เบžเบฒเบชเบฒเบญเบฑเบ‡เบเบดเบ”เบžเบฒเบชเบฒเบเบฃเบฑเปˆเบ‡เปเบญเบชเบ›เบฒเป‚เบเบ™

OnWorks favicon

เบ”เบฒเบงเป‚เบซเบผเบ” FishingCNV เบชเปเบฒเบฅเบฑเบš Linux

เบ”เบฒเบงเป‚เบซเบผเบ”เปเบญเบฑเบš FishingCNV Linux เบŸเบฃเบตเป€เบžเบทเปˆเบญเปเบฅเปˆเบ™เบญเบญเบ™เป„เบฅเบ™เปŒเปƒเบ™ Ubuntu เบญเบญเบ™เป„เบฅเบ™เปŒ, Fedora เบญเบญเบ™เป„เบฅเบ™เปŒ เบซเบผเบท Debian เบญเบญเบ™เป„เบฅเบ™เปŒ

เบ™เบตเป‰เปเบกเปˆเบ™เปเบญเบฑเบš Linux เบ—เบตเปˆเบกเบตเบŠเบทเปˆเบงเปˆเบฒ FishingCNV เป€เบŠเบดเปˆเบ‡เบฅเบธเป‰เบ™เบซเบผเป‰เบฒเบชเบธเบ”เบชเบฒเบกเบฒเบ”เบ”เบฒเบงเป‚เบซเบผเบ”เป„เบ”เป‰เปƒเบ™เบ™เบฒเบก FishingCNV_1.5.3.zip. เบกเบฑเบ™เบชเบฒเบกเบฒเบ”เบ”เปเบฒเป€เบ™เบตเบ™เบเบฒเบ™เบญเบญเบ™เป„เบฅเบ™เปŒเบขเบนเปˆเปƒเบ™เบœเบนเป‰เปƒเบซเป‰เบšเปเบฅเบดเบเบฒเบ™เป‚เบฎเบ”เบ•เบดเป‰เบ‡เบŸเบฃเบต OnWorks เบชเปเบฒเบฅเบฑเบšเบชเบฐเบ–เบฒเบ™เบตเป€เบฎเบฑเบ”เบงเบฝเบ.

เบ”เบฒเบงเป‚เบซเบฅเบ”เปเบฅเบฐเปเบฅเปˆเบ™ online เปเบญเบฑเบš online เบ™เบตเป‰เบ—เบตเปˆเบกเบตเบŠเบทเปˆเบงเปˆเบฒ Tearcnv เบเบฑเบš OnWorks เป‚เบ”เบเบšเปเปˆเป€เบชเบเบ„เปˆเบฒ.

เบ›เบฐเบ•เบดเบšเบฑเบ”เบ•เบฒเบกเบ„เปเบฒเปเบ™เบฐเบ™เปเบฒเป€เบซเบผเบปเปˆเบฒเบ™เบตเป‰เป€เบžเบทเปˆเบญเบ”เปเบฒเป€เบ™เบตเบ™เบเบฒเบ™ app เบ™เบตเป‰:

- 1. เบ”เบฒเบงโ€‹เป‚เบซเบผเบ”โ€‹เบ„เปเบฒโ€‹เบฎเป‰เบญเบ‡โ€‹เบชเบฐโ€‹เบซเบกเบฑเบโ€‹เบ™เบตเป‰โ€‹เปƒเบ™ PC เบ‚เบญเบ‡โ€‹เบ—เปˆเบฒเบ™โ€‹.

- 2. เปƒเบชเปˆเปƒเบ™เบ•เบปเบงเบˆเบฑเบ”เบเบฒเบ™เป„เบŸเบฅเปŒเบ‚เบญเบ‡เบžเบงเบเป€เบฎเบปเบฒ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX เบ”เป‰เบงเบเบŠเบทเปˆเบœเบนเป‰เปƒเบŠเป‰เบ—เบตเปˆเบ—เปˆเบฒเบ™เบ•เป‰เบญเบ‡เบเบฒเบ™.

- 3. เบญเบฑเบšเป‚เบซเบฅเบ”เปเบญเบฑเบšเบžเบฅเบดเป€เบ„เบŠเบฑเบ™เบ™เบตเป‰เบขเบนเปˆเปƒเบ™เบ•เบปเบงเบˆเบฑเบ”เบเบฒเบ™เป„เบŸเบฅเปŒเบ”เบฑเปˆเบ‡เบเปˆเบฒเบง.

- 4. เป€เบฅเบตเปˆเบก OnWorks Linux เบญเบญเบ™เบฅเบฒเบ เบซเบผเบท Windows online emulator เบซเบผเบท MACOS online emulator เบˆเบฒเบเป€เบงเบฑเบšเป„เบŠเบ—เปŒเบ™เบตเป‰.

