കല - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

കല - ആർട്ടെമിസ് ജീനോം ബ്രൗസറും വ്യാഖ്യാന ടൂളും

സിനോപ്സിസ്

കല [ഓപ്ഷനുകൾ] SEQUENCE_FILE [+FEATURE_FILE...]

ഓപ്ഷനുകൾ

SEQUENCE_FILE ഒരു EMBL, GenBank, FASTA, അല്ലെങ്കിൽ GFF3 ഫയൽ
FEATURE_FILE ഒരു Artemis TAB ഫയൽ അല്ലെങ്കിൽ GFF ഫയൽ

-options FILE FILE-ൽ നിന്നുള്ള ഓപ്ഷനുകളുടെ ഒരു ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ വായിക്കുക
പകരം ഡീബഗ്ഗിംഗ് JVM ഉപയോഗിച്ച് ഡീബഗ് റൺ ചെയ്യുക
-വേഗത | -fast64 64/32 ബിറ്റ് ഉപയോഗിച്ച് FastVM (hp Tru64 UNIX) ഉപയോഗിക്കുക
പോയിന്ററുകൾ

-Dblack_belt_mode=? മുന്നറിയിപ്പ് സന്ദേശങ്ങൾ പരമാവധി കുറയ്ക്കുക [ശരി, തെറ്റ്]
-Doffset=XXX അടിസ്ഥാന സ്ഥാനത്ത് XXX തുറക്കുക വ്യൂവർ [പൂർണ്ണസംഖ്യ >= 1]
-Duserplot=FILE[,FILE2] ഒന്നോ അതിലധികമോ യൂസർപ്ലോട്ടുകൾ തുറക്കുക
-Dloguserplot=FILE[,FILE2] ഒന്നോ അതിലധികമോ യൂസർപ്ലോട്ടുകൾ തുറക്കുക, ലോഗ് (ഡാറ്റ) എടുക്കുക
-Dbam=FILE[,FILE2,...] ഒന്നോ അതിലധികമോ BAM, VCF അല്ലെങ്കിൽ BCF ഫയലുകൾ തുറക്കുക
-DbamClone=n എല്ലാ BAM-കളും ഒന്നിലധികം (n > 1) പാനലുകളിൽ തുറക്കുക
-Dbam[1,2,..]=FILE[,FILE2,..] പ്രത്യേക പാനലുകളിൽ BAM-കൾ തുറക്കുക
-Dshow_snps BamView-ൽ SNP മാർക്ക് കാണിക്കുക
-Dshow_snp_plot BamView-ൽ SNP പ്ലോട്ട് തുറക്കുക
-Dshow_cov_plot BamView-ൽ കവറേജ് പ്ലോട്ട് തുറക്കുക
-Dshow_forward_lines=? ഫോർവേഡ് ഫ്രെയിം ലൈനുകൾ മറയ്ക്കുക/കാണിക്കുക [ശരി, തെറ്റ്]
-Dshow_reverse_lines=? റിവേഴ്സ് ഫ്രെയിം ലൈനുകൾ മറയ്ക്കുക/കാണിക്കുക [ശരി, തെറ്റ്]
-Dchado="h:p/d?u" ഈ CHADO ഡാറ്റാബേസ് തുറക്കാൻ Artemis നേടുക
-Dread_only തുറക്കുക CHADO ഡാറ്റാബേസ് വായിക്കാൻ മാത്രം

ഉദാഹരണങ്ങൾ

% കല AJ006275.embl
% art contigs.fa +annotation.gff +islands.tab
% art -Dblack_belt_mode=true -Dbam=ecoli_hiseq.bam E_coli_K12.gbk
% ആർട്ട് -Duserplot=repeatmap.plot,geecee.plot Plasmid.gff3

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ആർട്ട് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക