topred - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

topred - ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ topology transmembrane​.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

topred [ຕົວເລືອກ]seq ຂໍ້ມູນ> ...

OPTIONS

ທາງເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນອະນຸຍາດໃຫ້:

-c ມູນຄ່າ
ການນໍາໃຊ້ ມູນຄ່າ ເປັນມູນຄ່າການຕັດທີ່ແນ່ນອນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1.

-d h
ການນໍາໃຊ້ h ເປັນໄລຍະຫ່າງທີ່ສໍາຄັນລະຫວ່າງ 2 ພາກສ່ວນ transmembrane. ຖ້າ 2 ຄິດໄລ່
segments ຖືກແຍກອອກໂດຍໄລຍະຫ່າງທີ່ນ້ອຍກວ່າ h ອາຊິດ amino-ພຽງແຕ່ສ່ວນ
ດ້ວຍມູນຄ່າ hydrophobicity ທີ່ດີທີ່ສຸດແມ່ນຖືກພິຈາລະນາ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 2.

-e ປ່ຽນການຄິດໄລ່ cyt-ext ເປັນ Eucaryotes. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ Procaryotes.

-g ຮູບແບບ
ຜະລິດຫຼືສະແດງໂປຣໄຟລ໌ hydrophobic ໃນທີ່ລະບຸ ຮູບແບບ. ໃນປັດຈຸບັນສະຫນັບສະຫນູນ
ຄ່າ​ສໍາ​ລັບ​ຮູບ​ແບບ​ແມ່ນ​:

x11 : ສະແດງກາຟໃນໜ້າຈໍ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ).
ps : ຜະລິດໄຟລ໌ .ps.
png : ຜະລິດໄຟລ໌ .png.
ppm : ຜະລິດໄຟລ໌ .ppm.
none : ບໍ່ມີໂປຣໄຟລ໌ຖືກຜະລິດ.

ຄໍາເຕືອນ: ທາງເລືອກນີ້ແລະຄ່າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ ພຽງແຕ່ ສາມາດໃຊ້ໄດ້ຖ້າ topred ຖືກລວບລວມ
ດ້ວຍການສະຫນັບສະຫນູນ gnuplot.

-h ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ສະ​ແດງ​ຜົນ​.

-H ເອກະສານ
ໂຫຼດຂະໜາດ hydrophobicity ຈາກ ເອກະສານ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ GES-scale. ຄ່າທີ່ຍອມຮັບແມ່ນ
ທັງ:

KD-scale : (Kyte and Doolittle, J. Mol. Biol (1982) 157, 105-132 )
GES-scale : (Goldman Engelman Steitz Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1986 15/ 321.
53)
ຂະໜາດ GVH : (Gunnar von Heijne J. Mol. Biol. (1992) 225, 487-494)
ທັງໄຟລ໌ຂະໜາດ hydrophobicity ຂອງທ່ານເອງ. ໃນກໍລະນີນີ້ໄຟລ໌ຂະຫນາດ hydrophobicity
ຕ້ອງຕັ້ງຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີທີ່ເຮັດວຽກ.

ໃນຄໍາສັ່ງທີ່ຈະນໍາໃຊ້ໄຟລ໌ຂະຫນາດ hydrophobicity ຂອງທ່ານເອງ, ເບິ່ງຮູບແບບທີ່ສະຫນັບສະຫນູນ
ຂະຫນາດໄຟລ໌ໃນໄດເລກະທໍລີຂໍ້ມູນເທິງສຸດໃນລະບົບຂອງທ່ານ; ເບິ່ງ​ໃນ
/usr/share/topred/or /usr/local/share/topred/, ຫຼືຖາມຜູ້ເບິ່ງແຍງລະບົບຂອງທ່ານ.

-n ມູນຄ່າ
ການນໍາໃຊ້ ມູນຄ່າ ເປັນຄວາມຍາວຂອງປ່ອງຢ້ຽມຫຼັກ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 11.

-o ເອກະສານ
ເອົາຜົນຜະລິດເຂົ້າໄປໃນ ເອກະສານ, ແລະເກັບຮັກສາໄຟລ໌ອື່ນໆທັງຫມົດໃນໄດເລກະທໍລີດຽວກັນກ່ວາ ເອກະສານ.

-O ຮູບແບບ
ພິມຜົນຜະລິດໃນທີ່ກໍານົດໄວ້ ຮູບແບບ. ຄ່າທີ່ຮອງຮັບແມ່ນ: ອາຍຸ: ຜົນຜະລິດ topred ເກົ່າ
ຮູບແບບ, ໃຫມ່: ຮູບແບບຜົນຜະລິດສູງສຸດໃຫມ່ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), html: ຜະລິດຫນ້າ html
ຕໍ່ລໍາດັບ, ໃຫ້ສັງເກດວ່າຖ້າບໍ່ລະບຸ profile hydrophobic ແລະ topologies
ການເປັນຕົວແທນຖືກບັງຄັບໃນຮູບແບບ png.

