bp_hivqp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

bp_hivq.PL - ബയോ::DB::HIV കൂടാതെ ഒരു ഇന്ററാക്ടീവ് കമാൻഡ്-ലൈൻ ഇന്റർഫേസ്
ബയോ::DB::Query::HIVQuery

സിനോപ്സിസ്

$ perl bp_hivq.PL
hivq> അന്വേഷണം C[സബ്ടൈപ്പ്] SI[ഫിനോടൈപ്പ്]
hivq> പ്രീറൺ
80 സീക്വൻസുകൾ തിരികെ നൽകി
ചോദ്യം: സി[സബ്ടൈപ്പ്] എസ്ഐ[ഫിനോടൈപ്പ്]
hivq> outfile csi.fas
hivq> ഓടുക
ഡൗൺലോഡ് പൂർത്തിയായി.
hivq> outfile dsi.fas
hivq> റൺ ഡി[സബ്ടൈപ്പ്] എസ്ഐ[ഫിനോടൈപ്പ്]
ഡൗൺലോഡ് പൂർത്തിയായി.
hivq> എണ്ണം
25 സീക്വൻസുകൾ തിരികെ നൽകി
ചോദ്യം: ഡി[സബ്ടൈപ്പ്] എസ്ഐ[ഫിനോടൈപ്പ്]
hivq> പുറത്തുകടക്കുക
$

വിവരണം

BioPerl മൊഡ്യൂളുകൾ Bio::DB::HIV, Bio::DB::Query::HIVQuery ഒരുമിച്ച് ബാച്ച് അന്വേഷണങ്ങൾ അനുവദിക്കുന്നു
ലോസ് അലാമോസ് നാഷണൽ ലബോറട്ടറീസിന്റെ എച്ച്ഐവി സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ ലളിതമായ ഒരു ചോദ്യം ഉപയോഗിച്ച്
ഭാഷ. "bp_hivq.PL" ഈ മൊഡ്യൂളുകളുടെ ഉപയോഗത്തിന്റെ ഒരു ഉദാഹരണം നൽകുന്നു, കൂടാതെ a
LANL HIV DB-ലേക്കുള്ള ഒറ്റപ്പെട്ട സംവേദനാത്മക കമാൻഡ്-ലൈൻ ഇന്റർഫേസ്. ലളിതമായ കമാൻഡുകൾ അനുവദിക്കുന്നു
നടപ്പിലാക്കിയ അന്വേഷണ ഭാഷ ഉപയോഗിച്ച് എച്ച്ഐവി സീക്വൻസുകളും വ്യാഖ്യാനങ്ങളും വീണ്ടെടുക്കാൻ ഉപയോക്താവ്
ബയോ::DB::Query::HIVQuery. കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് ആ മൊഡ്യൂളുകൾക്കായുള്ള മാൻ പേജുകൾ സന്ദർശിക്കുക.

USAGE

"perl bp_hivq.PL" അല്ലെങ്കിൽ Unix-ൽ "./bp_hivq.PL" ഉപയോഗിച്ച് സ്ക്രിപ്റ്റ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക. നിങ്ങൾ കാണും

hivq>

പ്രോംപ്റ്റ്. ക്രമവും വ്യാഖ്യാന ഡാറ്റയും വീണ്ടെടുക്കാൻ ചോദ്യങ്ങളുള്ള കമാൻഡുകൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. കാണുക
ഒരു സാമ്പിൾ സെഷനുള്ള സിനോപ്സിസ്. ലഭ്യമായ കമാൻഡുകൾ ചുവടെ വിവരിച്ചിരിക്കുന്നു.

നുറുങ്ങുകൾ
LANL ഡാറ്റാബേസ് വളരെ സങ്കീർണ്ണവും വിപുലവുമാണ്. പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യാൻ "കണ്ടെത്തുക" സൗകര്യം ഉപയോഗിക്കുക
ലഭ്യമായ ഡാറ്റാബേസ് പട്ടികകളും ഫീൽഡുകളും. ഒരു പ്രത്യേക ഫീൽഡിന്റെ അപരനാമങ്ങൾ തിരിച്ചറിയാൻ, ഉപയോഗിക്കുക
"അപരനാമം [ഫീൽഡ് നെയിം] കണ്ടെത്തുക". ഉദാഹരണത്തിന്, വിചിത്രമായി പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഫീൽഡിന് ഒരു ചെറിയ അപരനാമം കണ്ടെത്താൻ
"seq_sample.ssam_second_receptor", ചെയ്യുക

