ഇംഗ്ലീഷ്ഫ്രഞ്ച്സ്പാനിഷ്

OnWorks ഫെവിക്കോൺ

bp_search2alnblocksp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

ഉബുണ്ടു ഓൺലൈൻ, ഫെഡോറ ഓൺലൈൻ, വിൻഡോസ് ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിവയിലൂടെ OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ bp_search2alnblocksp പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന bp_search2alnblocksp കമാൻഡ് ആണിത്.

പട്ടിക:

NAME


bp_search2alnblocks - SearchIO പാഴ്‌സബിൾ റിപ്പോർട്ടുകൾ(കൾ) ഒരു കൂട്ടം വിന്യസിച്ച ബ്ലോക്കുകളാക്കി മാറ്റുക

സിനോപ്സിസ്


bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue EVALUE ഫയൽ1.
blast file2.blast ...> out.fas

വിവരണം


ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് BLAST (അല്ലെങ്കിൽ മറ്റ് ഫോർമാറ്റുകൾ ബയോ::SearchIO പാഴ്സ് ചെയ്യാം) ഔട്ട്പുട്ട് പാഴ്സ് ചെയ്യുകയും ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുകയും ചെയ്യും
HSP-കളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി അലൈൻമെന്റ് ബ്ലോക്കുകളായി അലൈൻമെന്റ് ഫോർമാറ്റ് ചെയ്യുക. ഇത് മാത്രമേ കഴിയൂ എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
പാഴ്‌സ് ചെയ്‌ത ഇൻപുട്ട് ഫയലിൽ ആവശ്യമായത് അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ പ്രവർത്തിക്കുക.

സാധാരണയായി ഇത് BLAST ഔട്ട്‌പുട്ട് ഇൻപുട്ടിനുള്ള ഫാസ്റ്റ അലൈൻമെന്റ് ഫോർമാറ്റിലേക്ക് മാറ്റാൻ ഉപയോഗിക്കാം.
RNA ജീനുകൾക്കായുള്ള QRNA താരതമ്യ ജീൻ ഫൈൻഡറിലേക്ക് (E.Rivas).

ഓപ്ഷനുകൾ


--maxevalue ഒരു എച്ച്എസ്പിയുടെ പരമാവധി ഇ-മൂല്യം
--minevalue ഒരു എച്ച്എസ്പിക്കുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഇ-മൂല്യം
--minlen ഒരു HSP യുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം [സ്ഥിരസ്ഥിതി 0]
--maxid പരമാവധി ശതമാനം ഐഡി [ഡിഫോൾട്ട് 100]
(ശരിക്കും അടുത്തുള്ള സീക്വൻസുകൾ നീക്കംചെയ്യാൻ സഹായിക്കുന്നതിന്)
--ഒരു എച്ച്എസ്പിക്കുള്ള മിനിമം കുറഞ്ഞ ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റി [സ്ഥിരസ്ഥിതി 0]
-i/--input ഒരു ഓപ്ഷണൽ ഇൻപുട്ട് ഫയൽനാമം (സ്ഥിരമായി STDIN-ൽ ഇൻപുട്ട് പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു)
-o/--output ഒരു ഓപ്ഷണൽ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽനാമം (സ്ഥിരമായി STDOUT ലേക്ക് കയറ്റുമതി ചെയ്യുന്നു)
-f/--ഫോർമാറ്റ് മറ്റൊരു തിരയൽ വിന്യാസ ഫോർമാറ്റ് വ്യക്തമാക്കുക-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} എല്ലാം അനുവദനീയമാണ്
ഫോർമാറ്റിന് യഥാർത്ഥ വിന്യാസം ഉണ്ടായിരിക്കണം
ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള ക്രമം
എൽ കാണുക കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്.
-of/--outformat അലൈൻമെന്റ് ബ്ലോക്കുകൾക്കുള്ള ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്, എന്തും
എൽ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു.
-v/--verbose ഡീബഗ്ഗിംഗ് ഓണാക്കുക

AUTHOR - ജേസൺ സ്റ്റാജിച്ച്


ജേസൺ സ്റ്റാജിച്ച്, ജേസൺ-അറ്റ്-ബയോപെർൾ-ഡോട്ട്-ഓർഗ്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bp_search2alnblocksp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക


സൗജന്യ സെർവറുകളും വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളും

Windows & Linux ആപ്പുകൾ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യുക

ലിനക്സ് കമാൻഡുകൾ

Ad