bp_papplmaker.plp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

papplmaker.PLS - അനാലിസിസ് ടൂൾസ് മൊഡ്യൂൾ ജനറേറ്റർ

സിനോപ്സിസ്

# എന്തെങ്കിലും സഹായം നേടുക
papplmaker.PLS -h

# 'seqret' പ്രോഗ്രാമിനായി മൊഡ്യൂൾ സൃഷ്ടിക്കുക
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# അതുപോലെ, എന്നാൽ 'seqret' എവിടെ കണ്ടെത്തണമെന്ന് വ്യക്തമാക്കുക
papplmaker.PLS -n എഡിറ്റ്::seqret
-l http://localhost:8080/അക്ഷം/സേവനങ്ങൾ

# അതുപോലെ, എന്നാൽ 'seqret'-ലേക്ക് ഒരു നോൺ-ഡിഫോൾട്ട് ആക്സസ് രീതി വ്യക്തമാക്കുക
papplmaker.PLS -n എഡിറ്റ്::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-ഒരു കോർബ

# ലഭ്യമായ എല്ലാ വിശകലനങ്ങൾക്കും മൊഡ്യൂളുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക
# (ഡിഫോൾട്ട് ലൊക്കേഷനും ഡിഫോൾട്ട് ആക്സസ് രീതിയും ഉപയോഗിച്ച്)
papplmaker.PLS

# ജനറേറ്റുചെയ്യരുത്, എന്നാൽ എന്താണ് സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുകയെന്ന് കാണുക
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -എസ്

# വിശകലനത്തിനായി മൊഡ്യൂൾ സൃഷ്ടിക്കുക 'edit::seqret'
# എന്നാൽ ഇതിന് 'MySeqret' എന്ന് പേരിടുക
papplmaker.PLS -n എഡിറ്റ്::seqret -m MySeqret

# ...ഉപയോഗിക്കുക
MySeqret ഉപയോഗിക്കുക;
പുതിയ MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt') പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
->osformat ('embl')
-> കാത്തിരിക്കുക
-> outseq;

# അതുപോലെ പക്ഷേ ഫലം '/tmp/my' എന്ന ഡയറക്ടറിയിൽ ഇടുക
# (ഡയറക്‌ടറികൾ നിലവിലില്ല)
papplmaker.PLS -n എഡിറ്റ്::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# പേരുകളുള്ള എല്ലാ വിശകലനങ്ങൾക്കും മൊഡ്യൂളുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക
പതിവ് എക്‌സ്‌പ്രഷൻ നൽകിയ # പൊരുത്തങ്ങൾ (കേസ് സെൻസിറ്റീവ്)
papplmaker.PLS -r 'തിരുത്തുക'

# ഡിറ്റോ, എന്നാൽ നിങ്ങളുടെ സ്വന്തം പേരുകൾ ഉപയോഗിച്ച് മൊഡ്യൂൾ സൃഷ്ടിച്ചു
# (papplmaker.PLS-നെ നിങ്ങളുടെ പേരുകളുടെ ഭാഗങ്ങൾ മാറ്റിസ്ഥാപിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു)
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_$ANALYSIS'

വിവരണം

മൊഡ്യൂൾ "ബയോ:: ടൂൾസ്:: റൺ:: അനാലിസിസ്" പ്രാദേശികവും വിദൂരവുമായ വിശകലനത്തിലേക്ക് പ്രവേശനം നൽകുന്നു.
ഒരു ഏകീകൃത രീതിയിലുള്ള ഉപകരണങ്ങൾ ("ബയോ:: അനാലിസിസ്I" ൽ നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നത്). മൊഡ്യൂൾ പൊതുവായ സമീപനം ഉപയോഗിക്കുന്നു
അനിയന്ത്രിതമായ ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റ സജ്ജീകരിക്കാനും അവയുടെ പേര് നൽകി ഫലങ്ങൾ വീണ്ടെടുക്കാനും അനുവദിക്കുന്നു. എന്നിരുന്നാലും,
ഒരു വിശകലന ഉപകരണം പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന ഒരു നിർദ്ദിഷ്ട മൊഡ്യൂൾ ഉപയോഗിക്കാൻ ചിലപ്പോൾ കൂടുതൽ സൗകര്യപ്രദമാണ്,
ലഭ്യമായ ഇൻപുട്ടിനെയും ഫലങ്ങളെയും കുറിച്ച് ഇതിനകം തന്നെ അറിയാം.

ജനറേറ്റർ "papplmaker.PLS" അത്തരം സമർപ്പിത മൊഡ്യൂളുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു.

"papplmaker.PLS" പൊതുവായ മൊഡ്യൂളിന്റെ അതേ ആക്സസ് രീതി ഉപയോഗിക്കുന്നു - അതായത്
"ആക്സസ്" എന്ന പാരാമീറ്റർ അനുസരിച്ച് ഇതിന് SOAP, CORBA അല്ലെങ്കിൽ മറ്റേതെങ്കിലും (പിന്തുണയുള്ളത്) ഉപയോഗിക്കാം
പ്രോട്ടോക്കോൾ, അല്ലെങ്കിൽ അതിന് പ്രാദേശിക വിശകലനം ആക്സസ് ചെയ്യാൻ കഴിയും (അതേ മെഷീനിൽ ലഭ്യമാണ്
"papplmaker.PLS" അഭ്യർത്ഥിച്ചു).

"papplmaker.PLS" അതിന്റെ ജോലി ചെയ്യുന്നത് ഒന്നുകിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഒരു വിശകലനത്തിന് വേണ്ടിയാണ് ("-n" ഓപ്ഷൻ വ്യക്തമാക്കിയത്,
അല്ലെങ്കിൽ വിശകലനങ്ങൾ എന്താണെന്ന് കണ്ടെത്താൻ "ബയോ:: ടൂൾസ്:: റൺ:: അനാലിസിസ് ഫാക്ടറി" മൊഡ്യൂൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ലഭ്യമാണ്, കൂടാതെ നൽകിയിരിക്കുന്ന ഒരു സാധാരണ എക്‌സ്‌പ്രഷനുമായി പൊരുത്തപ്പെടുത്തിക്കൊണ്ട് അവരുടെ എണ്ണം പരിമിതപ്പെടുത്താനാകും
"-r" ഓപ്ഷൻ.

ജനറേറ്റുചെയ്‌ത മൊഡ്യൂൾ അല്ലെങ്കിൽ മൊഡ്യൂളുകൾ എന്നതിന്റെ പേരുകൾക്ക് സമാനമായി സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി പേരുനൽകുന്നു
അനുബന്ധ വിശകലനങ്ങൾ, എന്നാൽ ഇത് യഥാർത്ഥത്തിൽ a ആയ "-m" ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റാവുന്നതാണ്
ഇനിപ്പറയുന്ന സ്ട്രിംഗുകൾ തിരിച്ചറിഞ്ഞ് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുന്ന ടെംപ്ലേറ്റ്:

$ANALYSIS അല്ലെങ്കിൽ ${ANALYSIS}
വിശകലനത്തിന്റെ പേര് ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കും.

$CATEGORY അല്ലെങ്കിൽ ${CATEGORY}
വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്ന വിഭാഗത്തിന്റെ പേര് ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കും.

$SERVICE അല്ലെങ്കിൽ ${SERVICE}
സേവനത്തിന്റെ മുഴുവൻ പേരും മാറ്റിസ്ഥാപിക്കും (ഇത് സാധാരണയായി ഒരു സംയോജനമാണ്
ഒരു വിഭാഗത്തിന്റെയും ഒരു വിശകലന നാമത്തിന്റെയും, കൂടാതെ ഇത് ഒരു ഡിഫോൾട്ട് മൊഡ്യൂൾ നാമമായും ഉപയോഗിക്കുന്നു, btw).

"സേവനവും" "വിശകലനവും" തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസം എന്താണ്, "വിഭാഗം" എന്താണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്?
ചിലപ്പോൾ ഈ പദങ്ങൾ ആശയക്കുഴപ്പമുണ്ടാക്കാം, കാരണം അവ അല്പം വ്യത്യസ്തമായ കാര്യങ്ങൾ അർത്ഥമാക്കാം
അവരുമായി ആശയവിനിമയം നടത്താൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ആക്സസ് രീതിയെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു. പൊതുവേ, ഒരു "വിശകലനം" ആണ്
ഒരു പ്രോഗ്രാം (ഒരു ആപ്ലിക്കേഷൻ, ഒരു ഉപകരണം) എവിടെയെങ്കിലും പ്രവർത്തിക്കുന്നു, പക്ഷേ ചിലപ്പോൾ ഒരു പ്രാദേശിക മെഷീനിൽ. എ
ഒരു വിശകലനത്തിന്റെ ഉദാഹരണമാണ് "seqret" (EMBOSS പാക്കേജിൽ നിന്ന്). വിശകലനങ്ങൾ ഗ്രൂപ്പുകളായി തിരിക്കാം
അവരുടെ ഫംഗ്‌ഷനുകൾ അല്ലെങ്കിൽ അവർ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റയുടെ തരം അനുസരിച്ച് വിഭാഗങ്ങളായി (എന്നാൽ ചിലപ്പോൾ അവിടെയുണ്ട്
വിഭാഗങ്ങളൊന്നുമില്ല). ഓരോ വിശകലനങ്ങളും ഉയർന്ന തലം ഉപയോഗിച്ച് ആക്സസ് ചെയ്യാൻ കഴിയും
അമൂർത്തീകരണം, ഒരു "സേവനം". ഒരു സേവനം സാധാരണയായി ഒരു വെബ് പോലെയുള്ള ഒരു പ്രോട്ടോക്കോൾ-ആശ്രിത റാപ്പറാണ്
സേവനം, അല്ലെങ്കിൽ ഒരു കോർബ സേവനം. ഉദാഹരണത്തിന് ഒരു "edit::seqret" സേവനം ഉണ്ട്
"തിരുത്തുക" വിഭാഗത്തിൽ "seqret" എന്ന വിശകലനത്തെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.

ഫീഡ്ബാക്ക്

മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റുകൾ
ഇതിന്റെയും മറ്റ് ബയോപെർൾ മൊഡ്യൂളുകളുടെയും പരിണാമത്തിന്റെ അവിഭാജ്യ ഘടകമാണ് ഉപയോക്തൃ ഫീഡ്‌ബാക്ക്. അയക്കുക
നിങ്ങളുടെ അഭിപ്രായങ്ങളും നിർദ്ദേശങ്ങളും ബയോപെർൾ മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റിലേക്ക് അഭികാമ്യമാണ്. നിങ്ങളുടെ പങ്കാളിത്തം
വളരെ വിലമതിക്കപ്പെടുന്നു.

[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു] - പൊതുവായ ചർച്ച
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റുകളെക്കുറിച്ച്

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ
ബഗുകളുടെയും അവയുടെയും ട്രാക്ക് സൂക്ഷിക്കാൻ ഞങ്ങളെ സഹായിക്കുന്നതിന് ബഗുകൾ ബഗുകൾ ബഗ് ട്രാക്കിംഗ് സിസ്റ്റത്തിലേക്ക് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
പ്രമേയം. ബഗ് റിപ്പോർട്ടുകൾ വെബ് വഴി സമർപ്പിക്കാം:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bp_papplmaker.plp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക