autogrid4 - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഓട്ടോഗ്രിഡ് - ഓട്ടോഡോക്ക് വിശകലനത്തിനായി പ്രോട്ടീനും ലിഗൻഡും തയ്യാറാക്കുന്നു

സിനോപ്സിസ്

ഓട്ടോഗ്രിഡ്4 [ഓപ്ഷനുകൾ] -പി ഗ്രിഡ്പാരാമീറ്റർ ഫയൽ

വിവരണം

ഓട്ടോഗ്രിഡ് നോൺ-കോവാലന്റ് ഇന്ററാക്ഷൻ എനർജികളുടെ ഒരു 3D ഗ്രിഡ് പ്രാതിനിധ്യം തയ്യാറാക്കുന്നു
വിവിധ ഉപയോക്തൃ-നിർദ്ദിഷ്‌ട ലിഗാൻഡ് ആറ്റം തരങ്ങൾ ഒരു ഉപയോക്താവ്-നിർദ്ദിഷ്‌ട ലക്ഷ്യത്തിന് ചുറ്റും അനുഭവപ്പെടും
മാക്രോമോളിക്യൂൾ. കൂടാതെ, ഇലക്ട്രോസ്റ്റാറ്റിക് പൊട്ടൻഷ്യലും ഡിസോൾവേഷൻ ഫ്രീ എനർജി ഗ്രിഡും
ഭൂപടങ്ങളും കണക്കാക്കാം. ഗ്രിഡ് മാപ്പുകൾ പ്ലെയിൻ ടെക്സ്റ്റ് ഫയലുകളിൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു
'.map' എന്ന വിപുലീകരണം, ഡോക്കിംഗുകൾ നടത്താൻ AutoDock 4-ന് ആവശ്യമാണ്. ഓട്ടോഗ്രിഡും
ഗ്രിഡ് ബോക്‌സിന്റെ സ്പേഷ്യൽ വ്യാപ്തികൾ വിവരിക്കുന്ന ഒരു '.xyz' ഫയലും ഒരു എവിഎസും ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുന്നു
ഫീൽഡ് '.fld' ഫയൽ ആറ്റോമിക് അഫിനിറ്റി ഗ്രിഡ് മാപ്പുകളുടെ സ്ഥിരതയുള്ള സെറ്റ് വിവരിക്കുന്നു
നൽകിയിരിക്കുന്ന ടാർഗെറ്റ് മാക്രോമോളിക്യൂളിനായി ഒരുമിച്ച് കണക്കാക്കി. ശ്രദ്ധിക്കുക: അത് ആവശ്യമാണ്
ലിഗാന്റിലെ എല്ലാ ആറ്റം തരങ്ങൾക്കുമായി ഗ്രിഡ് മാപ്പുകൾ കണക്കാക്കുക
ഡോക്ക് ചെയ്തു, അതോടൊപ്പം ഒരു ഇലക്‌ട്രോസ്റ്റാറ്റിക് പൊട്ടൻഷ്യൽ ഗ്രിഡ് മാപ്പും ഡിസോൾവേഷൻ ഫ്രീ എനർജി മാപ്പും.
ഉദാഹരണത്തിന്, ഒരു ലിഗാന്റിന് അലിഫാറ്റിക് കാർബണും ഹൈഡ്രജൻ-ബോണ്ട് സ്വീകരിക്കുന്ന ഓക്സിജനും ഉണ്ടെങ്കിൽ
ആറ്റം, ഒരു 'C' മാപ്പും ഒരു 'OA' മാപ്പും കണക്കാക്കേണ്ടത് ആവശ്യമാണ്. കാണുക
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
ഓട്ടോഡോക്ക് 4 ആറ്റം തരങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്കുള്ള പാരാമീറ്ററുകൾ.

AutoDockTools എന്ന പ്രോഗ്രാം സ്യൂട്ട് ഉപയോഗിച്ചാണ് AutoGrid-ലേക്കുള്ള ഇൻപുട്ട് തയ്യാറാക്കുന്നത്. അവിടെ ഇല്ല
ഒരു ഗ്രിഡ് ഇല്ലാതെ autodock4 പ്രവർത്തിപ്പിക്കാനുള്ള വഴി.

ഓപ്ഷനുകൾ

-o പഴയ PDBq ഫോർമാറ്റ് ഉപയോഗിക്കുക (55-61 കോളങ്ങളിൽ q)

-u ഉപയോഗ വിവരങ്ങൾ, ഡെബിയനിൽ -h.

-d ഡീബഗ്ഗിംഗ് സഹായിക്കുന്നതിന് സന്ദേശങ്ങളുടെ വാക്ചാതുര്യം വർദ്ധിപ്പിച്ചു.

-l ലോഗ് ഫയൽ

-p ഫയലിന്റെ പേര് ഗ്രിഡ് പാരാമീറ്റർ ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുന്നു

ഉദാഹരണം

ഓട്ടോഗ്രിഡ് സ്രോതസ്സുകൾക്കൊപ്പം നിരവധി ടെസ്റ്റുകൾ ലഭ്യമാണ്, അവ ഇനിപ്പറയുന്ന രീതിയിൽ ഉപയോഗിക്കാം:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Tests
$ സിഡി / tmp
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg

ഈ കമാൻഡ്, ഓരോ ഓട്ടോഡോക്ക് ആറ്റം തരങ്ങൾക്കുമായി ഗ്രിഡ് മാപ്പ് ഫയലുകൾ തയ്യാറാക്കുന്നു
ഗ്രിഡ് പാരാമീറ്റർ ഫയൽ (ഈ സാഹചര്യത്തിൽ: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
ഫീൽഡ് ഫയലും (hsg1_sm.maps.fld) hsg1_sm.maps.xyz ഉം. കോക്കിംഗ് കണക്കുകൂട്ടൽ നടത്താൻ,
ഒരു പ്രത്യേക ഡോക്കിംഗ് പാരാമീറ്റർ ഫയൽ ആവശ്യപ്പെടുമെങ്കിലും, AutoDock എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യണം
വിപുലീകരണം .dpf). ഡോക്കിംഗിന് ആവശ്യമായ ഗ്രിഡ് മാപ്പ് ഫയലുകളെയാണ് 'ഡിപിഎഫ്' സൂചിപ്പിക്കുന്നത്
കൂടാതെ തിരയൽ രീതി, എങ്ങനെ എന്നിങ്ങനെയുള്ള മറ്റ് പ്രധാന പാരാമീറ്ററുകൾ ക്രമീകരിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു
നടത്താൻ നിരവധി ഡോക്കിംഗുകൾ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് autogrid4 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക