bowtie - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ബൗട്ടി - അൾട്രാഫാസ്റ്റ് മെമ്മറി-കാര്യക്ഷമമായ ഷോർട്ട് റീഡ് അലൈനർ

വിവരണം

ഉപയോഗം: ബൗട്ടി [ഓപ്ഷനുകൾ]* {-1 -2 | --12 | } [ ]

അപ്‌സ്ട്രീം ഇണകൾ (അല്ലെങ്കിൽ സീക്വൻസുകൾ) അടങ്ങുന്ന ഫയലുകളുടെ കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ലിസ്റ്റ്
സ്വയം, എങ്കിൽ -c സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു) ഇണകളുമായി ജോടിയാക്കിയിരിക്കുന്നു

താഴെയുള്ള ഇണകൾ (അല്ലെങ്കിൽ സീക്വൻസുകൾ) അടങ്ങുന്ന ഫയലുകളുടെ കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ലിസ്റ്റ്
എങ്കിൽ സ്വയം -c സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു) ഇണകളുമായി ജോടിയാക്കിയിരിക്കുന്നു

ക്രോസ്ബോ-സ്റ്റൈൽ റീഡുകൾ അടങ്ങിയ ഫയലുകളുടെ കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ലിസ്റ്റ്. എന്നിവയുടെ മിശ്രിതം ആകാം
ജോടിയാക്കിയതും ജോടിയാക്കാത്തതും. stdin-ന് "-" വ്യക്തമാക്കുക.

ജോടിയാക്കാത്ത റീഡുകളോ സീക്വൻസുകളോ അടങ്ങിയ ഫയലുകളുടെ കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ലിസ്റ്റ്
സ്വയം, എങ്കിൽ -c സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു. stdin-ന് "-" വ്യക്തമാക്കുക.

ഹിറ്റുകൾ എഴുതാനുള്ള ഫയൽ (ഡിഫോൾട്ട്: stdout)

ഇൻപുട്ട്:
-q അന്വേഷണ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ FASTQ .fq/.fastq ആണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-f അന്വേഷണ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ (multi-)FASTA .fa/.mfa ആണ്

-r ക്വറി ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ ഓരോ വരിയിലും റോ വൺ സീക്വൻസ് ആണ്

-c cmd ലൈനിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന അന്വേഷണ ക്രമങ്ങൾ (അതുപോലെ , )

-C വായനകളും സൂചികയും വർണ്ണമേഖലയിലാണ്

-Q/--ക്വൽസ്
CSFASTA ഇൻപുട്ടുകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട QV ഫയൽ(കൾ); ഉപയോഗിച്ച് ഉപയോഗിക്കുക -f -C

--Q1/--Q2
പോലെ തന്നെ -Q, എന്നാൽ യഥാക്രമം 1, 2 എന്നീ മേറ്റ് ഫയലുകൾക്ക്

-s/--ഒഴിവാക്കുക
ആദ്യത്തേത് ഒഴിവാക്കുക ഇൻപുട്ടിൽ വായിക്കുന്നു/ജോടിയാക്കുന്നു

-u/--qupto
ആദ്യം ശേഷം നിർത്തുക വായിക്കുന്നു/ജോഡികൾ (ഒഴികെ. ഒഴിവാക്കിയ വായനകൾ)

-5/--ട്രിം5
ട്രിം വായനയുടെ 5' (ഇടത്) അവസാനം മുതൽ അടിസ്ഥാനങ്ങൾ

-3/--ട്രിം3
ട്രിം വായനയുടെ 3' (വലത്) അവസാനം മുതൽ അടിസ്ഥാനങ്ങൾ

--phred33-quals
ഇൻപുട്ട് ക്വാലുകൾ Phred+33 ആണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

--phred64-quals
ഇൻപുട്ട് ക്വാൽസ് Phred+64 ആണ് (അതുപോലെ തന്നെ --സൊലെക്സ1.3-ക്വൽസ്)

--സൊലെക്സ-ക്വൽസ്
ഇൻപുട്ട് ക്വാൽസ് GA പൈപ്പ് ലൈനിൽ നിന്നുള്ളതാണ്. < 1.3

--സൊലെക്സ1.3-ക്വൽസ്
ഇൻപുട്ട് ക്വാൽസ് GA പൈപ്പ് ലൈനിൽ നിന്നുള്ളതാണ്. >= 1.3

--പൂർണ്ണസംഖ്യ-ക്വൽസ്
ഗുണങ്ങൾ സ്പേസ്-വേർതിരിക്കപ്പെട്ട പൂർണ്ണസംഖ്യകളായി നൽകിയിരിക്കുന്നു (ASCII അല്ല)

--വലിയ സൂചിക
ഒരു 'വലിയ' സൂചികയുടെ നിർബന്ധ ഉപയോഗം, ചെറുതാണെങ്കിൽപ്പോലും

വിന്യാസം:
-v
എൻഡ്-ടു-എൻഡ് ഹിറ്റുകൾ w/ <=v പൊരുത്തക്കേടുകൾ; ഗുണങ്ങളെ അവഗണിക്കുക

or

-n/--seedmms വിത്തിലെ പരമാവധി പൊരുത്തക്കേടുകൾ (0-3 ആകാം, ഡിഫോൾട്ട്: -n 2)

-e/--maqerr
വിന്യാസത്തിലുടനീളമുള്ള പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ പരമാവധി തുക -n (def: 70)

-l/--വിത്ത് വിത്ത് നീളം -n (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 28)

--നാമഭൂമി
ഇതിനായി Maq പോലുള്ള ഗുണനിലവാരമുള്ള റൗണ്ടിംഗ് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക -n (അടുത്തുള്ള 10 <= 30)

-I/--മിനിൻസ്
ജോടിയാക്കിയ അവസാന വിന്യാസത്തിനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഇൻസേർട്ട് വലുപ്പം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0)

-X/--മാക്സിൻസ്
ജോടിയാക്കിയ എൻഡ് വിന്യാസത്തിനുള്ള പരമാവധി ഇൻസേർട്ട് സൈസ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 250)

--fr/--rf/--ff -1, -2 ഇണകൾ fw/rev, rev/fw, fw/fw (ഡിഫോൾട്ട്: --fr)

--nofw/--നോർക്ക്
ഫോർവേഡ്/റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്റ് റഫറൻസ് സ്ട്രാൻഡിലേക്ക് അലൈൻ ചെയ്യരുത്

--maxbts
ഇതിനായി പരമാവധി # ബാക്ക്ട്രാക്കുകൾ -n 2/3 (ഡിഫോൾട്ട്: 125, 800 ഇതിനായി --മികച്ചത്)

--ജോഡികൾ
ആങ്കർ ഹിറ്റിനായി ഇണയെ കണ്ടെത്താൻ പരമാവധി # ശ്രമങ്ങൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 100)

-y/--ട്രൈഹാർഡ്
വേഗതയുടെ ചെലവിൽ സാധുവായ വിന്യാസങ്ങൾ കണ്ടെത്താൻ കഠിനമായി ശ്രമിക്കുക

--ചങ്ക്‌ംബ്സ്
മികച്ച ആദ്യ സെർച്ച് ഫ്രെയിമുകൾക്കായി പരമാവധി മെഗാബൈറ്റ് റാം (def: 64)

റിപ്പോർട്ടിംഗ്:
-k
വരെ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക ഓരോ വായനയിലും നല്ല വിന്യാസങ്ങൾ (ഡിഫോൾട്ട്: 1)

-a/--എല്ലാം
ഓരോ വായനയിലും എല്ലാ വിന്യാസങ്ങളും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക (കുറഞ്ഞതിനേക്കാൾ വളരെ പതുക്കെ -k)

-m
എങ്കിൽ > എല്ലാ വിന്യാസങ്ങളും അടിച്ചമർത്തുക നിലവിലുണ്ട് (def: പരിധിയില്ല)

-M
പോലെ -m, എന്നാൽ 1 റാൻഡം ഹിറ്റ് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നു (MAPQ=0); ആവശ്യപ്പെടുന്നു --മികച്ചത്

--മികച്ചത് ഹിറ്റുകൾ ഉറപ്പുനൽകുന്ന മികച്ച സ്ട്രാറ്റം; ഗുണനിലവാരത്താൽ ബന്ധങ്ങൾ തകർന്നു

--സ്ട്രാറ്റ
ഉപ-ഒപ്റ്റിമൽ സ്ട്രാറ്റയിലെ ഹിറ്റുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്തിട്ടില്ല (ആവശ്യമാണ് --മികച്ചത്)

ഔട്ട്പുട്ട്:
-t/--സമയം
തിരച്ചിൽ ഘട്ടങ്ങളാൽ എടുത്ത വാൾ-ക്ലോക്ക് സമയം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

-B/--ഓഫ്ബേസ് ഇടത്തെ ഏറ്റവും റഫ്സെറ്റ് = ബൗട്ടി ഔട്ട്പുട്ടിൽ (ഡിഫോൾട്ട്: 0)

--നിശബ്ദമായി
വിന്യാസമല്ലാതെ മറ്റൊന്നും അച്ചടിക്കരുത്

--റീഫൗട്ട്
refXXXXX.map ഫയലുകളിലേക്കുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ എഴുതുക, ഓരോ റഫറൻസിലും 1 മാപ്പ്

--refidx
റഫർ ചെയ്യുക. പേരിന് പകരം 0-അടിസ്ഥാന സൂചിക പ്രകാരം seqs

--അൽ
വിന്യസിച്ച റീഡുകൾ/ജോഡികൾ ഫയലിലേക്ക് എഴുതുക

--അൺ
അലൈൻ ചെയ്യാത്ത റീഡുകൾ/ജോഡികൾ ഫയലിലേക്ക് എഴുതുക

--പരമാവധി
വായിക്കുക/ജോടികൾ എഴുതുക -m ഫയലിലേക്ക് പരിമിതപ്പെടുത്തുക

--അടക്കുക
ഡിഫോൾട്ട് ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന നിരകൾ (കോമാ-ഡിലിം'ഡ്) അടിച്ചമർത്തുന്നു

--fullref
മുഴുവൻ റഫറൻസ് നാമവും എഴുതുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1st ഇടം വരെ മാത്രം)

വർണ്ണ ഇടം:
--snphred
കളർസ്‌പേസ് ഡീകോഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ SNP-യ്‌ക്കുള്ള ഫ്രെഡ് പിഴ (def: 30)

or

--snpfrac
ഏകദേശം. എസ്എൻപി ബേസുകളുടെ അംശം (ഉദാ 0.001); സെറ്റുകൾ --snphred

--col-cseq
ഡീകോഡ് ചെയ്‌ത ബേസുകളല്ല, വിന്യസിച്ച കളർസ്‌പേസ് സെക്കുകൾ നിറങ്ങളായി പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

--col-cqual
ഒറിജിനൽ കളർസ്പേസ് ക്വാൽസ് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക, ഡീകോഡ് ചെയ്ത ക്വാൾസ് അല്ല

--col-keepends
ഡീകോഡ് ചെയ്ത വിന്യാസത്തിന്റെ അങ്ങേയറ്റത്തെ അറ്റത്ത് ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ സൂക്ഷിക്കുക

SAM:
-S/--സാം
SAM ഫോർമാറ്റിൽ ഹിറ്റുകൾ എഴുതുക

--mapq
SAM വിന്യാസങ്ങൾക്കായി പ്രിന്റ് ചെയ്യാൻ ഡിഫോൾട്ട് മാപ്പിംഗ് നിലവാരം (MAPQ).

--സാം-നോഹെഡ്
SAM ഔട്ട്‌പുട്ടിനായി ഹെഡർ ലൈനുകൾ അടിച്ചമർത്തുക (@ മുതൽ ആരംഭിക്കുക).

--sam-nosq
SAM ഔട്ട്‌പുട്ടിനായി @SQ ഹെഡർ ലൈനുകൾ അടിച്ചമർത്തുക

--സാം-ആർജി
ചേർക്കുക (സാധാരണയായി "lab=value") SAM ഹെഡറിന്റെ @RG ലൈനിലേക്ക്

പ്രകടനം:
-o/--ഓഫ്റേറ്റ് സൂചികയുടെ ഓഫ്റേറ്റ് അസാധുവാക്കുക; >= സൂചികയുടെ ഓഫ്റേറ്റ് ആയിരിക്കണം

-p/--ത്രെഡുകൾ സമാരംഭിക്കാനുള്ള അലൈൻമെന്റ് ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1)

--മില്ലീമീറ്റർ സൂചികയ്ക്കായി മെമ്മറി-മാപ്പ് ചെയ്ത I/O ഉപയോഗിക്കുക; നിരവധി 'ബോട്ടികൾക്ക് പങ്കിടാനാകും

--ഷ്മേം
സൂചികയ്ക്കായി പങ്കിട്ട മെം ഉപയോഗിക്കുക; നിരവധി 'ബോട്ടികൾക്ക് പങ്കിടാനാകും

മറ്റുള്ളവ:
--വിത്ത്
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്ററിനുള്ള വിത്ത്

--വാക്കുകൾ
വെർബോസ് ഔട്ട്പുട്ട് (ഡീബഗ്ഗിംഗിന്)

--പതിപ്പ്
പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ അച്ചടിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-h/--സഹായം
ഈ ഉപയോഗ സന്ദേശം അച്ചടിക്കുക

64-ബിറ്റ് നിർമ്മിച്ചത് lgw01-11 വ്യാഴം നവംബർ 26 11:11:48 UTC 2015 കമ്പൈലർ: gcc പതിപ്പ് 5.2.1 20151123
(ഉബുണ്ടു 5.2.1-25ubuntu1) ഓപ്ഷനുകൾ: -O3 -Wl,--ഹാഷ്-ശൈലി=രണ്ടും -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-strong - ഫോർമാറ്റ് -വെറർ=ഫോർമാറ്റ്-സുരക്ഷ -g -O2 -fstack-protector-strong
- ഫോർമാറ്റ് -വെറർ=ഫോർമാറ്റ്-സുരക്ഷ -Wl,-സിംബോളിക്-ഫംഗ്ഷനുകൾ -Wl,-z, relro Sizeof {int, long,
നീളം, ശൂന്യം*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bowtie ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക