เบเบตเปเปเบกเปเบเปเบญเบฑเบ Windows เบเบตเปเบกเบตเบเบทเปเบงเปเบฒ BBMap เปเบเบดเปเบเบฅเบธเปเบเบซเบผเปเบฒเบชเบธเบเบชเบฒเบกเบฒเบเบเบฒเบงเปเบซเบผเบเปเบเปเปเบเบเบฒเบก BBMap_39.03.tar.gz. เบกเบฑเบเบชเบฒเบกเบฒเบเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเบญเบญเบเปเบฅเบเปเบขเบนเปเปเบ OnWorks เบเบนเปเปเบซเปเบเปเบฅเบดเบเบฒเบเปเบฎเบเบเบดเปเบเบเบฃเบตเบชเปเบฒเบฅเบฑเบเบเปเบญเบเปเบฎเบฑเบเบงเบฝเบ.
เบเบฒเบงโเบโเปโเปเบซเบฅเบโเปเบฅเบฐโเบเปเบฒโเปเบเบตเบโเบเบฒเบโเบญเบญเบโเปเบฅโเบโเป app เบเบตเปโเบกเบตโเบเบทเป BBMap เบเบฑเบ OnWorks เปเบเปโเบเบฃเบตโ.
เบเบฐเบเบดเบเบฑเบเบเบฒเบกเบเปเบฒเปเบเบฐเบเปเบฒเปเบซเบผเบปเปเบฒเบเบตเปเปเบเบทเปเบญเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบ app เบเบตเป:
- 1. เบเบฒเบงโเปเบซเบผเบโเบเปเบฒโเบฎเปเบญเบโเบชเบฐโเบซเบกเบฑเบโเบเบตเปโเปเบ PC เบเบญเบโเบเปเบฒเบโ.
- 2. เปเบชเปเปเบเบเบปเบงเบเบฑเบเบเบฒเบเปเบเบฅเปเบเบญเบเบเบงเบเปเบฎเบปเบฒ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX เบเปเบงเบเบเบทเปเบเบนเปเปเบเปเบเบตเปเบเปเบฒเบเบเปเบญเบเบเบฒเบ.
- 3. เบญเบฑเบเปเบซเบฅเบเปเบญเบฑเบเบเบฅเบดเปเบเบเบฑเบเบเบตเปเบขเบนเปเปเบเบเบปเบงเบเบฑเบเบเบฒเบเปเบเบฅเปเบเบฑเปเบเบเปเบฒเบง.
- 4. เปเบฅเบตเปเบก emulator เบญเบญเบ เปเบฅ เบ เป OS OnWorks เบเบฒเบ เปเบงเบฑเบ เปเบ เบ เป เบเบตเป, เปเบเป เบเบตเบ เบงเปเบฒ Windows เบญเบญเบ เปเบฅ เบ เป emulator.
- 5. เบเบฒเบ OnWorks Windows OS เบเบตเปเปเบเบปเปเบฒเบซเบฒเบเปเปเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบ, เปเบเบเบตเปเบเบปเบงเบเบฑเบเบเบฒเบเปเบเบฅเปเบเบญเบเบเบงเบเปเบฎเบปเบฒ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX เบเปเบงเบเบเบทเปเบเบนเปเปเบเปเบเบตเปเบเปเบฒเบเบเปเบญเบเบเบฒเบ.
- 6. เบเบฒเบงเบเปเปเบซเบฅเบเบเปเบฒเบฎเปเบญเบเบชเบฐเบซเบกเบฑเบเปเบฅเบฐเบเบดเบเบเบฑเปเบเบกเบฑเบ.
- 7. เบเบฒเบงเปเบซเบฅเบ Wine เบเบฒเบเบเปเบญเบเปเบเบฑเบเบกเปเบฝเบเบเบญเบเปเบงเบเบฒเบเปเบเบเบขเบฒเบ Linux เบเบญเบเบเปเบฒเบ. เปเบกเบทเปเบญโเบเบดเบโเบเบฑเปเบโเปเบฅเปเบงโ, เบเปเบฒเบโเบชเบฒโเบกเบฒเบโเบเบฅเบดเบโเบชเบญเบโเบเบฑเปเบ app เปเบเบทเปเบญโเบเปเบฒโเปเบเบตเบโเบเบฒเบโเปเบซเปโเปเบเบปเบฒโเปเบเบปเปเบฒโเบเบฑเบ Wineโ. เบเบญเบเบเบฑเปเบเบเปเบฒเบเบเบฑเบเบชเบฒเบกเบฒเบเบฅเบญเบ PlayOnLinux, เบเบฒเบเปเบเปเบเบญเบเบเบตเปเปเบเบเบเบฐเบซเบผเบฒเบเปเบเปเบฅเบเบฐ Wine เบเบตเปเบเบฐเบเปเบงเบเปเบซเปเบเปเบฒเบเบเบดเบเบเบฑเปเบเปเบเบฅเปเบเบฅเบก Windows เปเบฅเบฐเปเบเบกเบเบตเปเบเบดเบเบปเบก.
เปเบซเบผเบปเปเบฒเปเบงเบเปเบเบฑเบเบงเบดเบเบตเบเบฒเบเปเบฅเปเบเบเบญเบเปเบง Windows เปเบ Linux, เปเบเปเบเปเปเบกเบต Windows เบเบตเปเบเปเบญเบเบเบฒเบ. เปเบซเบผเบปเปเบฒเปเบงเบเปเบกเปเบเบเบฑเปเบเบเบงเบฒเบกเปเบเบปเปเบฒเบเบฑเบเปเบเปเบเบญเบ Windows เปเบซเบผเปเบเปเบเบตเบเบเบตเปเบชเบฒเบกเบฒเบเปเบญเบตเปเบเปเบเปเปเบเบเบเบฒเบ Windows เปเบเบเบเบปเบเปเบ desktop Linux เปเบเบเปเปเบเป. เปเบเบเบเบทเปเบเบเบฒเบเปเบฅเปเบง, Wine เบเปเบฒเบฅเบฑเบเบเบฐเบเบฒเบเบฒเบกเบเบฐเบเบดเบเบฑเบเปเบซเบกเปเบขเปเบฒเบเบเบฝเบเบเปเบเบญเบ Windows เบเบฑเปเบเปเบเปเปเบฅเบตเปเบกเบเบปเปเบเปเบเบทเปเบญเปเบซเปเบกเบฑเบเบชเบฒเบกเบฒเบเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเบเปเบฒเบฎเปเบญเบเบชเบฐเบซเบกเบฑเบ Windows เบเบฑเบเบซเบกเบปเบเปเบเปเปเบเบเบเปเปเบเปเบญเบเปเบเป Windows.
เปเปเบฒ เบเป
Ad
BBMap
เบฅเบฒเบเบฅเบฐเบญเบฝเบ
เบเบธเบเบเบตเปเบเบฐเบเบญเบเบกเบต BBMap, เปเบเบทเปเบญเบเบกเบทเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบชเบฑเปเบเป, เปเบเบฑเปเบเบเบฝเบงเบเบฑเบเบเบฑเบเปเบเบทเปเบญเบเบกเบทเบเบตเบงเบฐเบงเบดเบเบฐเบเบฒเบญเบทเปเบเป. เบกเบฑเบเปเบเปเบเบทเบเบเบฝเบเปเบงเปเปเบ Java เบเปเบฅเบดเบชเบธเบ, เบชเบฒเบกเบฒเบเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเปเบเปเบงเบเบตเปเบเบเปเปเบเบฒเบก, เปเบฅเบฐเบเปเปเบกเบตเบเบฒเบเปเบเบดเปเบเบเบฒเบญเบฒเปเบชเบญเบทเปเบเบเบญเบเปเบซเบเบทเบญเบเบฒเบ Java เบเบตเปเบเบทเบเบเบดเบเบเบฑเปเบ (เบฅเบงเบเบฅเบงเบกเบชเปเบฒเบฅเบฑเบ Java 6 เปเบฅเบฐเบชเบนเบเบเบงเปเบฒ). เปเบเบทเปเบญเบเบกเบทเบเบฑเบเบซเบกเบปเบเปเบกเปเบเบกเบตเบเบฐเบชเบดเบเบเบดเบเบฒเบเปเบฅเบฐ multithreaded.
BBMap: เบเบปเบงเบญเปเบฒเบเบชเบฑเปเบเบชเบณเบฅเบฑเบเบเปเปเบกเบนเบ DNA เปเบฅเบฐ RNA-seq. เบกเบตเบเบงเบฒเบกเบชเบฒเบกเบฒเบเบเบฑเบเบเบฒเบเบเบฑเบ genomes เบเบฐเบซเบเบฒเบเปเบซเบเป arbitrariarily เบเบตเปเบกเบตเบซเบผเบฒเบเบฅเปเบฒเบ scaffolds. เบเบฑเบเบเบฒเบ Illumina, PacBio, 454, เปเบฅเบฐเบญเปเบฒเบเบญเบทเปเบเป; เบเบงเบฒเบกเบญเปเบญเบเปเบซเบงเบชเบนเบเบซเบผเบฒเบเปเบฅเบฐเบเบปเบเบเบฒเบเบเปเปเบเบงเบฒเบกเบเบดเบเบเบฒเบเปเบฅเบฐ indels เบเบฐเบซเบเบฒเบเปเบซเบเปเบเปเบฒเบเบงเบเบซเบฅเบฒเบ. เปเบงเบซเบผเบฒเบ.
BBNorm: เปเบเบทเปเบญเบเบกเบทเปเบเปเปเบเบเปเปเบเบดเบเบเบฒเบเบเบตเปเบญเบตเบเปเบชเป Kmer เปเบฅเบฐเบเบปเบเบเบฐเบเบด.
Dedupe: เปเบฎเบฑเบเปเบซเปเบเบฒเบเบเบฐเบเบญเบเบเบฒเบเบเปเบฒเบเบเบถเปเบเปเบเบเบเบฒเบเบฅเบถเบเบชเบดเปเบเบเบตเปเบเปเปเบฒเบเบฑเบ เบซเบผเบทเบกเบตเบญเบฑเบเบเปเปเบกเบฒเบเบตเปเปเบเปเบเบเบฑเบเบเบปเบงเบเบปเบเปเบเบตเปเบเบฑเบเปเบเบปเปเบฒเปเบฒเบ.
Reformat: Reformats เบญเปเบฒเบเบฅเบฐเบซเบงเปเบฒเบ fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, interleaved/paired, เปเบฅเบฐ ASCII-33/64, เบขเบนเปเบซเบผเบฒเบเบเบงเปเบฒ 500 MB/s.
BBDuk: เบเบฒเบเบเบฑเปเบเบเบญเบ, trims, เบซเบผเบทเบซเบเปเบฒเบเบฒเบเบญเปเบฒเบเบเบฑเบ kmer เบเบปเบเบเบฑเบเปเบเบฅเปเบเบญเบก/เบชเบดเปเบเบเบปเบเปเบเบทเปเบญเบ.
... เปเบฅเบฐเบญเบทเปเบเป!
เบเบธเบโเบฅเบฑเบโเบชเบฐโเบเบฐ
- Java เบเปเบฅเบดเบชเบธเบ, เปเบฎเบฑเบเบงเบฝเบเบขเบนเปเปเบเปเบงเบเบตเปเบเบเปเปเบเบฒเบก; เบฅเบงเบเบฅเบงเบกเปเบฅเปเบง, เบเบฝเบเปเบเป unzip เปเบฅเบฐเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบ.
- เปเบง, เบเบฐเบชเบดเบเบเบดเบเบฒเบ, เปเบฅเบฐ multithreaded.
- เบเปเปโเบกเบนเบโเบเบฒเบโเบเปเบฒโเปเบเปโเบชเบฐโเปเบเบโเปเบซเปโเปเบซเบฑเบโเปเบโเปเบงโเบฅเบฒโเบเบตเปโเปเบฅเปเบ shellscript เบเบตเปโเบเปเปโเบกเบตโเบเบปเบงโเบเปเบฒโเบเบปเบโเบเบฒเบโ.
- เบเบงเบฒเบกเบญเปเบญเบเปเบซเบงเบชเบนเบเบชเบธเบเบเบญเบเบเบปเบงเบเบฑเบเบฎเบฝเบเบเบตเปเบญเปเบฒเบเบชเบฑเปเบ.
- เบเปเบฒเบเบเบตเปเบเบฐเบเบดเบเบเบฑเปเบ - เบเบฝเบเปเบเป unzip / untar.
- เบเปเบฒเบโเบเบตเปโเบเบฐโเบเปเบฒโเปเบเป. เบเบปเบงเบขเปเบฒเบ: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- เบเบฑเบเบเบฒเบเบเบธเบเบฎเบนเบเปเบเบเบเบปเปเบงเปเบ: fasta, fastq, sam, scarf, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- เปเบเปเปเบเบเบชเบฐเบเบฒเบเบฑเบ Genome เบฎเปเบงเบก.
- BB เบซเบเปเปเบกเบฒเบเบฒเบ Bestus Bioinformaticus.
- เบกเบต FAQ เบเบตเปเบกเบตเบเบฐเปเบซเบเบเบขเบนเปเบเบตเปเบเบตเป: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Audience
เบงเบดเบเบฐเบเบฒเบชเบฒเบ/เบเบฒเบเบเบปเปเบเบเบงเปเบฒ
เปเบเบเบฒเบเปเบเปเบเบญเบเบเบนเปเปเบเป
Console/Terminal
เบเบฒเบชเบฒเบเบฒเบเบเบฝเบเปเบเบฃเปเบเบฃเบก
Java
เบเบฐเปเบเบ
เบเบตเปเปเบกเปเบเปเบญเบฑเบเบเบฅเบดเปเบเบเบฑเบเบเบตเปเบเบฑเบเบชเบฒเบกเบฒเบเปเบญเบปเบฒเบกเบฒเบเบฒเบ https://sourceforge.net/projects/bbmap/. เบกเบฑเบเปเบเปเบเบทเบเบเบฑเบเบขเบนเปเปเบ OnWorks เปเบเบทเปเบญเปเบซเปเบเปเบฒเปเบเบตเบเบเบฒเบเบญเบญเบเปเบฅเบเปเปเบเบงเบดเบเบตเบเบตเปเบเปเบฒเบเบเบตเปเบชเบธเบเบเบฒเบเบซเบเบถเปเบเปเบเบฅเบฐเบเบปเบเบเบฐเบเบดเบเบฑเบเบเบฒเบเบเบฃเบตเบเบญเบเบเบงเบเปเบฎเบปเบฒ.
