bp_flanksp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

bp_flanks - ഒരു സീക്വൻസ് പൊസിഷനിൽ ഒരു വേരിയന്റിനായി ഫ്ലാങ്കിംഗ് സീക്വൻസുകൾ കണ്ടെത്തുന്നു

സിനോപ്സിസ്

bp_flanks --position POS [-p POS ...] [--flanklen INT]
പ്രവേശനം | ഫയലിന്റെ പേര്

വിവരണം

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് നിങ്ങളെ താൽപ്പര്യമുള്ള ഒരു മേഖലയിൽ നിന്ന് ഒരു ഉപവിഭാഗം എക്‌സ്‌ട്രാക്റ്റുചെയ്യാൻ അനുവദിക്കുന്നു
നിലവിലുള്ള ക്രമം. ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് ചെയ്‌ത സീക്വൻസ് എൻട്രി ആണെങ്കിൽ ഔട്ട്‌പുട്ട്, അവിടെ ഹെഡർ ലൈൻ
ലൊക്കേഷനെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

സ്ക്രിപ്റ്റ് ഒരു പേരിടാത്ത ആർഗ്യുമെന്റ് എടുക്കുന്നു, അത് ലോക്കൽ ഫയൽ സിസ്റ്റത്തിലെ ഒരു ഫയൽ നാമമായിരിക്കും
അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ് പ്രവേശന നമ്പർ.

-p പൊസിഷൻ ലളിതമായ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ് ഫീച്ചർ ടേബിൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
താൽപ്പര്യമുള്ള മേഖലയെ നിർവചിക്കുന്നതിനുള്ള --സ്ഥാന നൊട്ടേഷൻ, സാധാരണയായി a
SNP അല്ലെങ്കിൽ മൈക്രോസാറ്റലൈറ്റ് ആവർത്തിക്കുക, അതിന് ചുറ്റും പാർശ്വങ്ങൾ
നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നത്.

ഒന്നിലധികം സ്ഥാന ഓപ്ഷനുകൾ ഉണ്ടാകാം അല്ലെങ്കിൽ നിങ്ങൾക്ക് കഴിയും
ഒരു സ്ഥാന ഓപ്‌ഷനിലേക്ക് കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ലിസ്റ്റ് നൽകുക.

ഒരു സ്ഥാനത്തിന്റെ ഫോർമാറ്റ് ഇതാണ്:

[id:] int | പരിധി | ഇടയില് [-]

നിങ്ങൾ പുതിയതിനെ വിളിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന പേരാണ് ഓപ്ഷണൽ ഐഡി
ക്രമം. ഇത് നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, റണ്ണിംഗ് നമ്പർ ജോയിൻ ചെയ്യുന്നു
അടിവരയോടുകൂടിയ എൻട്രി നാമം.

സ്ഥാനം ഒന്നുകിൽ ഒരു പോയിന്റ് (ഉദാ. 234), ഒരു ശ്രേണി (ഉദാ
250..300) അല്ലെങ്കിൽ ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ തമ്മിലുള്ള ഇൻസെർഷൻ പോയിന്റ്
(ഉദാ: 234^235)

സ്ഥാനം പൂർണ്ണമായും ഉറവിടത്തിനുള്ളിലല്ലെങ്കിൽ
സീക്വൻസ് ഔട്ട്പുട്ട് സീക്വൻസ് വെട്ടിച്ചുരുക്കപ്പെടും
ഒരു മുന്നറിയിപ്പ് പ്രിന്റ് ചെയ്യും.

സ്ഥാനത്തിന്റെ അവസാനം ഓപ്‌ഷണൽ ഹൈഫൻ [-]
വീണ്ടെടുക്കപ്പെട്ട ക്രമം ആയിരിക്കണമെന്ന് നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നുവെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു
എതിർ സ്ട്രോണ്ടിൽ.

-f ഡിഫോൾട്ട് 100. ഇതാണ് ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുടെ നീളം
തന്നിരിക്കുന്ന സ്ഥാനത്തിന്റെ ഇരുവശത്തും --ഫ്ലാങ്ക്ലെൻ സീക്വൻസ് വീണ്ടെടുത്തു.

ഉറവിട ഫയലിൽ അടങ്ങിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ

ഔട്ട്പ് ഫോർമാറ്റ്

വിവരണ ഫയലിൽ ടാഗ്=മൂല്യം ജോഡികൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത എൻട്രിയാണ് ഔട്ട്‌പുട്ട്
ഒറിജിനൽ സീക്വൻസിൽ എവിടെയാണ് തുടർനടപടി എടുത്തത് എന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾക്ക്.

എന്നതിലേക്ക് ഹൈഫൻ ചേർത്തിരിക്കുന്ന കമാൻഡ് ലൈനിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന പേരാണ് ഫാസ്റ്റ എൻട്രിയുടെ ഐഡി
ഫയലിന്റെ പേര് അല്ലെങ്കിൽ ഉറവിട ശ്രേണിയുടെ പ്രവേശനം. ഒരു ഐഡിയും നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ തുടർച്ചയായ ഒരു പരമ്പര
പൂർണ്ണസംഖ്യകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു.

ടാഗ്=മൂല്യ ജോഡികൾ ഇവയാണ്:

oripos=int
ഉറവിട ഫയലിലെ സ്ഥാനം

strand=1|-1
സോഴ്സ് സീക്വൻസുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ ശ്രേണിയുടെ സ്ട്രാൻഡ്

allelepos=int
നിലവിലെ പ്രവേശനത്തിൽ താൽപ്പര്യമുള്ള പ്രദേശത്തിന്റെ സ്ഥാനം. ടാഗ് ഉപയോഗിച്ചതിന് സമാനമാണ്
dbSNP@NCBI മുഖേന

സീക്വൻസ്, അല്ലീൽ വേരിയന്റ് പൊസിഷൻ വലിയക്ഷരത്തിലും വിശ്രമത്തിലും കാണിച്ചുകൊണ്ട് ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യുന്നു
ചെറിയ അക്ഷരങ്ങളിലെ ക്രമം.

ഉദാഹരണം

% bp_flanks ~/seq/ar.embl

>1_/HOME/HEIKKI/SEQ/AR.EMBL oripos=100 strand=1 allelepos=100
taataactcagttcttttttgcacctacttcagtggacactgaatttggaaggtggagga
ttttgtttttttttttttaagatctgggcatctttttgaatCtacccttcaagtattaagag
acagactgtgagcctagcagggcagatcttgtccaccgtgtgtcttcttctgcacgagac
tttgaggctgtcagagcgct

ചെയ്യാൻ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ EMBL ഫോർമാറ്റിലാണെന്ന് അനുമാനിക്കുകയും സീക്വൻസുകൾ ഇതിൽ നിന്ന് മാത്രം വീണ്ടെടുക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
EMB ഡാറ്റാബേസ്. ഇത് കൂടുതൽ ജനറിക് ആക്കി രജിസ്ട്രി ഉപയോഗിക്കുക.

തല1 ഫീഡ്ബാക്ക്

മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റുകൾ
ഇതിന്റെയും മറ്റ് ബയോപെർൾ മൊഡ്യൂളുകളുടെയും പരിണാമത്തിന്റെ അവിഭാജ്യ ഘടകമാണ് ഉപയോക്തൃ ഫീഡ്‌ബാക്ക്. അയക്കുക
നിങ്ങളുടെ അഭിപ്രായങ്ങളും നിർദ്ദേശങ്ങളും ബയോപെർൾ മെയിലിംഗ് ലിസ്‌റ്റുകൾക്ക് നിങ്ങളുടെ പങ്കാളിത്തം നൽകുന്നു
വളരെ വിലമതിക്കപ്പെടുന്നു.

[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു] - പൊതുവായ ചർച്ച
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റുകളെക്കുറിച്ച്

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ
ബഗുകളും അവയുടെ ബഗുകളും ട്രാക്ക് ചെയ്യാൻ ഞങ്ങളെ സഹായിക്കുന്നതിന് ബഗുകൾ ബഗ് ട്രാക്കിംഗ് സിസ്റ്റത്തിലേക്ക് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
പ്രമേയം. ബഗ് റിപ്പോർട്ടുകൾ വെബ് വഴി സമർപ്പിക്കാം:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

AUTHOR - ഹെയ്കി ലെഹ്വാസ്ലൈഹോ

ഇമെയിൽ:

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bp_flanksp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക