alistat - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

alistat - ഒന്നിലധികം അലൈൻമെന്റ് ഫയലിനുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ കാണിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

അലിസ്റ്റാറ്റ് [ഓപ്ഷനുകൾ] വിന്യസിക്കുക

വിവരണം

അലിസ്റ്റാറ്റ് ഫയലിൽ നിന്ന് ഒരു മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് വായിക്കുന്നു വിന്യസിക്കുക ഏതെങ്കിലും പിന്തുണയിൽ
ഫോർമാറ്റ് (SELEX, GCG MSF, CLUSTAL എന്നിവയുൾപ്പെടെ), കൂടാതെ നിരവധി ലളിതമായ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ കാണിക്കുന്നു
ഇതേക്കുറിച്ച്. ഈ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളിൽ ഫോർമാറ്റിന്റെ പേര്, സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു
അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ ആകെ എണ്ണം, സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യങ്ങളുടെ ശരാശരിയും ശ്രേണിയും, വിന്യാസം
നീളം (ഉദാഹരണത്തിന് വിടവ് പ്രതീകങ്ങൾ ഉൾപ്പെടെ).

ചില ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റികളും കാണിച്ചിരിക്കുന്നു. ഒരു ശതമാനം ജോഡിവൈസ് അലൈൻമെന്റ് ഐഡന്റിറ്റി നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നു
as (ഐഡന്റുകൾ / MIN(len1, ലെൻ2)) എവിടെ തിരിച്ചറിയലുകൾ കൃത്യമായ ഐഡന്റിറ്റികളുടെ എണ്ണവും len1,
len2 രണ്ട് സീക്വൻസുകളുടെയും വിന്യസിക്കാത്ത നീളങ്ങളാണ്. "ശരാശരി ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റി", "മിക്കതും
വിന്യാസത്തിന്റെ അനുബന്ധ ജോടി", "ഏറ്റവും ബന്ധമില്ലാത്ത ജോഡി" എന്നിവ ശരാശരി, പരമാവധി, കൂടാതെ
എല്ലാത്തിലും കുറഞ്ഞത് (N)(N-1)/2 ജോഡി, യഥാക്രമം. "ഏറ്റവും ദൂരെയുള്ള സെക്" കണക്കാക്കുന്നത്
എല്ലാ N സീക്വൻസുകൾക്കുമായി പരമാവധി ജോഡിവൈസ് ഐഡന്റിറ്റി (മികച്ച ആപേക്ഷികം) കണ്ടെത്തുന്നു, തുടർന്ന് കണ്ടെത്തുന്നു
ഈ N സംഖ്യകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞത് (അതിനാൽ, ഏറ്റവും പുറത്തുള്ള അനുക്രമം).

ഓപ്ഷനുകൾ

-a അധിക വാചാലമായ വിവരങ്ങൾ കാണിക്കുക: ഓരോ സീക്വൻസിലും ഒരു വരി കാണിക്കുന്ന ഒരു പട്ടിക
പേര്, നീളം, അതിന്റെ ഏറ്റവും ഉയർന്നതും താഴ്ന്നതുമായ ജോഡിവൈസ് ഐഡന്റിറ്റി. ഈ വരികൾ
എളുപ്പത്തിൽ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കാൻ ഒരു * പ്രതീകം പ്രിഫിക്‌സ് ചെയ്‌തു grep'അവയെ വേർതിരിച്ച് അടുക്കുന്നു.
ഉദാഹരണത്തിന്, അലിസ്റ്റാറ്റ് -a foo.slx | grep * | അടുക്കുക -n +3 യുടെ റാങ്ക് ലിസ്റ്റ് നൽകുന്നു
വിന്യാസത്തിലെ ഏറ്റവും വിദൂര ക്രമങ്ങൾ. യുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല -f ഓപ്ഷൻ.

-f വേഗം; ശരാശരി %id കണക്കാക്കാൻ ഒരു സാമ്പിൾ രീതി ഉപയോഗിക്കുക. ഈ ഓപ്ഷൻ എപ്പോൾ
തിരഞ്ഞെടുത്തു, അലിസ്റ്റാറ്റ് മറ്റ് മൂന്ന് ജോഡിവൈസ് ഐഡന്റിറ്റി നമ്പറുകൾ കാണിക്കുന്നില്ല. ഈ
പൂർണ്ണമായ (N)(N-1) കണക്കുകൂട്ടൽ, വളരെ വലിയ വിന്യാസങ്ങൾക്ക് ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
എല്ലാ ജോഡികളും നിരോധിതമായിരിക്കും (ഉദാ. Pfam ന്റെ GP120 വിന്യാസം, 10,000-ത്തിലധികം
സീക്വൻസുകൾ). യുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല -a ഓപ്ഷൻ.

-h പ്രിന്റ് ഹ്രസ്വ സഹായം; പതിപ്പ് നമ്പറും ഉൾപ്പെടെ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും സംഗ്രഹവും ഉൾപ്പെടുന്നു
വിദഗ്ധ ഓപ്ഷനുകൾ.

-q നിശബ്ദത പാലിക്കുക - വെർബോസ് തലക്കെട്ട് അടിച്ചമർത്തുക (പ്രോഗ്രാമിന്റെ പേര്, റിലീസ് നമ്പർ, തീയതി, ദി
പ്രാബല്യത്തിലുള്ള പാരാമീറ്ററുകളും ഓപ്ഷനുകളും).

-B (ബേബെൽഫിഷ്). ഡിഫോൾട്ടല്ലാത്ത ഒരു സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ് സ്വയമേവ കണ്ടെത്തി വായിക്കുക
(FASTA). മിക്കവാറും എല്ലാ സാധാരണ സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളും തിരിച്ചറിഞ്ഞിട്ടുണ്ട് (ജെൻബാങ്ക് ഉൾപ്പെടെ,
EMBL, SWISS-PROT, PIR, GCG എന്നിവ അലൈൻ ചെയ്യാത്ത സീക്വൻസ് ഫോർമാറ്റുകളും സ്റ്റോക്ക്‌ഹോം, GCG MSF,
കൂടാതെ ക്ലസ്റ്റൽ അലൈൻമെന്റ് ഫോർമാറ്റുകളും). പൂർണ്ണമായ ലിസ്റ്റിനായി അച്ചടിച്ച ഡോക്യുമെന്റേഷൻ കാണുക
പിന്തുണയ്ക്കുന്ന ഫോർമാറ്റുകളുടെ.

പരീക്ഷണം ഓപ്ഷനുകൾ

--വിവരങ്ങൾ
സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റിലാണെന്ന് വ്യക്തമാക്കുക , ഡിഫോൾട്ട് ഫാസ്റ്റയെക്കാൾ
ഫോർമാറ്റ്. സാധാരണ ഉദാഹരണങ്ങളിൽ Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
അല്ലെങ്കിൽ ഫിലിപ്; സ്വീകാര്യമായ ഫോർമാറ്റിന്റെ പൂർണ്ണമായ ലിസ്റ്റിനായി അച്ചടിച്ച ഡോക്യുമെന്റേഷൻ കാണുക
പേരുകൾ. ഈ ഓപ്‌ഷൻ ഡിഫോൾട്ട് ഫോർമാറ്റിനെയും (FASTA) അസാധുവാക്കുന്നു -B ബാബെൽഫിഷ്
സ്വയം കണ്ടെത്തൽ ഓപ്ഷൻ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് alistat ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക