പന്തുകൾ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

പന്തുകൾ - Raster3D മോളിക്യുലാർ ഗ്രാഫിക്സ് പാക്കേജിലെ സ്പേസ്-ഫില്ലിംഗ് മോഡലുകൾക്കുള്ള പ്രീപ്രൊസസർ

സിനോപ്സിസ്

പന്തുകൾ [-h]

പന്തില് ആറ്റം നിറങ്ങൾ വിവരിക്കുന്ന ഒരു ഫയൽ വായിക്കുകയും കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ ഒരു PDB കോർഡിനേറ്റ് ഫയൽ നിർമ്മിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു a
ഇൻപുട്ട് ഫയലിലെ ഓരോ ആറ്റത്തിനും Raster3D ഡിസ്ക്രിപ്റ്റർ റെക്കോർഡുകൾ അടങ്ങിയ ഫയൽ. ഫയല്
നിര്മ്മിച്ചത് പന്തുകൾ നേരിട്ട് ഭക്ഷണം നൽകാം റെൻഡർ ചെയ്യുക അല്ലെങ്കിൽ ഇത് ഡിസ്ക്രിപ്റ്ററുമായി സംയോജിപ്പിച്ചേക്കാം
മറ്റ് Raster3D യൂട്ടിലിറ്റികൾ നിർമ്മിച്ച ഫയലുകൾ.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

അവശിഷ്ട തരം അനുസരിച്ച് നിറമുള്ള ഒരു ലളിതമായ സ്ഥലം പൂരിപ്പിക്കൽ മാതൃക വിവരിക്കാൻ:

cat mycolours.pdb protein.pdb | പന്തുകൾ | റെൻഡർ > mypicture.png

ഇതേ മാതൃകയിൽ മുൻകൂട്ടി തിരഞ്ഞെടുത്ത വ്യൂ മാട്രിക്സ് ഉൾപ്പെടുത്താൻ:

cp view1.matrix setup.matrix
cat mycolours.pdb protein.pdb | പന്തുകൾ | റെൻഡർ > mypicture.png

മുൻകൂട്ടി തിരഞ്ഞെടുത്ത സ്കെയിലും കാഴ്ചയും വിവരിക്കുന്ന തലക്കെട്ട് റെക്കോർഡുകൾ മുൻകൂട്ടി തയ്യാറാക്കാൻ:

cat mycolours.pdb protein.pdb | പന്തുകൾ -h > balls.r3d
cat header.r3d balls.r3d | റെൻഡർ > mypicture.png

ഓപ്ഷനുകൾ

-h

ഔട്ട്പുട്ടിൽ ഹെഡർ റെക്കോർഡുകൾ അടിച്ചമർത്തുക. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി പന്തുകൾ ഒരു ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ നിർമ്മിക്കും
സ്കെയിലിംഗ്, പ്രോസസ്സിംഗ് ഓപ്ഷനുകളുടെ ഡിഫോൾട്ട് സെറ്റ് അടങ്ങിയ ഹെഡർ റെക്കോർഡുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ആരംഭിക്കുന്നു.
ദി -h ഫ്ലാഗ് ഈ ഹെഡർ റെക്കോർഡുകളെ അടിച്ചമർത്തും, അങ്ങനെ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിൽ മാത്രം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
സ്ഫിയർ ഡിസ്ക്രിപ്റ്ററുകൾ. ഭാഗം മാത്രം വിവരിക്കുന്ന ഫയലുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിന് ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഒരു സീൻ, അത് പിന്നീട് മറ്റുള്ളവർ നിർമ്മിച്ച ഡിസ്ക്രിപ്റ്റർ ഫയലുകളുമായി സംയോജിപ്പിക്കും
പ്രോഗ്രാമുകൾ.

വിവരണം

എന്നതിലേക്കുള്ള ഇൻപുട്ട് പന്തുകൾ വർണ്ണ വിവരങ്ങളും ആറ്റോമികവും അടങ്ങുന്ന ഒരൊറ്റ ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ ഉൾക്കൊള്ളുന്നു
PDB ഡാറ്റാ ബാങ്ക് ഫോർമാറ്റിലുള്ള കോർഡിനേറ്റുകൾ. കോർഡിനേറ്റുകൾ Raster3D ഡിസ്ക്രിപ്റ്ററായി ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു
വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന COLO രേഖകൾക്കനുസരിച്ച് നിയുക്തമാക്കിയിട്ടുള്ള നിറങ്ങളും ഗോളാദികളുമുള്ള റെക്കോർഡുകൾ
താഴെ. ഡിഫോൾട്ടായി ആറ്റങ്ങൾക്ക് CPK നിറങ്ങൾ നൽകിയിരിക്കുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിൽ a അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ആവശ്യപ്പെടുന്ന തലക്കെട്ട് റെക്കോർഡുകളുടെ ഒരു കൂട്ടം റെൻഡർ ചെയ്യുക പ്രോഗ്രാം. തലക്കെട്ട് നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്
ഫയലിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന ട്രാൻസ്ഫോർമേഷൻ മാട്രിക്സുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഒരു TMAT മാട്രിക്സ് ഉൾപ്പെടുത്തുക
setup.matrix (അത് നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ), അല്ലെങ്കിൽ ഫയലിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന യൂലേറിയൻ കോണുകളിലേക്ക് setup.angles (അങ്ങനെയെങ്കിൽ
അത് നിലവിലുണ്ട്).

മുൻകൂട്ടി തയ്യാറാക്കിയ COLOR റെക്കോർഡുകൾ ഉപയോഗിച്ച് പൊരുത്തപ്പെടുന്ന പ്രക്രിയ ഉപയോഗിച്ച് ആറ്റങ്ങൾക്ക് നിറങ്ങൾ നിയോഗിക്കുന്നു
ഇൻപുട്ട് PDB ഫയൽ. Raster3D ആദ്യ 4-ൽ COLO ഉള്ള ഒരു വ്യാജ-PDB റെക്കോർഡ് തരം ഉപയോഗിക്കുന്നു
നിരകൾ:

നിരകൾ

1 - 4 COLO

7 - 30 മാസ്ക് (ചുവടെ വിവരിച്ചിരിക്കുന്നു)

31 - 38 ചുവന്ന ഘടകം

39 - 46 പച്ച ഘടകം

47 - 54 നീല ഘടകം

ആംഗ്‌സ്ട്രോംസിലെ 55 - 60 വാൻ ഡെർ വാൽസ് ആരം

61 - 80 അഭിപ്രായങ്ങൾ

ചുവപ്പ്, പച്ച, നീല ഘടകങ്ങൾ X, Y, Z എന്നിവയുടെ അതേ സ്ഥാനങ്ങളിലാണെന്ന കാര്യം ശ്രദ്ധിക്കുക
ഒരു ATOM അല്ലെങ്കിൽ HETA റെക്കോർഡിന്റെ ഘടകങ്ങൾ, വാൻ ഡെർ വാൽസ് ആരം അതിന്റെ സ്ഥാനത്ത് പോകുന്നു
അധിനിവേശം. ചുവപ്പ്, പച്ച, നീല ഘടകങ്ങൾ എല്ലാം 0 മുതൽ 1 വരെയുള്ള ശ്രേണിയിലായിരിക്കണം.

പൊരുത്തപ്പെടുത്തൽ പ്രക്രിയയിൽ മാസ്ക് ഫീൽഡ് ഇനിപ്പറയുന്ന രീതിയിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ആദ്യം പ്രോഗ്രാം വായിക്കുന്നു
എല്ലാ ATOM, HETA, COLOR റെക്കോർഡുകളും ഇൻപുട്ട് ക്രമത്തിൽ സംഭരിക്കുന്നു. പിന്നെ ഓരോന്നിലൂടെയും കടന്നുപോകുന്നു
ATOM/HETA റെക്കോർഡ് സംഭരിച്ചു, ഒപ്പം പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഒരു COLOR റെക്കോർഡിനായി തിരയുന്നു
7 മുതൽ 30 വരെയുള്ള എല്ലാ കോളങ്ങളിലും ATOM/HETA റെക്കോർഡ്. അത്തരത്തിലുള്ള ആദ്യത്തെ COLOR റെക്കോർഡ് കണ്ടെത്തി
ആറ്റത്തിന്റെ നിറവും ആരവും നിർണ്ണയിക്കുന്നു.

ഒരു COLOR റെക്കോർഡിന് അതിലധികവും നിറവും റേഡിയസ് സ്പെസിഫിക്കേഷനുകളും നൽകാൻ കഴിയും
ഒരു ആറ്റം (ഉദാ, അവശിഷ്ടം അല്ലെങ്കിൽ ആറ്റം തരം അല്ലെങ്കിൽ ലേബലുകൾക്ക് കഴിയുന്ന മറ്റേതെങ്കിലും മാനദണ്ഡം അടിസ്ഥാനമാക്കി
7 മുതൽ 30 വരെയുള്ള കോളങ്ങളിൽ എവിടെയെങ്കിലും നൽകിയിരിക്കുന്നു), "#" ചിഹ്നം ഒരു വൈൽഡ്കാർഡായി ഉപയോഗിക്കുന്നു. അതായത് എ
# ഒരു COLOR റെക്കോർഡിലെ ATOM അല്ലെങ്കിൽ HETA ലെ അനുബന്ധ കോളത്തിലെ ഏതെങ്കിലും പ്രതീകവുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു
റെക്കോർഡ്. ഒരു പൊരുത്തമായി കണക്കാക്കാൻ മറ്റെല്ലാ പ്രതീകങ്ങളും അക്ഷരാർത്ഥത്തിൽ പൊരുത്തപ്പെടണം. എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
ഇൻപുട്ടിലെ അവസാനത്തെ COLO റെക്കോർഡിന് 7 മുതൽ 30 ഇഞ്ച് വരെയുള്ള എല്ലാ കോളങ്ങളിലും # ചിഹ്നങ്ങൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം
ATOM/HETA റെക്കോർഡ് മുമ്പത്തെ ഏതെങ്കിലും ആറ്റവുമായി പൊരുത്തപ്പെടാൻ പരാജയപ്പെടുന്ന ഏതൊരു ആറ്റത്തിനും ഒരു നിറം നൽകുന്നതിന്
COLOR റെക്കോർഡ്. കളർ സ്പെസിഫിക്കേഷനുകൾക്കായി മാസ്കുകൾ പൊരുത്തപ്പെടുത്തുന്നതിനുള്ള ഈ ആശയം കോളിൻ മൂലമാണ്
ബ്രൗട്ടൺ.

ബോബ് ഫ്ലെറ്ററിക്കിന്റെ "ആകൃതിയിലുള്ള മോഡലുകൾ" അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളത് ഉൾപ്പെടെ നിരവധി COLOR റെക്കോർഡുകളുടെ ഫയലുകൾ
കൂടാതെ മറ്റൊരു അനുകരിക്കുന്ന CPK മോഡൽ ഭാഗങ്ങൾ സാമ്പിളുകളായി നൽകിയിരിക്കുന്നു.

ENVIRONMENT

setup.matrix, setup.angles എന്നീ ഫയലുകൾ നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ, ഇവയെ ബാധിക്കുന്നു
ഹെഡർ റെക്കോർഡുകൾ നിർമ്മിച്ചത് പന്തുകൾ.

SOURCE

പേരറിയാത്ത FTP സൈറ്റ്:
ftp.bmsc.washington.edu

വെബ് യുആർഎൽ:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

ബന്ധപ്പെടുക:
ഏഥൻ എ മെറിറ്റ്
യൂണിവേഴ്സിറ്റി ഓഫ് വാഷിംഗ്ടൺ, സിയാറ്റിൽ WA 98195
[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ പന്തുകൾ ഉപയോഗിക്കുക