altreep - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

altree - ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീകൾ ഉപയോഗിച്ചുള്ള അസോസിയേഷനും ലോക്കലൈസേഷൻ ടെസ്റ്റുകളും

സിനോപ്സിസ്

altree [ഓപ്ഷനുകൾ]

ഓപ്ഷനുകൾ:
--version പ്രോഗ്രാം പതിപ്പ്
--short-help|h ഹ്രസ്വ സഹായ സന്ദേശം
--ഓപ്‌ഷൻ വിവരണങ്ങളുള്ള സഹായ സന്ദേശം
--മാൻ മുഴുവൻ ഡോക്യുമെന്റേഷൻ
--അസോസിയേഷൻ|എ അസോസിയേഷൻ ടെസ്റ്റ് നടത്തുക
--s-localisation|l എസ് പ്രതീകം ഉപയോഗിച്ച് പ്രാദേശികവൽക്കരണം നടത്തുന്നു
--first-input-file|i result_file from phylogeny reconstruction പ്രോഗ്രാമുകൾ
--second-input-file|j ഫയൽ ഒരു ഹാപ്ലോടൈപ്പ് വഹിക്കുന്ന കേസുകൾ/നിയന്ത്രണങ്ങളുടെ nb അടങ്ങുന്നു
--output-file|o output_file
--data-type|t DNA|SNP
--data-qual|q ക്വാളിറ്റേറ്റീവ്|ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ്
--outgroup outgroup_name
--നീക്കം-ഔട്ട് ഗ്രൂപ്പ്
--tree-building-program|p phylip|paup|paml
--splitmode|s nosplit|chi2split
--നോ-നീട്ടൽ
--chi2-threshold|n മൂല്യം
--permutations|r നമ്പർ
--വിശകലനം ചെയ്യാൻ മരങ്ങളുടെ എണ്ണം
--ട്രീ-ടു-അനലൈസ് നമ്പർ
--s-സൈറ്റ്-നമ്പർ
--s-സൈറ്റ്-കഥാപാത്രങ്ങളുടെ പൂർവ്വിക അവസ്ഥ -> ഉരുത്തിരിഞ്ഞ അവസ്ഥ
--co-evo|ഇ സിമ്പിൾ|ഇരട്ട
--പ്രിന്റ്-ട്രീ
--anc-seq പൂർവ്വിക അനുക്രമം (ഫിലിപ്പിനൊപ്പം മാത്രം)
--nb-files വിശകലനം ചെയ്യാനുള്ള ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളുടെ എണ്ണം (അസോസിയേഷൻ ടെസ്റ്റിന് മാത്രം)

ഓപ്ഷനുകൾ

--പതിപ്പ്
പ്രോഗ്രാം പതിപ്പ് പ്രിന്റ് ചെയ്ത് പുറത്തുകടക്കുക.

--ഹ്രസ്വ സഹായം
ഒരു ഹ്രസ്വ സഹായ സന്ദേശം അച്ചടിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക.

--സഹായിക്കൂ ഓപ്‌ഷൻ വിവരണങ്ങളും എക്‌സിറ്റുകളും അടങ്ങിയ ഒരു സഹായ സന്ദേശം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

--മനുഷ്യൻ മാനുവൽ പേജ് പ്രിന്റ് ചെയ്ത് പുറത്തുകടക്കുന്നു.

--അസോസിയേഷൻ|എ
അസോസിയേഷൻ ടെസ്റ്റ് നടത്തുക

--s-localisation|l
"എസ്-ക്ഷര രീതി" ഉപയോഗിച്ച് സംവേദനക്ഷമത ലോക്കസ് പ്രാദേശികവൽക്കരിക്കുക

--first-input-file|i result_file
ഇൻപുട്ട് ഫയൽ 1 (പാപ്പ്, ഫിലിപ് അല്ലെങ്കിൽ പാംൽ ഫലങ്ങളുടെ ഫയൽ). നിരവധി ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ ആണെങ്കിൽ
വിശകലനം ചെയ്താൽ, അവയുടെ പേരുകൾ കോളനുകളാൽ വേർതിരിക്കേണ്ടതാണ്. ഉദാഹരണം: input1:input2 മുതലായവ

--second-input-file|j അനുബന്ധ_ഫയൽ
ഇൻപുട്ട് ഫയൽ 2, ഡിഫോൾട്ട് related.txt. ഇൻപുട്ട് ഫയൽ 2 ന്റെ എണ്ണം സമാനമായിരിക്കണം
ഇൻപുട്ട് ഫയലിന്റെ എണ്ണം 1. വ്യത്യസ്ത ഇൻപുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര് 2 ആയിരിക്കണം
കോളനുകളാൽ വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു

--output-file|o ഔട്ട്ഫിൽ
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ

--data-type|t "ഡിഎൻഎ"|"എസ്എൻപി"
ഡാറ്റയുടെ തരം: DNA (ATGCU) അല്ലെങ്കിൽ SNP (0-1)

--data-qual|q "ഗുണാത്മക"|"അളവ്"
ഗുണപരമായ (കേസ്/നിയന്ത്രണം) അല്ലെങ്കിൽ ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് ഡാറ്റ വിശകലനം ചെയ്യുക

--ഔട്ട് ഗ്രൂപ്പ് g ട്ട്‌ഗ്രൂപ്പ്
ഈ ഔട്ട്‌ഗ്രൂപ്പ് ഉപയോഗിച്ച് മരം വേരോടെ പിഴുതുമാറ്റുക

--നീക്കം-ഔട്ട് ഗ്രൂപ്പ്
പരിശോധനകൾ നടത്തുന്നതിന് മുമ്പ് മരത്തിന്റെ പുറംഭാഗം നീക്കം ചെയ്യുക

