ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ t_coffee ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
t-coffee - ການຈັດລໍາດັບຫຼາຍລໍາດັບ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
t_ກາເຟ [ທາງເລືອກໃນການ]ເອກະສານ
t-ກາເຟ ຈັດລໍາດັບ DNA ຫຼືທາດໂປຼຕີນຫຼາຍ.
OPTIONS
ສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກແມ່ນລວມຢູ່ຂ້າງລຸ່ມນີ້. ສໍາລັບລາຍລະອຽດທີ່ສົມບູນ, ເບິ່ງ
ເອກະສານ.
-full_log S [0]
-run_name S [0]
-mem_mode S [0] mem
- ຂະຫຍາຍ D [1] 1
-extend_mode S [0] very_fast_triplet
-max_n_pair D [0] 10
-seq_name_for_quadruplet S [0] ທັງຫມົດ
- ກະທັດຮັດ S [0] Default
- ສະອາດ S [0] no
-do_self FL [0] 0
-do_normalise D [0] 1000
-template_file S [0]
-seq S [0]
-ໃນ S [0] Mlalign_id_pair Mslow_pair
-pdb S [0]
-out_lib W_F [0] no
-lib_only D [0] 0
- ນ້ໍາຫນັກເກີນ W_F [0] no
-seq_source S [0] ໃດ
-cosmetic_penalty D [0] -50
-gapopen D [0] 0
- gapext D [0] 0
-fgapopen D [0] 0
-fgapext D [0] 0
- ນາມ D [0] 0
- ຕົ້ນໄມ້ໃຫມ່ W_F [0] Default
- ການນຳໃຊ້ R_F [0]
-tree_mode S [0] ຊ້າ
- ຕົ້ນໄມ້ໄວ FL [0] 0
-outfile W_F [0] Default
- ສູງສຸດ FL [1] 1
- ຜົນຜະລິດ S [0] ກຸ່ມ
-infile R_F [0]
- ມາຕຣິກເບື້ອງ S [0] ດອກໄມ້ 62 ແມັດ
-tg_mode D [0] 1
-profile_mode S [0] cw_profile_profile
-profile_comparison S [0] full50
-dp_mode S [0] cfasta_pair_wise
-ktuple D [0] 1
-ndiag D [0] 0
-diag_threshold D [0] 0
-diag_mode D [0] 0
-sim_matrix S [0] vasiliky
-ປະເພດ S [0]
- ນອກ S [0] ສອດຄ່ອງ
- seqnos S [0] ໄປ
-ຕູ້ S [0] ຮັກສາ
-ຊີພີຢູ D [0] 0
- ສູງສຸດ D [0] 60
-maxlen D [0] -1
- ນໍ້າໜັກ S [0] Default
-seq_weight S [0] t_ກາເຟ
- ຈັດວາງ FL [1] 1
- ໂມກກາ FL [0] 0
- ໂດເມນ FL [0] 0
- ເລີ່ມຕົ້ນ D [0] 0
- ເລນ D [0] 0
- ຂະຫນາດ D [0] 0
-mocca_interactive FL [0] 0
-evaluate_mode S [0] t_coffee_fast
-get_type FL [0] 0
-clean_aln D [0] 0
-clean_threshold D [1] 1
- ການທໍາຄວາມສະອາດ D [1] 1
-clean_evaluate_mode S [0] t_coffee_fast
-ໂປຣໄຟລ S [0]
- profile1 S [0]
- profile2 S [0]
-extend_matrix FL [0] 0
-prot_min_sim D [40] 40
-prot_max_sim D [60] 60
-prot_min_cov D [0] 0
-pdb_min_sim D [30] 30
-pdb_max_sim D [100] 100
-pdb_min_cov D [50] 50
-pdb_blast_server W_F [0] SIB
-prot_blast_server W_F [0] SIB
-pdb_db W_F [0] nrl3d
-protein_db W_F [0] nr
-method_log W_F [0] no
-struc_to_use S [0]
- cache W_F [0] ການນໍາໃຊ້
-align_pdb_param_file W_F [0] no
-align_pdb_hasch_mode W_F [0] hasch_ca_trace_bubble
-msa_mode S [0] ເປັນໄມ້ຢືນຕົ້ນ
-lalign_n_top D [0] 10
- ຊ້ຳ D [0] 0
- ຕັດ D [0] 0
-ແຍກ D [0] 0
- trimfile S [0] Default
-ແຍກ D [0] 0
-split_nseq_thres D [0] 0
-split_score_thres D [0] 0
-check_pdb_status D [0] 0
-seq_to_keep S [0]
-dpa_master_aln S [0]
-dpa_maxnseq D [0] 10
-dpa_min_score1 D [0]
-dpa_min_score2 D [0]
-dpa_keep_tmpfile FL [0] 0
-dpa_debug D [0] 0
-multi_thread S [0]
-lib_list S [0]
ໃຊ້ t_coffee ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