hivq> seq_sample.ssam_second_receptor എന്ന അപരനാമം കണ്ടെത്തുക

അത് മടങ്ങുന്നു

കോർസെപ്റ്റർ സെക്കൻഡ്_റിസെപ്റ്റർ

ഇപ്പോൾ, ഇനിപ്പറയുന്ന ചോദ്യത്തിന് പകരം

hivq> C[subtype] CCR5[seq_sample.ssam_second_receptor] പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക

നിങ്ങൾക്ക് ചെയ്യാൻ കഴിയുമെന്ന് നിങ്ങൾക്കറിയാം

hivq> C[subtype] CCR5[coreceptor] റൺ ചെയ്യുക

വീണ്ടെടുക്കപ്പെട്ട സീക്വൻസുകൾ സ്വീകരിക്കുന്ന ഫയൽ സജ്ജമാക്കാൻ "outfile" കമാൻഡ് ഉപയോഗിക്കുക. നിങ്ങൾക്ക് കഴിയും
ഈ സമയത്ത് ഒരു പുതിയ "outfile" കമാൻഡ് നൽകി നിലവിലെ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ മാറ്റുക
സെഷൻ. ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് ഡിഫോൾട്ട് ചെയ്യുന്നു.

ഡാറ്റാബേസിൽ തട്ടാതെ ഒരു ചോദ്യം സാധൂകരിക്കാൻ "query" കമാൻഡ് ഉപയോഗിക്കുക. "പ്രീറൺ" ഉപയോഗിക്കുക
അല്ലെങ്കിൽ "എണ്ണം" കമാൻഡുകൾ വീണ്ടെടുക്കാതെ തന്നെ ഒരു അന്വേഷണത്തിനുള്ള സീക്വൻസ് ഹിറ്റുകളുടെ എണ്ണം ലഭിക്കാൻ
ഡാറ്റ. ഒരു സമ്പൂർണ്ണ അന്വേഷണം നടത്താൻ "റൺ" അല്ലെങ്കിൽ "ഡു" ഉപയോഗിക്കുക, അതിലേക്ക് സീക്വൻസ് ഡാറ്റ വീണ്ടെടുക്കുക
നിലവിൽ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ സജ്ജമാക്കി.

ബാച്ചിൽ "bp_hivq.PL" കമാൻഡുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നതിന്, ഒരു ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കുക ("bp_hivq.cmd", ഉദാഹരണത്തിന്)
ഓരോ വരിയിലും ആവശ്യമുള്ള കമാൻഡുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. തുടർന്ന് ഷെല്ലിൽ നിന്ന് ഇനിപ്പറയുന്നവ എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യുക:

$ cat bp_hivq.cmd | perl bp_hivq.PL

കമാൻഡുകൾ

കമാൻഡുകളുടെ പൂർണ്ണമായ ലിസ്റ്റ് ഇതാ. ഒറ്റ ബ്രാക്കറ്റുകളിലെ ("[req_option]") ഓപ്ഷനുകൾ
ആവശ്യമാണ്; ഇരട്ട ബ്രാക്കറ്റിലുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ ("[[opt_option]]") ഓപ്ഷണൽ ആണ്.

സ്ഥിരീകരിക്കുക : മുമ്പ് സംവേദനാത്മക സ്ഥിരീകരണം ടോഗിൾ ചെയ്യുക
അന്വേഷണങ്ങൾ നടപ്പിലാക്കുന്നു
പുറത്തുകടക്കുക: സ്ക്രിപ്റ്റിൽ നിന്ന് പുറത്തുകടക്കുക
കണ്ടെത്തുക: ഡാറ്റാബേസ് സ്കീമ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക
പട്ടികകൾ കണ്ടെത്തുക എല്ലാ ഡാറ്റാബേസ് പട്ടികകളും പ്രദർശിപ്പിക്കുക
ഫീൽഡുകൾ കണ്ടെത്തുക എല്ലാ ഡാറ്റാബേസ് ഫീൽഡുകളും പ്രദർശിപ്പിക്കുക (നിരകൾ)
ഫീൽഡുകൾ കണ്ടെത്തുക [പട്ടിക] എല്ലാ ഫീൽഡുകളും [പട്ടിക] പ്രദർശിപ്പിക്കുക
അപരനാമം കണ്ടെത്തുക [ഫീൽഡ്] [ഫീൽഡ്] എന്നതിനുള്ള സാധുവായ അപരനാമങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക
സഹായം [[കമാൻഡ്]] : കമാൻഡ് സഹായം കാണിക്കുക
[[കമാൻഡ്]] വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, എല്ലാം ലിസ്റ്റ് ചെയ്യുക
ലഭ്യമായ കമാൻഡുകൾ
ഐഡി: നിലവിലെ സെഷൻ ഐഡി പ്രദർശിപ്പിക്കുക
outfile [ഫയലിന്റെ പേര്] : വീണ്ടെടുത്ത ഡാറ്റ ശേഖരിക്കുന്നതിനുള്ള ഫയൽ സജ്ജമാക്കുക
പിംഗ്: LANL DB ലഭ്യമാണോയെന്ന് പരിശോധിക്കുക
prerun [[query]] : ചോദ്യം എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യുക എന്നാൽ ഹിറ്റ് എണ്ണം മാത്രം വീണ്ടെടുക്കുക
[[ചോദ്യം]] വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, നിലവിലെ ചോദ്യം ഉപയോഗിക്കുക
query [query] : നിലവിലെ അന്വേഷണം സാധൂകരിക്കുകയും സജ്ജമാക്കുകയും ചെയ്യുക
പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക [[query]] : അന്വേഷണം നടത്തി ഡാറ്റ വീണ്ടെടുക്കുക
[[ചോദ്യം]] വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, നിലവിലെ ചോദ്യം ഉപയോഗിക്കുക
സംസ്ഥാനം: സ്ക്രിപ്റ്റിന്റെ നിലവിലെ അവസ്ഥ പ്രദർശിപ്പിക്കുക

ബൈ: 'എക്സിറ്റ്' എന്നതിന്റെ അപരനാമം
കോൺഫിഗറേഷൻ: 'സ്റ്റേറ്റ്' എന്നതിന്റെ അപരനാമം
എണ്ണം: 'പ്രീറൺ' എന്നതിന്റെ അപരനാമം
ചെയ്യുക : 'ഓട്ടം' എന്നതിന്റെ അപരനാമം
ഔട്ട്: 'ഔട്ട്‌ഫൈൽ' എന്നതിന്റെ അപരനാമം
പുറത്തുകടക്കുക: 'പുറത്തുകടക്കുക' എന്നതിന്റെ അപരനാമം

ഓപ്ഷനുകൾ

-വി: വാചാലമായ; ആന്തരിക ഡീബഗ്() ഫംഗ്ഷൻ ഓണാക്കുന്നു

ഫീഡ്ബാക്ക്

മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റുകൾ
ഇതിന്റെയും മറ്റ് ബയോപെർൾ മൊഡ്യൂളുകളുടെയും പരിണാമത്തിന്റെ അവിഭാജ്യ ഘടകമാണ് ഉപയോക്തൃ ഫീഡ്‌ബാക്ക്. അയക്കുക
നിങ്ങളുടെ അഭിപ്രായങ്ങളും നിർദ്ദേശങ്ങളും ബയോപെർൾ മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റിലേക്ക് അഭികാമ്യമാണ്. നിങ്ങളുടെ പങ്കാളിത്തം
വളരെ വിലമതിക്കപ്പെടുന്നു.

[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു] - പൊതുവായ ചർച്ച
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റുകളെക്കുറിച്ച്

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ
ബഗുകളുടെയും അവയുടെയും ട്രാക്ക് സൂക്ഷിക്കാൻ ഞങ്ങളെ സഹായിക്കുന്നതിന് ബഗുകൾ ബഗുകൾ ബഗ് ട്രാക്കിംഗ് സിസ്റ്റത്തിലേക്ക് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
പ്രമേയം. ബഗ് റിപ്പോർട്ടുകൾ വെബ് വഴി സമർപ്പിക്കാം:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

AUTHOR - അടയാളം A. കുത്തൊഴിക്കില്

മാർക്ക് എ. ജെൻസൻ <[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bp_hivqp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക