cd-hit-2d-para - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

cd-hit-2d-para.pl - cd-hit-2d അല്ലെങ്കിൽ cd-hit- പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഒരു വലിയ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ജോലിയെ കഷണങ്ങളായി വിഭജിക്കുക.
est-2d ജോലികൾ

സിനോപ്സിസ്

cd-hit-2d-para.pl ഓപ്ഷനുകൾ

വിവരണം

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഒരു വലിയ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ജോലിയെ കഷണങ്ങളായി വിഭജിക്കുകയും ജോലികൾ റിമോട്ടിലേക്ക് സമർപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
സമാന്തരമാക്കാൻ ഒരു നെറ്റ്‌വർക്കിലൂടെയുള്ള കമ്പ്യൂട്ടറുകൾ. എല്ലാ ജോലികളും പൂർത്തിയായ ശേഷം,
നിങ്ങൾ ഒരു സിഡി-ഹിറ്റ്-2ഡി അല്ലെങ്കിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നത് പോലെ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഫലങ്ങൾ സ്‌ക്രിപ്റ്റ് ലയിപ്പിക്കുക
cd-hit-est-2d.

നിങ്ങളുടെ കമ്പ്യൂട്ടറിൽ വലിയ ജോലികൾ വിഭജിക്കാൻ നിങ്ങൾക്ക് ഇത് ഉപയോഗിക്കാം
മതിയായ റാം ഇല്ല (കൂടെ -L ഓപ്ഷൻ).

ആവശ്യകതകൾ:
1 ഈ സ്‌ക്രിപ്റ്റ് ഒരു നെറ്റ്‌വർക്കിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുമ്പോൾ, നിങ്ങൾ ഉള്ള ഡയറക്‌ടറി

സ്ക്രിപ്റ്റുകൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക, ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ എല്ലാ റിമോട്ട് ഹോസ്റ്റുകളിലും ലഭ്യമായിരിക്കണം
ഒരേ പാത.

2 ജോലികൾ സമർപ്പിക്കാൻ നിങ്ങൾ "ssh" തിരഞ്ഞെടുക്കുകയാണെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്കത് ഉണ്ടായിരിക്കണം

ഏത് റിമോട്ട് ഹോസ്റ്റിലേക്കും പാസ്‌വേഡില്ലാത്ത ssh, എങ്ങനെ സജ്ജീകരിക്കണമെന്ന് അറിയാൻ ssh മാനുവൽ കാണുക
പാസ്വേഡില്ലാത്ത ssh.

3 ssh-ന് പകരം ക്യൂയിംഗ് സിസ്റ്റം ഉപയോഗിക്കാൻ ഞാൻ നിർദ്ദേശിക്കുന്നു,

ഞാൻ നിലവിൽ PBS, SGE എന്നിവയെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു

4 cd-hit-2d cd-hit-est-2d cd-hit-div cd-hit-div.pl ആയിരിക്കണം

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഉള്ള അതേ ഡയറക്ടറിയിൽ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-i ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ 1st db-യ്‌ക്കുള്ള ഫയൽ നാമം ഇൻപുട്ട് ചെയ്യേണ്ടത് ആവശ്യമാണ്

-i2 ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ 2nd db-യ്‌ക്കുള്ള ഫയൽ നാമം ഇൻപുട്ട് ചെയ്യേണ്ടത് ആവശ്യമാണ്

-o ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്, ആവശ്യമാണ്

- പി പ്രോഗ്രാം, "cd-hit-2d" അല്ലെങ്കിൽ "cd-hit-est-2d", ഡിഫോൾട്ട് "cd-hit-2d"

--ബി ഹോസ്റ്റുകളുടെ പട്ടികയുടെ ഫയൽനാമം, ആവശ്യമില്ലെങ്കിൽ -Q or -L ഓപ്ഷൻ നൽകിയിട്ടുണ്ട്

--എൽ ലോക്കൽ കമ്പ്യൂട്ടറിലെ cpus-ന്റെ എണ്ണം, നിങ്ങൾ അത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കാത്തപ്പോൾ സ്ഥിരസ്ഥിതി 0 a
ക്ലസ്റ്റർ, ഒരു വലിയ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ജോലികളെ ചെറിയ കഷണങ്ങളായി വിഭജിക്കാൻ നിങ്ങൾക്ക് ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കാം,
ഓരോ സിപിയുവിനും മതിയായ റാം ഇല്ലെങ്കിൽ "--L 1" ഉപയോഗിക്കണമെന്ന് ഞാൻ നിർദ്ദേശിക്കുന്നു

--എസ് 1st db ആയി വിഭജിക്കാനുള്ള സെഗ്‌മെന്റുകളുടെ എണ്ണം, ഡിഫോൾട്ട് 2

--എസ്2 2nd db ആയി വിഭജിക്കാനുള്ള സെഗ്‌മെന്റുകളുടെ എണ്ണം, ഡിഫോൾട്ട് 8

--ക്യു ക്യൂ ക്യൂയിംഗ് സിസ്റ്റത്തിലേക്ക് സമർപ്പിക്കേണ്ട ജോലികളുടെ എണ്ണം, ഡിഫോൾട്ടായി 0, പ്രോഗ്രാം
റിമോട്ട് ജോലികൾ സമർപ്പിക്കാൻ ssh മോഡ് ഉപയോഗിക്കുക

--ടി ക്യൂയിംഗ് സിസ്റ്റം തരം, "PBS", "SGE" പിന്തുണയ്ക്കുന്നു, ഡിഫോൾട്ട് PBS

--ആർ റീസ്റ്റാർട്ട് ഫയൽ, റൺ ഒരു ക്രാഷിന് ശേഷം ഉപയോഗിച്ചു

-h ഈ സഹായം അച്ചടിക്കുക

കൂടുതൽ cd-hit-2d/cd-hit-est-2d ഓപ്ഷനുകൾ കമാൻഡ് ലൈനിൽ വ്യക്തമാക്കാം

ചോദ്യങ്ങൾ, ബഗുകൾ, വെയ്‌ഷോംഗ് ലീ എന്ന വിലാസത്തിൽ ബന്ധപ്പെടുക [ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് cd-hit-2d-para ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക