ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ BIRAP ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ Sample_Files.zip. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີບ່ອນເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ BIRAP ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
ໜ້າ ຈໍ
Ad
BIRAP
ລາຍລະອຽດ
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline) ເປັນແຫຼ່ງເປີດ, ງ່າຍຕໍ່ການນໍາໃຊ້ທໍ່ Perl ທີ່ສາມາດໃຊ້ເພື່ອອະທິບາຍກ່ຽວກັບເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຄືນໃຫມ່ໂດຍໃຊ້ຂໍ້ມູນການທົດລອງ. ເຄື່ອງມືດັ່ງກ່າວລວມເອົາໂປຣໄຟລ໌ການສະແດງອອກທີ່ມາຈາກ RNA-seq ແລະ/ຫຼື proteogenomics, ປຽບທຽບມັນກັບທີ່ມີຢູ່ໃນຄໍາບັນຍາຍ silico ແລະຊ່ວຍກວດສອບຄໍາບັນຍາຍ, ກໍານົດເຂດການເຂົ້າລະຫັດໂປຣຕີນໃຫມ່, putative ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດ RNA ເຊັ່ນດຽວກັນກັບຊ່ວຍແກ້ໄຂຄວາມຜິດພາດໃນຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີຢູ່. . ທໍ່ນັ້ນຕ້ອງການຜົນຜະລິດ "pileup" ຈາກ SAMtools ສໍາລັບຂໍ້ມູນ RNA-seq ແລະໄຟລ໌ peptide/ePST locus (GFF) ຈາກເຄື່ອງມື Proteogenomic Mapping ສໍາລັບຂໍ້ມູນ prote-ogenomics ພ້ອມກັບ genome ແລະທີ່ມີຢູ່ໃນຄໍາບັນຍາຍ silico. ເມື່ອຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບສະຖານທີ່ຂອງ promot-ers ແລະ terminators ໃນ genome (ໃນຮູບແບບ .coords) ແມ່ນ pro-vided, pipeline ຍັງຈະຊ່ວຍກໍານົດ RNA ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດ.
ຄຸນລັກສະນະ
- ການວິເຄາະພາກພື້ນ intergenic ຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ
- ການອະທິບາຍຄືນໃຫມ່ຂອງເຊື້ອແບັກທີເລຍ
- ການກວດຫາ RNA ຂະໜາດນ້ອຍ (sRNA).
- RNA-seq
- Proteogenomics
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ
ໃນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້
Console/Terminal, ແຖວຄໍາສັ່ງ
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
Perl
ປະເພດ
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/birap/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ດ້ວຍວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
