ຊື່ເອກະສານ
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນທີ່ມີລໍາດັບ mRNA ໃນຮູບແບບ ASN.1 ຫຼື FASTA, ຫຼືບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ
ການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກຂອງເຂົາເຈົ້າ (ກັບ -G). ຖ້າຄອມພິວເຕີຂອງທ່ານກໍາລັງແລ່ນຢູ່ໃນເຄືອຂ່າຍທີ່ສາມາດ
ເຂົ້າເຖິງ GenBank, ທ່ານສາມາດທົດແທນການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກດຽວສໍາລັບຊື່ໄຟລ໌.
-n N ຈໍານວນຂອງຕົວແບບ gene ທີ່ຈະກັບຄືນມາຕໍ່ການປ້ອນຂໍ້ມູນ mRNA (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 1).
-o str ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = stdout; ເນື້ອຫາຄວບຄຸມໂດຍ -p).
-p N ຈັດຮຽງພິມບໍ?
0 ບົດສະຫຼຸບ ແລະການຈັດຮຽງເຂົ້າກັນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1 ພຽງແຕ່ສະຫຼຸບ
2 ພຽງແຕ່ສອດຄ່ອງ
3 ສະຫຼຸບແລະການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃນໄຟລ໌ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
-r c/d/m/p/v
ອົງການຈັດຕັ້ງຂອງລໍາດັບ genomic, ໃຊ້ເພື່ອກໍານົດ matrices splice.
c C. ຫລູຫລາ
d Drosophila
m Dictyostelium discoideum
p ພືດ
v ກະດູກສັນຫຼັງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
-s ປັບແຕ່ງການຈັດລຽງຂອງແຕ່ລະຊະນິດ.
-t ຊື່ເອກະສານ
ໄຟລ໌ທີ່ມີຕາຕະລາງຄຸນສົມບັດ, ໃນ 4 ຖັນທີ່ຂັ້ນດ້ວຍແຖບ:
seqid (ຕົວຢ່າງ, NM_04377.1)
ຊື່ (ພຽງແຕ່ repetitive_region ສະຫນັບສະຫນູນໃນປັດຈຸບັນ)
ການເລີ່ມຕົ້ນ (0-based)
ຢຸດ (0-based)
-u ເຮັດໃຫ້ການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນຂອງ mRNAs ຂາເຂົ້າທັງໝົດ (ເຊິ່ງຈະຕ້ອງທັບຊ້ອນກັນຢູ່ໃນ genomic
ລໍາດັບ).
-w ພິຈາລະນາຕົວພິມນ້ອຍໃນການປ້ອນລໍາດັບ FASTA ທີ່ຈະໃສ່ໜ້າກາກ.
ໃຊ້ spidey ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net