-p ມູນຄ່າ
ການນໍາໃຊ້ ມູນຄ່າ ໃນ​ຖາ​ນະ​ເປັນ​ການ​ຕັດ putative​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​ແມ່ນ 0.6​.

-q ມູນຄ່າ
ການນໍາໃຊ້ ມູນຄ່າ ເປັນຄວາມຍາວຂອງປ່ອງຢ້ຽມ wedge, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 5.

-s ມູນຄ່າ
ການນໍາໃຊ້ ມູນຄ່າ ເປັນຄວາມຍາວຂອງ loop ທີ່ສໍາຄັນ. ຖ້າ loop ລະຫວ່າງ 2 ພາກສ່ວນ transmembrane ມີ a
ຄວາມ​ຍາວ​ຫຼາຍ​ກ​່​ວາ​ h ອັດຕາສ່ວນ Lys/Arg ບໍ່ໄດ້ຖືກພິຈາລະນາເພື່ອກໍານົດ
topologies. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 60.

-t ຮູບແບບ
ຜະລິດຮູບພາບຂອງ topologies ໃນທີ່ກໍານົດໄວ້ ຮູບແບບ. ໃນປັດຈຸບັນຄ່າທີ່ສະຫນັບສະຫນູນ
ສໍາ​ລັບ​ຮູບ​ແບບ​ແມ່ນ​: png: ຜະລິດຮູບພາບຂອງ topologies ໃນຮູບແບບ png, none: ບໍ່ມີຮູບພາບ
ການເປັນຕົວແທນຂອງ topologies ແມ່ນຜະລິດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ png.

ຄໍາເຕືອນ: ທາງເລືອກນີ້ແລະຄ່າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ ພຽງແຕ່ ສາມາດໃຊ້ໄດ້ຖ້າ topred ຖືກລວບລວມ
ດ້ວຍການສະຫນັບສະຫນູນ libgdb.

-v ສະແດງເລກເວີຊັ່ນ.

ຮູບແບບ

topred ພຽງແຕ່ຈັດການຮູບແບບລໍາດັບ fasta ເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນ.

topred ຈັດການ 2 ຮູບແບບຜົນຜະລິດຜ່ານ -O ທຸງ.

ລາຍລະອຽດ

topred ແມ່ນໂຄງການເພື່ອກໍານົດ topology ຂອງທາດໂປຼຕີນຈາກ transmembrane ໂດຍອີງໃສ່ G. von
ສູດການຄິດໄລ່ Heijne.

"ການຄາດຄະເນໂຄງສ້າງຂອງທາດໂປຼຕີນຈາກ Membrane. ການວິເຄາະ hydrophobicity ແລະທາງບວກພາຍໃນ
ກົດລະບຽບ." J. Mol. Biol. 1992 225,487-494.

ແຕ່ລະລໍາດັບຈາກ seq ຂໍ້ມູນ ໃນຮູບແບບ fasta ຖືກປຸງແຕ່ງ, ແລະ topred ສ້າງ
ໂປຣໄຟລ໌ hydrophobycity ຂອງລໍາດັບ, ແລະຄ່າ hydrophobycities ທີ່ສອດຄ້ອງກັນໃນ
ໄຟລ໌sequence-ID>.ໄຮໂດຣ.

ນອກຈາກນັ້ນ, topologies ທີ່ຄາດຄະເນແມ່ນເປັນຕົວແທນເປັນຮູບພາບ png. ແຕ່ລະ topology ແມ່ນ
ເກັບ​ໄວ້​ໃນ​ໄຟລ​໌​sequence-ID>-<ຈໍານວນ>png

ໂປຣໄຟລ໌ hydrophobicity ຖືກຄິດໄລ່ໂດຍໃຊ້ປ່ອງຢ້ຽມທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍປ່ອງຢ້ຽມສີ່ຫລ່ຽມຫຼັກ
ຂະໜາດ n, ຖັດດ້ວຍ 2 ປ່ອງຢ້ຽມສາມຫຼ່ຽມຂະໜາດ q. NB ຄ່າສະເລ່ຍສີ່ຫລ່ຽມແລະສາມຫຼ່ຽມ
ວ່າຄຸນຄ່າການໄຕ່ຕອງຢູ່ໃນປ່ອງຢ້ຽມເຫຼົ່ານັ້ນແມ່ນຄົງທີ່ຕາມລໍາດັບແລະຕົວແປ.