--tree-building-program|p "ഫിലിപ്"|"പാപ്പ്"|"പാംൽ"
ഫൈലോജെനി പുനർനിർമ്മാണ പരിപാടി

--splitmode|s "nosplit"|"chi2split"
ഒരു ലെവലിൽ നിന്ന് മറ്റൊന്നിലേക്ക് എങ്ങനെയാണ് ടെസ്റ്റുകൾ നടത്തുന്നത്

--നോ-നീട്ടൽ
മരത്തിൽ ശാഖകൾ നീണ്ടുനിൽക്കില്ല

--chi2-threshold|n മൂല്യം
chi2-നുള്ള പ്രാധാന്യം പരിധി (സ്ഥിര മൂല്യം 0.01)

--permutations|r അക്കം
കൃത്യമായ p_values ​​കണക്കാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ക്രമമാറ്റങ്ങളുടെ എണ്ണം (അസോസിയേഷനു വേണ്ടി മാത്രം
പരിശോധന)

--വിശകലനം ചെയ്യാനുള്ള മരങ്ങളുടെ എണ്ണം അക്കം
പ്രാദേശികവൽക്കരണ വിശകലനത്തിൽ വിശകലനം ചെയ്യേണ്ട മരങ്ങളുടെ എണ്ണം (പ്രാദേശികവൽക്കരണത്തിന് മാത്രം
എസ് പ്രതീകം ഉപയോഗിക്കുന്ന രീതി)

--ട്രീ-ടു-വിശകലനം അക്കം
ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച്, നിങ്ങൾക്ക് ഉപയോഗിക്കേണ്ട ട്രീ വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും (റാൻഡം എന്നതിന് പകരം). ഉപയോഗിക്കാന് കഴിയും
ഒന്നിലധികം മരങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കാൻ നിരവധി തവണ.

--s-സൈറ്റ്-നമ്പർ അക്കം
ശ്രേണിയിലെ എസ് പ്രതീക സൈറ്റിന്റെ എണ്ണം (ഉപയോഗിക്കുന്ന പ്രാദേശികവൽക്കരണ രീതിക്ക് മാത്രം
എസ്-കഥാപാത്രം)

--s-സൈറ്റ്-കഥാപാത്രങ്ങൾ പരിവർത്തനം
എസ് പ്രതീകത്തിനുള്ള പ്രതീക സംസ്ഥാനങ്ങൾ: പൂർവ്വിക അവസ്ഥ -> ഉരുത്തിരിഞ്ഞ അവസ്ഥ ഉദാ: G->C അല്ലെങ്കിൽ
0->1 (എസ്-ക്ഷരങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന പ്രാദേശികവൽക്കരണ രീതിക്ക് മാത്രം)

--co-evo|ഇ "ലളിതം"|"ഇരട്ട"
സഹ-പരിണാമ സൂചികയുടെ തരം
ലളിതം: S ന്റെ anc -> der സംക്രമണം മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കുന്നുള്ളൂ
ഇരട്ട: സാധ്യമായ രണ്ട് സംക്രമണങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു

--പ്രിന്റ്-ട്രീ
ഈ ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുത്താൽ, ട്രീ ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യും

--anc-seq anc_seq
ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച്, നിങ്ങൾക്ക് പൂർവ്വികരുടെ ക്രമം വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും. ഈ ഓപ്ഷൻ മാത്രമാണ്
ഫിലിപ് എന്ന മിക്സ് പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിച്ച് മരം പുനർനിർമ്മിക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
"പൂർവ്വികർ" എന്ന ഫയലിൽ വ്യക്തമാക്കിയ പൂർവ്വിക സംസ്ഥാനങ്ങൾ

--nb-files അക്കം
ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച്, ഇത് വിശകലനം ചെയ്യുന്നതിനായി നിങ്ങൾ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളുടെ എണ്ണം (1 ഉം 2 ഉം) വ്യക്തമാക്കും
അസോസിയേഷൻ ടെസ്റ്റിന് മാത്രമേ ഓപ്ഷൻ പ്രവർത്തിക്കൂ. മരങ്ങളുടെ എണ്ണം ഉണ്ടെങ്കിൽ ശ്രദ്ധിക്കുക
വ്യത്യസ്ത ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾക്ക് സമാനമല്ല: തിരഞ്ഞെടുത്ത ട്രീ നിലവിലില്ലെങ്കിൽ
ഒരു ഫയൽ, പ്രോഗ്രാം ശരിയായി പ്രവർത്തിക്കില്ല

വിവരണം

ഈ പ്രോഗ്രാം നിർവഹിക്കുന്നു

(എ) ഒരു കാൻഡിഡേറ്റ് ജീനും രോഗവും തമ്മിലുള്ള ഒരു അസോസിയേഷൻ ടെസ്റ്റ് അല്ലെങ്കിൽ ഒരു അളവ് സ്വഭാവം

(ബി) ഒരു പ്രാദേശികവൽക്കരണ പരിശോധനകൾ: ഏത് എസ്എൻപിയാണ് ഡിറ്റർമിനിസത്തിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്നതെന്ന് കണ്ടെത്താൻ ഇത് അനുവദിക്കുന്നു
രോഗം അല്ലെങ്കിൽ അളവ് സ്വഭാവം

ഈ രണ്ട് പരിശോധനകളും ഹാപ്ലോടൈപ്പ് ഫൈലോജെനെറ്റിക് മരങ്ങളുടെ വിശകലനത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് altriep ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക