asn2all - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

asn2all - ASN.1 ബയോളജിക്കൽ ഡാറ്റയിൽ നിന്ന് റിപ്പോർട്ടുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

asn2all [-] [-A ആഗസ്റ്റ്] [-F ഫയലിന്റെ പേര്] [-G] [-J n] [-K n] [-M] [-T] [-X] [-a ടൈപ്പ് ചെയ്യുക] [-b] [-c]
[-d പാത] [-f ഫോർമാറ്റ്] [-h] [-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-k] [-l] [-n നയം] [-o ഫയലിന്റെ പേര്] [-p പാത]
[-r] [-v ഫയലിന്റെ പേര്] [-x ext]

വിവരണം

asn2all പ്രാഥമികമായി ബൈനറി ASN.1 ബയോസെക്-സെറ്റിൽ നിന്ന് റിപ്പോർട്ടുകൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ ഉദ്ദേശിച്ചുള്ളതാണ്
NCBI ftp സൈറ്റിൽ നിന്ന് ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത ഫയലുകൾ റിലീസ് ചെയ്യുക (ncbi-asn1 ഡയറക്ടറി). അത് ഉത്പാദിപ്പിക്കാൻ കഴിയും
GenBank, GenPept ഫ്ലാറ്റ് ഫയലുകൾ, ഫാസ്റ്റ സീക്വൻസ് ഫയലുകൾ, INSDSet ഘടനാപരമായ XML, TinySeq XML,
സെക്വിൻ-സ്റ്റൈൽ 5-കോളം ഫീച്ചർ ടേബിളുകളും.

റിലീസ് ഫയലുകൾ (വിപുലീകരണമുള്ളവ .aso.gz) ഉപയോഗിച്ച് അൺകംപ്രസ് ചെയ്യണം
തോക്ക്‌സിപ്പ്(1), വിപുലീകരണത്തോടുകൂടിയ ഫയലുകൾ ഉണ്ടാകുന്നു .അങ്ങനെ. ഉദാഹരണത്തിന്, gbpri1.aso ആകുന്നു
പ്രൈമേറ്റ് ഡിവിഷനിലെ ആദ്യ ഫയലും കമാൻഡും

ഗൺസിപ്പ് gbpri1.aso.gz

കാരണമാകും gbpri1.aso സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുന്നു. യഥാർത്ഥ gbpri1.aso.gz ഫയൽ നീക്കം ചെയ്തതിന് ശേഷം
വിജയകരമായ ഡീകംപ്രഷൻ.

In asn2all, പ്രോസസ്സ് ചെയ്യേണ്ട ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുന്നു -i കമാൻഡ് ലൈൻ
വാദം. ഉപയോഗിക്കുക -a t ഇത് ഒരു റിലീസ് ഫയലാണെന്ന് സൂചിപ്പിക്കാൻ ഒപ്പം -b ആണെന്ന് സൂചിപ്പിക്കാൻ
ബൈനറി ASN.1. Entrez-ൽ നിന്ന് ലഭിച്ച ഒരു ടെക്സ്റ്റ് ASN.1 ഫയൽ ഉപയോഗിച്ച് പ്രോസസ്സ് ചെയ്യാവുന്നതാണ് -a a
ഇതിനുപകരമായി -a t -b.

ന്യൂക്ലിയോടൈഡും പ്രോട്ടീൻ രേഖകളും ഒരേസമയം പ്രോസസ്സ് ചെയ്യാൻ കഴിയും. ഉപയോഗിക്കുക -o എന്നതിലേക്കുള്ള വാദം
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ സൂചിപ്പിക്കുക, കൂടാതെ -v പ്രോട്ടീൻ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിനായുള്ള വാദം.

ദി -f ആർഗ്യുമെന്റ് ജനറേറ്റുചെയ്യേണ്ട ഫോർമാറ്റ് നിർണ്ണയിക്കുന്നു, കൂടുതൽ വിശദമായി രേഖപ്പെടുത്തുന്നു
(മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾക്കൊപ്പം) ഇനിപ്പറയുന്ന വിഭാഗത്തിൽ.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഓപ്ഷനുകളുടെ ഒരു സംഗ്രഹം ചുവടെ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.

- ഉപയോഗ സന്ദേശം അച്ചടിക്കുക

-A പ്രവേശനം
കൊണ്ടുവരാനുള്ള പ്രവേശനം; ഫോം എടുത്തേക്കാം പ്രവേശനം,സങ്കീർണ്ണത,ഫ്ലാഗുകൾ എവിടെ സങ്കീർണ്ണത
സാധാരണ ആയിരിക്കണം 0 ഒരു ഫ്ലാഗുകൾ ന്റെ മൂല്യം -1 ബാഹ്യ സവിശേഷതകൾ ലഭ്യമാക്കുന്നത് സാധ്യമാക്കുന്നു

-F ഫയലിന്റെ പേര്
പ്രവേശന ഫിൽട്ടർ ഫയൽ

-G റിലാക്‌സ്ഡ് ജീനോം മാപ്പിംഗ്

-J n സെക്-ലോക്ക് മുതൽ

-K n സെക്-ലോക്ക് വരെ

-M സെക്-ലോക്ക് മൈനസ് സ്ട്രാൻഡ്

-T ത്രെഡുകൾ ഉപയോഗിക്കുക

-X വിപുലീകരിച്ച യോഗ്യതാ ഔട്ട്പുട്ട്

-a ടൈപ്പ് ചെയ്യുക
ഇൻപുട്ട് ASN.1 തരം:
ഒരു ഓട്ടോമാറ്റിക് (ഡിഫോൾട്ട്)
സി കാറ്റനേറ്റഡ്
z ഏതെങ്കിലും
ഇ സെക്-എൻട്രി
ബി ബയോസെക്
ന്റെ ബയോസെക്-സെറ്റ്
m Seq-സമർപ്പിക്കുക
ടി ബാച്ച് പ്രോസസ്സിംഗ് (ഔദ്യോഗിക റിലീസുകൾക്ക് അനുയോജ്യം; നിർദ്ദിഷ്ട തരം സ്വയം കണ്ടെത്തുന്നു)

-b ബയോസെക്-സെറ്റ് ബൈനറി ആണ്

-c ബയോസെക്-സെറ്റ് കംപ്രസ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു

-d പാത
ഇൻഡക്‌സ് ചെയ്‌ത ബൈനറി ASN.1 ഡാറ്റയിലേക്കുള്ള പാത

-f ഫോർമാറ്റ്
Put ട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്:
g GenBank/GenPept (ഡിഫോൾട്ട്)
m GenBank മാസ്റ്റർ സ്റ്റൈൽ
f ഫാസ്റ്റ
d CDS ഫാസ്റ്റ
ഇ ജീൻ ഫാസ്റ്റ
t സെക്വിൻ-സ്റ്റൈൽ 5-കോളം ഫീച്ചർ ടേബിൾ
y TinySet XML (ഫാസ്റ്റയ്ക്ക് സമാനമായത്)
ന്റെ INSDSet XML (GenBank/GenPept പോലെ)
ഘടനാപരമായി തുല്യമായ ഒരു വാചകം ASN.1
x ഘടനാപരമായി തുല്യമായ XML
സി കാഷെ ഘടകങ്ങൾ

-h അധിക സഹായ സന്ദേശം പ്രദർശിപ്പിക്കുക

-i ഫയലിന്റെ പേര്
ഫയലിന്റെ പേര് ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുക (സ്ഥിരമായി സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഇൻപുട്ട്)

-k പ്രാദേശികമായി ലഭ്യമാക്കൽ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുക

-l ഘടകങ്ങൾ മുൻകൂട്ടി ലോക്ക് ചെയ്യുക

-n നയം
ഫാസ്റ്റ നയത്തിന് സമീപം:
ഒരു എല്ലാം
n സമീപത്ത് മാത്രം (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
f ദൂരെ മാത്രം

-o ഫയലിന്റെ പേര്
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്

-p പാത
ഫയലുകളിലേക്കുള്ള പാത

-r റിമോട്ട് ലഭ്യമാക്കൽ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുക

-v ഫയലിന്റെ പേര്
പ്രോട്ടീൻ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്

-x ext മുഴുവൻ ഡയറക്ടറികളിലും പ്രവർത്തിക്കുമ്പോൾ ഫയൽ തിരഞ്ഞെടുക്കൽ പ്രത്യയം. (സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ് .അങ്ങനെ)

ഉദാഹരണങ്ങൾ

കമാൻഡ്

asn2all -i gbpri1.aso -at -b -fg -o gbpri1.nuc -v gbpri1.prt

നിന്ന് GenBank, GenPept റിപ്പോർട്ടുകൾ സൃഷ്ടിക്കും gbpri1.aso.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് asn2all ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക