ນີ້ແມ່ນແອັບ Windows ທີ່ມີຊື່ວ່າ kSNP ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ kSNP4.1-source-code.zip. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີບ່ອນເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ kSNP ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ emulator ອອນ ໄລ ນ ໌ OS OnWorks ຈາກ ເວັບ ໄຊ ທ ໌ ນີ້, ແຕ່ ດີກ ວ່າ Windows ອອນ ໄລ ນ ໌ emulator.
- 5. ຈາກ OnWorks Windows OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກແລະຕິດຕັ້ງມັນ.
- 7. ດາວໂຫລດ Wine ຈາກບ່ອນເກັບມ້ຽນຊອບແວການແຈກຢາຍ Linux ຂອງທ່ານ. ເມື່ອຕິດຕັ້ງແລ້ວ, ທ່ານສາມາດຄລິກສອງຄັ້ງ app ເພື່ອດໍາເນີນການໃຫ້ເຂົາເຈົ້າກັບ Wine. ນອກນັ້ນທ່ານຍັງສາມາດລອງ PlayOnLinux, ການໂຕ້ຕອບທີ່ແປກປະຫຼາດໃນໄລຍະ Wine ທີ່ຈະຊ່ວຍໃຫ້ທ່ານຕິດຕັ້ງໂປລແກລມ Windows ແລະເກມທີ່ນິຍົມ.
ເຫຼົ້າແວງເປັນວິທີການແລ່ນຊອບແວ Windows ໃນ Linux, ແຕ່ບໍ່ມີ Windows ທີ່ຕ້ອງການ. ເຫຼົ້າແວງແມ່ນຊັ້ນຄວາມເຂົ້າກັນໄດ້ຂອງ Windows ແຫຼ່ງເປີດທີ່ສາມາດເອີ້ນໃຊ້ໂຄງການ Windows ໂດຍກົງໃນ desktop Linux ໃດກໍໄດ້. ໂດຍພື້ນຖານແລ້ວ, Wine ກໍາລັງພະຍາຍາມປະຕິບັດໃຫມ່ຢ່າງພຽງພໍຂອງ Windows ຕັ້ງແຕ່ເລີ່ມຕົ້ນເພື່ອໃຫ້ມັນສາມາດດໍາເນີນການຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ Windows ທັງຫມົດໄດ້ໂດຍບໍ່ຕ້ອງໃຊ້ Windows.
kSNP
Ad
ລາຍລະອຽດ
kSNP4 ກໍານົດ SNPs pan-genome ໃນຊຸດຂອງລໍາດັບ genome, ແລະຄາດຄະເນຕົ້ນໄມ້ phylogenetic ໂດຍອີງໃສ່ SNPs ເຫຼົ່ານັ້ນ. ການຄົ້ນພົບ SNP ແມ່ນອີງໃສ່ການວິເຄາະ k-mer, ແລະບໍ່ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນຫຼືການຄັດເລືອກຂອງ genome ອ້າງອີງ, ດັ່ງນັ້ນ kSNP4 ສາມາດເອົາ 100 ຂອງ genomes ຈຸລິນຊີເປັນວັດສະດຸປ້ອນ. A SNP locus ແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍ oligo ຂອງຄວາມຍາວ k ອ້ອມຮອບ SNP allele ສູນກາງ. kSNP4 ສາມາດວິເຄາະທັງ genomes ທີ່ສົມບູນ (ສໍາເລັດຮູບ) ແລະ genomes ທີ່ບໍ່ສໍາເລັດໃນ contigs ປະກອບຫຼືວັດຖຸດິບ, unassembled ອ່ານ. genomes ສໍາເລັດຮູບແລະຍັງບໍ່ສໍາເລັດສາມາດວິເຄາະຮ່ວມກັນ, ແລະ kSNP ສາມາດດາວໂຫລດໄຟລ໌ Genbank ຂອງ genomes ສໍາເລັດຮູບໂດຍອັດຕະໂນມັດແລະລວມເອົາຂໍ້ມູນໃນໄຟລ໌ເຫຼົ່ານັ້ນເຂົ້າໄປໃນຄໍາບັນຍາຍ SNP.
ບໍ່ມີທັກສະການຂຽນໂປລແກລມເພື່ອໃຊ້ kSNP4
Gardner, SN ແລະ Hall, BG 2013. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak, ແລະ BG Hall. 2015 Bioinformatics 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatics/btv271
ປະເພດ
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/ksnp/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
