ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ SOAP3-DP ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌ ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີສໍາລັບບ່ອນເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ SOAP3-DP ເພື່ອດໍາເນີນການໃນ Linux ອອນໄລນ໌ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
ໜ້າ ຈໍ
Ad
SOAP3-DP ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌
ລາຍລະອຽດ
ລະຫັດຫຼ້າສຸດໃນ GitHub:https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp, ໂດຍຜ່ານການໃຊ້ພະລັງງານການຄິດໄລ່ຂອງທັງ CPU ແລະ GPU ດ້ວຍສູດການຄິດໄລ່ທີ່ດີທີ່ສຸດ, ໃຫ້ຄວາມໄວສູງ ແລະຄວາມລະອຽດອ່ອນໄປພ້ອມໆກັນ. ເມື່ອປຽບທຽບກັບຕົວຈັດຮຽງທີ່ຮັບຮອງເອົາຢ່າງກວ້າງຂວາງລວມທັງ BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM ແລະຕົວຈັດວາງ GPU ທີ່ອີງໃສ່ BarraCUDA ແລະ CUSHAW, SOAP3-dp ພົບວ່າໄວກວ່າສອງຫາສິບເທົ່າ, ໃນຂະນະທີ່ຮັກສາຄວາມອ່ອນໄຫວສູງສຸດແລະອັດຕາການຄົ້ນພົບທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງຕ່ໍາສຸດ (FDR ) ໃນ Illumina ອ່ານດ້ວຍຄວາມຍາວທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. SOAP3-dp ໂດຍພື້ນຖານແລ້ວສະຫນັບສະຫນູນຮູບແບບໄຟລ໌ BAM ແລະສະຫນອງລະບົບການໃຫ້ຄະແນນດຽວກັນກັບ BWA, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ມັນສາມາດປະສົມປະສານເຂົ້າໃນທໍ່ການວິເຄາະທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ.
Citation: Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X, et al. (2013) SOAP3-dp: ໄວ, ຖືກຕ້ອງ ແລະລະອຽດອ່ອນ GPU-Based Short Read Aligner. PLoS ONE 8(5): e65632. doi:10.1371/journal.pone.0065632
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ
ໃນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້
Console/Terminal
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
C++, C
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/soap3dp/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