ໂປຣໄຟລ໌ hydrophobicity ຖືກຄິດໄລ່ໂດຍໃຊ້ປ່ອງຢ້ຽມຕໍ່ໄປນີ້

--> ນ <-
___________
/⎪⎪\
/ ⎪ ⎪ \
/__⎪_________⎪__\
--> q <- --> q <-
--> l = n + 2q <-

ດັ່ງນັ້ນ, ຫນຶ່ງສາມາດນໍາໃຊ້ປ່ອງຢ້ຽມສີ່ຫລ່ຽມໂດຍການຕັ້ງຄ່າ q ເປັນ 0.

topred ຜະລິດໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຕໍ່ໄປນີ້, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງ

foo.hydro
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄ່າ hydrophobic ສໍາລັບລໍາດັບ ຟູ.

foo.ps, foo.ppm, foo.png
ຮູບພາບທີ່ເປັນຕົວແທນຂອງໂປຣໄຟລ໌ hydrophobic ສໍາລັບລໍາດັບ ຟູ ໃນ postscript, ppm ຫຼື
ຮູບແບບ png ຂຶ້ນກັບຄ່າທາງເລືອກ -g ທີ່ລະບຸໄວ້ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ, ຕາມລໍາດັບ -g
ps, -g ppm ຫຼື -g png.

foo-1.png ... foo-n.png
ຮູບພາບທີ່ເປັນຕົວແທນຂອງກາຟິກຂອງ topology ທີ່ຄາດຄະເນ 1... n ສໍາ​ລັບ
ລໍາດັບ ຟູ ໃນຮູບແບບ png ຖ້າຕົວເລືອກ -t png ຖືກມອບໃຫ້ຢູ່ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ.

ENVIRONMENT

TOPPREDATA ສາມາດໃຊ້ເພື່ອລະບຸໂຟນເດີຂໍ້ມູນເທິງສຸດສຳຮອງ

ຕົວຢ່າງ

ພິຈາລະນາລໍາດັບການຈັດຮູບແບບ fasta ຟູ ໃນໄຟລ໌ ພາທະນາຍຄວາມ.

topred ພາທະນາຍຄວາມ
ປະມວນຜົນລໍາດັບທັງຫມົດໃນຮູບແບບ fasta ຈາກ ພາທະນາຍຄວາມ, ສະແດງສໍາລັບແຕ່ລະລໍາດັບໄດ້
profile hydrophobicity, ຜະລິດທີ່ສອດຄ້ອງກັນ foo.hydro ແລະທີ່ສອດຄ້ອງກັນ
ຟູ-<#>png ການສະແດງ topologies ກຣາຟິກເປັນຮູບພາບ png.

topred -g ps ພາທະນາຍຄວາມ
ຄືກັນກັບທີ່ຜ່ານມາ, ຍົກເວັ້ນວ່າແທນທີ່ຈະສະແດງໂປຣໄຟລ໌ hydrophobicity ສຸດ
ຫນ້າຈໍ, ອັນນີ້ແມ່ນຜະລິດໃນຮູບແບບ postscript ຮູບພາບ foo.ps

topred -g ບໍ່ມີ ພາທະນາຍຄວາມ
ດຽວກັນກັບທີ່ຜ່ານມາ, ຍົກເວັ້ນວ່າໂປຣໄຟລ໌ hydrophobicity ບໍ່ໄດ້ສະແດງທັງສອງ
ຜະລິດ.

topred -g none -t none ພາທະນາຍຄວາມ
ດຽວກັນກັບທີ່ຜ່ານມາ, ຍົກເວັ້ນວ່າບໍ່ມີໂປຣໄຟລ໌ hydrophobicity ແລະກາຟິກ
ການເປັນຕົວແທນຂອງ topologies ບໍ່ໄດ້ຖືກຜະລິດ

topred -H KD-scale ພາທະນາຍຄວາມ
ໃຊ້ຂະໜາດ KD ແທນຂະໜາດ GES ເລີ່ມຕົ້ນ, ໃນຂະນະທີ່ກຳລັງປະມວນຜົນລຳດັບ.

topred -O html -g png -t none -o ຜົນໄດ້ຮັບ ພາທະນາຍຄວາມ
ຂຽນ html outpout ໃນໄຟລ໌ ຜົນ, ນອກຈາກນັ້ນ, ໂປຣໄຟລ໌ hydrophobicity ແມ່ນຜະລິດ
ໃນຮູບແບບ PNG ແລະ topologies ຮູບພາບບໍ່ໄດ້ຜະລິດ.

cat ພາທະນາຍຄວາມ ⎪ topred -
topred ສາມາດອ່ານຂໍ້ມູນຈາກ stdin ໄດ້.

AUTHORS

Eric Deveaud[email protected]>, ສະຖາບັນ Pasteur ແລະ Katja Schueer.

ໃຊ້ topred ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net