- 5. เบˆเบฒเบ OnWorks Linux OS เบ—เบตเปˆเป€เบˆเบปเป‰เบฒเบซเบฒเบเปเปˆเป€เบฅเบตเปˆเบกเบ•เบปเป‰เบ™, เป„เบ›เบ—เบตเปˆเบ•เบปเบงเบˆเบฑเบ”เบเบฒเบ™เป„เบŸเบฅเปŒเบ‚เบญเบ‡เบžเบงเบเป€เบฎเบปเบฒ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX เบ”เป‰เบงเบเบŠเบทเปˆเบœเบนเป‰เปƒเบŠเป‰เบ—เบตเปˆเบ—เปˆเบฒเบ™เบ•เป‰เบญเบ‡เบเบฒเบ™.

- 6. เบ”เบฒเบงเบ™เปŒเป‚เบซเบฅเบ”เบ„เปเบฒเบฎเป‰เบญเบ‡เบชเบฐเบซเบกเบฑเบ, เบ•เบดเบ”เบ•เบฑเป‰เบ‡เบกเบฑเบ™เปเบฅเบฐเบ”เปเบฒเป€เบ™เบตเบ™เบเบฒเบ™.

เปœเป‰เบฒ เบˆเป

Ad


เบเบฒเบ™เบซเบฒเบ›เบฒCNV


เบฅเบฒเบเบฅเบฐเบญเบฝเบ”

FishingCNV, เป€เบ„เบทเปˆเบญเบ‡เบกเบทเบŠเบญเบšเปเบงเบ—เบตเปˆเบžเบฑเบ”เบ—เบฐเบ™เบฒเบขเบนเปˆเบกเบฐเบซเบฒเบงเบดเบ—เบฐเบเบฒเป„เบฅ McGill, เปเบกเปˆเบ™เป€เบ„เบทเปˆเบญเบ‡เบกเบทเบชเปเบฒเบฅเบฑเบšเบเบฒเบ™เบงเบดเป€เบ„เบฒเบฐเบ—เบตเปˆเบชเบปเบกเบšเบนเบ™เปเบšเบšเบ‚เบญเบ‡เบเบฒเบ™เบ›เปˆเบฝเบ™เปเบ›เบ‡เบ•เบปเบงเป€เบฅเบเบ—เบตเปˆเบซเบฒเบเบฒเบเปƒเบ™เบ‚เปเป‰เบกเบนเบ™เบฅเปเบฒเบ”เบฑเบš exome เบ—เบตเปˆเบกเบตเบ„เบงเบฒเบกเป„เบงเบชเบนเบ‡. เบงเบฑเบ”เบชเบฐเบ”เบธเบ›เป‰เบญเบ™เปเบกเปˆเบ™เป„เบŸเบฅเปŒเบเบฒเบ™เบ„เบธเป‰เบกเบ„เบญเบ‡เบกเบฒเบ”เบ•เบฐเบ–เบฒเบ™เบ—เบตเปˆเบœเบฐเบฅเบดเบ”เป‚เบ”เบ Genome Analysis ToolKit (GATK), เปเบฅเบฐเบœเบปเบ™เบœเบฐเบฅเบดเบ”เปเบกเปˆเบ™เป„เบŸเบฅเปŒเบ—เบตเปˆเบกเบต CNVs putative.

เป‚เบ„เบ‡โ€‹เบเบฒเบ™โ€‹เบ”เบฑเปˆเบ‡โ€‹เบเปˆเบฒเบงโ€‹เบกเบฒโ€‹เปƒเบ™ 2 เบเบฒเบ™โ€‹เบ›เปˆเบญเบโ€‹เบ—เบตเปˆโ€‹เปเบ•เบโ€‹เบ•เปˆเบฒเบ‡โ€‹เบเบฑเบ™โ€‹
* เบฅเบธเป‰เบ™ GUI (FishingCNV_X.XXzip)
* เบชเบฐเบšเบฑเบšเปเบ–เบงเบ„เปเบฒเบชเบฑเปˆเบ‡ (FishingCNV_X.X_pipeline)

เบ„เบปเป‰เบ™เบซเบฒเบœเปˆเบฒเบ™เป„เบŸเบฅเปŒเบ‚เบญเบ‡เบžเบงเบเป€เบฎเบปเบฒเป€เบžเบทเปˆเบญเบŠเบญเบเบซเบฒเบเบฒเบ™เบ›เปˆเบญเบเบ—เบตเปˆเปเบ•เบเบ•เปˆเบฒเบ‡เบเบฑเบ™.



เบ„เบธเบ™โ€‹เบฅเบฑเบโ€‹เบชเบฐโ€‹เบ™เบฐ

  • เบเบฒเบ™เป‚เบ•เป‰เบ•เบญเบšเบœเบนเป‰เปƒเบŠเป‰เปเบšเบšเบเบฒเบŸเบดเบ
  • เบเบฒเบ™เบงเบดเป€เบ„เบฒเบฐ CNV เบชเปเบฒเบฅเบฑเบšเบเบฒเบ™เบ—เบปเบ”เบชเบญเบš / เบเบฒเบ™เบ„เบงเบšเบ„เบธเบกเบ—เบตเปˆเบเบปเบ‡เบเบฑเบ™ (เป€เบŠเบฑเปˆเบ™: เบกเบฐเป€เบฎเบฑเบ‡ / tumor)
  • เบเบฒเบ™เบงเบดเป€เบ„เบฒเบฐ CNV เบชเปเบฒเบฅเบฑเบšเบ•เบปเบงเบขเปˆเบฒเบ‡เบ—เบตเปˆเบšเปเปˆเบเบปเบ‡เบเบฑเบ™
  • batch-effect เบเบฒเบ™เป‚เบเบเบเป‰เบฒเบเบžเบฒเบเปƒเบ™เบŠเบธเบ”เบ„เบงเบšเบ„เบธเบก
  • เบœเบปเบ™โ€‹เบœเบฐโ€‹เบฅเบดเบ”โ€‹เบ—เบตเปˆโ€‹เบ‚เบฑเป‰เบ™โ€‹เปเบ–เบšโ€‹เบชเบฒโ€‹เบกเบฒเบ”โ€‹เป€เบšเบดเปˆเบ‡โ€‹เป„เบ”เป‰โ€‹เปƒเบ™ Excelโ€‹
  • เป„เบŸเบฅเปŒเบœเบปเบ™เบœเบฐเบฅเบดเบ”เป€เบžเบตเปˆเบกเป€เบ•เบตเบกเบชเบฒเบกเบฒเบ”เป€เบšเบดเปˆเบ‡เป€เบซเบฑเบ™เป„เบ”เป‰เปƒเบ™ IGV
  • เปเบœเปˆเบ™เบเบฒเบ™เปเบœเปˆเบเบฐเบˆเบฒเบ เปเบฅเบฐ เบ‚เบญเบšเป€เบ‚เบ”เบ™เบญเบเบ‚เบญเบ‡เปเบ•เปˆเบฅเบฐเป‚เบ„เป‚เบกเป‚เบŠเบก


Audience

เบงเบดเบ—เบฐเบเบฒเบชเบฒเบ”/เบเบฒเบ™เบ„เบปเป‰เบ™เบ„เบงเป‰เบฒ, เบเบฒเบ™เบชเบถเบเบชเบฒ


เปƒเบ™เบเบฒเบ™เป‚เบ•เป‰เบ•เบญเบšเบœเบนเป‰เปƒเบŠเป‰

Java Swing


เบžเบฒเบชเบฒเบเบฒเบ™เบ‚เบฝเบ™เป‚เบ›เบฃเปเบเบฃเบก

Java, S/R


เบ›เบฐเป€เบžเบ”

เบŠเบตเบงเบฐเบ‚เปเป‰เบกเบนเบ™เบ‚เปˆเบฒเบงเบชเบฒเบ™

เบ™เบตเป‰เปเบกเปˆเบ™เปเบญเบฑเบšเบžเบฅเบดเป€เบ„เบŠเบฑเบ™เบ—เบตเปˆเบเบฑเบ‡เบชเบฒเบกเบฒเบ”เป€เบญเบปเบฒเบกเบฒเบˆเบฒเบ https://sourceforge.net/projects/fishingcnv/. เบกเบฑเบ™เป„เบ”เป‰เบ–เบทเบเบˆเบฑเบ”เบขเบนเปˆเปƒเบ™ OnWorks เป€เบžเบทเปˆเบญเปƒเบซเป‰เบ”เปเบฒเป€เบ™เบตเบ™เบเบฒเบ™เบญเบญเบ™เป„เบฅเบ™เปŒเปƒเบ™เบงเบดเบ—เบตเบ—เบตเปˆเบ‡เปˆเบฒเบเบ—เบตเปˆเบชเบธเบ”เบˆเบฒเบเบซเบ™เบถเปˆเบ‡เปƒเบ™เบฅเบฐเบšเบปเบšเบ›เบฐเบ•เบดเบšเบฑเบ”เบ‡เบฒเบ™เบŸเบฃเบตเบ‚เบญเบ‡เบžเบงเบเป€เบฎเบปเบฒ.


เป€เบŠเบตเบšเป€เบงเบต เปเบฅเบฐเบชเบฐเบ–เบฒเบ™เบตเป€เบฎเบฑเบ”เบงเบฝเบเบŸเบฃเบต

เบ”เบฒเบงเป‚เบซเบผเบ”เปเบญเบฑเบš Windows เปเบฅเบฐ Linux

Linux เบ„เบณ เบชเบฑเปˆเบ‡

Ad